sdk/python/arvados/commands/arv_copy.py

   1 #! /usr/bin/env python
   2
   3 # arv-copy [--recursive] [--no-recursive] object-uuid src dst
   4 #
   5 # Copies an object from Arvados instance src to instance dst.
   6 #
   7 # By default, arv-copy recursively copies any dependent objects
   8 # necessary to make the object functional in the new instance
   9 # (e.g. for a pipeline instance, arv-copy copies the pipeline
  10 # template, input collection, docker images, git repositories). If
  11 # --no-recursive is given, arv-copy copies only the single record
  12 # identified by object-uuid.
  13 #
  14 # The user must have files $HOME/.config/arvados/{src}.conf and
  15 # $HOME/.config/arvados/{dst}.conf with valid login credentials for
  16 # instances src and dst.  If either of these files is not found,
  17 # arv-copy will issue an error.
  18
  19 import argparse
  20 import contextlib
  21 import getpass
  22 import os
  23 import re
  24 import shutil
  25 import sys
  26 import logging
  27 import tempfile
  28 import urlparse
  29
  30 import arvados
  31 import arvados.config
  32 import arvados.keep
  33 import arvados.util
  34 import arvados.commands._util as arv_cmd
  35 import arvados.commands.keepdocker
  36 import ruamel.yaml as yaml
  37
  38 from arvados.api import OrderedJsonModel
  39 from arvados._version import __version__
  40
  41 COMMIT_HASH_RE = re.compile(r'^[0-9a-f]{1,40}$')
  42
  43 logger = logging.getLogger('arvados.arv-copy')
  44
  45 # local_repo_dir records which git repositories from the Arvados source
  46 # instance have been checked out locally during this run, and to which
  47 # directories.
  48 # e.g. if repository 'twp' from src_arv has been cloned into
  49 # /tmp/gitfHkV9lu44A then local_repo_dir['twp'] = '/tmp/gitfHkV9lu44A'
  50 #
  51 local_repo_dir = {}
  52
  53 # List of collections that have been copied in this session, and their
  54 # destination collection UUIDs.
  55 collections_copied = {}
  56
  57 # Set of (repository, script_version) two-tuples of commits copied in git.
  58 scripts_copied = set()
  59
  60 # The owner_uuid of the object being copied
  61 src_owner_uuid = None
  62
  63 def main():
  64     copy_opts = argparse.ArgumentParser(add_help=False)
  65
  66     copy_opts.add_argument(
  67         '--version', action='version', version="%s %s" % (sys.argv[0], __version__),
  68         help='Print version and exit.')
  69     copy_opts.add_argument(
  70         '-v', '--verbose', dest='verbose', action='store_true',
  71         help='Verbose output.')
  72     copy_opts.add_argument(
  73         '--progress', dest='progress', action='store_true',
  74         help='Report progress on copying collections. (default)')
  75     copy_opts.add_argument(
  76         '--no-progress', dest='progress', action='store_false',
  77         help='Do not report progress on copying collections.')
  78     copy_opts.add_argument(
  79         '-f', '--force', dest='force', action='store_true',
  80         help='Perform copy even if the object appears to exist at the remote destination.')
  81     copy_opts.add_argument(
  82         '--force-filters', action='store_true', default=False,
  83         help="Copy pipeline template filters verbatim, even if they act differently on the destination cluster.")
  84     copy_opts.add_argument(
  85         '--src', dest='source_arvados', required=True,
  86         help='The name of the source Arvados instance (required) - points at an Arvados config file. May be either a pathname to a config file, or (for example) "foo" as shorthand for $HOME/.config/arvados/foo.conf.')
  87     copy_opts.add_argument(
  88         '--dst', dest='destination_arvados', required=True,
  89         help='The name of the destination Arvados instance (required) - points at an Arvados config file. May be either a pathname to a config file, or (for example) "foo" as shorthand for $HOME/.config/arvados/foo.conf.')
  90     copy_opts.add_argument(
  91         '--recursive', dest='recursive', action='store_true',
  92         help='Recursively copy any dependencies for this object. (default)')
  93     copy_opts.add_argument(
  94         '--no-recursive', dest='recursive', action='store_false',
  95         help='Do not copy any dependencies. NOTE: if this option is given, the copied object will need to be updated manually in order to be functional.')
  96     copy_opts.add_argument(
  97         '--dst-git-repo', dest='dst_git_repo',
  98         help='The name of the destination git repository. Required when copying a pipeline recursively.')
  99     copy_opts.add_argument(
 100         '--project-uuid', dest='project_uuid',
 101         help='The UUID of the project at the destination to which the pipeline should be copied.')
 102     copy_opts.add_argument(
 103         '--allow-git-http-src', action="store_true",
 104         help='Allow cloning git repositories over insecure http')
 105     copy_opts.add_argument(
 106         '--allow-git-http-dst', action="store_true",
 107         help='Allow pushing git repositories over insecure http')
 108
 109     copy_opts.add_argument(
 110         'object_uuid',
 111         help='The UUID of the object to be copied.')
