services/crunch-run/crunchrun.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "encoding/json"
   5         "errors"
   6         "flag"
   7         "fmt"
   8         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvadosclient"
   9         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/keepclient"
  10         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/manifest"
  11         "github.com/curoverse/dockerclient"
  12         "io"
  13         "io/ioutil"
  14         "log"
  15         "os"
  16         "os/exec"
  17         "os/signal"
  18         "strings"
  19         "sync"
  20         "syscall"
  21         "time"
  22 )
  23
  24 // IArvadosClient is the minimal Arvados API methods used by crunch-run.
  25 type IArvadosClient interface {
  26         Create(resourceType string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  27         Get(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  28         Update(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) (err error)
  29 }
  30
  31 // ErrCancelled is the error returned when the container is cancelled.
  32 var ErrCancelled = errors.New("Cancelled")
  33
  34 // IKeepClient is the minimal Keep API methods used by crunch-run.
  35 type IKeepClient interface {
  36         PutHB(hash string, buf []byte) (string, int, error)
  37         ManifestFileReader(m manifest.Manifest, filename string) (keepclient.ReadCloserWithLen, error)
  38 }
  39
  40 // Mount describes the mount points to create inside the container.
  41 type Mount struct {
  42         Kind             string `json:"kind"`
  43         Writable         bool   `json:"writable"`
  44         PortableDataHash string `json:"portable_data_hash"`
  45         UUID             string `json:"uuid"`
  46         DeviceType       string `json:"device_type"`
  47 }
  48
  49 // Collection record returned by the API server.
  50 type CollectionRecord struct {
  51         ManifestText     string `json:"manifest_text"`
  52         PortableDataHash string `json:"portable_data_hash"`
  53 }
  54
  55 // ContainerRecord is the container record returned by the API server.
  56 type ContainerRecord struct {
  57         UUID               string                 `json:"uuid"`
  58         Command            []string               `json:"command"`
  59         ContainerImage     string                 `json:"container_image"`
  60         Cwd                string                 `json:"cwd"`
  61         Environment        map[string]string      `json:"environment"`
  62         Mounts             map[string]Mount       `json:"mounts"`
  63         OutputPath         string                 `json:"output_path"`
  64         Priority           int                    `json:"priority"`
  65         RuntimeConstraints map[string]interface{} `json:"runtime_constraints"`
  66         State              string                 `json:"state"`
  67         Output             string                 `json:"output"`
  68 }
  69
  70 // NewLogWriter is a factory function to create a new log writer.
  71 type NewLogWriter func(name string) io.WriteCloser
  72
  73 type RunArvMount func([]string) (*exec.Cmd, error)
  74
  75 type MkTempDir func(string, string) (string, error)
  76
  77 // ThinDockerClient is the minimal Docker client interface used by crunch-run.
  78 type ThinDockerClient interface {
  79         StopContainer(id string, timeout int) error
  80         InspectImage(id string) (*dockerclient.ImageInfo, error)
  81         LoadImage(reader io.Reader) error
  82         CreateContainer(config *dockerclient.ContainerConfig, name string, authConfig *dockerclient.AuthConfig) (string, error)
  83         StartContainer(id string, config *dockerclient.HostConfig) error
  84         ContainerLogs(id string, options *dockerclient.LogOptions) (io.ReadCloser, error)
  85         Wait(id string) <-chan dockerclient.WaitResult
  86         RemoveImage(name string, force bool) ([]*dockerclient.ImageDelete, error)
  87 }
  88
  89 // ContainerRunner is the main stateful struct used for a single execution of a
  90 // container.
  91 type ContainerRunner struct {
  92         Docker    ThinDockerClient
  93         ArvClient IArvadosClient
  94         Kc        IKeepClient
  95         ContainerRecord
  96         dockerclient.ContainerConfig
  97         ContainerID string
  98         ExitCode    *int
  99         NewLogWriter
 100         loggingDone   chan bool
 101         CrunchLog     *ThrottledLogger
 102         Stdout        *ThrottledLogger
 103         Stderr        *ThrottledLogger
 104         LogCollection *CollectionWriter
 105         LogsPDH       *string
 106         RunArvMount
 107         MkTempDir
 108         ArvMount      *exec.Cmd
 109         ArvMountPoint string
 110         HostOutputDir string
 111         Binds         []string
 112         OutputPDH     *string
 113         CancelLock    sync.Mutex
 114         Cancelled     bool
 115         SigChan       chan os.Signal
 116         ArvMountExit  chan error
 117         finalState    string
 118 }
 119
 120 // SetupSignals sets up signal handling to gracefully terminate the underlying
 121 // Docker container and update state when receiving a TERM, INT or QUIT signal.
