doc/_includes/_0_filter_py.liquid

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 # Import the Arvados sdk module
   4 import arvados
   5
   6 # Get information about the task from the environment
   7 this_task = arvados.current_task()
   8
   9 this_task_input = arvados.current_job()['script_parameters']['input']
  10
  11 # Create the object access to the collection referred to in the input
  12 collection = arvados.CollectionReader(this_task_input)
  13
  14 # Create an object to write a new collection as output
  15 out = arvados.CollectionWriter()
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  17 # Set the name of output file within the collection
  18 out.set_current_file_name("0-filter.txt")
  19
  20 # Get an iterator over the files listed in the collection
  21 all_files = collection.all_files()
  22
  23 # Iterate over each file
  24 for input_file in all_files:
  25     for ln in input_file.readlines():
  26         if ln[0] == '0':
  27             out.write(ln)
  28
  29 # Commit the output to keep.  This returns a Keep id.
  30 output_id = out.finish()
  31
  32 # Set the output for this task to the Keep id
  33 this_task.set_output(output_id)
  34
  35 # Done!