tools/compute-images/scripts/base.sh

   1 #!/bin/bash -euxo pipefail
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   6
   7 set -eu -o pipefail
   8
   9 SUDO=sudo
  10
  11 wait_for_apt_locks() {
  12   while $SUDO fuser /var/{lib/{dpkg,apt/lists},cache/apt/archives}/lock >/dev/null 2>&1; do
  13     echo "APT: Waiting for apt/dpkg locks to be released..."
  14     sleep 1
  15   done
  16 }
  17
  18 # $DIST should not have a dot if there is one in /etc/os-release (e.g. 18.04)
  19 DIST=$(. /etc/os-release; echo $ID$VERSION_ID | tr -d '.')
  20
  21 # Run apt-get update
  22 $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get --yes update
  23
  24 # Install gnupg and dirmgr or gpg key checks will fail
  25 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  26   gnupg \
  27   dirmngr \
  28   lsb-release
  29
  30 # For good measure, apt-get upgrade
  31 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes upgrade
  32
  33 # Make sure cloud-init is installed
  34 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install cloud-init
  35 if [[ ! -d /var/lib/cloud/scripts/per-boot ]]; then
  36   mkdir -p /var/lib/cloud/scripts/per-boot
  37 fi
  38
  39 TMP_LSB=`/usr/bin/lsb_release -c -s`
  40 LSB_RELEASE_CODENAME=${TMP_LSB//[$'\t\r\n ']}
  41
  42 SET_RESOLVER=
  43 if [ -n "$RESOLVER" ]; then
  44   SET_RESOLVER="--dns ${RESOLVER}"
  45 fi
  46
  47 # Add the arvados apt repository
  48 echo "# apt.arvados.org" |$SUDO tee --append /etc/apt/sources.list.d/apt.arvados.org.list
  49 echo "deb http://apt.arvados.org/$LSB_RELEASE_CODENAME $LSB_RELEASE_CODENAME${REPOSUFFIX} main" |$SUDO tee --append /etc/apt/sources.list.d/apt.arvados.org.list
  50
  51 # Add the arvados signing key
  52 cat /tmp/1078ECD7.asc | $SUDO apt-key add -
  53 # Add the debian keys (but don't abort if we can't find them, e.g. on Ubuntu where we don't need them)
  54 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get install --yes debian-keyring debian-archive-keyring 2>/dev/null || true
  55
  56 # Fix locale
  57 $SUDO /bin/sed -ri 's/# en_US.UTF-8 UTF-8/en_US.UTF-8 UTF-8/' /etc/locale.gen
  58 $SUDO /usr/sbin/locale-gen
  59
  60 # Install some packages we always need
  61 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get --yes update
  62 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  63   openssh-server \
  64   apt-utils \
  65   git \
  66   curl \
  67   libcurl3-gnutls \
  68   libcurl4-openssl-dev \
  69   lvm2 \
  70   cryptsetup \
  71   xfsprogs
  72
  73 # Install the Arvados packages we need
  74 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  75   python3-arvados-fuse \
  76   arvados-docker-cleaner
  77
  78 # We want Docker 20.10 or later so that we support glibc 2.33 and up in the container, cf.
  79 # https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=1005906
  80 dockerversion=5:20.10.13~3-0
  81 if [[ "$DIST" =~ ^debian ]]; then
  82   family="debian"
  83   if [ "$DIST" == "debian10" ]; then
  84     distro="buster"
  85   elif [ "$DIST" == "debian11" ]; then
  86     distro="bullseye"
  87   fi
  88 elif [[ "$DIST" =~ ^ubuntu ]]; then
  89   family="ubuntu"
  90   if [ "$DIST" == "ubuntu1804" ]; then
  91     distro="bionic"
  92   elif [ "$DIST" == "ubuntu2004" ]; then
  93     distro="focal"
  94   fi
  95 else
  96   echo "Unsupported distribution $DIST"
  97   exit 1
  98 fi
  99 curl -fsSL https://download.docker.com/linux/$family/gpg | $SUDO gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg
 100 echo deb [arch=amd64 signed-by=/usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg] https://download.docker.com/linux/$family/ $distro stable | \
 101     $SUDO tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list
 102 $SUDO apt-get update
 103 $SUDO apt-get -yq --no-install-recommends install docker-ce=${dockerversion}~${family}-${distro}
 104
 105 # Set a higher ulimit and the resolver (if set) for docker
