Merge branch '19368-webdav-logging-speedup'
[arvados.git] / doc / admin / upgrading.html.textile.liquid
1 ---
2 layout: default
3 navsection: installguide
4 title: "Arvados upgrade notes"
5 ...
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7 {% comment %}
8 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
9
10 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
11 {% endcomment %}
12
13 For Arvados administrators, this page will cover what you need to know and do in order to ensure a smooth upgrade of your Arvados installation.  For general release notes covering features added and bugs fixed, see "Arvados releases":https://arvados.org/releases.
14
15 Upgrade instructions can be found at "Maintenance and upgrading":{{site.baseurl}}/admin/maintenance-and-upgrading.html#upgrading.
16
17 h2. Upgrade notes
18
19 Some versions introduce changes that require special attention when upgrading: e.g., there is a new service to install, or there is a change to the default configuration that you might need to override in order to preserve the old behavior. These notes are listed below, organized by release version. Scroll down to the version number you are upgrading to.
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21 {% comment %}
22 Note to developers: Add new items at the top. Include the date, issue number, commit, and considerations/instructions for those about to upgrade.
23
24 TODO: extract this information based on git commit messages and generate changelogs / release notes automatically.
25 {% endcomment %}
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27 <notextile>
28 <div class="releasenotes">
29 </notextile>
30
31 h2(#main). development main (as of 2022-08-09)
32
33 "previous: Upgrading to 2.4.2":#v2_4_2
34
35 h2(#v2_4_2). v2.4.2 (2022-08-09)
36
37 "previous: Upgrading to 2.4.1":#v2_4_1
38
39 h3. GHSL-2022-063
40
41 GitHub Security Lab (GHSL) reported a remote code execution (RCE) vulnerability in the Arvados Workbench that allows authenticated attackers to execute arbitrary code via specially crafted JSON payloads.
42
43 This vulnerability is fixed in 2.4.2 ("#19316":https://dev.arvados.org/issues/19316).
44
45 It is likely that this vulnerability exists in all versions of Arvados up to 2.4.1.
46
47 This vulnerability is specific to the Ruby on Rails Workbench application ("Workbench 1").  We do not believe any other Arvados components, including the TypesScript browser-based Workbench application ("Workbench 2") or API Server, are vulnerable to this attack.
48
49 h3. CVE-2022-31163 and CVE-2022-32224
50
51 As a precaution, Arvados 2.4.2 has includes security updates for Ruby on Rails and the TZInfo Ruby gem.  However, there are no known exploits in Arvados based on these CVEs.
52
53 h3. Disable Sharing URLs UI
54
55 There is now a configuration option @Workbench.DisableSharingURLsUI@ for admins to disable the user interface for "sharing link" feature (URLs which can be sent to users to access the data in a specific collection in Arvados without an Arvados account), for organizations where sharing links violate their data sharing policy.
56
57 h2(#v2_4_1). v2.4.1 (2022-06-02)
58
59 "previous: Upgrading to 2.4.0":#v2_4_0
60
61 h3. Slurm dispatcher requires configuration update
62
63 If you use the Slurm dispatcher (@crunch-dispatch-slurm@) you must add a @Services.DispatchSLURM.InternalURLs@ section to your configuration file, as shown on the "updated install page":{{site.baseurl}}/install/crunch2-slurm/install-dispatch.html.
64
65 h3. New proxy parameters for arvados-controller
66
67 We now recommend disabling nginx proxy caching for arvados-controller, to avoid truncation of large responses.
68
69 In your Nginx configuration file (@/etc/nginx/conf.d/arvados-api-and-controller.conf@), add the following lines to the @location /@ block with @http://controller@ (see "Update nginx configuration":{{site.baseurl}}/install/install-api-server.html#update-nginx for an example) and reload/restart Nginx (@sudo nginx -s reload@).
70
71 <pre>
72     proxy_max_temp_file_size 0;
73     proxy_request_buffering  off;
74     proxy_buffering          off;
75     proxy_http_version       1.1;
76 </pre>
77
78 h3. Now recommending Singularity 3.9.9
79
80 The compute image "build script":{{site.baseurl}}/install/crunch2-cloud/install-compute-node.html now installs Singularity 3.9.9 instead of 3.7.4. The newer version includes a bugfix that should resolve "intermittent loopback device errors":https://dev.arvados.org/issues/18489 when running containers.
81
82 h3. Changes to @arvados-cwl-runner --create-workflow@ and @--update-workflow@
83
84 When using @arvados-cwl-runner --create-workflow@ or @--update-workflow@, by default it will now make a copy of all collection and Docker image dependencies in the target project.  Running workflows retains the old behavior (use the dependencies wherever they are found).  The can be controlled explicit with @--copy-deps@ and @--no-copy-deps@.
85
86 h2(#v2_4_0). v2.4.0 (2022-04-08)
87
88 "previous: Upgrading to 2.3.1":#v2_3_1
89
90 h3. Default result order changed
91
92 When requesting a list of objects without an explicit @order@ parameter, the default order has changed from @modified_at desc, uuid asc@ to @modified_at desc, uuid desc@.  This means that if two objects have identical @modified_at@ timestamps, the tiebreaker will now be based on @uuid@ in decending order where previously it would be ascending order. The practical effect of this should be minor; with microsecond precision it is unusual to have two records with exactly the same timestamp, and order-sensitive queries should already provide an explicit @order@ parameter.
93
94 h3. Ubuntu 18.04 Arvados Python packages now depend on python-3.8
95
96 Ubuntu 18.04 ships with Python 3.6 as the default version of Python 3. Ubuntu also ships a version of Python 3.8, and the Arvados Python packages (@python3-arvados-cwl-runner@, @python3-arvados-fuse@, @python3-arvados-python-client@, @python3-arvados-user-activity@ and @python3-crunchstat-summary@) now depend on the @python-3.8@ system package.
97
98 This means that they are now installed under @/usr/share/python3.8@ (before, the path was @/usr/share/python3@). If you rely on the @python3@ executable from the packages (e.g. to load a virtualenv), you may need to update the path to that executable.
99
100 h3. Minimum supported Ruby version is now 2.6
101
102 The minimum supported Ruby version is now 2.6.  If you are running Arvados on Debian 10 or Ubuntu 18.04, you may need to switch to using RVM or upgrade your OS.  See "Install Ruby and Bundler":../install/ruby.html for more information.
103
104 h3. Anonymous token changes
105
106 The anonymous token configured in @Users.AnonymousUserToken@ must now be 32 characters or longer. This was already the suggestion in the documentation, now it is enforced. The @script/get_anonymous_user_token.rb@ script that was needed to register the anonymous user token in the database has been removed. Registration of the anonymous token is no longer necessary.
107
108 h3. Preemptible instance support changes
109
110 The @Containers.UsePreemptibleInstances@ option has been renamed to @Containers.AlwaysUsePreemptibleInstances@ and has the same behavior when @true@ and one or more preemptible instances are configured.  However, a value of @false@ no longer disables support for preemptible instances, instead users can now enable use of preemptible instances at the level of an individual workflow or workflow step.
111
112 In addition, there is a new configuration option @Containers.PreemptiblePriceFactor@ will automatically add a preemptible instance type corresponding to each regular instance type.  See "Using Preemptible instances":spot-instances.html for details.