 112     copy_opts.set_defaults(progress=True)
 113     copy_opts.set_defaults(recursive=True)
 114
 115     parser = argparse.ArgumentParser(
 116         description='Copy a pipeline instance, template or collection from one Arvados instance to another.',
 117         parents=[copy_opts, arv_cmd.retry_opt])
 118     args = parser.parse_args()
 119
 120     if args.verbose:
 121         logger.setLevel(logging.DEBUG)
 122     else:
 123         logger.setLevel(logging.INFO)
 124
 125     # Create API clients for the source and destination instances
 126     src_arv = api_for_instance(args.source_arvados)
 127     dst_arv = api_for_instance(args.destination_arvados)
 128
 129     if not args.project_uuid:
 130         args.project_uuid = dst_arv.users().current().execute(num_retries=args.retries)["uuid"]
 131
 132     # Identify the kind of object we have been given, and begin copying.
 133     t = uuid_type(src_arv, args.object_uuid)
 134     if t == 'Collection':
 135         set_src_owner_uuid(src_arv.collections(), args.object_uuid, args)
 136         result = copy_collection(args.object_uuid,
 137                                  src_arv, dst_arv,
 138                                  args)
 139     elif t == 'PipelineInstance':
 140         set_src_owner_uuid(src_arv.pipeline_instances(), args.object_uuid, args)
 141         result = copy_pipeline_instance(args.object_uuid,
 142                                         src_arv, dst_arv,
 143                                         args)
 144     elif t == 'PipelineTemplate':
 145         set_src_owner_uuid(src_arv.pipeline_templates(), args.object_uuid, args)
 146         result = copy_pipeline_template(args.object_uuid,
 147                                         src_arv, dst_arv, args)
 148     elif t == 'Workflow':
 149         set_src_owner_uuid(src_arv.workflows(), args.object_uuid, args)
 150         result = copy_workflow(args.object_uuid, src_arv, dst_arv, args)
 151     else:
 152         abort("cannot copy object {} of type {}".format(args.object_uuid, t))
 153
 154     # Clean up any outstanding temp git repositories.
 155     for d in local_repo_dir.values():
 156         shutil.rmtree(d, ignore_errors=True)
 157
 158     # If no exception was thrown and the response does not have an
 159     # error_token field, presume success
 160     if 'error_token' in result or 'uuid' not in result:
 161         logger.error("API server returned an error result: {}".format(result))
 162         exit(1)
 163
 164     logger.info("")
 165     logger.info("Success: created copy with uuid {}".format(result['uuid']))
 166     exit(0)
 167
 168 def set_src_owner_uuid(resource, uuid, args):
 169     global src_owner_uuid
 170     c = resource.get(uuid=uuid).execute(num_retries=args.retries)
 171     src_owner_uuid = c.get("owner_uuid")
 172
 173 # api_for_instance(instance_name)
 174 #
 175 #     Creates an API client for the Arvados instance identified by
 176 #     instance_name.
 177 #
 178 #     If instance_name contains a slash, it is presumed to be a path
 179 #     (either local or absolute) to a file with Arvados configuration
 180 #     settings.
 181 #
 182 #     Otherwise, it is presumed to be the name of a file in
 183 #     $HOME/.config/arvados/instance_name.conf
 184 #
 185 def api_for_instance(instance_name):
 186     if '/' in instance_name:
 187         config_file = instance_name
 188     else:
 189         config_file = os.path.join(os.environ['HOME'], '.config', 'arvados', "{}.conf".format(instance_name))
 190
 191     try:
 192         cfg = arvados.config.load(config_file)
 193     except (IOError, OSError) as e:
 194         abort(("Could not open config file {}: {}\n" +
 195                "You must make sure that your configuration tokens\n" +
 196                "for Arvados instance {} are in {} and that this\n" +
 197                "file is readable.").format(
 198                    config_file, e, instance_name, config_file))
 199
 200     if 'ARVADOS_API_HOST' in cfg and 'ARVADOS_API_TOKEN' in cfg:
 201         api_is_insecure = (
 202             cfg.get('ARVADOS_API_HOST_INSECURE', '').lower() in set(
 203                 ['1', 't', 'true', 'y', 'yes']))
 204         client = arvados.api('v1',
 205                              host=cfg['ARVADOS_API_HOST'],
 206                              token=cfg['ARVADOS_API_TOKEN'],
 207                              insecure=api_is_insecure,
 208                              model=OrderedJsonModel())
 209     else:
 210         abort('need ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN for {}'.format(instance_name))
 211     return client
 212
 213 # Check if git is available
 214 def check_git_availability():
 215     try:
 216         arvados.util.run_command(['git', '--help'])
 217     except Exception:
 218         abort('git command is not available. Please ensure git is installed.')
 219
 220 # copy_pipeline_instance(pi_uuid, src, dst, args)
 221 #
 222 #    Copies a pipeline instance identified by pi_uuid from src to dst.
 223 #
 224 #    If the args.recursive option is set:
 225 #      1. Copies all input collections
 226 #           * For each component in the pipeline, include all collections
 227 #             listed as job dependencies for that component)
 228 #      2. Copy docker images
 229 #      3. Copy git repositories
 230 #      4. Copy the pipeline template
 231 #
 232 #    The only changes made to the copied pipeline instance are:
 233 #      1. The original pipeline instance UUID is preserved in
 234 #         the 'properties' hash as 'copied_from_pipeline_instance_uuid'.
 235 #      2. The pipeline_template_uuid is changed to the new template uuid.
 236 #      3. The owner_uuid of the instance is changed to the user who
 237 #         copied it.
