doc/user/index.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: Welcome to Arvados<sup>&trade;</sup>!
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   7 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
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   9 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
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  12 Arvados is an open source platform for managing, processing, and sharing genomic and other large scientific and biomedical data.  This guide provides a reference for using Arvados to solve scientific big data problems, including:
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  14 * Robust storage of very large files, such as whole genome sequences, using the "Arvados Keep":{{site.baseurl}}/user/tutorials/tutorial-keep.html content-addressable cluster file system.
  15 * Running compute-intensive scientific analysis pipelines, such as genomic alignment and variant calls using the "Arvados Crunch":{{site.baseurl}}/user/tutorials/intro-crunch.html cluster compute engine.
  16 * Accessing, organizing, and sharing data, workflows and results using the "Arvados Workbench":{{site.baseurl}}/user/getting_started/workbench.html web application.
  17 * Running an analysis using multiple clusters (HPC, cloud, or hybrid) with "Federated Multi-Cluster Workflows":{{site.baseurl}}/user/cwl/federated-workflows.html .
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  19 The examples in this guide use the Arvados instance located at <a href="{{site.arvados_workbench_host}}/" target="_blank">{{site.arvados_workbench_host}}</a>.  If you are using a different Arvados instance replace @{{ site.arvados_workbench_host }}@ with your private instance in all of the examples in this guide.
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  21 h2. Typographic conventions
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  23 This manual uses the following typographic conventions:
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  25 <notextile>
  26 <ul>
  27 <li>Code blocks which are set aside from the text indicate user input to the system.  Commands that should be entered into a Unix shell are indicated by the directory where you should  enter the command ('~' indicates your home directory) followed by '$', followed by the highlighted <span class="userinput">command to enter</span> (do not enter the '$'), and possibly followed by example command output in black.  For example, the following block indicates that you should type <code>ls foo.*</code> while in your home directory and the expected output will be "foo.input" and "foo.output".
  28 <pre><code>~$ <span class="userinput">ls foo.*</span>
  29 foo.input foo.output
  30 </code></pre>
  31 </li>
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  33 <li>Code blocks inline with text emphasize specific <code>programs</code>, <code>files</code>, or <code>options</code> that are being discussed.</li>
  34 <li>Bold text emphasizes <b>specific items</b> to review on Arvados Workbench pages.</li>
  35 <li>A sequence of steps separated by right arrows (<span class="rarr">&rarr;</span>) indicate a path the user should follow through the Arvados Workbench.  The steps indicate a menu, hyperlink, column name, field name, or other label on the page that guide the user where to look or click.
  36 </li>
  37 </ul>
  38 </notextile>