sdk/python/tests/fed-migrate/run-test.cwlex

   1 def workflow main(
   2   arvados_api_hosts string[],
   3   superuser_tokens string[],
   4   fed_migrate="arv-federation-migrate"
   5 ) {
   6
   7   run tool(arvados_api_hosts, superuser_tokens, create_users=File("create_users.py")) {
   8     python $(inputs.create_users) <<<
   9 {
  10   "arvados_api_hosts": $(inputs.arvados_api_hosts),
  11   "superuser_tokens": $(inputs.superuser_tokens)
  12 }
  13 >>>
  14     return arvados_api_hosts as ar
  15   }
  16
  17   run workflow(ar, arvados_api_hosts, superuser_tokens,
  18                fed_migrate,
  19                host=$(inputs.arvados_api_hosts[0]),
  20                token=$(inputs.superuser_tokens[0])) {
  21     requirements {
  22       EnvVarRequirement {
  23         envDef: {
  24           ARVADOS_API_HOST: "$(inputs.host)",
  25           ARVADOS_API_TOKEN: "$(inputs.token)",
  26           ARVADOS_API_HOST_INSECURE: "1"
  27         }
  28       }
  29     }
  30
  31     run tool(fed_migrate, host, token) {
  32       $(inputs.fed_migrate) --report report.csv
  33       return File("report.csv") as report
  34     }
  35
  36     run tool(report, host, token) {
  37       sed -E 's/,(case[1-8])2?,/,\\1,/g' < $(inputs.report.path) > report.csv
  38       return File("report.csv") as report2
  39     }
  40
  41     run tool(report2, fed_migrate, host, token) {
  42       $(inputs.fed_migrate) --migrate $(inputs.report2)
  43       return report2 as report3
  44     }
  45
  46     run tool(report3, host, token, arvados_api_hosts, superuser_tokens, check=File("check.py")) {
  47       python $(inputs.check) <<<
  48 {
  49   "arvados_api_hosts": $(inputs.arvados_api_hosts),
  50   "superuser_tokens": $(inputs.superuser_tokens)
  51 }
  52 >>>
  53     return report3 as r
  54     }
  55   }
  56
  57   return report3
  58 }