services/api/test/unit/salvage_collection_test.rb

   1 require 'test_helper'
   2 require 'salvage_collection'
   3
   4 TEST_MANIFEST = ". 341dabea2bd78ad0d6fc3f5b926b450e+85626+Ad391622a17f61e4a254eda85d1ca751c4f368da9@55e076ce 0:85626:brca2-hg19.fa\n. d7321a918923627c972d8f8080c07d29+82570+A22e0a1d9b9bc85c848379d98bedc64238b0b1532@55e076ce 0:82570:brca1-hg19.fa\n"
   5
   6 module Kernel
   7   def `(cmd)    # override kernel ` method
   8     if cmd.include? 'arv-put'
   9       file_contents = file = File.new(cmd.split[-1], "r").gets
  10
  11       # simulate arv-put error when it is 'user_agreement'
  12       if file_contents.include? 'GNU_General_Public_License'
  13         return ''
  14       else
  15         ". " +
  16         Digest::MD5.hexdigest(TEST_MANIFEST) +
  17         " 0:" + TEST_MANIFEST.length.to_s + ":invalid_manifest_text.txt\n"
  18       end
  19     end
  20   end
  21
  22   def exit code
  23     raise "Exit code #{code}" if code != 0
  24   end
  25 end
  26
  27 class SalvageCollectionTest < ActiveSupport::TestCase
  28   include SalvageCollection
  29
  30   setup do
  31     set_user_from_auth :admin
  32     # arv-put needs ARV env variables
  33     ENV['ARVADOS_API_HOST'] = 'unused_by_test'
  34     ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] = 'unused_by_test'
  35   end
  36
  37   test "salvage test collection" do
  38     # create a collection to test salvaging
  39     src_collection = Collection.new name: "test collection", manifest_text: TEST_MANIFEST
  40     src_collection.save!
  41
  42     # salvage this collection
  43     SalvageCollection.salvage_collection src_collection.uuid, 'test salvage collection - see #6277, #6859'
  44
  45     # verify the updated src_collection data
  46     updated_src_collection = Collection.find_by_uuid src_collection.uuid
  47     updated_name = updated_src_collection.name
  48     assert_equal true, updated_name.include?(src_collection.name)
  49
  50     match = updated_name.match /^test collection.*salvaged data at (.*)\)$/
  51     assert_not_nil match
  52     assert_not_nil match[1]
  53     assert_empty updated_src_collection.manifest_text
  54
  55     # match[1] is the uuid of the new collection created from src_collection's salvaged data
  56     # use this to get the new collection and verify
  57     new_collection = Collection.find_by_uuid match[1]
  58     match = new_collection.name.match /^salvaged from (.*),.*/
  59     assert_not_nil match
  60     assert_equal src_collection.uuid, match[1]
  61
  62     # verify the new collection's manifest format
  63     match = new_collection.manifest_text.match /^. (.*) (.*):invalid_manifest_text.txt\n. (.*) (.*):salvaged_data/
  64     assert_not_nil match
  65   end
  66
  67   test "salvage collection with no uuid required argument" do
  68     status = SalvageCollection.salvage_collection nil
  69     assert_equal false, status
  70   end
  71
  72   test "salvage collection with bogus uuid" do
  73     status = SalvageCollection.salvage_collection 'bogus-uuid'
  74     assert_equal false, status
  75   end
  76
  77   test "salvage collection with no env ARVADOS_API_HOST" do
  78     exited = false
  79     begin
  80       ENV['ARVADOS_API_HOST'] = ''
  81       ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] = ''
  82       SalvageCollection.salvage_collection collections('user_agreement').uuid
  83     rescue => e
  84       assert_equal "Exit code 1", e.message
  85       exited = true
  86     end
  87     assert_equal true, exited
  88   end
  89
  90   test "salvage collection with during arv-put" do
  91     # try to salvage collection while mimicking error during arv-put
  92     status = SalvageCollection.salvage_collection collections('user_agreement').uuid
  93     assert_equal false, status
  94   end
  95 end