 122 func (runner *ContainerRunner) SetupSignals() error {
 123         runner.SigChan = make(chan os.Signal, 1)
 124         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGTERM)
 125         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGINT)
 126         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGQUIT)
 127
 128         go func(sig <-chan os.Signal) {
 129                 for _ = range sig {
 130                         if !runner.Cancelled {
 131                                 runner.CancelLock.Lock()
 132                                 runner.Cancelled = true
 133                                 if runner.ContainerID != "" {
 134                                         runner.Docker.StopContainer(runner.ContainerID, 10)
 135                                 }
 136                                 runner.CancelLock.Unlock()
 137                         }
 138                 }
 139         }(runner.SigChan)
 140
 141         return nil
 142 }
 143
 144 // LoadImage determines the docker image id from the container record and
 145 // checks if it is available in the local Docker image store.  If not, it loads
 146 // the image from Keep.
 147 func (runner *ContainerRunner) LoadImage() (err error) {
 148
 149         runner.CrunchLog.Printf("Fetching Docker image from collection '%s'", runner.ContainerRecord.ContainerImage)
 150
 151         var collection CollectionRecord
 152         err = runner.ArvClient.Get("collections", runner.ContainerRecord.ContainerImage, nil, &collection)
 153         if err != nil {
 154                 return fmt.Errorf("While getting container image collection: %v", err)
 155         }
 156         manifest := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
 157         var img, imageID string
 158         for ms := range manifest.StreamIter() {
 159                 img = ms.FileStreamSegments[0].Name
 160                 if !strings.HasSuffix(img, ".tar") {
 161                         return fmt.Errorf("First file in the container image collection does not end in .tar")
 162                 }
 163                 imageID = img[:len(img)-4]
 164         }
 165
 166         runner.CrunchLog.Printf("Using Docker image id '%s'", imageID)
 167
 168         _, err = runner.Docker.InspectImage(imageID)
 169         if err != nil {
 170                 runner.CrunchLog.Print("Loading Docker image from keep")
 171
 172                 var readCloser io.ReadCloser
 173                 readCloser, err = runner.Kc.ManifestFileReader(manifest, img)
 174                 if err != nil {
 175                         return fmt.Errorf("While creating ManifestFileReader for container image: %v", err)
 176                 }
 177
 178                 err = runner.Docker.LoadImage(readCloser)
 179                 if err != nil {
 180                         return fmt.Errorf("While loading container image into Docker: %v", err)
 181                 }
 182         } else {
 183                 runner.CrunchLog.Print("Docker image is available")
 184         }
 185
 186         runner.ContainerConfig.Image = imageID
 187
 188         return nil
 189 }
 190
 191 func (runner *ContainerRunner) ArvMountCmd(arvMountCmd []string) (c *exec.Cmd, err error) {
 192         c = exec.Command("arv-mount", arvMountCmd...)
