build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  25                from a previous invocation if you use this option.
  26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  31                subsequent invocations.
  32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  34 --only-install Run specific install step
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests. (required)
  39 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  40                Restrict apiserver tests to the given file
  41 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  42                Restrict Python SDK tests to the given class
  43 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  44                Restrict Workbench tests to the given file
  45 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  46                Show all log messages, even when tests pass (also works
  47                with services/keepstore_test etc.)
  48 ARVADOS_DEBUG=1
  49                Print more debug messages
  50 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  51                *_test, and other examples shown above.
  52
  53 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  54 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  55 test suites depend on other components being installed, and installing
  56 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  57
  58 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  59 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  60
  61 More information and background:
  62
  63 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  64
  65 Available tests:
  66
  67 apps/workbench (*)
  68 apps/workbench_units (*)
  69 apps/workbench_functionals (*)
  70 apps/workbench_integration (*)
  71 apps/workbench_benchmark
  72 apps/workbench_profile
  73 cmd/arvados-client
  74 cmd/arvados-server
  75 doc
  76 lib/cli
  77 lib/cmd
  78 lib/controller
  79 lib/controller/federation
  80 lib/controller/railsproxy
  81 lib/controller/router
  82 lib/controller/rpc
  83 lib/crunchstat
  84 lib/cloud
  85 lib/cloud/azure
  86 lib/cloud/cloudtest
  87 lib/dispatchcloud
  88 lib/dispatchcloud/container
  89 lib/dispatchcloud/scheduler
  90 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  91 lib/dispatchcloud/worker
  92 lib/service
  93 services/api
  94 services/arv-git-httpd
  95 services/crunchstat
  96 services/dockercleaner
  97 services/fuse
  98 services/fuse:py3
  99 services/health
 100 services/keep-web
 101 services/keepproxy
 102 services/keepstore
 103 services/keep-balance
 104 services/login-sync
 105 services/nodemanager
 106 services/nodemanager_integration
 107 services/crunch-run
 108 services/crunch-dispatch-local
 109 services/crunch-dispatch-slurm
 110 services/ws
 111 sdk/cli
 112 sdk/pam
 113 sdk/pam:py3
 114 sdk/python
 115 sdk/python:py3
 116 sdk/ruby
 117 sdk/go/arvados
 118 sdk/go/arvadosclient
 119 sdk/go/auth
 120 sdk/go/dispatch
 121 sdk/go/keepclient
 122 sdk/go/health
 123 sdk/go/httpserver
 124 sdk/go/manifest
 125 sdk/go/blockdigest
 126 sdk/go/asyncbuf
 127 sdk/go/stats
 128 sdk/go/crunchrunner
 129 sdk/cwl
 130 sdk/R
 131 sdk/java-v2
 132 tools/sync-groups
 133 tools/crunchstat-summary
 134 tools/crunchstat-summary:py3
 135 tools/keep-exercise
 136 tools/keep-rsync
 137 tools/keep-block-check
 138
 139 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 140     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 141
 142 EOF
 143
 144 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 145 # environment that could interfere with the tests.
 146 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 147
 148 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 149 # accident.
