build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 cmd/arvados-server
  74 doc
  75 lib/cli
  76 lib/cmd
  77 lib/controller
  78 lib/crunchstat
  79 lib/dispatchcloud
  80 services/api
  81 services/arv-git-httpd
  82 services/crunchstat
  83 services/dockercleaner
  84 services/fuse
  85 services/health
  86 services/keep-web
  87 services/keepproxy
  88 services/keepstore
  89 services/keep-balance
  90 services/login-sync
  91 services/nodemanager
  92 services/nodemanager_integration
  93 services/crunch-run
  94 services/crunch-dispatch-local
  95 services/crunch-dispatch-slurm
  96 services/ws
  97 sdk/cli
  98 sdk/pam
  99 sdk/python
 100 sdk/python:py3
 101 sdk/ruby
 102 sdk/go/arvados
 103 sdk/go/arvadosclient
 104 sdk/go/auth
 105 sdk/go/dispatch
 106 sdk/go/keepclient
 107 sdk/go/health
 108 sdk/go/httpserver
 109 sdk/go/manifest
 110 sdk/go/blockdigest
 111 sdk/go/asyncbuf
 112 sdk/go/stats
 113 sdk/go/crunchrunner
 114 sdk/cwl
 115 sdk/R
 116 tools/sync-groups
 117 tools/crunchstat-summary
 118 tools/keep-exercise
 119 tools/keep-rsync
 120 tools/keep-block-check
 121
 122 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 123     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 124
 125 EOF
 126
 127 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 128 # environment that could interfere with the tests.
 129 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 130
 131 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 132 # accident.
 133 GITDIR=
 134 GOPATH=
 135 VENVDIR=
 136 VENV3DIR=
 137 PYTHONPATH=
 138 GEMHOME=
 139 PERLINSTALLBASE=
 140 R_LIBS=
 141
 142 short=
 143 only_install=
 144 temp=
 145 temp_preserve=
 146
 147 clear_temp() {
 148     if [[ -z "$temp" ]]; then
 149         # we didn't even get as far as making a temp dir
 150         :
 151     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 152         rm -rf "$temp"
 153     else
 154         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 155     fi
 156 }
 157
 158 fatal() {
 159     clear_temp
 160     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 161     exit 1
 162 }
 163
 164 exit_cleanly() {
 165     trap - INT
 166     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 167     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 168     stop_services
 169     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 170     report_outcomes
 171     clear_temp
 172     exit ${#failures}
 173 }
 174
 175 sanity_checks() {
 176     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 177         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 178     echo Checking dependencies:
 179     echo -n 'virtualenv: '
 180     virtualenv --version \
 181         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 182     echo -n 'ruby: '
 183     ruby -v \
 184         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 185     echo -n 'go: '
 186     go version \
 187         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 188     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 189         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 190     echo -n 'gcc: '
 191     gcc --version | egrep ^gcc \
 192         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 193     echo -n 'fuse.h: '
 194     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 195         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 196     echo -n 'gnutls.h: '
 197     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 198         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 199     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 200     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 201         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 202     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 203     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 204         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 205     echo -n 'nginx: '
 206     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 207         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 208     echo -n 'perl: '
 209     perl -v | grep version \
 210         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 211     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 212         echo -n "perl $mod: "
 213         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 214             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 215     done
 216     echo -n 'gitolite: '
 217     which gitolite \
 218         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 219     echo -n 'npm: '
 220     npm --version \
 221         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 222     echo -n 'cadaver: '
 223     cadaver --version | grep -w cadaver \
 224           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 225     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 226     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 227         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 228     echo -n 'libcurl curl.h: '
 229     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 230         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 231     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 232     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 233         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 234     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 235     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 236             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 237     else
 238             echo "OK"
 239     fi
 240     echo -n 'postgresql: '
 241     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 242     echo -n 'phantomjs: '
 243     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 244     echo -n 'xvfb: '
 245     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 246     echo -n 'graphviz: '
 247     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 248
 249     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 250       # R SDK stuff
 251       echo -n 'R: '
 252       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 253       echo -n 'testthat: '
 254       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 255       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 256       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 257       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 258       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 259     fi
 260 }
 261
 262 rotate_logfile() {
 263   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 264   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 265   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 266     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 267     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 268     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 269   fi
 270 }
 271
 272 declare -a failures
 273 declare -A skip
 274 declare -A only