 193         nt := NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("arv-mount"))
 194         c.Stdout = nt
 195         c.Stderr = nt
 196
 197         err = c.Start()
 198         if err != nil {
 199                 return nil, err
 200         }
 201
 202         statReadme := make(chan bool)
 203         runner.ArvMountExit = make(chan error)
 204
 205         keepStatting := true
 206         go func() {
 207                 for keepStatting {
 208                         time.Sleep(100 * time.Millisecond)
 209                         _, err = os.Stat(fmt.Sprintf("%s/by_id/README", runner.ArvMountPoint))
 210                         if err == nil {
 211                                 keepStatting = false
 212                                 statReadme <- true
 213                         }
 214                 }
 215                 close(statReadme)
 216         }()
 217
 218         go func() {
 219                 runner.ArvMountExit <- c.Wait()
 220                 close(runner.ArvMountExit)
 221         }()
 222
 223         select {
 224         case <-statReadme:
 225                 break
 226         case err := <-runner.ArvMountExit:
 227                 runner.ArvMount = nil
 228                 keepStatting = false
 229                 return nil, err
 230         }
 231
 232         return c, nil
 233 }
 234
 235 func (runner *ContainerRunner) SetupMounts() (err error) {
 236         runner.ArvMountPoint, err = runner.MkTempDir("", "keep")
 237         if err != nil {
 238                 return fmt.Errorf("While creating keep mount temp dir: %v", err)
 239         }
 240
 241         pdhOnly := true
 242         tmpcount := 0
 243         arvMountCmd := []string{"--foreground"}
 244         collectionPaths := []string{}
 245
 246         for bind, mnt := range runner.ContainerRecord.Mounts {
 247                 if mnt.Kind == "collection" {
 248                         var src string
 249                         if mnt.UUID != "" && mnt.PortableDataHash != "" {
 250                                 return fmt.Errorf("Cannot specify both 'uuid' and 'portable_data_hash' for a collection mount")
 251                         }
 252                         if mnt.UUID != "" {
 253                                 if mnt.Writable {
 254                                         return fmt.Errorf("Writing to existing collections currently not permitted.")
 255                                 }
 256                                 pdhOnly = false
 257                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.UUID)
 258                         } else if mnt.PortableDataHash != "" {
 259                                 if mnt.Writable {
 260                                         return fmt.Errorf("Can never write to a collection specified by portable data hash")
 261                                 }
 262                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.PortableDataHash)
 263                         } else {
 264                                 src = fmt.Sprintf("%s/tmp%i", runner.ArvMountPoint, tmpcount)
 265                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-tmp")
 266                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, fmt.Sprintf("tmp%i", tmpcount))
 267                                 tmpcount += 1
 268                         }
 269                         if mnt.Writable {
 270                                 if bind == runner.ContainerRecord.OutputPath {
 271                                         runner.HostOutputDir = src
 272                                 }
 273                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", src, bind))
 274                         } else {
 275                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", src, bind))
 276                         }
 277                         collectionPaths = append(collectionPaths, src)
 278                 } else if mnt.Kind == "tmp" {
 279                         if bind == runner.ContainerRecord.OutputPath {
 280                                 runner.HostOutputDir, err = runner.MkTempDir("", "")
 281                                 if err != nil {
 282                                         return fmt.Errorf("While creating mount temp dir: %v", err)
 283                                 }
 284
 285                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", runner.HostOutputDir, bind))
 286                         } else {
 287                                 runner.Binds = append(runner.Binds, bind)
 288                         }
 289                 } else {
 290                         return fmt.Errorf("Unknown mount kind '%s'", mnt.Kind)
 291                 }
 292         }
 293
 294         if runner.HostOutputDir == "" {
 295                 return fmt.Errorf("Output path does not correspond to a writable mount point")
 296         }
 297
 298         if pdhOnly {
 299                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-pdh", "by_id")
 300         } else {
 301                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-id", "by_id")
 302         }
 303         arvMountCmd = append(arvMountCmd, runner.ArvMountPoint)
 304
 305         runner.ArvMount, err = runner.RunArvMount(arvMountCmd)
 306         if err != nil {
 307                 return fmt.Errorf("While trying to start arv-mount: %v", err)
 308         }
 309
 310         for _, p := range collectionPaths {
 311                 _, err = os.Stat(p)
 312                 if err != nil {
 313                         return fmt.Errorf("While checking that input files exist: %v", err)
 314                 }
 315         }
 316
 317         return nil
 318 }
 319
 320 // StartContainer creates the container and runs it.