 150 GITDIR=
 151 GOPATH=
 152 VENVDIR=
 153 VENV3DIR=
 154 PYTHONPATH=
 155 GEMHOME=
 156 PERLINSTALLBASE=
 157 R_LIBS=
 158 export LANG=en_US.UTF-8
 159
 160 short=
 161 only_install=
 162 temp=
 163 temp_preserve=
 164
 165 clear_temp() {
 166     if [[ -z "$temp" ]]; then
 167         # we didn't even get as far as making a temp dir
 168         :
 169     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 170         rm -rf "$temp"
 171     else
 172         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 173     fi
 174 }
 175
 176 fatal() {
 177     clear_temp
 178     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 179     exit 1
 180 }
 181
 182 exit_cleanly() {
 183     trap - INT
 184     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
 185         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 186     fi
 187     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 188     stop_services
 189     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 190     report_outcomes
 191     clear_temp
 192     exit ${#failures}
 193 }
 194
 195 sanity_checks() {
 196     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 197     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 198         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 199     [[ -n "$CONFIGSRC" ]] \
 200         || fatal "CONFIGSRC environment not set (see: $0 --help)"
 201     [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
 202         || fatal "'$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
 203     echo Checking dependencies:
 204     echo "locale: ${LANG}"
 205     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 206         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 207     echo -n 'virtualenv: '
 208     virtualenv --version \
 209         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 210     echo -n 'ruby: '
 211     ruby -v \
 212         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 213     echo -n 'go: '
 214     go version \
 215         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 216     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
 217         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
 218     echo -n 'gcc: '
 219     gcc --version | egrep ^gcc \
 220         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 221     echo -n 'fuse.h: '
 222     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 223         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 224     echo -n 'gnutls.h: '
 225     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 227     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 228     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 230     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 231     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 232         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 233     which netstat \
 234         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
 235     echo -n 'nginx: '
 236     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 237         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 238     echo -n 'perl: '
 239     perl -v | grep version \
 240         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 241     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 242         echo -n "perl $mod: "
 243         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 244             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 245     done
 246     echo -n 'gitolite: '
 247     which gitolite \
 248         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 249     echo -n 'npm: '
 250     npm --version \
 251         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 252     echo -n 'cadaver: '
 253     cadaver --version | grep -w cadaver \
 254           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 255     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 256     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 257         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 258     echo -n 'libcurl curl.h: '
 259     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 260         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 261     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 262     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 263         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 264     echo -n 'postgresql: '
 265     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 266     echo -n 'phantomjs: '
 267     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 268     echo -n 'xvfb: '
 269     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 270     echo -n 'graphviz: '
 271     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 272     echo -n 'geckodriver: '
 273     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 274
 275     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 276       # R SDK stuff
 277       echo -n 'R: '
 278       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 279       echo -n 'testthat: '
 280       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 281       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 282       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 283       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 284       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 285     fi
 286 }
 287
 288 rotate_logfile() {
 289   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 290   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 291   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 292     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 293     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 294     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 295   fi
 296 }
 297
 298 declare -a failures
 299 declare -A skip
 300 declare -A only
 301 declare -A testargs
 302 skip[apps/workbench_profile]=1
 303 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 304 skip[services/nodemanager_integration]=1
 305
 306 while [[ -n "$1" ]]
 307 do
 308     arg="$1"; shift
 309     case "$arg" in
 310         --help)
 311             echo >&2 "$helpmessage"
 312             echo >&2
 313             exit 1
 314             ;;
 315         --skip)
 316             skip[$1]=1; shift
 317             ;;
 318         --only)
 319             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 320             ;;
 321         --short)
 322             short=1
 323             ;;
 324         --interactive)
 325             interactive=1
 326             ;;
 327         --skip-install)
 328             skip[install]=1
 329             ;;
 330         --only-install)
 331             only_install="$1"; shift
 332             ;;
 333         --temp)
 334             temp="$1"; shift
 335             temp_preserve=1
 336             ;;
 337         --leave-temp)
 338             temp_preserve=1
 339             ;;
 340         --repeat)
 341             repeat=$((${1}+0)); shift
 342             ;;
 343         --retry)
 344             retry=1
 345             ;;
 346         *_test=*)
 347             suite="${arg%%_test=*}"
 348             args="${arg#*=}"
 349             testargs["$suite"]="$args"
 350             ;;
 351         *=*)
 352             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 353             ;;
 354         *)
 355             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 356             exit 1
 357             ;;
 358     esac
 359 done
 360
 361 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 362 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 363 NEED_SDK_R=true
 364
 365 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 366    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 367   NEED_SDK_R=false
 368 fi
 369
 370 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 371   NEED_SDK_R=false
 372 fi
 373
 374 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 375         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 376 fi
 377
 378 checkpidfile() {
 379     svc="$1"
 380     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 381     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 382         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 383         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 384         return 1
 385     fi
 386     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 387 }
 388
 389 checkhealth() {
 390     svc="$1"
 391     base=$(python -c "import yaml; print list(yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0]")
 392     url="$base/_health/ping"
 393     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 394         echo "${url} failed"
 395         return 1
 396     fi
 397 }
 398
 399 checkdiscoverydoc() {
 400     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 401     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 402         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 403         tail -v $WORKSPACE/services/api/log/test.log
 404         return 1
 405     fi
 406     echo "${dd} ok"
 407 }
 408
 409 start_services() {
 410     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 411         return 0
 412     fi
 413     . "$VENVDIR/bin/activate"
 414     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, arv-git-httpd, ws, and nginx ssl proxy...'