 106 $SUDO sed "s/ExecStart=\(.*\)/ExecStart=\1 --default-ulimit nofile=10000:10000 ${SET_RESOLVER}/g" \
 107   /lib/systemd/system/docker.service \
 108   > /etc/systemd/system/docker.service
 109
 110 $SUDO systemctl daemon-reload
 111
 112 # docker should not start on boot: we restart it inside /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh,
 113 # and the BootProbeCommand might be "docker ps -q"
 114 $SUDO systemctl disable docker
 115
 116 # Remove unattended-upgrades if it is installed
 117 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes remove unattended-upgrades --purge
 118
 119 # Configure arvados-docker-cleaner
 120 $SUDO mkdir -p /etc/arvados/docker-cleaner
 121 $SUDO echo -e "{\n  \"Quota\": \"10G\",\n  \"RemoveStoppedContainers\": \"always\"\n}" > /etc/arvados/docker-cleaner/docker-cleaner.json
 122
 123 # Enable cgroup accounting (forcing cgroups v1)
 124 $SUDO echo 'GRUB_CMDLINE_LINUX="$GRUB_CMDLINE_LINUX cgroup_enable=memory swapaccount=1 systemd.unified_cgroup_hierarchy=0"' >> /etc/default/grub
 125 $SUDO update-grub
 126
 127 # Make sure user_allow_other is set in fuse.conf
 128 $SUDO sed -i 's/#user_allow_other/user_allow_other/g' /etc/fuse.conf
 129
 130 # Add crunch user with sudo powers
 131 $SUDO adduser --disabled-password --gecos "Crunch user,,,," crunch
 132 # Do not require a password to sudo
 133 echo -e "# for the crunch user\ncrunch ALL=(ALL) NOPASSWD:ALL" | $SUDO tee /etc/sudoers.d/91-crunch
 134
 135 # Set up the ssh public key for the crunch user
 136 $SUDO mkdir /home/crunch/.ssh
 137 $SUDO mv /tmp/crunch-authorized_keys /home/crunch/.ssh/authorized_keys
 138 $SUDO chown -R crunch:crunch /home/crunch/.ssh
 139 $SUDO chmod 600 /home/crunch/.ssh/authorized_keys
 140 $SUDO chmod 700 /home/crunch/.ssh/
 141
 142 # Make sure we resolve via the provided resolver IP if set. Prepending is good enough because
 143 # unless 'rotate' is set, the nameservers are queried in order (cf. man resolv.conf)
 144 if [ "x$RESOLVER" != "x" ]; then
 145   $SUDO sed -i "s/#prepend domain-name-servers 127.0.0.1;/prepend domain-name-servers ${RESOLVER};/" /etc/dhcp/dhclient.conf
 146 fi
 147
 148 # AWS_EBS_AUTOSCALE is not always set, work around unset variable check
 149 EBS_AUTOSCALE=${AWS_EBS_AUTOSCALE:-}
 150
 151 if [ "$EBS_AUTOSCALE" != "1" ]; then
 152   # Set up the cloud-init script that will ensure encrypted disks
 153   $SUDO mv /tmp/usr-local-bin-ensure-encrypted-partitions.sh /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 154 else
 155   wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install jq unzip
 156
 157   curl -s "https://awscli.amazonaws.com/awscli-exe-linux-x86_64.zip" -o "/tmp/awscliv2.zip"
 158   unzip -q /tmp/awscliv2.zip -d /tmp && $SUDO /tmp/aws/install
 159   # Pinned to v2.4.5 because we apply a patch below
 160   #export EBS_AUTOSCALE_VERSION=$(curl --silent "https://api.github.com/repos/awslabs/amazon-ebs-autoscale/releases/latest" | jq -r .tag_name)
 161   export EBS_AUTOSCALE_VERSION="5ca6e24e05787b8ae1184c2a10db80053ddd3038"
 162   cd /opt && $SUDO git clone https://github.com/arvados/amazon-ebs-autoscale.git
 163   cd /opt/amazon-ebs-autoscale && $SUDO git checkout $EBS_AUTOSCALE_VERSION
 164
 165   # Set up the cloud-init script that makes use of the AWS EBS autoscaler
 166   $SUDO mv /tmp/usr-local-bin-ensure-encrypted-partitions-aws-ebs-autoscale.sh /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 167 fi
 168
 169 $SUDO chmod 755 /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 170 $SUDO chown root:root /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 171 $SUDO mv /tmp/etc-cloud-cloud.cfg.d-07_compute_arvados_dispatch_cloud.cfg /etc/cloud/cloud.cfg.d/07_compute_arvados_dispatch_cloud.cfg
 172 $SUDO chown root:root /etc/cloud/cloud.cfg.d/07_compute_arvados_dispatch_cloud.cfg
 173
 174 if [ "$NVIDIA_GPU_SUPPORT" == "1" ]; then
 175   # We need a kernel and matching headers