113
114 h3. Default LSF arguments have changed
115
116 If you use LSF and your configuration specifies @Containers.LSF.BsubArgumentsList@, you should update it to include the new arguments (@"-R", "select[mem>=%MMB]", ...@, see "configuration reference":{{site.baseurl}}/admin/config.html). Otherwise, containers that are too big to run on any LSF host will remain in the LSF queue instead of being cancelled.
117
118 h3. Support for NVIDIA CUDA GPUs
119
120 Arvados now supports requesting NVIDIA CUDA GPUs for cloud and LSF (Slurm is currently not supported).  To be able to request GPU nodes, some additional configuration is needed:
121
122 "Including GPU support in cloud compute node image":{{site.baseurl}}/install/crunch2-cloud/install-compute-node.html#nvidia
123
124 "Configure cloud dispatcher for GPU support":{{site.baseurl}}/install/crunch2-cloud/install-dispatch-cloud.html#GPUsupport
125
126 "LSF GPU configuration":{{site.baseurl}}/install/crunch2-lsf/install-dispatch.html
127
128 h3. Role groups are visible to all users by default
129
130 The permission model has changed such that all role groups are visible to all active users. This enables users to share objects with groups they don't belong to. To preserve the previous behavior, where role groups are only visible to members and admins, add @RoleGroupsVisibleToAll: false@ to the @Users@ section of your configuration file.
131
132 h3. Previously trashed role groups will be deleted
133
134 Due to a bug in previous versions, the @DELETE@ operation on a role group caused the group to be flagged as trash in the database, but continue to grant permissions regardless. After upgrading, any role groups that had been trashed this way will be deleted. This might surprise some users if they were relying on permissions that were still in effect due to this bug. Future @DELETE@ operations on a role group will immediately delete the group and revoke the associated permissions.
135
136 h3. Dedicated keepstore process for each container
137
138 When Arvados runs a container via @arvados-dispatch-cloud@, the @crunch-run@ supervisor process now brings up its own keepstore server to handle I/O for mounted collections, outputs, and logs. With the default configuration, the keepstore process allocates one 64 MiB block buffer per VCPU requested by the container. For most workloads this will increase throughput, reduce total network traffic, and make it possible to run more containers at once without provisioning additional keepstore nodes to handle the I/O load.
139 * If you have containers that can effectively handle multiple I/O threads per VCPU, consider increasing the @Containers.LocalKeepBlobBuffersPerVCPU@ value.
140 * If you already have a robust permanent keepstore infrastructure, you can set @Containers.LocalKeepBlobBuffersPerVCPU@ to 0 to disable this feature and preserve the previous behavior of sending container I/O traffic to your separately provisioned keepstore servers.
141 * This feature is enabled only if no volumes use @AccessViaHosts@, and no volumes have underlying @Replication@ less than @Collections.DefaultReplication@. If the feature is configured but cannot be enabled due to an incompatible volume configuration, this will be noted in the @crunch-run.txt@ file in the container log.
142
143 h2(#v2_3_1). v2.3.1 (2021-11-24)
144
145 "previous: Upgrading to 2.3.0":#v2_3_0
146
147 h3. Users are visible to other users by default
148
149 When a new user is set up (either via @AutoSetupNewUsers@ config or via Workbench admin interface) the user immediately becomes visible to other users. To revert to the previous behavior, where the administrator must add two users to the same group using the Workbench admin interface in order for the users to see each other, change the new @Users.ActivatedUsersAreVisibleToOthers@ config to @false@.
150
151 h3. Backend support for vocabulary checking
152
153 If your installation uses the vocabulary feature on Workbench2, you will need to update the cluster configuration by moving the vocabulary definition file to the node where @controller@ runs, and set the @API.VocabularyPath@ configuration parameter to the local path where the file was placed.
154 This will enable the vocabulary checking cluster-wide, including Workbench2. The @Workbench.VocabularyURL@ configuration parameter is deprecated and will be removed in a future release.
155 You can read more about how this feature works on the "admin page":{{site.baseurl}}/admin/metadata-vocabulary.html.
156
157 h2(#v2_3_0). v2.3.0 (2021-10-27)
158
159 "previous: Upgrading to 2.2.0":#v2_2_0
160
161 h3. Ubuntu 18.04 packages for arvados-api-server and arvados-workbench now conflict with ruby-bundler
162
163 Ubuntu 18.04 ships with Bundler version 1.16.1, which is no longer compatible with the Gemfiles in the Arvados packages (made with Bundler 2.2.19). The Ubuntu 18.04 packages for arvados-api-server and arvados-workbench now conflict with the ruby-bundler package to work around this issue. The post-install scripts for arvados-api-server and arvados-workbench install the proper version of Bundler as a gem.
164
165 h3. Removed unused @update_uuid@ endpoint for users.
166
167 The @update_uuid@ endpoint was superseded by the "link accounts feature":{{site.baseurl}}/admin/link-accounts.html, so it's no longer available.
168
169 h3. Removed deprecated '@@' search operator
170
171 The '@@' full text search operator, previously deprecated, has been removed. To perform a string search across multiple columns, use the 'ilike' operator on 'any' column as described in the "available list method filter section":{{site.baseurl}}/api/methods.html#substringsearchfilter of the API documentation.
172
173 h3. Storage classes must be defined explicitly
174
175 If your configuration uses the StorageClasses attribute on any Keep volumes, you must add a new @StorageClasses@ section that lists all of your storage classes. Refer to the updated documentation about "configuring storage classes":{{site.baseurl}}/admin/storage-classes.html for details.
176
177 h3. keep-balance requires access to PostgreSQL
178
179 Make sure the keep-balance process can connect to your PostgreSQL server using the settings in your config file. (In previous versions, keep-balance accessed the database through controller instead of connecting to the database server directly.)
180
181 h3. crunch-dispatch-local now requires config.yml
182
183 The @crunch-dispatch-local@ dispatcher now reads the API host and token from the system wide @/etc/arvados/config.yml@ .  It will fail to start that file is not found or not readable.
184
185 h3. Multi-file docker image collections
186
187 Typically a docker image collection contains a single @.tar@ file at the top level. Handling of atypical cases has changed. If a docker image collection contains files with extensions other than @.tar@, they will be ignored (previously they could cause errors). If a docker image collection contains multiple @.tar@ files, it will cause an error at runtime, "cannot choose from multiple tar files in image collection" (previously one of the @.tar@ files was selected). Subdirectories are ignored. The @arv keep docker@ command always creates a collection with a single @.tar@ file, and never uses subdirectories, so this change will not affect most users.
188
189 h2(#v2_2_0). v2.2.0 (2021-06-03)
190
191 "previous: Upgrading to 2.1.0":#v2_1_0
192
193 h3. New spelling of S3 credential configs
194
195 If you use the S3 driver for Keep volumes and specify credentials in your configuration file (as opposed to using an IAM role), you should change the spelling of the @AccessKey@ and @SecretKey@ config keys to @AccessKeyID@ and @SecretAccessKey@. If you don't update them, the previous spellings will still be accepted, but warnings will be logged at server startup.