 238 #
 239 def copy_pipeline_instance(pi_uuid, src, dst, args):
 240     # Fetch the pipeline instance record.
 241     pi = src.pipeline_instances().get(uuid=pi_uuid).execute(num_retries=args.retries)
 242
 243     if args.recursive:
 244         check_git_availability()
 245
 246         if not args.dst_git_repo:
 247             abort('--dst-git-repo is required when copying a pipeline recursively.')
 248         # Copy the pipeline template and save the copied template.
 249         if pi.get('pipeline_template_uuid', None):
 250             pt = copy_pipeline_template(pi['pipeline_template_uuid'],
 251                                         src, dst, args)
 252
 253         # Copy input collections, docker images and git repos.
 254         pi = copy_collections(pi, src, dst, args)
 255         copy_git_repos(pi, src, dst, args.dst_git_repo, args)
 256         copy_docker_images(pi, src, dst, args)
 257
 258         # Update the fields of the pipeline instance with the copied
 259         # pipeline template.
 260         if pi.get('pipeline_template_uuid', None):
 261             pi['pipeline_template_uuid'] = pt['uuid']
 262
 263     else:
 264         # not recursive
 265         logger.info("Copying only pipeline instance %s.", pi_uuid)
 266         logger.info("You are responsible for making sure all pipeline dependencies have been updated.")
 267
 268     # Update the pipeline instance properties, and create the new
 269     # instance at dst.
 270     pi['properties']['copied_from_pipeline_instance_uuid'] = pi_uuid
 271     pi['description'] = "Pipeline copied from {}\n\n{}".format(
 272         pi_uuid,
 273         pi['description'] if pi.get('description', None) else '')
 274
 275     pi['owner_uuid'] = args.project_uuid
 276
 277     del pi['uuid']
 278
 279     new_pi = dst.pipeline_instances().create(body=pi, ensure_unique_name=True).execute(num_retries=args.retries)
 280     return new_pi
 281
 282 def filter_iter(arg):
 283     """Iterate a filter string-or-list.
 284
 285     Pass in a filter field that can either be a string or list.
 286     This will iterate elements as if the field had been written as a list.
 287     """
 288     if isinstance(arg, basestring):
 289         return iter((arg,))
 290     else:
 291         return iter(arg)
 292
 293 def migrate_repository_filter(repo_filter, src_repository, dst_repository):
 294     """Update a single repository filter in-place for the destination.
 295
 296     If the filter checks that the repository is src_repository, it is
 297     updated to check that the repository is dst_repository.  If it does
 298     anything else, this function raises ValueError.
 299     """
 300     if src_repository is None:
 301         raise ValueError("component does not specify a source repository")
 302     elif dst_repository is None:
 303         raise ValueError("no destination repository specified to update repository filter")
 304     elif repo_filter[1:] == ['=', src_repository]:
 305         repo_filter[2] = dst_repository
 306     elif repo_filter[1:] == ['in', [src_repository]]:
 307         repo_filter[2] = [dst_repository]
 308     else:
 309         raise ValueError("repository filter is not a simple source match")
 310
 311 def migrate_script_version_filter(version_filter):
 312     """Update a single script_version filter in-place for the destination.
 313
 314     Currently this function checks that all the filter operands are Git
 315     commit hashes.  If they're not, it raises ValueError to indicate that
 316     the filter is not portable.  It could be extended to make other
 317     transformations in the future.
 318     """
 319     if not all(COMMIT_HASH_RE.match(v) for v in filter_iter(version_filter[2])):
 320         raise ValueError("script_version filter is not limited to commit hashes")
 321
 322 def attr_filtered(filter_, *attr_names):
 323     """Return True if filter_ applies to any of attr_names, else False."""
 324     return any((name == 'any') or (name in attr_names)
 325                for name in filter_iter(filter_[0]))
 326
 327 @contextlib.contextmanager
 328 def exception_handler(handler, *exc_types):
 329     """If any exc_types are raised in the block, call handler on the exception."""
 330     try:
 331         yield
 332     except exc_types as error:
 333         handler(error)
 334
 335 def migrate_components_filters(template_components, dst_git_repo):
 336     """Update template component filters in-place for the destination.
 337
 338     template_components is a dictionary of components in a pipeline template.
 339     This method walks over each component's filters, and updates them to have
 340     identical semantics on the destination cluster.  It returns a list of
 341     error strings that describe what filters could not be updated safely.
 342
 343     dst_git_repo is the name of the destination Git repository, which can
 344     be None if that is not known.
 345     """
 346     errors = []
 347     for cname, cspec in template_components.iteritems():
 348         def add_error(errmsg):
 349             errors.append("{}: {}".format(cname, errmsg))
 350         if not isinstance(cspec, dict):
 351             add_error("value is not a component definition")
 352             continue
 353         src_repository = cspec.get('repository')
 354         filters = cspec.get('filters', [])
 355         if not isinstance(filters, list):
 356             add_error("filters are not a list")
 357             continue
 358         for cfilter in filters:
 359             if not (isinstance(cfilter, list) and (len(cfilter) == 3)):
 360                 add_error("malformed filter {!r}".format(cfilter))
 361                 continue
 362             if attr_filtered(cfilter, 'repository'):
 363                 with exception_handler(add_error, ValueError):
 364                     migrate_repository_filter(cfilter, src_repository, dst_git_repo)
 365             if attr_filtered(cfilter, 'script_version'):
 366                 with exception_handler(add_error, ValueError):
 367                     migrate_script_version_filter(cfilter)
 368     return errors
 369
 370 # copy_pipeline_template(pt_uuid, src, dst, args)
 371 #
 372 #    Copies a pipeline template identified by pt_uuid from src to dst.
