doc/_includes/_run_md5sum_py.liquid

   1 #!/usr/bin/env python3
   2 {% comment %}
   3 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4
   5 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
   6 {% endcomment %}
   7
   8 import arvados
   9
  10 # Automatically parallelize this job by running one task per file.
  11 arvados.job_setup.one_task_per_input_file(if_sequence=0, and_end_task=True,
  12                                           input_as_path=True)
  13
  14 # Get the input file for the task
  15 input_file = arvados.get_task_param_mount('input')
  16
  17 # Run the external 'md5sum' program on the input file
  18 stdoutdata, stderrdata = arvados.util.run_command(['md5sum', input_file])
  19
  20 # Save the standard output (stdoutdata) to "md5sum.txt" in the output collection
  21 out = arvados.CollectionWriter()
  22 with out.open('md5sum.txt') as out_file:
  23     out_file.write(stdoutdata)
  24 arvados.current_task().set_output(out.finish())