196
197 h3. New proxy parameters for arvados-controller
198
199 In your Nginx configuration file (@/etc/nginx/conf.d/arvados-api-and-controller.conf@), add the following lines to the @location /@ block with @http://controller@ (see "Update nginx configuration":{{site.baseurl}}/install/install-api-server.html#update-nginx for an example) and reload/restart Nginx (@sudo nginx -s reload@).
200
201 <pre>
202     proxy_set_header      Upgrade           $http_upgrade;
203     proxy_set_header      Connection        "upgrade";
204 </pre>
205
206 h3. Changes on the collection's @preserve_version@ attribute semantics
207
208 The @preserve_version@ attribute on collections was originally designed to allow clients to persist a preexisting collection version. This forced clients to make 2 requests if the intention is to "make this set of changes in a new version that will be kept", so we have changed the semantics to do just that: When passing @preserve_version=true@ along with other collection updates, the current version is persisted and also the newly created one will be persisted on the next update.
209
210 h3. System token requirements
211
212 System services now log a warning at startup if any of the system tokens (@ManagementToken@, @SystemRootToken@, and @Collections.BlobSigningKey@) are less than 32 characters, or contain characters other than a-z, A-Z, and 0-9. After upgrading, run @arvados-server config-check@ and update your configuration file if needed to resolve any warnings.
213
214 The @API.RailsSessionSecretToken@ configuration key has been removed. Delete this entry from your configuration file after upgrading.
215
216 h3. Centos7 Python 3 dependency upgraded to python3
217
218 Now that Python 3 is part of the base repository in CentOS 7, the Python 3 dependency for Centos7 Arvados packages was changed from SCL rh-python36 to python3.
219
220 h3. ForceLegacyAPI14 option removed
221
222 The ForceLegacyAPI14 configuration option has been removed. In the unlikely event it is mentioned in your config file, remove it to avoid "deprecated/unknown config" warning logs.
223
224 h2(#v2_1_0). v2.1.0 (2020-10-13)
225
226 "previous: Upgrading to 2.0.0":#v2_0_0
227
228 h3. LoginCluster conflicts with other Login providers
229
230 A satellite cluster that delegates its user login to a central user database must only have `Login.LoginCluster` set, or it will return an error.  This is a change in behavior, previously it would return an error if another login provider was _not_ configured, even though the provider would never be used.
231
232 h3. Minimum supported Python version is now 3.5
233
234 We no longer publish Python 2 based distribution packages for our Python components. There are equivalent packages based on Python 3, but their names are slightly different. If you were using the Python 2 based packages, you can install the Python 3 based package for a drop in replacement. On Debian and Ubuntu:
235
236 <pre>
237     apt remove python-arvados-fuse && apt install python3-arvados-fuse
238     apt remove python-arvados-python-client && apt install python3-arvados-python-client
239     apt remove python-arvados-cwl-runner && apt install python3-arvados-cwl-runner
240     apt remove python-crunchstat-summary && apt install python3-crunchstat-summary
241     apt remove python-cwltest && apt install python3-cwltest
242 </pre>
243
244 On CentOS:
245
246 <pre>
247     yum remove python-arvados-fuse && yum install python3-arvados-fuse
248     yum remove python-arvados-python-client && yum install python3-arvados-python-client
249     yum remove python-arvados-cwl-runner && yum install python3-arvados-cwl-runner
250     yum remove python-crunchstat-summary && yum install python3-crunchstat-summary
251     yum remove python-cwltest && yum install python3-cwltest
252 </pre>
253
254 h3. Minimum supported Ruby version is now 2.5
255
256 The minimum supported Ruby version is now 2.5.  If you are running Arvados on Debian 9 or Ubuntu 16.04, you may need to switch to using RVM or upgrade your OS.  See "Install Ruby and Bundler":../install/ruby.html for more information.
257
258 h3. Removing libpam-arvados, replaced with libpam-arvados-go
259
260 The Python-based PAM package has been replaced with a version written in Go. See "using PAM for authentication":{{site.baseurl}}/install/setup-login.html#pam for details.
261
262 h3. Removing sso-provider
263
264 The SSO (single sign-on) component is deprecated and will not be supported in future releases. Existing configurations will continue to work in this release, but you should switch to one of the built-in authentication mechanisms as soon as possible. See "setting up web based login":{{site.baseurl}}/install/setup-login.html for details.
265
266 After migrating your configuration, uninstall the @arvados-sso-provider@ package.
267
268 h3. S3 signatures
269
270 Keepstore now uses "V4 signatures":https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/API/sig-v4-authenticating-requests.html by default for S3 requests. If you are using Amazon S3, no action is needed; all regions support V4 signatures. If you are using a different S3-compatible service that does not support V4 signatures, add @V2Signature: true@ to your volume driver parameters to preserve the old behavior. See "configuring S3 object storage":{{site.baseurl}}/install/configure-s3-object-storage.html.
271
272 h3. New permission system constraints
273
274 Some constraints on the permission system have been added, in particular @role@ and @project@ group types now have distinct behavior. These constraints were already de-facto imposed by the Workbench UI, so on most installations the only effect of this migration will be to reassign @role@ groups to the system user and create a @can_manage@ permission link for the previous owner.
275
276 # The @group_class@ field must be either @role@ or @project@. Invalid group_class are migrated to @role@.
277 # A @role@ cannot own things. Anything owned by a role is migrated to a @can_manage@ link and reassigned to the system user.
278 # Only @role@ and @user@ can have outgoing permission links. Permission links originating from projects are deleted by the migration.
279 # A @role@ is always owned by the system_user. When a group is created, it creates a @can_manage@ link for the object that would have been assigned to @owner_uuid@.  Migration adds @can_manage@ links and reassigns roles to the system user.  This also has the effect of requiring that all @role@ groups have unique names on the system.  If there is a name collision during migration, roles will be renamed to ensure they are unique.
280 # A permission link can have the permission level (@name@) updated but not @head_uuid@, @tail_uuid@ or @link_class@.
281
282 The @arvados-sync-groups@ tool has been updated to reflect these constraints, so it is important to use the version of @arvados-sync-groups@ that matches the API server version.
283
284 Before upgrading, use the following commands to find out which groups and permissions in your database will be automatically modified or deleted during the upgrade.
285
286 To determine which groups have invalid @group_class@ (these will be migrated to @role@ groups):
287
288 <pre>
289 arv group list --filters '[["group_class", "not in", ["project", "role"]]]'
290 </pre>
291
292 To list all @role@ groups, which will be reassigned to the system user (unless @owner_uuid@ is already the system user):
293
294 <pre>
295 arv group list --filters '[["group_class", "=", "role"]]'
296 </pre>
297
298 To list which @project@ groups have outgoing permission links (such links are now invalid and will be deleted by the migration):
299
300 <pre>
301 for uuid in $(arv link list --filters '[["link_class", "=", "permission"], ["tail_uuid", "like", "%-j7d0g-%"]]' |
302               jq -r .items[].tail_uuid | sort | uniq) ; do
303    arv group list --filters '[["group_class", "=", "project"], ["uuid", "=", "'$uuid'"]]' | jq .items
304 done
305 </pre>
306
307 h4. "Public favorites" moved to their own project
308
309 As a side effect of new permission system constraints, "star" links (indicating shortcuts in Workbench) that were previously owned by "All users" (which is now a "role" and cannot own things) will be migrated to a new system project called "Public favorites" which is readable by the "Anonymous users" role.
