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   3 navsection: start
   4 title: Welcome to Arvados!
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   7 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
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   9 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
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  12 This guide provides an introduction to using Arvados to solve big data bioinformatics problems.
  13
  14 h2. What is Arvados?
  15
  16 Arvados is a free and open source bioinformatics platform for genomic and biomedical data.
  17
  18 We address the needs of IT directors, lab principals, and bioinformaticians.
  19
  20 h2. Why use Arvados?
  21
  22 Arvados enables you to quickly begin using cloud computing resources in your bioinformatics work. It allows you to track your methods and datasets, share them securely, and easily re-run analyses.
  23
  24 h3. Take a look (Screenshots gallery)
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  26 <div id="carousel-keyfeatures" class="carousel slide" data-interval="false">
  27   <!-- Indicators -->
  28   <ol class="carousel-indicators">
  29     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="0" class="active"></li>
  30     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="1"></li>
  31     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="2"></li>
  32     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="3"></li>
  33     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="4"></li>
  34     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="5"></li>
  35     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="6"></li>
  36     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="7"></li>
  37     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="8"></li>
  38   </ol>
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  40   <!-- Wrapper for slides -->
  41   <div class="carousel-inner" role="listbox">
  42     <div class="item active">
  43       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/dashboard2.png" alt="[START] After logging in, you will see Workbench's dashboard.">
  44       <div class="carousel-caption">
  45         [START] After logging in, you will see Workbench's dashboard.
  46       </div>
  47     </div>
  48
  49     <div class="item">
  50       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/running2.png" alt="Pipelines describe a set of computational tasks (jobs).">
  51       <div class="carousel-caption">
  52         Pipelines describe a set of computational tasks (jobs).
  53       </div>
  54     </div>
  55
  56     <div class="item">
  57       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/log.png" alt="The output of all jobs is logged and stored automatically.">
  58       <div class="carousel-caption">
  59         The output of all jobs is logged and stored automatically.
  60       </div>
  61     </div>
  62
  63     <div class="item">
  64       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/graph.png" alt="Pipelines can also be viewed in auto-generated graph form.">
  65       <div class="carousel-caption">
  66         Pipelines can also be viewed in auto-generated graph form.
  67       </div>
  68     </div>
  69
  70     <div class="item">
  71       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/rerun.png" alt="Pipelines can easily be re-run exactly as before, or...">
  72       <div class="carousel-caption">
  73         Pipelines can easily be re-run exactly as before, or...
  74       </div>
  75     </div>
  76
  77     <div class="item">
  78       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/chooseinputs.png" alt="...you can change parameters or pick new datasets.">
  79       <div class="carousel-caption">
  80         ...you can change parameters or pick new datasets.
  81       </div>
  82     </div>
  83
  84     <div class="item">
  85       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/webupload.png" alt="With web upload, data can be uploaded right in Workbench.">
  86       <div class="carousel-caption">
  87         With web upload, data can be uploaded right in Workbench.
  88       </div>
  89     </div>
  90
  91     <div class="item">
  92       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/collectionpage.png" alt="Collections allow sharing datasets and job outputs easily. 'Create sharing link' with one click.">
  93       <div class="carousel-caption">
  94         Collections allow sharing datasets and job outputs easily. 'Create sharing link' with one click.
  95       </div>
  96     </div>
  97
  98     <div class="item">
  99       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/provenance.png" alt="Data provenance is tracked automatically. [END]">
 100       <div class="carousel-caption">
 101         Data provenance is tracked automatically. [END]
 102       </div>
 103     </div>
 104
 105
 106   </div>
 107
 108   <!-- Controls -->
 109   <a class="left carousel-control" href="#carousel-keyfeatures" role="button" data-slide="prev">
 110     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span>
 111     <span class="sr-only">Previous</span>
 112   </a>
 113   <a class="right carousel-control" href="#carousel-keyfeatures" role="button" data-slide="next">
 114     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span>
 115     <span class="sr-only">Next</span>
 116   </a>
 117 </div>
 118
 119 Note: Workbench is the web interface to Arvados.
 120 Tip: You may need to make your browser window bigger to see full-size images in the gallery above.
 121
 122 h3. Key Features
 123
 124 <ul>
 125 <li><strong>Track your methods</strong><br/>
 126 We log every compute job: software versions, machine images, input and output data hashes. Rely on a computer, not your memory and your note-taking skills.<br/><br/></li>
 127 <li><strong>Share your methods</strong><br/>
 128 Show other people what you did. Let them use your workflow on their own data. Publish a permalink to your methods and data, so others can reproduce and build on them easily.<br/><br/></li>
 129 <li><strong>Track data origin</strong><br/>
 130 Did you really only use fully consented public data in this analysis?<br/><br/></li>
 131 <li><strong>Get results sooner</strong><br/>
 132 Run your compute jobs faster by using multi-nodes and multi-cores, even if your programs are single-threaded.<br/><br/></li>
 133 </ul>