 321 func (runner *ContainerRunner) StartContainer() (err error) {
 322         runner.CrunchLog.Print("Creating Docker container")
 323
 324         runner.CancelLock.Lock()
 325         defer runner.CancelLock.Unlock()
 326
 327         if runner.Cancelled {
 328                 return ErrCancelled
 329         }
 330
 331         runner.ContainerConfig.Cmd = runner.ContainerRecord.Command
 332         if runner.ContainerRecord.Cwd != "." {
 333                 runner.ContainerConfig.WorkingDir = runner.ContainerRecord.Cwd
 334         }
 335         for k, v := range runner.ContainerRecord.Environment {
 336                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env, k+"="+v)
 337         }
 338         runner.ContainerConfig.NetworkDisabled = true
 339         runner.ContainerID, err = runner.Docker.CreateContainer(&runner.ContainerConfig, "", nil)
 340         if err != nil {
 341                 return fmt.Errorf("While creating container: %v", err)
 342         }
 343         hostConfig := &dockerclient.HostConfig{Binds: runner.Binds}
 344
 345         runner.CrunchLog.Printf("Starting Docker container id '%s'", runner.ContainerID)
 346         err = runner.Docker.StartContainer(runner.ContainerID, hostConfig)
 347         if err != nil {
 348                 return fmt.Errorf("While starting container: %v", err)
 349         }
 350
 351         return nil
 352 }
 353
 354 // AttachLogs connects the docker container stdout and stderr logs to the
 355 // Arvados logger which logs to Keep and the API server logs table.
 356 func (runner *ContainerRunner) AttachLogs() (err error) {
 357
 358         runner.CrunchLog.Print("Attaching container logs")
 359
 360         var stderrReader, stdoutReader io.Reader
 361         stderrReader, err = runner.Docker.ContainerLogs(runner.ContainerID, &dockerclient.LogOptions{Follow: true, Stderr: true})
 362         if err != nil {
 363                 return fmt.Errorf("While getting container standard error: %v", err)
 364         }
 365         stdoutReader, err = runner.Docker.ContainerLogs(runner.ContainerID, &dockerclient.LogOptions{Follow: true, Stdout: true})
 366         if err != nil {
 367                 return fmt.Errorf("While getting container standard output: %v", err)
 368         }
 369
 370         runner.loggingDone = make(chan bool)
 371
 372         runner.Stdout = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stdout"))
 373         runner.Stderr = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stderr"))
 374         go ReadWriteLines(stdoutReader, runner.Stdout, runner.loggingDone)
 375         go ReadWriteLines(stderrReader, runner.Stderr, runner.loggingDone)
 376
 377         return nil
 378 }
 379
 380 // WaitFinish waits for the container to terminate, capture the exit code, and
 381 // close the stdout/stderr logging.
 382 func (runner *ContainerRunner) WaitFinish() error {
 383         result := runner.Docker.Wait(runner.ContainerID)
 384         wr := <-result
 385         if wr.Error != nil {
 386                 return fmt.Errorf("While waiting for container to finish: %v", wr.Error)
 387         }
 388         runner.ExitCode = &wr.ExitCode
 389
 390         // drain stdout/stderr
 391         <-runner.loggingDone
 392         <-runner.loggingDone
 393
 394         runner.Stdout.Close()
 395         runner.Stderr.Close()
 396
 397         return nil
 398 }
 399
 400 // HandleOutput sets the output and unmounts the FUSE mount.
 401 func (runner *ContainerRunner) CaptureOutput() error {
 402         if runner.ArvMount != nil {
 403                 defer func() {
 404                         umount := exec.Command("fusermount", "-z", "-u", runner.ArvMountPoint)
 405                         umnterr := umount.Run()
 406                         if umnterr != nil {
 407                                 runner.CrunchLog.Print("While running fusermount: %v", umnterr)
 408                         }
 409
 410                         mnterr := <-runner.ArvMountExit
 411                         if mnterr != nil {
 412                                 runner.CrunchLog.Print("Arv-mount exit error: %v", mnterr)
 413                         }
 414                 }()
 415         }
 416
 417         if runner.finalState != "Complete" {
 418                 return nil
 419         }
 420
 421         if runner.HostOutputDir == "" {
 422                 return nil
 423         }
 424
 425         _, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 426         if err != nil {
 427                 return fmt.Errorf("While checking host output path: %v", err)
 428         }
 429
 430         var manifestText string
 431
 432         collectionMetafile := fmt.Sprintf("%s/.arvados#collection", runner.HostOutputDir)
 433         _, err = os.Stat(collectionMetafile)
 434         if err != nil {
 435                 // Regular directory
 436                 cw := CollectionWriter{runner.Kc, nil, sync.Mutex{}}
 437                 manifestText, err = cw.WriteTree(runner.HostOutputDir, runner.CrunchLog.Logger)
 438                 if err != nil {
 439                         return fmt.Errorf("While uploading output files: %v", err)
 440                 }
 441         } else {
 442                 // FUSE mount directory
 443                 file, openerr := os.Open(collectionMetafile)
 444                 if openerr != nil {
 445                         return fmt.Errorf("While opening FUSE metafile: %v", err)
 446                 }
 447                 defer file.Close()
 448
 449                 rec := CollectionRecord{}
 450                 err = json.NewDecoder(file).Decode(&rec)
 451                 if err != nil {
 452                         return fmt.Errorf("While reading FUSE metafile: %v", err)
 453                 }
 454                 manifestText = rec.ManifestText
 455         }
 456
 457         var response CollectionRecord
 458         err = runner.ArvClient.Create("collections",
 459                 arvadosclient.Dict{
 460                         "collection": arvadosclient.Dict{
 461                                 "manifest_text": manifestText}},
 462                 &response)
 463         if err != nil {
 464                 return fmt.Errorf("While creating output collection: %v", err)
 465         }
 466
 467         runner.OutputPDH = new(string)
 468         *runner.OutputPDH = response.PortableDataHash
 469
 470         return nil
 471 }
 472
 473 // CommitLogs posts the collection containing the final container logs.