310
311 h2(#v2_0_0). v2.0.0 (2020-02-07)
312
313 "previous: Upgrading to 1.4.1":#v1_4_1
314
315 Arvados 2.0 is a major upgrade, with many changes.  Please read these upgrade notes carefully before you begin.
316
317 h3. Migrating to centralized config.yml
318
319 See "Migrating Configuration":https://doc.arvados.org/v2.1/admin/config-migration.html for notes on migrating legacy per-component configuration files to the new centralized @/etc/arvados/config.yml@.
320
321 To ensure a smooth transition, the per-component config files continue to be read, and take precedence over the centralized configuration.  Your cluster should continue to function after upgrade but before doing the full configuration migration.  However, several services (keepstore, keep-web, keepproxy) require a minimal `/etc/arvados/config.yml` to start:
322
323 <pre>
324 Clusters:
325   zzzzz:
326     Services:
327       Controller:
328         ExternalURL: "https://zzzzz.example.com"
329 </pre>
330
331 h3. Keep-balance configuration migration
332
333 (feature "#14714":https://dev.arvados.org/issues/14714 ) The keep-balance service can now be configured using the centralized configuration file at @/etc/arvados/config.yml@. The following command line and configuration options have changed.
334
335 You can no longer specify types of keep services to balance via the @KeepServiceTypes@ config option in the legacy config at @/etc/arvados/keep-balance/keep-balance.yml@. If you are still using the legacy config and @KeepServiceTypes@ has a value other than "disk", keep-balance will produce an error.
336
337 You can no longer specify individual keep services to balance via the @config.KeepServiceList@ command line option or @KeepServiceList@ legacy config option. Instead, keep-balance will operate on all keepstore servers with @service_type:disk@ as reported by the @arv keep_service list@ command. If you are still using the legacy config, @KeepServiceList@ should be removed or keep-balance will produce an error.
338
339 Please see the "config migration guide":https://doc.arvados.org/v2.1/admin/config-migration.html and "keep-balance install guide":{{site.baseurl}}/install/install-keep-balance.html for more details.
340
341 h3. Arv-git-httpd configuration migration
342
343 (feature "#14712":https://dev.arvados.org/issues/14712 ) The arv-git-httpd package can now be configured using the centralized configuration file at @/etc/arvados/config.yml@. Configuration via individual command line arguments is no longer available. Please see "arv-git-httpd's config migration guide":https://doc.arvados.org/v2.1/admin/config-migration.html#arv-git-httpd for more details.
344
345 h3. Keepstore and keep-web configuration migration
346
347 keepstore and keep-web no longer support configuration via (previously deprecated) command line configuration flags and environment variables.
348
349 keep-web now supports the legacy @keep-web.yml@ config format (used by Arvados 1.4) and the new cluster config file format. Please check "keep-web's install guide":{{site.baseurl}}/install/install-keep-web.html for more details.
350
351 keepstore now supports the legacy @keepstore.yml@ config format (used by Arvados 1.4) and the new cluster config file format. Please check the "keepstore config migration notes":https://doc.arvados.org/v2.1/admin/config-migration.html#keepstore and "keepstore install guide":{{site.baseurl}}/install/install-keepstore.html for more details.
352
353 h3. Keepproxy configuration migration
354
355 (feature "#14715":https://dev.arvados.org/issues/14715 ) Keepproxy can now be configured using the centralized config at @/etc/arvados/config.yml@. Configuration via individual command line arguments is no longer available and the @DisableGet@, @DisablePut@, and @PIDFile@ configuration options are no longer supported. If you are still using the legacy config and @DisableGet@ or @DisablePut@ are set to true or @PIDFile@ has a value, keepproxy will produce an error and fail to start. Please see "keepproxy's config migration guide":https://doc.arvados.org/v2.1/admin/config-migration.html#keepproxy for more details.
356
357 h3. Delete "keep_services" records
358
359 After all keepproxy and keepstore configurations have been migrated to the centralized configuration file, all keep_services records you added manually during installation should be removed. System logs from keepstore and keepproxy at startup, as well as the output of @arvados-server config-check@, will remind you to do this.
360
361 <notextile><pre><code>$ export ARVADOS_API_HOST=...
362 $ export ARVADOS_API_TOKEN=...
363 $ arv --format=uuid keep_service list | xargs -n1 arv keep_service delete --uuid
364 </code></pre></notextile>
365
366 Once these old records are removed, @arv keep_service list@ will instead return the services listed under Services/Keepstore/InternalURLs and Services/Keepproxy/ExternalURL in your centralized configuration file.
367
368 h3. Enabling Postgres trigram indexes
369
370 Feature "#15106":https://dev.arvados.org/issues/15106 improves the speed and functionality of full text search by introducing trigram indexes on text searchable database columns via a migration. Prior to updating, you must first install the postgresql-contrib package on your system and subsequently run the <code class="userprint">CREATE EXTENSION pg_trgm</code> SQL command on the arvados_production database as a postgres superuser.
371
372 The "postgres-contrib package":https://www.postgresql.org/docs/10/contrib.html has been supported since PostgreSQL version 9.4. The version of the contrib package should match the version of your PostgreSQL installation. Using 9.5 as an example, the package can be installed and the extension enabled using the following:
373
374 <strong>Centos 7</strong>
375 <notextile>
376 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install -y postgresql95-contrib</span>
377 ~$ <span class="userinput">su - postgres -c "psql -d 'arvados_production' -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm'"</span>
378 </code></pre>
379 </notextile>
380
381 <strong>RHEL 7</strong>
382 <notextile>
383 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install -y rh-postgresql95-postgresql-contrib</span>
384 ~$ <span class="userinput">su - postgres -c "psql -d 'arvados_production' -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm'"</span>
385 </code></pre>
386 </notextile>
387
388 <strong>Debian or Ubuntu</strong>
389 <notextile>
390 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo apt-get install -y postgresql-contrib-9.5</span>
391 ~$ <span class="userinput">sudo -u postgres psql -d 'arvados_production' -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm'</span>
392 </code></pre>
393 </notextile>
394
395 Subsequently, the <code class="userinput">psql -d 'arvados_production' -c '\dx'</code> command will display the installed extensions for the arvados_production database. This list should now contain @pg_trgm@.
396
397 h3. New Workbench 2
398
399 Workbench 2 is now ready for regular use.  Follow the instructions to "install workbench 2":../install/install-workbench2-app.html
400
401 h3. New property vocabulary format for Workbench2
402
403 (feature "#14151":https://dev.arvados.org/issues/14151) Workbench2 supports a new vocabulary format and it isn't compatible with the previous one, please read the "metadata vocabulary format admin page":{{site.baseurl}}/admin/metadata-vocabulary.html for more information.