 275 declare -A testargs
 276 skip[apps/workbench_profile]=1
 277 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 278 skip[services/nodemanager_integration]=1
 279
 280 while [[ -n "$1" ]]
 281 do
 282     arg="$1"; shift
 283     case "$arg" in
 284         --help)
 285             echo >&2 "$helpmessage"
 286             echo >&2
 287             exit 1
 288             ;;
 289         --skip)
 290             skip[$1]=1; shift
 291             ;;
 292         --only)
 293             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 294             ;;
 295         --short)
 296             short=1
 297             ;;
 298         --skip-install)
 299             only_install=nothing
 300             ;;
 301         --only-install)
 302             only_install="$1"; shift
 303             ;;
 304         --temp)
 305             temp="$1"; shift
 306             temp_preserve=1
 307             ;;
 308         --leave-temp)
 309             temp_preserve=1
 310             ;;
 311         --repeat)
 312             repeat=$((${1}+0)); shift
 313             ;;
 314         --retry)
 315             retry=1
 316             ;;
 317         *_test=*)
 318             suite="${arg%%_test=*}"
 319             args="${arg#*=}"
 320             testargs["$suite"]="$args"
 321             ;;
 322         *=*)
 323             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 324             ;;
 325         *)
 326             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 327             exit 1
 328             ;;
 329     esac
 330 done
 331
 332 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 333 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 334 NEED_SDK_R=true
 335
 336 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 337    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 338   NEED_SDK_R=false
 339 fi
 340
 341 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 342   NEED_SDK_R=false
 343 fi
 344
 345 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 346         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 347 fi
 348
 349 start_services() {
 350     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 351     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 352         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 353     fi
 354     # Remove empty api.pid file if it exists
 355     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 356         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 357     fi
 358     cd "$WORKSPACE" \
 359         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
 360         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 361         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 362         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 363         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 364         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 365         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 366         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 367         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
 368         && (env | egrep ^ARVADOS)
 369     if [[ -n "$fail" ]]; then
 370        return 1
 371     fi
 372 }
 373
 374 stop_services() {
 375     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 376         return
 377     fi
 378     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 379     cd "$WORKSPACE" \
 380         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 381         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 382         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 383         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 384         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 385         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 386         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 387 }
 388
 389 interrupt() {
 390     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 391     exit_cleanly
 392 }
 393 trap interrupt INT
 394
 395 sanity_checks
 396
 397 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 398
 399 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 400     # Jenkins expects us to use this by default.
 401     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 402 fi
 403
 404 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 405 cd "$WORKSPACE"
 406 find -name '*.pyc' -delete
 407
 408 if [[ -z "$temp" ]]; then
 409     temp="$(mktemp -d)"
 410 fi
 411
 412 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 413 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 414 do
 415     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 416         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 417     fi
 418     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 419         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 420     fi
 421 done
 422
 423 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 424
 425 setup_ruby_environment() {
 426     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 427         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 428         using_rvm=true
 429     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 430         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 431         using_rvm=true
 432     else
 433         using_rvm=false
 434     fi
 435
 436     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 437         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 438         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 439         # the environment to the "current gemset", which would lose
 440         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 441         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 442         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 443         # rvm gemset and use it for everything.
 444
 445         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 446             || fatal 'rvm check'
 447
 448         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 449         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 450         # complaint about not being in first place already.
 451         rvm use @default 2>/dev/null
 452
 453         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 454         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 455         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 456         # ruby to the caller.
 457         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 458         rvm use "@${gemset}" --create \
 459             || fatal 'rvm gemset setup'
 460
 461         rvm env
 462     else
 463         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 464         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 465         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 466         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 467         # should be installed, and we should leave it alone.)