 415     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 416         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 417     fi
 418     # Remove empty api.pid file if it exists
 419     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 420         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 421     fi
 422     all_services_stopped=
 423     fail=1
 424
 425     # Create config if it hasn't been created already.  Normally
 426     # this happens in install_env because there are downstream
 427     # steps like workbench install which require a valid
 428     # config.yml, but when invoked with --skip-install that doesn't
 429     # happen, so make sure to run it here.
 430     eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 431
 432     cd "$WORKSPACE" \
 433         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 434         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 435         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 436         && checkpidfile api \
 437         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 438         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 439         && checkpidfile nginx \
 440         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 441         && checkpidfile controller \
 442         && checkhealth Controller \
 443         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 444         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 445         && checkpidfile keepproxy \
 446         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 447         && checkpidfile keep-web \
 448         && checkhealth WebDAV \
 449         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 450         && checkpidfile arv-git-httpd \
 451         && checkhealth GitHTTP \
 452         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 453         && checkpidfile ws \
 454         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 455         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 456         && fail=0
 457     deactivate
 458     if [[ $fail != 0 ]]; then
 459         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 460     fi
 461     return $fail
 462 }
 463
 464 stop_services() {
 465     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 466         return
 467     fi
 468     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 469     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
 470     cd "$WORKSPACE" \
 471         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 472         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 473         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 474         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 475         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 476         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 477         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 478         && all_services_stopped=1
 479     deactivate
 480 }
 481
 482 interrupt() {
 483     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 484     exit_cleanly
 485 }
 486 trap interrupt INT
 487
 488 setup_ruby_environment() {
 489     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 490         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 491         using_rvm=true
 492     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 493         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 494         using_rvm=true
 495     else
 496         using_rvm=false
 497     fi
 498
 499     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 500         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 501         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 502         # the environment to the "current gemset", which would lose
 503         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 504         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 505         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 506         # rvm gemset and use it for everything.
 507
 508         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 509             || fatal 'rvm check'
 510
 511         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 512         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 513         # complaint about not being in first place already.
 514         rvm use @default 2>/dev/null
 515
 516         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 517         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 518         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 519         # ruby to the caller.
 520         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 521         rvm use "@${gemset}" --create \
 522             || fatal 'rvm gemset setup'
 523
 524         rvm env
 525     else
 526         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 527         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 528         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 529         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 530         # should be installed, and we should leave it alone.)
 531
 532         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 533             user_gempath="$(gem env gempath)"
 534             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 535         fi
 536         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 537
 538         # When we build and install our own gems, we install them in our
 539         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 540         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 541         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 542
 543         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 544         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 545         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 546
 547         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 548         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 549         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 550     fi
 551     bundle config || gem install bundler \
 552         || fatal 'install bundler'
 553 }
 554
 555 with_test_gemset() {
 556     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 557         "$@"
 558     else
 559         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 560     fi
 561 }
 562
 563 gem_uninstall_if_exists() {
 564     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 565         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 566     fi
 567 }
 568
 569 setup_virtualenv() {
 570     local venvdest="$1"; shift
 571     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 572         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 573     elif [[ -n "$short" ]]; then
 574         return
 575     fi
 576     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 577         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 578         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 579     else
 580         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 581     fi
 582 }
 583
 584 initialize() {
 585     sanity_checks
 586
 587     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 588
 589     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 590     cd "$WORKSPACE"
 591     find -name '*.pyc' -delete
 592
 593     if [[ -z "$temp" ]]; then
 594         temp="$(mktemp -d)"
 595     fi
 596
 597     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 598     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 599     do
 600         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 601             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 602         fi
 603         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 604             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 605         fi
 606     done
 607
 608     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 609
 610     export PERLINSTALLBASE
 611     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 612
 613     export R_LIBS
 614
 615     export GOPATH
 616     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 617     # else that might be in the environment.