404
405 h3. Cloud installations only: node manager replaced by arvados-dispatch-cloud
406
407 Node manager is deprecated and replaced by @arvados-dispatch-cloud@.  No automated config migration is available.  Follow the instructions to "install the cloud dispatcher":../install/crunch2-cloud/install-dispatch-cloud.html
408
409 *Only one dispatch process should be running at a time.* If you are migrating a system that currently runs Node manager and @crunch-dispatch-slurm@, it is safest to remove the @crunch-dispatch-slurm@ service entirely before installing @arvados-dispatch-cloud@.
410
411 <notextile>
412 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo systemctl --now disable crunch-dispatch-slurm</span>
413 ~$ <span class="userinput">sudo apt-get remove crunch-dispatch-slurm</span>
414 </code></pre>
415 </notextile>
416
417 h3. Jobs API is read-only
418
419 (task "#15133":https://dev.arvados.org/issues/15133 ) The legacy 'jobs' API is now read-only.  It has been superceded since Arvados 1.1 by containers / container_requests (aka crunch v2).  Arvados installations since the end of 2017 (v1.1.0) have probably only used containers, and are unaffected by this change.
420
421 So that older Arvados sites don't lose access to legacy records, the API has been converted to read-only.  Creating and updating jobs (and related types job_task, pipeline_template and pipeline_instance) is disabled and much of the business logic related has been removed, along with various other code specific to the jobs API.  Specifically, the following programs associated with the jobs API have been removed: @crunch-dispatch.rb@, @crunch-job@, @crunchrunner@, @arv-run-pipeline-instance@, @arv-run@.
422
423 h3. "/" prohibited in collection and project names
424
425 (issue "#15836":https://dev.arvados.org/issues/15836) By default, Arvados now rejects new names containing the @/@ character when creating or renaming collections and projects. Previously, these names were permitted, but the resulting objects were invisible in the WebDAV "home" tree. If you prefer, you can restore the previous behavior, and optionally configure a substitution string to make the affected objects accessible via WebDAV. See @ForwardSlashNameSubstitution@ in the "configuration reference":config.html.
426
427 h3. No longer stripping ':' from strings in serialized database columns
428
429 (bug "#15311":https://dev.arvados.org/issues/15311 ) Strings read from serialized columns in the database with a leading ':' would have the ':' stripped after loading the record.  This behavior existed due to legacy serialization behavior which stored Ruby symbols with a leading ':'.  Unfortunately this corrupted fields where the leading ":" was intentional.  This behavior has been removed.
430
431 You can test if any records in your database are affected by going to the API server directory and running @bundle exec rake symbols:check@.  This will report which records contain fields with a leading ':' that would previously have been stripped.  If there are records to be updated, you can update the database using @bundle exec rake symbols:stringify@.
432
433 h3. Scoped tokens should use PATCH for updates
434
435 The API server accepts both PUT and PATCH for updates, but they will be normalized to PATCH by arvados-controller.  Scoped tokens should be updated accordingly.
436
437
438
439 h2(#v1_4_1). v1.4.1 (2019-09-20)
440
441 "previous: Upgrading to 1.4.0":#v1_4_0
442
443 h3. Centos7 Python 3 dependency upgraded to rh-python36
444
445 The Python 3 dependency for Centos7 Arvados packages was upgraded from rh-python35 to rh-python36.
446
447 h2(#v1_4_0). v1.4.0 (2019-06-05)
448
449 "previous: Upgrading to 1.3.3":#v1_3_3
450
451 h3. Populating the new file_count and file_size_total columns on the collections table
452
453 As part of story "#14484":https://dev.arvados.org/issues/14484, two new columns were added to the collections table in a database migration. If your installation has a large collections table, this migration may take some time. We've seen it take ~5 minutes on an installation with 250k collections, but your mileage may vary.
454
455 The new columns are initialized with a zero value. In order to populate them, it is necessary to run a script called <code class="userinput">populate-file-info-columns-in-collections.rb</code> from the scripts directory of the API server. This can be done out of band, ideally directly after the API server has been upgraded to v1.4.0.
456
457 h3. Stricter collection manifest validation on the API server
458
459 As a consequence of "#14482":https://dev.arvados.org/issues/14482, the Ruby SDK does a more rigorous collection manifest validation. Collections created after 2015-05 are unlikely to be invalid, however you may check for invalid manifests using the script below.
460
461 You could set up a new rvm gemset and install the specific arvados gem for testing, like so:
462
463 <notextile>
464 <pre><code>~$ <span class="userinput">rvm gemset create rubysdk-test</span>
465 ~$ <span class="userinput">rvm gemset use rubysdk-test</span>
466 ~$ <span class="userinput">gem install arvados -v 1.3.1.20190301212059</span>
467 </code></pre>
468 </notextile>
469
470 Next, you can run the following script using admin credentials, it will scan the whole collection database and report any collection that didn't pass the check:
471
472 {% codeblock as ruby %}
473 require 'arvados'
474 require 'arvados/keep'
475
476 api = Arvados.new
477 offset = 0
478 batch_size = 100
479 invalid = []
480
481 while true
482     begin
483         req = api.collection.index(
484             :select => [:uuid, :created_at, :manifest_text],
485             :include_trash => true, :include_old_versions => true,
486             :limit => batch_size, :offset => offset)
487     rescue
488         invalid.each {|c| puts "#{c[:uuid]} (Created at #{c[:created_at]}): #{c[:error]}" }
489         raise
490     end
491
492     req[:items].each do |col|
493         begin
494             Keep::Manifest.validate! col[:manifest_text]
495         rescue Exception => e
496             puts "Collection #{col[:uuid]} manifest not valid"
497             invalid << {uuid: col[:uuid], error: e, created_at: col[:created_at]}
498         end
499     end
500     puts "Checked #{offset} / #{req[:items_available]} - Invalid: #{invalid.size}"
501     offset += req[:limit]
502     break if offset > req[:items_available]
503 end
504
505 if invalid.empty?
506     puts "No invalid collection manifests found"
507 else
508     invalid.each {|c| puts "#{c[:uuid]} (Created at #{c[:created_at]}): #{c[:error]}" }
509 end
510 {% endcodeblock %}
511
512 The script will return a final report enumerating any invalid collection by UUID, with its creation date and error message so you can take the proper correction measures, if needed.
513
514 h3. Python packaging change
515
516 As part of story "#9945":https://dev.arvados.org/issues/9945, the distribution packaging (deb/rpm) of our Python packages has changed. These packages now include a built-in virtualenv to reduce dependencies on system packages. We have also stopped packaging and publishing backports for all the Python dependencies of our packages, as they are no longer needed.
517
518 One practical consequence of this change is that the use of the Arvados Python SDK (aka "import arvados") will require a tweak if the SDK was installed from a distribution package. It now requires the loading of the virtualenv environment from our packages. The "Install documentation for the Arvados Python SDK":{{ site.baseurl }}/sdk/python/sdk-python.html reflects this change. This does not affect the use of the command line tools (e.g. arv-get, etc.).
519
520 Python scripts that rely on the distribution Arvados Python SDK packages to import the Arvados SDK will need to be tweaked to load the correct Python environment.