 468
 469         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 470             user_gempath="$(gem env gempath)"
 471             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 472         fi
 473         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 474
 475         # When we build and install our own gems, we install them in our
 476         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 477         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 478         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 479
 480         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 481         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 482         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 483
 484         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 485         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 486         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 487     fi
 488     bundle config || gem install bundler \
 489         || fatal 'install bundler'
 490 }
 491
 492 with_test_gemset() {
 493     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 494         "$@"
 495     else
 496         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 497     fi
 498 }
 499
 500 gem_uninstall_if_exists() {
 501     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 502         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 503     fi
 504 }
 505
 506 setup_virtualenv() {
 507     local venvdest="$1"; shift
 508     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 509         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 510     elif [[ -n "$short" ]]; then
 511         return
 512     fi
 513     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 514         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 515         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 516     else
 517         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 518     fi
 519     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 520     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 521 }
 522
 523 export PERLINSTALLBASE
 524 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 525
 526 export R_LIBS
 527
 528 export GOPATH
 529 (
 530     set -e
 531     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 532     rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "${temp}/GOPATH"
 533     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 534         for d in \
 535             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 536                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 537                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 538             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 539         done
 540     fi
 541     for d in \
 542         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 543         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 544         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 545     done
 546     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 547     go get -v github.com/kardianos/govendor
 548     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 549     if [[ -n "$short" ]]; then
 550         go get -v -d ...
 551         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 552     else
 553         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 554         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 555         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 556         rm -rf vendor/*/
 557         go get -v -d ...
 558         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 559         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 560             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 561
 562 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 563
 564 ";
 565     fi
 566 ) || fatal "Go setup failed"
 567
 568 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 569 . "$VENVDIR/bin/activate"
 570
 571 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 572 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 573     || fatal "pip install PyYAML failed"
 574
 575 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 576 # install" won't pick it up by default.
 577 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 578     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 579         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 580         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 581 fi
 582
 583 # Deactivate Python 2 virtualenv
 584 deactivate
 585
 586 declare -a pythonstuff
 587 pythonstuff=(
 588     sdk/pam
 589     sdk/python
 590     sdk/python:py3
 591     sdk/cwl
 592     services/dockercleaner:py3
 593     services/fuse
 594     services/nodemanager
 595     tools/crunchstat-summary
 596     )
 597
 598 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 599 # Otherwise, skip dependent tests.
 600 PYTHON3=$(which python3)
 601 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 602     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 603 else
 604     PYTHON3=
 605     cat >&2 <<EOF
 606
 607 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 608
 609 EOF
 610 fi
 611
 612 # Reactivate Python 2 virtualenv
 613 . "$VENVDIR/bin/activate"
 614
 615 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 616 # whine a lot.
 617 setup_ruby_environment
 618
 619 echo "PATH is $PATH"
 620
 621 if ! which bundler >/dev/null
 622 then
 623     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 624 fi
 625
 626 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 627 # that happens even if we don't end up running services that set up
 628 # logging.
 629 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 630 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 631
 632 retry() {
 633     remain="${repeat}"
 634     while :
 635     do
 636         if ${@}; then
 637             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 638                 remain=$((${remain}-1))
 639                 title "Repeating ${remain} more times"
 640             else
 641                 break
 642             fi
 643         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 644             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 645             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 646             then
 647                 break
 648             fi
 649         else
 650             break
 651         fi
 652     done
 653 }
 654
 655 do_test() {
 656     case "${1}" in
 657         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 658             suite=apps/workbench
 659             ;;
 660         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 661             suite=services/nodemanager_suite
 662             ;;
 663         *)
 664             suite="${1}"
 665             ;;
 666     esac
 667     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 668               (${#only[@]} -eq 0 || ${only[$suite]} -eq 1 || \
 669                    ${only[$1]} -eq 1) ||
 670                   ${only[$2]} -eq 1 ]]; then
 671         retry do_test_once ${@}
 672     else
 673         title "Skipping ${1} tests"
 674     fi
 675 }
 676
 677 do_test_once() {
 678     unset result
 679
 680     title "Running $1 tests"
 681     timer_reset
 682     if [[ "$2" == "go" ]]
 683     then
 684         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 685         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 686         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 687         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 688         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 689         # compilation errors.
