docker/bcbio-nextgen/Dockerfile

   1 # Install Arvados SDK into bcbio-nextgen Docker image.
   2 #
   3 # To build bcbio-nextgen:
   4 #
   5 # $ git clone https://github.com/chapmanb/bcbio-nextgen.git
   6 # $ cd bcbio-nextgen
   7 # $ docker build
   8 # $ docker tag <image> bcbio-nextgen
   9 #
  10
  11 FROM bcbio-nextgen
  12 MAINTAINER Peter Amstutz <peter.amstutz@curoverse.com>
  13
  14 USER root
  15
  16 # Install Ruby 2.1.0
  17 RUN apt-get remove --quiet --assume-yes ruby && \
  18     curl -L https://get.rvm.io | bash -s stable && \
  19     /usr/local/rvm/bin/rvm install 2.1.0 && \
  20     /bin/mkdir -p /usr/src/arvados
  21
  22 ADD generated/arvados.tar.gz /usr/src/arvados/
  23 ENV GEM_HOME /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0
  24 ENV GEM_PATH /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0:/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0@global
  25 ENV PATH /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0/bin:/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0@global/bin:/usr/local/rvm/rubies/ruby-2.1.0/bin:/usr/local/rvm/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
  26
  27 # Install dependencies and set up system.
  28 # The FUSE packages help ensure that we can install the Python SDK (arv-mount).
  29 RUN /usr/bin/apt-get update && \
  30     /usr/bin/apt-get install --quiet --assume-yes python-dev python-llfuse python-pip \
  31       libio-socket-ssl-perl libjson-perl liburi-perl libwww-perl \
  32       fuse libattr1-dev libfuse-dev && \
  33     /usr/sbin/adduser --disabled-password \
  34       --gecos 'Crunch execution user' crunch && \
  35     /usr/bin/install --directory --owner=crunch --group=crunch --mode=0700 /keep /tmp/crunch-src /tmp/crunch-job && \
  36     /bin/ln -s /usr/src/arvados /usr/local/src/arvados
  37
  38 # Install Arvados packages.
  39 RUN gem update --system && \
  40     find /usr/src/arvados/sdk -name '*.gem' -print0 | \
  41       xargs -0rn 1 gem install && \
  42     cd /usr/src/arvados/services/fuse && \
  43     python setup.py install && \
  44     cd /usr/src/arvados/sdk/python && \
  45     python setup.py install
  46
  47 USER crunch