doc/_includes/_register_cwl_workflow.liquid

   1 <notextile>
   2 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arvados-cwl-runner --create-workflow bwa-mem.cwl</span>
   3 arvados-cwl-runner 1.0.20160628195002, arvados-python-client 0.1.20160616015107, cwltool 1.0.20160629140624
   4 2016-07-01 12:21:01 arvados.arv-run[15796] INFO: Upload local files: "bwa-mem.cwl"
   5 2016-07-01 12:21:01 arvados.arv-run[15796] INFO: Uploaded to qr1hi-4zz18-7e0hedrmkuyoei3
   6 2016-07-01 12:21:01 arvados.cwl-runner[15796] INFO: Created template qr1hi-p5p6p-rjleou1dwr167v5
   7 qr1hi-p5p6p-rjleou1dwr167v5
   8 </code></pre>
   9 </notextile>
  10
  11 You can provide a partial input file to set default values for the workflow input parameters:
  12
  13 <notextile>
  14 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arvados-cwl-runner --create-workflow bwa-mem.cwl bwa-mem-template.yml</span>
  15 arvados-cwl-runner 1.0.20160628195002, arvados-python-client 0.1.20160616015107, cwltool 1.0.20160629140624
  16 2016-07-01 14:09:50 arvados.arv-run[3730] INFO: Upload local files: "bwa-mem.cwl"
  17 2016-07-01 14:09:50 arvados.arv-run[3730] INFO: Uploaded to qr1hi-4zz18-0f91qkovk4ml18o
  18 2016-07-01 14:09:50 arvados.cwl-runner[3730] INFO: Created template qr1hi-p5p6p-0deqe6nuuyqns2i
  19 qr1hi-p5p6p-0deqe6nuuyqns2i
  20 </code></pre>
  21 </notextile>