doc/_includes/_run_md5sum_py.liquid

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4
   5 arvados.job_setup.one_task_per_input_file(if_sequence=0, and_end_task=True)
   6 this_task = arvados.current_task()
   7
   8 # Get the input collection for this task
   9 this_task_input = this_task['parameters']['input']
  10
  11 # Create a CollectionReader to access the collection
  12 input_collection = arvados.CollectionReader(this_task_input)
  13
  14 # Get the name of the first file in the collection
  15 input_file = list(input_collection.all_files())[0].name()
  16
  17 # Extract the file to a temporary directory
  18 # Returns the directory that the file was written to
  19 input_dir = arvados.util.collection_extract(this_task_input,
  20         'tmp',
  21         files=[input_file],
  22         decompress=False)
  23
  24 # Run the external 'md5sum' program on the input file, with the current working
  25 # directory set to the location the input file was extracted to.
  26 stdoutdata, stderrdata = arvados.util.run_command(
  27         ['md5sum', input_file],
  28         cwd=input_dir)
  29
  30 # Save the standard output (stdoutdata) "md5sum.txt" in the output collection
  31 out = arvados.CollectionWriter()
  32 out.set_current_file_name("md5sum.txt")
  33 out.write(stdoutdata)
  34
  35 this_task.set_output(out.finish())