 618     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 619
 620     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 621     # that happens even if we don't end up running services that set up
 622     # logging.
 623     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 624     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 625
 626     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 627
 628     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 629     # whine a lot.
 630     setup_ruby_environment
 631
 632     echo "PATH is $PATH"
 633 }
 634
 635 install_env() {
 636     (
 637         set -e
 638         mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 639         if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 640             for d in \
 641                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 642                     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 643                     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 644                 [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 645             done
 646         fi
 647         for d in \
 648             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 649                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 650             [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 651         done
 652         ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 653         go get -v github.com/kardianos/govendor
 654         cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 655         go get -v -d ...
 656         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 657         which goimports >/dev/null || go get golang.org/x/tools/cmd/goimports
 658     ) || fatal "Go setup failed"
 659
 660     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 661     . "$VENVDIR/bin/activate"
 662
 663     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 664     pip install --no-cache-dir PyYAML \
 665         || fatal "pip install PyYAML failed"
 666
 667     # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
 668     # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
 669     # workbench install which require a valid config.yml.
 670     eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 671
 672     # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 673     # install" won't pick it up by default.
 674     if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 675         pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 676             || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 677             || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 678     fi
 679
 680     # Deactivate Python 2 virtualenv
 681     deactivate
 682
 683     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 684     # Otherwise, skip dependent tests.
 685     PYTHON3=$(which python3)
 686     if [[ ${?} = 0 ]]; then
 687         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 688     else
 689         PYTHON3=
 690         cat >&2 <<EOF
 691
 692 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 693
 694 EOF
 695     fi
 696
 697     if ! which bundler >/dev/null
 698     then
 699         gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 700     fi
 701 }
 702
 703 retry() {
 704     remain="${repeat}"
 705     while :
 706     do
 707         if ${@}; then
 708             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 709                 remain=$((${remain}-1))
 710                 title "(repeating ${remain} more times)"
 711             else
 712                 break
 713             fi
 714         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 715             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 716             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 717             then
 718                 break
 719             fi
 720         else
 721             break
 722         fi
 723     done
 724 }
 725
 726 do_test() {
 727     case "${1}" in
 728         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 729             suite=apps/workbench
 730             ;;
 731         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 732             suite=services/nodemanager_suite
 733             ;;
 734         *)
 735             suite="${1}"
 736             ;;
 737     esac
 738     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 739               -n "${skip[$1]}" || \
 740               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 741         return 0
 742     fi
 743     case "${1}" in
 744         services/api)
 745             stop_services
 746             ;;
 747         gofmt | govendor | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
 748             # don't care whether services are running
 749             ;;
 750         *)
 751             if ! start_services; then
 752                 title "test $1 -- failed to start services"
 753                 return 1
 754             fi
 755             ;;
 756     esac
 757     retry do_test_once ${@}
 758 }
 759
 760 do_test_once() {
 761     unset result
 762
 763     title "test $1"
 764     timer_reset
 765
 766     result=
 767     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 768     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
 769     then
 770         result=1
 771     elif [[ "$2" == "go" ]]
 772     then
 773         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 774         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 775         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 776         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 777         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 778         # compilation errors.