 690         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 691             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 692             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 693             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 694         then
 695             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 696             # does:
 697             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 698         else
 699             # The above form gets verbose even when testargs is
 700             # empty, so use this form in such cases:
 701             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 702         fi
 703         result=${result:-$?}
 704         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 705         then
 706             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 707             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 708         fi
 709     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 710     then
 711         tries=0
 712         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 713         do
 714             tries=$((${tries}+1))
 715             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 716             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 717             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 718             result=$?
 719             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 720             then
 721                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 722                 continue
 723             else
 724                 break
 725             fi
 726         done
 727     elif [[ "$2" != "" ]]
 728     then
 729         "test_$2"
 730     else
 731         "test_$1"
 732     fi
 733     result=${result:-$?}
 734     checkexit $result "$1 tests"
 735     title "End of $1 tests (`timer`)"
 736     return $result
 737 }
 738
 739 do_install() {
 740   skipit=false
 741
 742   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" || "${only_install}" == "${2}" ]]; then
 743       retry do_install_once ${@}
 744   else
 745       skipit=true
 746   fi
 747
 748   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 749     title "Skipping $1 install"
 750   fi
 751 }
 752
 753 do_install_once() {
 754     title "Running $1 install"
 755     timer_reset
 756     if [[ "$2" == "go" ]]
 757     then
 758         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 759     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 760     then
 761         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 762         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 763
 764         # Need to change to a different directory after creating
 765         # the source dist package to avoid a pip bug.
 766         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 767
 768         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 769         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 770         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 771         # install" ensures that we've actually installed the local package
 772         # we just built.
 773         cd "$WORKSPACE/$1" \
 774             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 775             && cd "$WORKSPACE" \
 776             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 777             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 778     elif [[ "$2" != "" ]]
 779     then
 780         "install_$2"
 781     else
 782         "install_$1"
 783     fi
 784     result=$?
 785     checkexit $result "$1 install"
 786     title "End of $1 install (`timer`)"
 787     return $result
 788 }
 789
 790 bundle_install_trylocal() {
 791     (
 792         set -e
 793         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 794         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 795             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 796             bundle install --no-deployment
 797         fi
 798         bundle package --all
 799     )
 800 }
 801
 802 install_doc() {
 803     cd "$WORKSPACE/doc" \
 804         && bundle_install_trylocal \
 805         && rm -rf .site
 806 }
 807 do_install doc
 808
 809 install_gem() {
 810     gemname=$1
 811     srcpath=$2
 812     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 813         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 814         && bundle_install_trylocal \
 815         && gem build "$gemname.gemspec" \
 816         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 817 }
 818
 819 install_ruby_sdk() {
 820     install_gem arvados sdk/ruby
 821 }
 822 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 823
 824 install_R_sdk() {
 825   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 826     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 827        && Rscript --vanilla install_deps.R
 828   fi
 829 }
 830 do_install sdk/R R_sdk
 831
 832 install_perl_sdk() {
 833     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 834         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 835         && make install INSTALLDIRS=perl
 836 }
 837 do_install sdk/perl perl_sdk
 838
 839 install_cli() {
 840     install_gem arvados-cli sdk/cli
 841 }
 842 do_install sdk/cli cli
 843
 844 install_login-sync() {
 845     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 846 }
 847 do_install services/login-sync login-sync
 848
 849 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 850 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 851 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 852 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 853 # keepproxy).
 854 for p in "${pythonstuff[@]}"
 855 do
 856     dir=${p%:py3}
 857     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 858         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 859             do_install ${dir} pip
 860         fi
 861     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 862         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 863             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 864         fi
 865     fi
 866 done
 867
 868 install_apiserver() {
 869     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 870         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 871
 872     rm -f config/environments/test.rb
 873     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 874
 875     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 876     then
 877         for f in database.yml
 878         do
 879             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 880         done
 881     fi
 882
 883     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 884     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 885     # is a postgresql superuser.