 474 func (runner *ContainerRunner) CommitLogs() error {
 475         runner.CrunchLog.Print(runner.finalState)
 476         runner.CrunchLog.Close()
 477
 478         // Closing CrunchLog above allows it to be committed to Keep at this
 479         // point, but re-open crunch log with ArvClient in case there are any
 480         // other further (such as failing to write the log to Keep!) while
 481         // shutting down
 482         runner.CrunchLog = NewThrottledLogger(&ArvLogWriter{runner.ArvClient, runner.ContainerRecord.UUID,
 483                 "crunch-run", nil})
 484
 485         mt, err := runner.LogCollection.ManifestText()
 486         if err != nil {
 487                 return fmt.Errorf("While creating log manifest: %v", err)
 488         }
 489
 490         var response CollectionRecord
 491         err = runner.ArvClient.Create("collections",
 492                 arvadosclient.Dict{
 493                         "collection": arvadosclient.Dict{
 494                                 "name":          "logs for " + runner.ContainerRecord.UUID,
 495                                 "manifest_text": mt}},
 496                 &response)
 497         if err != nil {
 498                 return fmt.Errorf("While creating log collection: %v", err)
 499         }
 500
 501         runner.LogsPDH = new(string)
 502         *runner.LogsPDH = response.PortableDataHash
 503
 504         return nil
 505 }
 506
 507 // UpdateContainerRecordRunning updates the container state to "Running"
 508 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerRecordRunning() error {
 509         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.ContainerRecord.UUID,
 510                 arvadosclient.Dict{"container": arvadosclient.Dict{"state": "Running"}}, nil)
 511 }
 512
 513 // UpdateContainerRecordComplete updates the container record state on API
 514 // server to "Complete" or "Cancelled"
 515 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerRecordComplete() error {
 516         update := arvadosclient.Dict{}
 517         if runner.LogsPDH != nil {
 518                 update["log"] = *runner.LogsPDH
 519         }
 520         if runner.ExitCode != nil {
 521                 update["exit_code"] = *runner.ExitCode
 522         }
 523         if runner.OutputPDH != nil {
 524                 update["output"] = runner.OutputPDH
 525         }
 526
 527         update["state"] = runner.finalState
 528
 529         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.ContainerRecord.UUID, arvadosclient.Dict{"container": update}, nil)
 530 }
 531
 532 // NewArvLogWriter creates an ArvLogWriter
 533 func (runner *ContainerRunner) NewArvLogWriter(name string) io.WriteCloser {
 534         return &ArvLogWriter{runner.ArvClient, runner.ContainerRecord.UUID, name, runner.LogCollection.Open(name + ".txt")}
 535 }
 536
 537 // Run the full container lifecycle.