 779         go get -ldflags "-X git.curoverse.com/arvados.git/lib/cmd.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 780             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 781             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 782         then
 783             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 784             # does:
 785             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 786         else
 787             # The above form gets verbose even when testargs is
 788             # empty, so use this form in such cases:
 789             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 790         fi
 791         result=${result:-$?}
 792         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 793         then
 794             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 795             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 796         fi
 797         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 798     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 799     then
 800         tries=0
 801         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 802         do
 803             tries=$((${tries}+1))
 804             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 805             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 806             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
 807                 . "${3}activate"
 808             fi
 809             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 810             result=$?
 811             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 812             then
 813                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 814                 continue
 815             else
 816                 break
 817             fi
 818         done
 819     elif [[ "$2" != "" ]]
 820     then
 821         "test_$2"
 822     else
 823         "test_$1"
 824     fi
 825     result=${result:-$?}
 826     checkexit $result "$1 tests"
 827     title "test $1 -- `timer`"
 828     return $result
 829 }
 830
 831 do_install() {
 832     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 833         return 0
 834     fi
 835     retry do_install_once ${@}
 836 }
 837
 838 do_install_once() {
 839     title "install $1"
 840     timer_reset
 841
 842     result=
 843     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 844     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
 845         result=1
 846     elif [[ "$2" == "go" ]]
 847     then
 848         go get -ldflags "-X git.curoverse.com/arvados.git/lib/cmd.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 849     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 850     then
 851         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 852         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 853
 854         # Need to change to a different directory after creating
 855         # the source dist package to avoid a pip bug.
 856         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 857
 858         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 859         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 860         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 861         # install" ensures that we've actually installed the local package
 862         # we just built.
 863         cd "$WORKSPACE/$1" \
 864             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 865             && cd "$WORKSPACE" \
 866             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 867             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 868     elif [[ "$2" != "" ]]
 869     then
 870         "install_$2"
 871     else
 872         "install_$1"
 873     fi
 874     result=${result:-$?}
 875     checkexit $result "$1 install"
 876     title "install $1 -- `timer`"
 877     return $result
 878 }
 879
 880 bundle_install_trylocal() {
 881     (
 882         set -e
 883         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 884         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 885             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 886             bundle install --no-deployment
 887         fi
 888         bundle package --all
 889     )
 890 }
 891
 892 install_doc() {
 893     cd "$WORKSPACE/doc" \
 894         && bundle_install_trylocal \
 895         && rm -rf .site
 896 }
 897
 898 install_gem() {
 899     gemname=$1
 900     srcpath=$2
 901     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 902         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 903         && bundle_install_trylocal \
 904         && gem build "$gemname.gemspec" \
 905         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 906 }
 907
 908 install_sdk/ruby() {
 909     install_gem arvados sdk/ruby
 910 }
 911
 912 install_sdk/R() {
 913   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 914     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 915        && Rscript --vanilla install_deps.R
 916   fi
 917 }
 918
 919 install_sdk/perl() {
 920     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 921         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 922         && make install INSTALLDIRS=perl
 923 }
 924
 925 install_sdk/cli() {
 926     install_gem arvados-cli sdk/cli
 927 }
 928
 929 install_services/login-sync() {
 930     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 931 }
 932
 933 install_services/api() {
 934     stop_services
 935     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 936         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 937
 938     rm -f config/environments/test.rb
 939     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 940
 941     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 942     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 943     # is a postgresql superuser.
 944     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 945         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname']") \
 946         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 947
 948     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 949
 950     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 951     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 952         (
 953             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 954             set -ex
 955             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 956             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 957         ) || return 1
 958     fi
 959
 960     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 961         && rm -rf tmp/git \
 962         && mkdir -p tmp/git \
 963         && cd tmp/git \
 964         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 965         && mkdir -p internal.git \
 966         && git --git-dir internal.git init \
 967             || return 1
 968
 969     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 970         && RAILS_ENV=test bundle exec rails db:environment:set \
 971         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 972         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 973         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 974 }
 975
 976 declare -a pythonstuff
 977 pythonstuff=(
 978     sdk/pam
 979     sdk/python
 980     sdk/python:py3
 981     sdk/cwl
 982     sdk/cwl:py3
 983     services/dockercleaner:py3
 984     services/fuse
 985     services/fuse:py3
 986     services/nodemanager
 987     tools/crunchstat-summary
 988     tools/crunchstat-summary:py3
 989 )
 990
 991 declare -a gostuff
 992 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git grep -lw func | grep \\.go | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
 993
 994 install_apps/workbench() {
 995     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 996         && mkdir -p tmp/cache \
 997         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 998         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 999 }
1000
1001 test_doc() {
1002     (
1003         set -e
1004         cd "$WORKSPACE/doc"
1005         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
1006         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1007         # do much good!
