crunch_scripts/arvados_picard.py

   1 import arvados
   2 import re
   3 import os
   4 import sys
   5 import fcntl
   6 import subprocess
   7
   8 picard_install_path = None
   9
  10 def install_path():
  11     global picard_install_path
  12     if picard_install_path:
  13         return picard_install_path
  14     zipball = arvados.current_job()['script_parameters']['picard_zip']
  15     extracted = arvados.util.zipball_extract(
  16         zipball = zipball,
  17         path = 'picard')
  18     for f in os.listdir(extracted):
  19         if (re.search(r'^picard-tools-[\d\.]+$', f) and
  20             os.path.exists(os.path.join(extracted, f, '.'))):
  21             picard_install_path = os.path.join(extracted, f)
  22             break
  23     if not picard_install_path:
  24         raise Exception("picard-tools-{version} directory not found in %s" %
  25                         zipball)
  26     return picard_install_path
  27
  28 def run(module, **kwargs):
  29     kwargs.setdefault('cwd', arvados.current_task().tmpdir)
  30     execargs = ['java',
  31                 '-Xmx1500m',
  32                 '-Djava.io.tmpdir=' + arvados.current_task().tmpdir,
  33                 '-jar', os.path.join(install_path(), module + '.jar')]
  34     execargs += [str(arg) for arg in kwargs.pop('args', [])]
  35     for key, value in kwargs.pop('params', {}).items():
  36         execargs += [key.upper() + '=' + str(value)]
  37     sys.stderr.write("%s.run: exec %s\n" % (__name__, str(execargs)))
  38     return arvados.util.run_command(execargs, **kwargs)