 176   if [[ "$DIST" =~ ^debian ]]; then
 177     $SUDO apt-get -y install linux-image-cloud-amd64 linux-headers-cloud-amd64
 178   elif [ "$CLOUD" == "azure" ]; then
 179     $SUDO apt-get -y install linux-image-azure linux-headers-azure
 180   elif [ "$CLOUD" == "aws" ]; then
 181     $SUDO apt-get -y install linux-image-aws linux-headers-aws
 182   fi
 183
 184   # Install CUDA
 185   $SUDO apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/$DIST/x86_64/7fa2af80.pub
 186   $SUDO apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/$DIST/x86_64/3bf863cc.pub
 187   $SUDO apt-get -y install software-properties-common
 188   $SUDO add-apt-repository "deb https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/$DIST/x86_64/ /"
 189   # Ubuntu 18.04's add-apt-repository does not understand 'contrib'
 190   $SUDO add-apt-repository contrib || true
 191   $SUDO apt-get update
 192   $SUDO apt-get -y install cuda
 193
 194   # Install libnvidia-container, the tooling for Docker/Singularity
 195   curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/gpgkey | \
 196     $SUDO apt-key add -
 197   if [ "$DIST" == "debian11" ]; then
 198     # As of 2021-12-16 libnvidia-container and friends are only available for
 199     # Debian 10, not yet Debian 11. Install experimental rc1 package as per this
 200     # workaround:
 201     # https://github.com/NVIDIA/nvidia-docker/issues/1549#issuecomment-989670662
 202     curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/debian10/libnvidia-container.list | \
 203       $SUDO tee /etc/apt/sources.list.d/libnvidia-container.list
 204     $SUDO sed -i -e '/experimental/ s/^#//g' /etc/apt/sources.list.d/libnvidia-container.list
 205   else
 206     # here, $DIST should have a dot if there is one in /etc/os-release (e.g. 18.04)...
 207     DIST=$(. /etc/os-release; echo $ID$VERSION_ID)
 208     curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/$DIST/libnvidia-container.list | \
 209       $SUDO tee /etc/apt/sources.list.d/libnvidia-container.list
 210   fi
 211
 212   $SUDO apt-get update
 213   $SUDO apt-get -y install libnvidia-container1 libnvidia-container-tools nvidia-container-toolkit
 214   # This service fails to start when the image is booted without Nvidia GPUs present, which makes
 215   # `systemctl is-system-running` respond with "degraded" and since that command is our default
 216   # BootProbeCommand, compute nodes never finish booting from Arvados' perspective.
 217   # Disable the service to avoid this. This should be fine because crunch-run does its own basic
 218   # CUDA initialization.
 219   $SUDO systemctl disable nvidia-persistenced.service
 220 fi
 221
 222 # Get Go and build singularity
 223 mkdir -p /var/lib/arvados
 224 rm -rf /var/lib/arvados/go/
 225 curl -s https://storage.googleapis.com/golang/go${GOVERSION}.linux-amd64.tar.gz | tar -C /var/lib/arvados -xzf -
 226 ln -sf /var/lib/arvados/go/bin/* /usr/local/bin/
 227
 228 singularityversion=3.10.4
 229 cd /var/lib/arvados
 230 git clone --recurse-submodules https://github.com/sylabs/singularity
 231 cd singularity
 232 git checkout v${singularityversion}
 233
 234 # build dependencies for singularity
 235 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
 236                             make build-essential libssl-dev uuid-dev cryptsetup \
 237                             squashfs-tools libglib2.0-dev libseccomp-dev
 238
 239
 240 echo $singularityversion > VERSION
 241 ./mconfig --prefix=/var/lib/arvados
 242 make -C ./builddir
 243 make -C ./builddir install
 244 ln -sf /var/lib/arvados/bin/* /usr/local/bin/
 245
 246 # set `mksquashfs mem` in the singularity config file if it is configured
 247 if [ "$MKSQUASHFS_MEM" != "" ]; then
 248   echo "mksquashfs mem = ${MKSQUASHFS_MEM}" >> /var/lib/arvados/etc/singularity/singularity.conf
 249 fi
 250
 251 # Print singularity version installed
 252 singularity --version
 253
 254 $SUDO apt-get clean