 373 #
 374 #    If args.recursive is True, also copy any collections, docker
 375 #    images and git repositories that this template references.
 376 #
 377 #    The owner_uuid of the new template is changed to that of the user
 378 #    who copied the template.
 379 #
 380 #    Returns the copied pipeline template object.
 381 #
 382 def copy_pipeline_template(pt_uuid, src, dst, args):
 383     # fetch the pipeline template from the source instance
 384     pt = src.pipeline_templates().get(uuid=pt_uuid).execute(num_retries=args.retries)
 385
 386     if not args.force_filters:
 387         filter_errors = migrate_components_filters(pt['components'], args.dst_git_repo)
 388         if filter_errors:
 389             abort("Template filters cannot be copied safely. Use --force-filters to copy anyway.\n" +
 390                   "\n".join(filter_errors))
 391
 392     if args.recursive:
 393         check_git_availability()
 394
 395         if not args.dst_git_repo:
 396             abort('--dst-git-repo is required when copying a pipeline recursively.')
 397         # Copy input collections, docker images and git repos.
 398         pt = copy_collections(pt, src, dst, args)
 399         copy_git_repos(pt, src, dst, args.dst_git_repo, args)
 400         copy_docker_images(pt, src, dst, args)
 401
 402     pt['description'] = "Pipeline template copied from {}\n\n{}".format(
 403         pt_uuid,
 404         pt['description'] if pt.get('description', None) else '')
 405     pt['name'] = "{} copied from {}".format(pt.get('name', ''), pt_uuid)
 406     del pt['uuid']
 407
 408     pt['owner_uuid'] = args.project_uuid
 409
 410     return dst.pipeline_templates().create(body=pt, ensure_unique_name=True).execute(num_retries=args.retries)
 411
 412 # copy_workflow(wf_uuid, src, dst, args)
 413 #
 414 #    Copies a workflow identified by wf_uuid from src to dst.
 415 #
 416 #    If args.recursive is True, also copy any collections
 417 #      referenced in the workflow definition yaml.
 418 #
 419 #    The owner_uuid of the new workflow is set to any given
 420 #      project_uuid or the user who copied the template.
 421 #
 422 #    Returns the copied workflow object.
 423 #
 424 def copy_workflow(wf_uuid, src, dst, args):
 425     # fetch the workflow from the source instance
 426     wf = src.workflows().get(uuid=wf_uuid).execute(num_retries=args.retries)
 427
 428     # copy collections and docker images
 429     if args.recursive:
 430         wf_def = yaml.safe_load(wf["definition"])
 431         if wf_def is not None:
 432             locations = []
 433             docker_images = {}
 434             graph = wf_def.get('$graph', None)
 435             if graph is not None:
 436                 workflow_collections(graph, locations, docker_images)
 437             else:
 438                 workflow_collections(graph, locations, docker_images)
 439
 440             if locations:
 441                 copy_collections(locations, src, dst, args)
 442
 443             for image in docker_images:
 444                 copy_docker_image(image, docker_images[image], src, dst, args)
 445
 446     # copy the workflow itself
 447     del wf['uuid']
 448     wf['owner_uuid'] = args.project_uuid
 449     return dst.workflows().create(body=wf).execute(num_retries=args.retries)
 450
 451 def workflow_collections(obj, locations, docker_images):
 452     if isinstance(obj, dict):
 453         loc = obj.get('location', None)
 454         if loc is not None:
 455             if loc.startswith("keep:"):
 456                 locations.append(loc[5:])
 457
 458         docker_image = obj.get('dockerImageId', None)
 459         if docker_image is None:
 460             docker_image = obj.get('dockerPull', None)
 461         if docker_image is not None:
 462             ds = docker_image.split(":", 1)
 463             tag = ds[1] if len(ds)==2 else 'latest'
 464             docker_images[ds[0]] = tag
 465
 466         for x in obj:
 467             workflow_collections(obj[x], locations, docker_images)
 468
 469     if isinstance(obj, list):
 470         for x in obj:
 471             workflow_collections(x, locations, docker_images)
 472
 473 # copy_collections(obj, src, dst, args)
 474 #
 475 #    Recursively copies all collections referenced by 'obj' from src
 476 #    to dst.  obj may be a dict or a list, in which case we run
 477 #    copy_collections on every value it contains. If it is a string,
 478 #    search it for any substring that matches a collection hash or uuid
 479 #    (this will find hidden references to collections like
 480 #      "input0": "$(file 3229739b505d2b878b62aed09895a55a+142/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.fastq)")
 481 #
 482 #    Returns a copy of obj with any old collection uuids replaced by
 483 #    the new ones.
 484 #
 485 def copy_collections(obj, src, dst, args):
 486
 487     def copy_collection_fn(collection_match):
 488         """Helper function for regex substitution: copies a single collection,
 489         identified by the collection_match MatchObject, to the
 490         destination.  Returns the destination collection uuid (or the
 491         portable data hash if that's what src_id is).