1008         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1009     )
1010 }
1011
1012 test_gofmt() {
1013     cd "$WORKSPACE" || return 1
1014     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1015     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1016 }
1017
1018 test_govendor() {
1019     (
1020         set -e
1021         cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
1022         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
1023         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
1024         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
1025         rm -rf vendor/*/
1026         go get -v -d ...
1027         "$GOPATH/bin/govendor" sync
1028         if [[ -n $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]]; then
1029             echo >&2 "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
1030
1031 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
1032
1033 "
1034             return 1
1035         fi
1036     )
1037 }
1038
1039 test_services/api() {
1040     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1041     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1042         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS='-v -d' ${testargs[services/api]}
1043 }
1044
1045 test_sdk/ruby() {
1046     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1047         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1048 }
1049
1050 test_sdk/R() {
1051   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1052     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1053         && Rscript --vanilla run_test.R
1054   fi
1055 }
1056
1057 test_sdk/cli() {
1058     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1059         && mkdir -p /tmp/keep \
1060         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1061 }
1062
1063 test_sdk/java-v2() {
1064     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test
1065 }
1066
1067 test_services/login-sync() {
1068     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1069         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1070 }
1071
1072 test_services/nodemanager_integration() {
1073     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1074         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1075 }
1076
1077 test_apps/workbench_units() {
1078     local TASK="test:units"
1079     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_units]}" ]]; then
1080         TASK="test"
1081     fi
1082     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1083         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} TESTOPTS='-v -d' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_units]}
1084 }
1085
1086 test_apps/workbench_functionals() {
1087     local TASK="test:functionals"
1088     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_functionals]}" ]]; then
1089         TASK="test"
1090     fi
1091     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1092         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} TESTOPTS='-v -d' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_functionals]}
1093 }
1094
1095 test_apps/workbench_integration() {
1096     local TASK="test:integration"
1097     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_integration]}" ]]; then
1098         TASK="test"
1099     fi
1100     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1101         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} TESTOPTS='-v -d' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_integration]}
1102 }
1103
1104 test_apps/workbench_benchmark() {
1105     local TASK="test:benchmark"
1106     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_benchmark]}" ]]; then
1107         TASK="test"
1108     fi
1109     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1110         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1111 }
1112
1113 test_apps/workbench_profile() {
1114     local TASK="test:profile"
1115     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_profile]}" ]]; then
1116         TASK="test"
1117     fi
1118     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1119         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_profile]}
1120 }
1121
1122 install_deps() {
1123     # Install parts needed by test suites
1124     do_install env
1125     do_install cmd/arvados-server go
1126     do_install sdk/cli
1127     do_install sdk/perl
1128     do_install sdk/python pip
1129     do_install sdk/ruby
1130     do_install services/api
1131     do_install services/arv-git-httpd go
1132     do_install services/keepproxy go
1133     do_install services/keepstore go
1134     do_install services/keep-web go
1135     do_install services/ws go
1136 }
1137
1138 install_all() {
1139     do_install env
1140     do_install doc
1141     do_install sdk/ruby
1142     do_install sdk/R
1143     do_install sdk/perl
1144     do_install sdk/cli
1145     do_install services/login-sync
1146     for p in "${pythonstuff[@]}"
1147     do
1148         dir=${p%:py3}
1149         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1150             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1151                 do_install ${dir} pip
1152             fi
1153         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1154             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1155                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1156             fi
1157         fi
1158     done