521
522 This can be done by activating the virtualenv outside of the script:
523
524 <notextile>
525 <pre>~$ <code class="userinput">source /usr/share/python2.7/dist/python-arvados-python-client/bin/activate</code>
526 (python-arvados-python-client) ~$ <code class="userinput">path-to-the-python-script</code>
527 </pre>
528 </notextile>
529
530 Or alternatively, by updating the shebang line at the start of the script to:
531
532 <notextile>
533 <pre>
534 #!/usr/share/python2.7/dist/python-arvados-python-client/bin/python
535 </pre>
536 </notextile>
537
538 h3. python-arvados-cwl-runner deb/rpm package now conflicts with python-cwltool deb/rpm package
539
540 As part of story "#9945":https://dev.arvados.org/issues/9945, the distribution packaging (deb/rpm) of our Python packages has changed. The python-arvados-cwl-runner package now includes a version of cwltool. If present, the python-cwltool and cwltool distribution packages will need to be uninstalled before the python-arvados-cwl-runner deb or rpm package can be installed.
541
542 h3. Centos7 Python 3 dependency upgraded to rh-python35
543
544 As part of story "#9945":https://dev.arvados.org/issues/9945, the Python 3 dependency for Centos7 Arvados packages was upgraded from SCL python33 to rh-python35.
545
546 h3. Centos7 package for libpam-arvados depends on the python-pam package, which is available from EPEL
547
548 As part of story "#9945":https://dev.arvados.org/issues/9945, it was discovered that the Centos7 package for libpam-arvados was missing a dependency on the python-pam package, which is available from the EPEL repository. The dependency has been added to the libpam-arvados package. This means that going forward, the EPEL repository will need to be enabled to install libpam-arvados on Centos7.
549
550 h3. New configuration
551
552 Arvados is migrating to a centralized configuration file for all components.  During the migration, legacy configuration files will continue to be loaded.  See "Migrating Configuration":https://doc.arvados.org/v2.1/admin/config-migration.html for details.
553
554 h2(#v1_3_3). v1.3.3 (2019-05-14)
555
556 "previous: Upgrading to 1.3.0":#v1_3_0
557
558 This release corrects a potential data loss issue, if you are running Arvados 1.3.0 or 1.3.1 we strongly recommended disabling @keep-balance@ until you can upgrade to 1.3.3 or 1.4.0. With keep-balance disabled, there is no chance of data loss.
559
560 We've put together a "wiki page":https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/Recovering_lost_data which outlines how to recover blocks which have been put in the trash, but not yet deleted, as well as how to identify any collections which have missing blocks so that they can be regenerated. The keep-balance component has been enhanced to provide a list of missing blocks and affected collections and we've provided a "utility script":https://github.com/arvados/arvados/blob/main/tools/keep-xref/keep-xref.py  which can be used to identify the workflows that generated those collections and who ran those workflows, so that they can be rerun.
561
562 h2(#v1_3_0). v1.3.0 (2018-12-05)
563
564 "previous: Upgrading to 1.2":#v1_2_0
565
566 This release includes several database migrations, which will be executed automatically as part of the API server upgrade. On large Arvados installations, these migrations will take a while. We've seen the upgrade take 30 minutes or more on installations with a lot of collections.
567
568 The @arvados-controller@ component now requires the /etc/arvados/config.yml file to be present.
569
570 Support for the deprecated "jobs" API is broken in this release.  Users who rely on it should not upgrade.  This will be fixed in an upcoming 1.3.1 patch release, however users are "encouraged to migrate":upgrade-crunch2.html as support for the "jobs" API will be dropped in an upcoming release.  Users who are already using the "containers" API are not affected.
571
572 h2(#v1_2_1). v1.2.1 (2018-11-26)
573
574 There are no special upgrade notes for this release.
575
576 h2(#v1_2_0). v1.2.0 (2018-09-05)
577
578 "previous: Upgrading to 1.1.2 or 1.1.3":#v1_1_2
579
580 h3. Regenerate Postgres table statistics
581
582 It is recommended to regenerate the table statistics for Postgres after upgrading to v1.2.0. If autovacuum is enabled on your installation, this script would do the trick:
583
584 <pre>
585 #!/bin/bash
586
587 set -e
588 set -u
589
590 tables=`echo "\dt" | psql arvados_production | grep public|awk -e '{print $3}'`
591
592 for t in $tables; do
593     echo "echo 'analyze $t' | psql arvados_production"
594     time echo "analyze $t" | psql arvados_production
595 done
596 </pre>
597
598 If you also need to do the vacuum, you could adapt the script to run 'vacuum analyze' instead of 'analyze'.
599
600 h3. New component: arvados-controller
601
602 Commit "db5107dca":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/db5107dca adds a new system service, arvados-controller. More detail is available in story "#13496":https://dev.arvados.org/issues/13497.
603
604 To add the Arvados Controller to your system please refer to the "installation instructions":../install/install-api-server.html after upgrading your system to 1.2.0.
605
606 Verify your setup by confirming that API calls appear in the controller's logs (_e.g._, @journalctl -fu arvados-controller@) while loading a workbench page.
607
608 h2(#v1_1_4). v1.1.4 (2018-04-10)
609
610 "previous: Upgrading to 1.1.3":#v1_1_3
611
612 h3. arvados-cwl-runner regressions (2018-04-05)
613
614 <strong>Secondary files missing from toplevel workflow inputs</strong>
615
616 This only affects workflows that rely on implicit discovery of secondaryFiles.
617
618 If a workflow input does not declare @secondaryFiles@ corresponding to the @secondaryFiles@ of workflow steps which use the input, the workflow would inconsistently succeed or fail depending on whether the input values were specified as local files or referenced an existing collection (and whether the existing collection contained the secondary files or not).  To ensure consistent behavior, the workflow is now required to declare in the top level workflow inputs any secondaryFiles that are expected by workflow steps.
619
620 As an example, the following workflow will fail because the @toplevel_input@ does not declare the @secondaryFiles@ that are expected by @step_input@:
621
622 <pre>
623 class: Workflow
624 cwlVersion: v1.0
625 inputs:
626   toplevel_input: File
627 outputs: []
628 steps:
629   step1:
630     in:
631       step_input: toplevel_input
632     out: []
633     run:
634       id: sub
635       class: CommandLineTool
636       inputs:
637         step_input:
638           type: File
639           secondaryFiles:
640             - .idx
641       outputs: []
642       baseCommand: echo
643 </pre>
644
645 When run, this produces an error like this:
646
647 <pre>
648 cwltool ERROR: [step step1] Cannot make job: Missing required secondary file 'hello.txt.idx' from file object: {
649     "basename": "hello.txt",
650     "class": "File",
651     "location": "keep:ade9d0e032044bd7f58daaecc0d06bc6+51/hello.txt",
652     "size": 0,
653     "nameroot": "hello",
654     "nameext": ".txt",
655     "secondaryFiles": []
656 }
657 </pre>
658
659 To fix this error, add the appropriate @secondaryFiles@ section to @toplevel_input@
660
661 <notextile>
662 <pre><code>class: Workflow
663 cwlVersion: v1.0
664 inputs:
665   <span class="userinput">toplevel_input:
666     type: File
667     secondaryFiles:
668       - .idx</span>
669 outputs: []
670 steps:
671   step1:
672     in:
673       step_input: toplevel_input
674     out: []
675     run:
676       id: sub
677       class: CommandLineTool
678       inputs:
679         step_input:
680           type: File
681           secondaryFiles:
682             - .idx
683       outputs: []