 492
 493         """
 494         src_id = collection_match.group(0)
 495         if src_id not in collections_copied:
 496             dst_col = copy_collection(src_id, src, dst, args)
 497             if src_id in [dst_col['uuid'], dst_col['portable_data_hash']]:
 498                 collections_copied[src_id] = src_id
 499             else:
 500                 collections_copied[src_id] = dst_col['uuid']
 501         return collections_copied[src_id]
 502
 503     if isinstance(obj, basestring):
 504         # Copy any collections identified in this string to dst, replacing
 505         # them with the dst uuids as necessary.
 506         obj = arvados.util.portable_data_hash_pattern.sub(copy_collection_fn, obj)
 507         obj = arvados.util.collection_uuid_pattern.sub(copy_collection_fn, obj)
 508         return obj
 509     elif isinstance(obj, dict):
 510         return type(obj)((v, copy_collections(obj[v], src, dst, args))
 511                          for v in obj)
 512     elif isinstance(obj, list):
 513         return type(obj)(copy_collections(v, src, dst, args) for v in obj)
 514     return obj
 515
 516 def migrate_jobspec(jobspec, src, dst, dst_repo, args):
 517     """Copy a job's script to the destination repository, and update its record.
 518
 519     Given a jobspec dictionary, this function finds the referenced script from
 520     src and copies it to dst and dst_repo.  It also updates jobspec in place to
 521     refer to names on the destination.
 522     """
 523     repo = jobspec.get('repository')
 524     if repo is None:
 525         return
 526     # script_version is the "script_version" parameter from the source
 527     # component or job.  If no script_version was supplied in the
 528     # component or job, it is a mistake in the pipeline, but for the
 529     # purposes of copying the repository, default to "master".
 530     script_version = jobspec.get('script_version') or 'master'
 531     script_key = (repo, script_version)
 532     if script_key not in scripts_copied:
 533         copy_git_repo(repo, src, dst, dst_repo, script_version, args)
 534         scripts_copied.add(script_key)
 535     jobspec['repository'] = dst_repo
 536     repo_dir = local_repo_dir[repo]
 537     for version_key in ['script_version', 'supplied_script_version']:
 538         if version_key in jobspec:
 539             jobspec[version_key] = git_rev_parse(jobspec[version_key], repo_dir)
 540
 541 # copy_git_repos(p, src, dst, dst_repo, args)
 542 #
 543 #    Copies all git repositories referenced by pipeline instance or
 544 #    template 'p' from src to dst.
 545 #
 546 #    For each component c in the pipeline:
 547 #      * Copy git repositories named in c['repository'] and c['job']['repository'] if present
 548 #      * Rename script versions:
 549 #          * c['script_version']
 550 #          * c['job']['script_version']
 551 #          * c['job']['supplied_script_version']
 552 #        to the commit hashes they resolve to, since any symbolic
 553 #        names (tags, branches) are not preserved in the destination repo.
 554 #
 555 #    The pipeline object is updated in place with the new repository
 556 #    names.  The return value is undefined.
 557 #
 558 def copy_git_repos(p, src, dst, dst_repo, args):
 559     for component in p['components'].itervalues():
 560         migrate_jobspec(component, src, dst, dst_repo, args)
 561         if 'job' in component:
 562             migrate_jobspec(component['job'], src, dst, dst_repo, args)
 563
 564 def total_collection_size(manifest_text):
 565     """Return the total number of bytes in this collection (excluding
 566     duplicate blocks)."""
 567
 568     total_bytes = 0
 569     locators_seen = {}
 570     for line in manifest_text.splitlines():
 571         words = line.split()
 572         for word in words[1:]:
 573             try:
 574                 loc = arvados.KeepLocator(word)
 575             except ValueError:
 576                 continue  # this word isn't a locator, skip it
 577             if loc.md5sum not in locators_seen:
 578                 locators_seen[loc.md5sum] = True
 579                 total_bytes += loc.size
 580
 581     return total_bytes
 582
 583 def create_collection_from(c, src, dst, args):
 584     """Create a new collection record on dst, and copy Docker metadata if
 585     available."""
 586
 587     collection_uuid = c['uuid']
 588     del c['uuid']
 589
 590     if not c["name"]:
 591         c['name'] = "copied from " + collection_uuid
 592
 593     if 'properties' in c:
 594         del c['properties']
 595
 596     c['owner_uuid'] = args.project_uuid
 597
 598     dst_collection = dst.collections().create(body=c, ensure_unique_name=True).execute(num_retries=args.retries)
 599
 600     # Create docker_image_repo+tag and docker_image_hash links
 601     # at the destination.
 602     for link_class in ("docker_image_repo+tag", "docker_image_hash"):
 603         docker_links = src.links().list(filters=[["head_uuid", "=", collection_uuid], ["link_class", "=", link_class]]).execute(num_retries=args.retries)['items']
 604
 605         for src_link in docker_links:
 606             body = {key: src_link[key]
 607                     for key in ['link_class', 'name', 'properties']}
 608             body['head_uuid'] = dst_collection['uuid']
 609             body['owner_uuid'] = args.project_uuid
 610
 611             lk = dst.links().create(body=body).execute(num_retries=args.retries)
 612             logger.debug('created dst link {}'.format(lk))
 613
 614     return dst_collection
 615
 616 # copy_collection(obj_uuid, src, dst, args)
 617 #
 618 #    Copies the collection identified by obj_uuid from src to dst.