 538 func (runner *ContainerRunner) Run() (err error) {
 539         runner.CrunchLog.Printf("Executing container '%s'", runner.ContainerRecord.UUID)
 540
 541         var runerr, waiterr error
 542
 543         defer func() {
 544                 if err != nil {
 545                         runner.CrunchLog.Print(err)
 546                 }
 547
 548                 if runner.Cancelled {
 549                         runner.finalState = "Cancelled"
 550                 } else {
 551                         runner.finalState = "Complete"
 552                 }
 553
 554                 // (7) capture output
 555                 outputerr := runner.CaptureOutput()
 556                 if outputerr != nil {
 557                         runner.CrunchLog.Print(outputerr)
 558                 }
 559
 560                 // (8) write logs
 561                 logerr := runner.CommitLogs()
 562                 if logerr != nil {
 563                         runner.CrunchLog.Print(logerr)
 564                 }
 565
 566                 // (9) update container record with results
 567                 updateerr := runner.UpdateContainerRecordComplete()
 568                 if updateerr != nil {
 569                         runner.CrunchLog.Print(updateerr)
 570                 }
 571
 572                 runner.CrunchLog.Close()
 573
 574                 if err == nil {
 575                         if runerr != nil {
 576                                 err = runerr
 577                         } else if waiterr != nil {
 578                                 err = runerr
 579                         } else if logerr != nil {
 580                                 err = logerr
 581                         } else if updateerr != nil {
 582                                 err = updateerr
 583                         }
 584                 }
 585         }()
 586
 587         err = runner.ArvClient.Get("containers", runner.ContainerRecord.UUID, nil, &runner.ContainerRecord)
 588         if err != nil {
 589                 return fmt.Errorf("While getting container record: %v", err)
 590         }
 591
 592         // (1) setup signal handling
 593         err = runner.SetupSignals()
 594         if err != nil {
 595                 return fmt.Errorf("While setting up signal handling: %v", err)
 596         }
 597
 598         // (2) check for and/or load image
 599         err = runner.LoadImage()
 600         if err != nil {
 601                 return fmt.Errorf("While loading container image: %v", err)
 602         }
 603
 604         // (3) set up FUSE mount and binds
 605         err = runner.SetupMounts()
 606         if err != nil {
 607                 return fmt.Errorf("While setting up mounts: %v", err)
 608         }
 609
 610         // (3) create and start container
 611         err = runner.StartContainer()
 612         if err != nil {
 613                 if err == ErrCancelled {
 614                         err = nil
 615                 }
 616                 return
 617         }
 618
 619         // (4) update container record state
 620         err = runner.UpdateContainerRecordRunning()
 621         if err != nil {
 622                 runner.CrunchLog.Print(err)
 623         }
 624
 625         // (5) attach container logs
 626         runerr = runner.AttachLogs()
 627         if runerr != nil {
 628                 runner.CrunchLog.Print(runerr)
 629         }
 630
 631         // (6) wait for container to finish
 632         waiterr = runner.WaitFinish()
 633
 634         return
 635 }
 636
 637 // NewContainerRunner creates a new container runner.
 638 func NewContainerRunner(api IArvadosClient,
 639         kc IKeepClient,
 640         docker ThinDockerClient,
 641         containerUUID string) *ContainerRunner {
 642
 643         cr := &ContainerRunner{ArvClient: api, Kc: kc, Docker: docker}
 644         cr.NewLogWriter = cr.NewArvLogWriter
 645         cr.RunArvMount = cr.ArvMountCmd
 646         cr.MkTempDir = ioutil.TempDir
 647         cr.LogCollection = &CollectionWriter{kc, nil, sync.Mutex{}}
 648         cr.ContainerRecord.UUID = containerUUID
 649         cr.CrunchLog = NewThrottledLogger(cr.NewLogWriter("crunch-run"))
 650         return cr
 651 }
 652
 653 func main() {
 654         flag.Parse()
 655
 656         api, err := arvadosclient.MakeArvadosClient()
 657         if err != nil {
 658                 log.Fatal(err)
 659         }
 660         api.Retries = 8
 661
 662         var kc *keepclient.KeepClient
 663         kc, err = keepclient.MakeKeepClient(&api)
 664         if err != nil {
 665                 log.Fatal(err)
 666         }
 667         kc.Retries = 4
 668
 669         var docker *dockerclient.DockerClient
 670         docker, err = dockerclient.NewDockerClient("unix:///var/run/docker.sock", nil)
 671         if err != nil {
 672                 log.Fatal(err)
 673         }
 674
 675         cr := NewContainerRunner(api, kc, docker, flag.Arg(0))
 676
 677         err = cr.Run()
 678         if err != nil {
 679                 log.Fatal(err)
 680         }
 681
 682 }