 886     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 887         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 888         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 889
 890     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 891
 892     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 893     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 894         (
 895             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 896             set -ex
 897             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 898             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 899         ) || return 1
 900     fi
 901
 902     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 903         && rm -rf tmp/git \
 904         && mkdir -p tmp/git \
 905         && cd tmp/git \
 906         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 907         && mkdir -p internal.git \
 908         && git --git-dir internal.git init \
 909             || return 1
 910
 911     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 912         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 913         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 914         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 915 }
 916 do_install services/api apiserver
 917
 918 declare -a gostuff
 919 gostuff=(
 920     cmd/arvados-client
 921     cmd/arvados-server
 922     lib/cli
 923     lib/cmd
 924     lib/controller
 925     lib/crunchstat
 926     lib/dispatchcloud
 927     sdk/go/arvados
 928     sdk/go/arvadosclient
 929     sdk/go/auth
 930     sdk/go/blockdigest
 931     sdk/go/dispatch
 932     sdk/go/health
 933     sdk/go/httpserver
 934     sdk/go/manifest
 935     sdk/go/asyncbuf
 936     sdk/go/crunchrunner
 937     sdk/go/stats
 938     services/arv-git-httpd
 939     services/crunchstat
 940     services/health
 941     services/keep-web
 942     services/keepstore
 943     sdk/go/keepclient
 944     services/keep-balance
 945     services/keepproxy
 946     services/crunch-dispatch-local
 947     services/crunch-dispatch-slurm
 948     services/crunch-run
 949     services/ws
 950     tools/keep-block-check
 951     tools/keep-exercise
 952     tools/keep-rsync
 953     tools/sync-groups
 954 )
 955 for g in "${gostuff[@]}"
 956 do
 957     do_install "$g" go
 958 done
 959
 960 install_workbench() {
 961     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 962         && mkdir -p tmp/cache \
 963         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 964         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 965 }
 966 do_install apps/workbench workbench
 967
 968 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 969
 970 test_doclinkchecker() {
 971     (
 972         set -e
 973         cd "$WORKSPACE/doc"
 974         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 975         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 976         # do much good!
 977         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 978     )
 979 }
 980 do_test doc doclinkchecker
 981
 982 stop_services
 983
 984 test_apiserver() {
 985     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 986     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 987         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 988 }
 989 do_test services/api apiserver
 990
 991 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 992 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 993 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 994   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 995   exit_cleanly
 996 fi
 997
 998 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 999
1000 test_ruby_sdk() {
1001     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1002         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1003 }
1004 do_test sdk/ruby ruby_sdk
1005
1006 test_R_sdk() {
1007   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1008     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1009         && Rscript --vanilla run_test.R
1010   fi
1011 }
1012
1013 do_test sdk/R R_sdk
1014
1015 test_cli() {
1016     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1017         && mkdir -p /tmp/keep \
1018         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1019 }
1020 do_test sdk/cli cli
1021
1022 test_login-sync() {
1023     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1024         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1025 }
1026 do_test services/login-sync login-sync
1027
1028 test_nodemanager_integration() {
1029     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1030         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1031 }
1032 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1033
1034 for p in "${pythonstuff[@]}"
1035 do
1036     dir=${p%:py3}
1037     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1038         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1039             do_test ${dir} pip
1040         fi
1041     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1042         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1043             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1044         fi
1045     fi
1046 done
1047
1048 for g in "${gostuff[@]}"
1049 do
1050     do_test "$g" go
1051 done
1052
1053 test_workbench_units() {
1054     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1055         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1056 }
1057 do_test apps/workbench_units workbench_units
1058
1059 test_workbench_functionals() {
1060     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1061         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1062 }
1063 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1064
1065 test_workbench_integration() {
1066     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1067         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1068 }
1069 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1070
1071
1072 test_workbench_benchmark() {
1073     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1074         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1075 }
1076 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1077
1078 test_workbench_profile() {
1079     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1080         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1081 }
1082 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1083
1084 exit_cleanly