 619 #    Returns the collection object created at dst.
 620 #
 621 #    If args.progress is True, produce a human-friendly progress
 622 #    report.
 623 #
 624 #    If a collection with the desired portable_data_hash already
 625 #    exists at dst, and args.force is False, copy_collection returns
 626 #    the existing collection without copying any blocks.  Otherwise
 627 #    (if no collection exists or if args.force is True)
 628 #    copy_collection copies all of the collection data blocks from src
 629 #    to dst.
 630 #
 631 #    For this application, it is critical to preserve the
 632 #    collection's manifest hash, which is not guaranteed with the
 633 #    arvados.CollectionReader and arvados.CollectionWriter classes.
 634 #    Copying each block in the collection manually, followed by
 635 #    the manifest block, ensures that the collection's manifest
 636 #    hash will not change.
 637 #
 638 def copy_collection(obj_uuid, src, dst, args):
 639     if arvados.util.keep_locator_pattern.match(obj_uuid):
 640         # If the obj_uuid is a portable data hash, it might not be uniquely
 641         # identified with a particular collection.  As a result, it is
 642         # ambigious as to what name to use for the copy.  Apply some heuristics
 643         # to pick which collection to get the name from.
 644         srccol = src.collections().list(
 645             filters=[['portable_data_hash', '=', obj_uuid]],
 646             order="created_at asc"
 647             ).execute(num_retries=args.retries)
 648
 649         items = srccol.get("items")
 650
 651         if not items:
 652             logger.warning("Could not find collection with portable data hash %s", obj_uuid)
 653             return
 654
 655         c = None
 656
 657         if len(items) == 1:
 658             # There's only one collection with the PDH, so use that.
 659             c = items[0]
 660         if not c:
 661             # See if there is a collection that's in the same project
 662             # as the root item (usually a pipeline) being copied.
 663             for i in items:
 664                 if i.get("owner_uuid") == src_owner_uuid and i.get("name"):
 665                     c = i
 666                     break
 667         if not c:
 668             # Didn't find any collections located in the same project, so
 669             # pick the oldest collection that has a name assigned to it.
 670             for i in items:
 671                 if i.get("name"):
 672                     c = i
 673                     break
 674         if not c:
 675             # None of the collections have names (?!), so just pick the
 676             # first one.
 677             c = items[0]
 678
 679         # list() doesn't return manifest text (and we don't want it to,
 680         # because we don't need the same maninfest text sent to us 50
 681         # times) so go and retrieve the collection object directly
 682         # which will include the manifest text.
 683         c = src.collections().get(uuid=c["uuid"]).execute(num_retries=args.retries)
 684     else:
 685         # Assume this is an actual collection uuid, so fetch it directly.
 686         c = src.collections().get(uuid=obj_uuid).execute(num_retries=args.retries)
 687
 688     # If a collection with this hash already exists at the
 689     # destination, and 'force' is not true, just return that
 690     # collection.
 691     if not args.force:
 692         if 'portable_data_hash' in c:
 693             colhash = c['portable_data_hash']
 694         else:
 695             colhash = c['uuid']
 696         dstcol = dst.collections().list(
 697             filters=[['portable_data_hash', '=', colhash]]
 698         ).execute(num_retries=args.retries)
 699         if dstcol['items_available'] > 0:
 700             for d in dstcol['items']:
 701                 if ((args.project_uuid == d['owner_uuid']) and
 702                     (c.get('name') == d['name']) and
 703                     (c['portable_data_hash'] == d['portable_data_hash'])):
 704                     return d
 705             c['manifest_text'] = dst.collections().get(
 706                 uuid=dstcol['items'][0]['uuid']
 707             ).execute(num_retries=args.retries)['manifest_text']
 708             return create_collection_from(c, src, dst, args)
 709
 710     # Fetch the collection's manifest.
 711     manifest = c['manifest_text']
 712     logger.debug("Copying collection %s with manifest: <%s>", obj_uuid, manifest)
 713
 714     # Copy each block from src_keep to dst_keep.
 715     # Use the newly signed locators returned from dst_keep to build
 716     # a new manifest as we go.
 717     src_keep = arvados.keep.KeepClient(api_client=src, num_retries=args.retries)
 718     dst_keep = arvados.keep.KeepClient(api_client=dst, num_retries=args.retries)
 719     dst_manifest = ""
 720     dst_locators = {}
 721     bytes_written = 0
 722     bytes_expected = total_collection_size(manifest)
 723     if args.progress:
 724         progress_writer = ProgressWriter(human_progress)
 725     else:
 726         progress_writer = None
 727
 728     for line in manifest.splitlines():
 729         words = line.split()
 730         dst_manifest += words[0]
 731         for word in words[1:]:
 732             try:
 733                 loc = arvados.KeepLocator(word)
 734             except ValueError:
 735                 # If 'word' can't be parsed as a locator,
 736                 # presume it's a filename.