684       baseCommand: echo
685 </code></pre>
686 </notextile>
687
688 This bug has been fixed in Arvados release v1.2.0.
689
690 <strong>Secondary files on default file inputs</strong>
691
692 @File@ inputs that have default values and also expect @secondaryFiles@ and will fail to upload default @secondaryFiles@.  As an example, the following case will fail:
693
694 <pre>
695 class: CommandLineTool
696 inputs:
697   step_input:
698     type: File
699     secondaryFiles:
700       - .idx
701     default:
702       class: File
703       location: hello.txt
704 outputs: []
705 baseCommand: echo
706 </pre>
707
708 When run, this produces an error like this:
709
710 <pre>
711 2018-05-03 10:58:47 cwltool ERROR: Unhandled error, try again with --debug for more information:
712   [Errno 2] File not found: u'hello.txt.idx'
713 </pre>
714
715 To fix this, manually upload the primary and secondary files to keep and explicitly declare @secondaryFiles@ on the default primary file:
716
717 <notextile>
718 <pre><code>class: CommandLineTool
719 inputs:
720   step_input:
721     type: File
722     secondaryFiles:
723       - .idx
724     <span class="userinput">default:
725       class: File
726       location: keep:4d8a70b1e63b2aad6984e40e338e2373+69/hello.txt
727       secondaryFiles:
728        - class: File
729          location: keep:4d8a70b1e63b2aad6984e40e338e2373+69/hello.txt.idx</span>
730 outputs: []
731 baseCommand: echo
732 </code></pre>
733 </notextile>
734
735 This bug has been fixed in Arvados release v1.2.0.
736
737 h2(#v1_1_3). v1.1.3 (2018-02-08)
738
739 There are no special upgrade notes for this release.
740
741 h2(#v1_1_2). v1.1.2 (2017-12-22)
742
743 "previous: Upgrading to 1.1.0 or 1.1.1":#v1_1_0
744
745 h3. The minimum version for Postgres is now 9.4 (2017-12-08)
746
747 As part of story "#11908":https://dev.arvados.org/issues/11908, commit "8f987a9271":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/8f987a9271 introduces a dependency on Postgres 9.4. Previously, Arvados required Postgres 9.3.
748
749 * Debian 8 (pg 9.4) and Debian 9 (pg 9.6) do not require an upgrade
750 * Ubuntu 16.04 (pg 9.5) does not require an upgrade
751 * Ubuntu 14.04 (pg 9.3) requires upgrade to Postgres 9.4: https://www.postgresql.org/download/linux/ubuntu/
752 * CentOS 7 and RHEL7 (pg 9.2) require upgrade to Postgres 9.4. It is necessary to migrate of the contents of your database: https://www.postgresql.org/docs/9.0/static/migration.html
753 *# Create a database backup using @pg_dump@
754 *# Install the @rh-postgresql94@ backport package from either Software Collections: http://doc.arvados.org/install/install-postgresql.html or the Postgres developers: https://www.postgresql.org/download/linux/redhat/
755 *# Restore from the backup using @psql@
756
757 h2(#v1_1_1). v1.1.1 (2017-11-30)
758
759 There are no special upgrade notes for this release.
760
761 h2(#v1_1_0). v1.1.0 (2017-10-24)
762
763 h3. The minimum version for Postgres is now 9.3 (2017-09-25)
764
765 As part of story "#12032":https://dev.arvados.org/issues/12032, commit "68bdf4cbb1":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/68bdf4cbb1 introduces a dependency on Postgres 9.3. Previously, Arvados required Postgres 9.1.
766
767 * Debian 8 (pg 9.4) and Debian 9 (pg 9.6) do not require an upgrade
768 * Ubuntu 16.04 (pg 9.5) does not require an upgrade
769 * Ubuntu 14.04 (pg 9.3) is compatible, however upgrading to Postgres 9.4 is recommended: https://www.postgresql.org/download/linux/ubuntu/
770 * CentOS 7 and RHEL7 (pg 9.2) should upgrade to Postgres 9.4. It is necessary to migrate of the contents of your database: https://www.postgresql.org/docs/9.0/static/migration.html
771 *# Create a database backup using @pg_dump@
772 *# Install the @rh-postgresql94@ backport package from either Software Collections: http://doc.arvados.org/install/install-postgresql.html or the Postgres developers: https://www.postgresql.org/download/linux/redhat/
773 *# Restore from the backup using @psql@
774
775 h2(#older). Older versions
776
777 h3. Upgrade slower than usual (2017-06-30)
778
779 As part of story "#11807":https://dev.arvados.org/issues/11807, commit "55aafbb":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/55aafbb converts old "jobs" database records from YAML to JSON, making the upgrade process slower than usual.
780
781 * The migration can take some time if your database contains a substantial number of YAML-serialized rows (i.e., you installed Arvados before March 3, 2017 "660a614":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/660a614 and used the jobs/pipelines APIs). Otherwise, the upgrade will be no slower than usual.
782 * The conversion runs as a database migration, i.e., during the deb/rpm package upgrade process, while your API server is unavailable.
783 * Expect it to take about 1 minute per 20K jobs that have ever been created/run.
784
785 h3. Service discovery overhead change in keep-web (2017-06-05)
786
787 As part of story "#9005":https://dev.arvados.org/issues/9005, commit "cb230b0":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/cb230b0 reduces service discovery overhead in keep-web requests.
788
789 * When upgrading keep-web _or keepproxy_ to/past this version, make sure to update API server as well. Otherwise, a bad token in a request can cause keep-web to fail future requests until either keep-web restarts or API server gets upgraded.
790
791 h3. Node manager now has an http endpoint for management (2017-04-12)
792
793 As part of story "#11349":https://dev.arvados.org/issues/11349, commit "2c094e2":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/2c094e2 adds a "management" http server to nodemanager.
794
795 * To enable it, add to your configuration file: <pre>[Manage]
796   address = 127.0.0.1
797   port = 8989</pre>
798 * The server responds to @http://{address}:{port}/status.json@ with a summary of how many nodes are in each state (booting, busy, shutdown, etc.)
799
800 h3. New websockets component (2017-03-23)
801
802 As part of story "#10766":https://dev.arvados.org/issues/10766, commit "e8cc0d7":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/e8cc0d7 replaces puma with arvados-ws as the recommended websocket server.
803 * See http://doc.arvados.org/install/install-ws.html for install/upgrade instructions.
804 * Remove the old puma server after the upgrade is complete. Example, with runit: <pre>
805 $ sudo sv down /etc/sv/puma
806 $ sudo rm -r /etc/sv/puma
807 </pre> Example, with systemd: <pre>
808 $ systemctl disable puma
809 $ systemctl stop puma
810 </pre>
811
812 h3. Change of database encoding for hashes and arrays (2017-03-06)
813
814 As part of story "#11168":https://dev.arvados.org/issues/11168, commit "660a614":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/660a614 uses JSON instead of YAML to encode hashes and arrays in the database.
815
816 * Aside from a slight performance improvement, this should have no externally visible effect.
817 * Downgrading past this version is not supported, and is likely to cause errors. If this happens, the solution is to upgrade past this version.