1159     for g in "${gostuff[@]}"
1160     do
1161         do_install "$g" go
1162     done
1163     do_install services/api
1164     do_install apps/workbench
1165 }
1166
1167 test_all() {
1168     stop_services
1169     do_test services/api
1170
1171     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1172     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1173     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1174         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1175         exit_cleanly
1176     fi
1177
1178     do_test gofmt
1179     do_test govendor
1180     do_test doc
1181     do_test sdk/ruby
1182     do_test sdk/R
1183     do_test sdk/cli
1184     do_test services/login-sync
1185     do_test sdk/java-v2
1186     do_test services/nodemanager_integration
1187     for p in "${pythonstuff[@]}"
1188     do
1189         dir=${p%:py3}
1190         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1191             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1192                 do_test ${dir} pip
1193             fi
1194         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1195             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1196                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1197             fi
1198         fi
1199     done
1200
1201     for g in "${gostuff[@]}"
1202     do
1203         do_test "$g" go
1204     done
1205     do_test apps/workbench_units
1206     do_test apps/workbench_functionals
1207     do_test apps/workbench_integration
1208     do_test apps/workbench_benchmark
1209     do_test apps/workbench_profile
1210 }
1211
1212 help_interactive() {
1213     echo "== Interactive commands:"
1214     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1215     echo "test TARGET"
1216     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1217     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1218     echo "install TARGET"
1219     echo "install env            (go/python libs)"
1220     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1221     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1222     echo "exit"
1223     echo "== Test targets:"
1224     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1225 }
1226
1227 initialize
1228
1229 declare -A testfuncargs=()
1230 for g in "${gostuff[@]}"; do
1231     testfuncargs[$g]="$g go"
1232 done
1233 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1234     dir=${p%:py3}
1235     testfuncargs[$dir]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1236     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1237 done
1238
1239 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1240 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1241 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1242 testfuncargs["apps/workbench_units"]="apps/workbench_units"
1243 testfuncargs["apps/workbench_functionals"]="apps/workbench_functionals"
1244 testfuncargs["apps/workbench_integration"]="apps/workbench_integration"
1245 testfuncargs["apps/workbench_benchmark"]="apps/workbench_benchmark"
1246 testfuncargs["apps/workbench_profile"]="apps/workbench_profile"
1247
1248 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1249     install_all
1250     test_all
1251 else
1252     skip=()
1253     only=()
1254     only_install=()
1255     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1256     setnextcmd() {
1257         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1258             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1259             # and pre-populating the command will only cause trouble
1260             nextcmd=
1261         elif [[ ! -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1262             nextcmd="install deps"
1263         else
1264             nextcmd=""
1265         fi
1266     }
1267     echo
1268     help_interactive
1269     nextcmd="install deps"
1270     setnextcmd
1271     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1272     history -r
1273     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1274         history -s "$nextcmd"
1275         history -w
1276         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1277         target="${target%/}"
1278         target="${target/\/:/:}"
1279         case "${verb}" in
1280             "exit" | "quit")
1281                 exit_cleanly
1282                 ;;
1283             "reset")
1284                 stop_services
1285                 ;;
1286             "test" | "install")
1287                 case "$target" in
1288                     "")
1289                         help_interactive
1290                         ;;
1291                     all | deps)
1292                         ${verb}_${target}
1293                         ;;
1294                     *)
1295                         testargs["$target"]="${opts}"
1296                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1297                         tt="${tt:-$target}"
1298                         do_$verb $tt
1299                         ;;
1300                 esac
1301                 ;;
1302             "" | "help" | *)
1303                 help_interactive
1304                 ;;
1305         esac
1306         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1307             report_outcomes
1308             successes=()
1309             failures=()
1310         fi
1311         cd "$WORKSPACE"
1312         setnextcmd
1313     done
1314     echo
1315 fi
1316 exit_cleanly