 737                 dst_manifest += ' ' + word
 738                 continue
 739             blockhash = loc.md5sum
 740             # copy this block if we haven't seen it before
 741             # (otherwise, just reuse the existing dst_locator)
 742             if blockhash not in dst_locators:
 743                 logger.debug("Copying block %s (%s bytes)", blockhash, loc.size)
 744                 if progress_writer:
 745                     progress_writer.report(obj_uuid, bytes_written, bytes_expected)
 746                 data = src_keep.get(word)
 747                 dst_locator = dst_keep.put(data)
 748                 dst_locators[blockhash] = dst_locator
 749                 bytes_written += loc.size
 750             dst_manifest += ' ' + dst_locators[blockhash]
 751         dst_manifest += "\n"
 752
 753     if progress_writer:
 754         progress_writer.report(obj_uuid, bytes_written, bytes_expected)
 755         progress_writer.finish()
 756
 757     # Copy the manifest and save the collection.
 758     logger.debug('saving %s with manifest: <%s>', obj_uuid, dst_manifest)
 759
 760     c['manifest_text'] = dst_manifest
 761     return create_collection_from(c, src, dst, args)
 762
 763 def select_git_url(api, repo_name, retries, allow_insecure_http, allow_insecure_http_opt):
 764     r = api.repositories().list(
 765         filters=[['name', '=', repo_name]]).execute(num_retries=retries)
 766     if r['items_available'] != 1:
 767         raise Exception('cannot identify repo {}; {} repos found'
 768                         .format(repo_name, r['items_available']))
 769
 770     https_url = [c for c in r['items'][0]["clone_urls"] if c.startswith("https:")]
 771     http_url = [c for c in r['items'][0]["clone_urls"] if c.startswith("http:")]
 772     other_url = [c for c in r['items'][0]["clone_urls"] if not c.startswith("http")]
 773
 774     priority = https_url + other_url + http_url
 775
 776     git_config = []
 777     git_url = None
 778     for url in priority:
 779         if url.startswith("http"):
 780             u = urlparse.urlsplit(url)
 781             baseurl = urlparse.urlunsplit((u.scheme, u.netloc, "", "", ""))
 782             git_config = ["-c", "credential.%s/.username=none" % baseurl,
 783                           "-c", "credential.%s/.helper=!cred(){ cat >/dev/null; if [ \"$1\" = get ]; then echo password=$ARVADOS_API_TOKEN; fi; };cred" % baseurl]
 784         else:
 785             git_config = []
 786
 787         try:
 788             logger.debug("trying %s", url)
 789             arvados.util.run_command(["git"] + git_config + ["ls-remote", url],
 790                                       env={"HOME": os.environ["HOME"],
 791                                            "ARVADOS_API_TOKEN": api.api_token,
 792                                            "GIT_ASKPASS": "/bin/false"})
 793         except arvados.errors.CommandFailedError:
 794             pass
 795         else:
 796             git_url = url
 797             break
 798
 799     if not git_url:
 800         raise Exception('Cannot access git repository, tried {}'
 801                         .format(priority))
 802
 803     if git_url.startswith("http:"):
 804         if allow_insecure_http:
 805             logger.warn("Using insecure git url %s but will allow this because %s", git_url, allow_insecure_http_opt)
 806         else:
 807             raise Exception("Refusing to use insecure git url %s, use %s if you really want this." % (git_url, allow_insecure_http_opt))
 808
 809     return (git_url, git_config)
 810
 811
 812 # copy_git_repo(src_git_repo, src, dst, dst_git_repo, script_version, args)
 813 #
 814 #    Copies commits from git repository 'src_git_repo' on Arvados
 815 #    instance 'src' to 'dst_git_repo' on 'dst'.  Both src_git_repo
 816 #    and dst_git_repo are repository names, not UUIDs (i.e. "arvados"
 817 #    or "jsmith")
 818 #
 819 #    All commits will be copied to a destination branch named for the
 820 #    source repository URL.
 821 #
 822 #    The destination repository must already exist.
 823 #
 824 #    The user running this command must be authenticated
 825 #    to both repositories.
 826 #
 827 def copy_git_repo(src_git_repo, src, dst, dst_git_repo, script_version, args):
 828     # Identify the fetch and push URLs for the git repositories.
 829
 830     (src_git_url, src_git_config) = select_git_url(src, src_git_repo, args.retries, args.allow_git_http_src, "--allow-git-http-src")
 831     (dst_git_url, dst_git_config) = select_git_url(dst, dst_git_repo, args.retries, args.allow_git_http_dst, "--allow-git-http-dst")
 832
 833     logger.debug('src_git_url: {}'.format(src_git_url))
 834     logger.debug('dst_git_url: {}'.format(dst_git_url))
 835
 836     dst_branch = re.sub(r'\W+', '_', "{}_{}".format(src_git_url, script_version))
 837
 838     # Copy git commits from src repo to dst repo.
 839     if src_git_repo not in local_repo_dir:
 840         local_repo_dir[src_git_repo] = tempfile.mkdtemp()
 841         arvados.util.run_command(
 842             ["git"] + src_git_config + ["clone", "--bare", src_git_url,
 843              local_repo_dir[src_git_repo]],
 844             cwd=os.path.dirname(local_repo_dir[src_git_repo]),
 845             env={"HOME": os.environ["HOME"],
 846                  "ARVADOS_API_TOKEN": src.api_token,
 847                  "GIT_ASKPASS": "/bin/false"})
 848         arvados.util.run_command(
 849             ["git", "remote", "add", "dst", dst_git_url],
 850             cwd=local_repo_dir[src_git_repo])
 851     arvados.util.run_command(
 852         ["git", "branch", dst_branch, script_version],
 853         cwd=local_repo_dir[src_git_repo])
 854     arvados.util.run_command(["git"] + dst_git_config + ["push", "dst", dst_branch],
 855                              cwd=local_repo_dir[src_git_repo],
 856                              env={"HOME": os.environ["HOME"],
 857                                   "ARVADOS_API_TOKEN": dst.api_token,
 858                                   "GIT_ASKPASS": "/bin/false"})
 859
 860 def copy_docker_images(pipeline, src, dst, args):
 861     """Copy any docker images named in the pipeline components'
 862     runtime_constraints field from src to dst."""
