sdk/R/R/Arvados.R

   1 source("./R/HttpRequest.R")
   2 source("./R/HttpParser.R")
   3
   4 #' Arvados SDK Object
   5 #'
   6 #' All Arvados logic is inside this class
   7 #'
   8 #' @field token represents user authentification token.
   9 #' @field host represents server name we wish to connect to.
  10 #' @export Arvados
  11 Arvados <- setRefClass(
  12
  13     "Arvados",
  14
  15     fields = list(
  16         token = "character",
  17         host  = "character"
  18     ),
  19
  20     methods = list(
  21
  22         initialize = function(auth_token, host_name)
  23         {
  24             #Todo(Fudo): Validate token
  25             token <<- auth_token
  26             host  <<- host_name
  27         }
  28     )
  29 )
  30
  31 #' collection_get
  32 #'
  33 #' Get Arvados collection
  34 #'
  35 #' @name collection_get
  36 #' @field uuid UUID of the given collection
  37 Arvados$methods(
  38
  39     collection_get = function(uuid)
  40     {
  41         collection_relative_url <- paste0("collections/", uuid)
  42         http_request <- HttpRequest("GET", token, host, collection_relative_url)
  43         server_response <- http_request$execute()
  44
  45         httpParser <- HttpParser()
  46         collection <- httpParser$parseCollectionGet(server_response)
  47         class(collection) <- "ArvadosCollection"
  48
  49         return(collection)
  50     }
  51 )
  52
  53 #' collection_list
  54 #'
  55 #' List Arvados collections based on filter matching
  56 #'
  57 #' @name collection_list
  58 #' @field uuid UUID of the given collection
  59 Arvados$methods(
  60
  61     collection_list = function(filters = NULL, limit = NULL, offset = NULL)
  62     {
  63         #Todo(Fudo): Implement limit and offset
  64         collection_relative_url <- "collections"
  65         http_request <- HttpRequest("GET", token, host, collection_relative_url, filters)
  66         server_response <- http_request$execute()
  67
  68         httpParser <- HttpParser()
  69         collection <- httpParser$parseCollectionGet(server_response)
  70         class(collection) <- "ArvadosCollectionList"
  71
  72         return(collection)
  73     }
  74 )