818 * After upgrading, make sure to restart puma and crunch-dispatch-* processes.
819
820 h3. Docker image format compatibility check (2017-02-03)
821
822 As part of story "#10969":https://dev.arvados.org/issues/10969, commit "74a9dec":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/74a9dec introduces a Docker image format compatibility check: the @arv keep docker@ command prevents users from inadvertently saving docker images that compute nodes won't be able to run.
823 * If your compute nodes run a version of *docker older than 1.10* you must override the default by adding to your API server configuration (@/etc/arvados/api/application.yml@): <pre><code class="yaml">docker_image_formats: ["v1"]</code></pre>
824 * Refer to the comments above @docker_image_formats@ in @/var/www/arvados-api/current/config/application.default.yml@ or source:services/api/config/application.default.yml or issue "#10969":https://dev.arvados.org/issues/10969 for more detail.
825 * *NOTE:* This does *not* include any support for migrating existing Docker images from v1 to v2 format. This will come later: for now, sites running Docker 1.9 or earlier should still *avoid upgrading Docker further than 1.9.*
826
827 h3. Debian and RPM packages now have systemd unit files (2016-09-27)
828
829 Several Debian and RPM packages -- keep-balance ("d9eec0b":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/d9eec0b), keep-web ("3399e63":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/3399e63), keepproxy ("6de67b6":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/6de67b6), and arvados-git-httpd ("9e27ddf":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/9e27ddf) -- now enable their respective components using systemd. These components prefer YAML configuration files over command line flags ("3bbe1cd":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/3bbe1cd).
830
831 * On Debian-based systems using systemd, services are enabled automatically when packages are installed.
832 * On RedHat-based systems using systemd, unit files are installed but services must be enabled explicitly: e.g., <code>"sudo systemctl enable keep-web; sudo systemctl start keep-web"</code>.
833 * The new systemd-supervised services will not start up successfully until configuration files are installed in /etc/arvados/: e.g., <code>"Sep 26 18:23:55 62751f5bb946 keep-web[74]: 2016/09/26 18:23:55 open /etc/arvados/keep-web/keep-web.yml: no such file or directory"</code>
834 * To migrate from runit to systemd after installing the new packages, we recommend the following procedure:
835 *# Bring down the runit service: "sv down /etc/sv/keep-web"
836 *# Create a JSON configuration file (e.g., /etc/arvados/keep-web/keep-web.yml -- see "keep-web -help")
837 *# Ensure the service is running correctly under systemd: "systemctl status keep-web" / "journalctl -u keep-web"
838 *# Remove the runit service so it doesn't start at next boot
839 * Affected services:
840 ** keep-balance - /etc/arvados/keep-balance/keep-balance.yml
841 ** keep-web - /etc/arvados/keep-web/keep-web.yml
842 ** keepproxy - /etc/arvados/keepproxy/keepproxy.yml
843 ** arvados-git-httpd - /etc/arvados/arv-git-httpd/arv-git-httpd.yml
844
845 h3. Installation paths for Python modules and script changed (2016-05-31)
846
847 Commits "ae72b172c8":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/ae72b172c8 and "3aae316c25":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/3aae316c25 change the filesystem location where Python modules and scripts are installed.
848
849 * Previous packages installed these files to the distribution's preferred path under @/usr/local@ (or the equivalent location in a Software Collection).  Now they get installed to a path under @/usr@.  This improves compatibility with other Python packages provided by the distribution.  See "#9242":https://dev.arvados.org/issues/9242 for more background.
850 * If you simply import Python modules from scripts, or call Python tools relying on $PATH, you don't need to make any changes.  If you have hardcoded full paths to some of these files (e.g., in symbolic links or configuration files), you will need to update those paths after this upgrade.
851
852 h3. Crunchrunner package is required on compute and shell nodes (2016-04-25)
853
854 Commit "eebcb5e":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/eebcb5e requires the crunchrunner package to be installed on compute nodes and shell nodes in order to run CWL workflows.
855
856 * On each Debian-based compute node and shell node, run: @sudo apt-get install crunchrunner@
857 * On each Red Hat-based compute node and shell node, run: @sudo yum install crunchrunner@
858
859 h3. Keep permission signature algorithm change (2016-04-21)
860
861 Commit "3c88abd":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/3c88abd changes the Keep permission signature algorithm.
862
863 * All software components that generate signatures must be upgraded together. These are: keepstore, API server, keep-block-check, and keep-rsync. For example, if keepstore < 0.1.20160421183420 but API server >= 0.1.20160421183420, clients will not be able to read or write data in Keep.
864 * Jobs and client operations that are in progress during the upgrade (including arv-put's "resume cache") will fail.
865
866 h3. Workbench's "Getting Started" popup disabled by default (2015-01-05)
867
868 Commit "e1276d6e":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/e1276d6e disables Workbench's "Getting Started" popup by default.
869
870 * If you want new users to continue seeing this popup, set @enable_getting_started_popup: true@ in Workbench's @application.yml@ configuration.
871
872 h3. Crunch jobs now have access to Keep-backed writable scratch storage (2015-12-03)
873
874 Commit "5590c9ac":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/5590c9ac makes a Keep-backed writable scratch directory available in crunch jobs (see "#7751":https://dev.arvados.org/issues/7751)
875
876 * All compute nodes must be upgraded to arvados-fuse >= 0.1.2015112518060 because crunch-job uses some new arv-mount flags (--mount-tmp, --mount-by-pdh) introduced in merge "346a558":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/346a558
877 * Jobs will fail if the API server (in particular crunch-job from the arvados-cli gem) is upgraded without upgrading arvados-fuse on compute nodes.
878
879 h3. Recommended configuration change for keep-web (2015-11-11)
880
881 Commit "1e2ace5":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/1e2ace5 changes recommended config for keep-web (see "#5824":https://dev.arvados.org/issues/5824)
882
883 * proxy/dns/ssl config should be updated to route "https://download.ClusterID.example.com/" requests to keep-web (alongside the existing "collections" routing)
884 * keep-web command line adds @-attachment-only-host download.ClusterID.example.com@
885 * Workbench config adds @keep_web_download_url@
886 * More info on the (still beta/non-TOC-linked) "keep-web doc page":http://doc.arvados.org/install/install-keep-web.html
887
888 h3. Stopped containers are now automatically removed on compute nodes (2015-11-04)
889
890 Commit "1d1c6de":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/1d1c6de removes stopped containers (see "#7444":https://dev.arvados.org/issues/7444)
891
892 * arvados-docker-cleaner removes _all_ docker containers as soon as they exit, effectively making @docker run@ default to @--rm@. If you run arvados-docker-cleaner on a host that does anything other than run crunch-jobs, and you still want to be able to use @docker start@, read the "new doc page":http://doc.arvados.org/install/install-compute-node.html to learn how to turn this off before upgrading.
893
894 h3. New keep-web service (2015-11-04)
895
896 Commit "21006cf":https://dev.arvados.org/projects/arvados/repository/revisions/21006cf adds a new keep-web service (see "#5824":https://dev.arvados.org/issues/5824).
897
898 * Nothing relies on keep-web yet, but early adopters can install it now by following http://doc.arvados.org/install/install-keep-web.html (it is not yet linked in the TOC).
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