 863
 864     logger.debug('copy_docker_images: {}'.format(pipeline['uuid']))
 865     for c_name, c_info in pipeline['components'].iteritems():
 866         if ('runtime_constraints' in c_info and
 867             'docker_image' in c_info['runtime_constraints']):
 868             copy_docker_image(
 869                 c_info['runtime_constraints']['docker_image'],
 870                 c_info['runtime_constraints'].get('docker_image_tag', 'latest'),
 871                 src, dst, args)
 872
 873
 874 def copy_docker_image(docker_image, docker_image_tag, src, dst, args):
 875     """Copy the docker image identified by docker_image and
 876     docker_image_tag from src to dst. Create appropriate
 877     docker_image_repo+tag and docker_image_hash links at dst.
 878
 879     """
 880
 881     logger.debug('copying docker image {}:{}'.format(docker_image, docker_image_tag))
 882
 883     # Find the link identifying this docker image.
 884     docker_image_list = arvados.commands.keepdocker.list_images_in_arv(
 885         src, args.retries, docker_image, docker_image_tag)
 886     if docker_image_list:
 887         image_uuid, image_info = docker_image_list[0]
 888         logger.debug('copying collection {} {}'.format(image_uuid, image_info))
 889
 890         # Copy the collection it refers to.
 891         dst_image_col = copy_collection(image_uuid, src, dst, args)
 892     elif arvados.util.keep_locator_pattern.match(docker_image):
 893         dst_image_col = copy_collection(docker_image, src, dst, args)
 894     else:
 895         logger.warning('Could not find docker image {}:{}'.format(docker_image, docker_image_tag))
 896
 897 # git_rev_parse(rev, repo)
 898 #
 899 #    Returns the 40-character commit hash corresponding to 'rev' in
 900 #    git repository 'repo' (which must be the path of a local git
 901 #    repository)
 902 #
 903 def git_rev_parse(rev, repo):
 904     gitout, giterr = arvados.util.run_command(
 905         ['git', 'rev-parse', rev], cwd=repo)
 906     return gitout.strip()
 907
 908 # uuid_type(api, object_uuid)
 909 #
 910 #    Returns the name of the class that object_uuid belongs to, based on
 911 #    the second field of the uuid.  This function consults the api's
 912 #    schema to identify the object class.
 913 #
 914 #    It returns a string such as 'Collection', 'PipelineInstance', etc.
 915 #
 916 #    Special case: if handed a Keep locator hash, return 'Collection'.
 917 #
 918 def uuid_type(api, object_uuid):
 919     if re.match(r'^[a-f0-9]{32}\+[0-9]+(\+[A-Za-z0-9+-]+)?$', object_uuid):
 920         return 'Collection'
 921     p = object_uuid.split('-')
 922     if len(p) == 3:
 923         type_prefix = p[1]
 924         for k in api._schema.schemas:
 925             obj_class = api._schema.schemas[k].get('uuidPrefix', None)
 926             if type_prefix == obj_class:
 927                 return k
 928     return None
 929
 930 def abort(msg, code=1):
 931     logger.info("arv-copy: %s", msg)
 932     exit(code)
 933
 934
 935 # Code for reporting on the progress of a collection upload.
 936 # Stolen from arvados.commands.put.ArvPutCollectionWriter
 937 # TODO(twp): figure out how to refactor into a shared library
 938 # (may involve refactoring some arvados.commands.arv_copy.copy_collection
 939 # code)
 940
 941 def machine_progress(obj_uuid, bytes_written, bytes_expected):
 942     return "{} {}: {} {} written {} total\n".format(
 943         sys.argv[0],
 944         os.getpid(),
 945         obj_uuid,
 946         bytes_written,
 947         -1 if (bytes_expected is None) else bytes_expected)
 948
 949 def human_progress(obj_uuid, bytes_written, bytes_expected):
 950     if bytes_expected:
 951         return "\r{}: {}M / {}M {:.1%} ".format(
 952             obj_uuid,
 953             bytes_written >> 20, bytes_expected >> 20,
 954             float(bytes_written) / bytes_expected)
 955     else:
 956         return "\r{}: {} ".format(obj_uuid, bytes_written)
 957
 958 class ProgressWriter(object):
 959     _progress_func = None
 960     outfile = sys.stderr
 961
 962     def __init__(self, progress_func):
 963         self._progress_func = progress_func
 964
 965     def report(self, obj_uuid, bytes_written, bytes_expected):
 966         if self._progress_func is not None:
 967             self.outfile.write(
 968                 self._progress_func(obj_uuid, bytes_written, bytes_expected))
 969
 970     def finish(self):
 971         self.outfile.write("\n")
 972
 973 if __name__ == '__main__':
 974     main()