build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 cmd/arvados-server
  74 doc
  75 lib/cli
  76 lib/cmd
  77 lib/controller
  78 lib/crunchstat
  79 lib/dispatchcloud
  80 services/api
  81 services/arv-git-httpd
  82 services/crunchstat
  83 services/dockercleaner
  84 services/fuse
  85 services/health
  86 services/keep-web
  87 services/keepproxy
  88 services/keepstore
  89 services/keep-balance
  90 services/login-sync
  91 services/nodemanager
  92 services/nodemanager_integration
  93 services/crunch-run
  94 services/crunch-dispatch-local
  95 services/crunch-dispatch-slurm
  96 services/ws
  97 sdk/cli
  98 sdk/pam
  99 sdk/python
 100 sdk/python:py3
 101 sdk/ruby
 102 sdk/go/arvados
 103 sdk/go/arvadosclient
 104 sdk/go/dispatch
 105 sdk/go/keepclient
 106 sdk/go/health
 107 sdk/go/httpserver
 108 sdk/go/manifest
 109 sdk/go/blockdigest
 110 sdk/go/asyncbuf
 111 sdk/go/stats
 112 sdk/go/crunchrunner
 113 sdk/cwl
 114 sdk/R
 115 tools/sync-groups
 116 tools/crunchstat-summary
 117 tools/keep-exercise
 118 tools/keep-rsync
 119 tools/keep-block-check
 120
 121 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 122     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 123
 124 EOF
 125
 126 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 127 # environment that could interfere with the tests.
 128 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 129
 130 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 131 # accident.
 132 GITDIR=
 133 GOPATH=
 134 VENVDIR=
 135 VENV3DIR=
 136 PYTHONPATH=
 137 GEMHOME=
 138 PERLINSTALLBASE=
 139 R_LIBS=
 140
 141 short=
 142 only_install=
 143 temp=
 144 temp_preserve=
 145
 146 clear_temp() {
 147     if [[ -z "$temp" ]]; then
 148         # we didn't even get as far as making a temp dir
 149         :
 150     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 151         rm -rf "$temp"
 152     else
 153         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 154     fi
 155 }
 156
 157 fatal() {
 158     clear_temp
 159     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 160     exit 1
 161 }
 162
 163 exit_cleanly() {
 164     trap - INT
 165     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 166     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 167     stop_services
 168     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 169     report_outcomes
 170     clear_temp
 171     exit ${#failures}
 172 }
 173
 174 sanity_checks() {
 175     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 176         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 177     echo Checking dependencies:
 178     echo -n 'virtualenv: '
 179     virtualenv --version \
 180         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 181     echo -n 'ruby: '
 182     ruby -v \
 183         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 184     echo -n 'go: '
 185     go version \
 186         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 187     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 188         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 189     echo -n 'gcc: '
 190     gcc --version | egrep ^gcc \
 191         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 192     echo -n 'fuse.h: '
 193     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 194         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 195     echo -n 'gnutls.h: '
 196     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 197         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 198     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 199     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 200         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 201     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 202     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 203         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 204     echo -n 'nginx: '
 205     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 206         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 207     echo -n 'perl: '
 208     perl -v | grep version \
 209         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 210     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 211         echo -n "perl $mod: "
 212         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 213             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 214     done
 215     echo -n 'gitolite: '
 216     which gitolite \
 217         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 218     echo -n 'npm: '
 219     npm --version \
 220         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 221     echo -n 'cadaver: '
 222     cadaver --version | grep -w cadaver \
 223           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 224     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 225     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 227     echo -n 'libcurl curl.h: '
 228     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 230     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 231     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 232         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 233     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 234     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 235             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 236     else
 237             echo "OK"
 238     fi
 239     echo -n 'postgresql: '
 240     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 241     echo -n 'phantomjs: '
 242     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 243     echo -n 'xvfb: '
 244     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 245     echo -n 'graphviz: '
 246     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 247
 248     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 249       # R SDK stuff
 250       echo -n 'R: '
 251       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 252       echo -n 'testthat: '
 253       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 254       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 255       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 256       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 257       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 258     fi
 259 }
 260
 261 rotate_logfile() {
 262   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 263   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 264   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 265     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 266     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 267     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 268   fi
 269 }
 270
 271 declare -a failures
 272 declare -A skip
 273 declare -A only
 274 declare -A testargs
 275 skip[apps/workbench_profile]=1
 276 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 277 skip[services/nodemanager_integration]=1
 278
 279 while [[ -n "$1" ]]
 280 do
 281     arg="$1"; shift
 282     case "$arg" in
 283         --help)
 284             echo >&2 "$helpmessage"
 285             echo >&2
 286             exit 1
 287             ;;
 288         --skip)
 289             skip[$1]=1; shift
 290             ;;
 291         --only)
 292             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 293             ;;
 294         --short)
 295             short=1
 296             ;;
 297         --skip-install)
 298             only_install=nothing
 299             ;;
 300         --only-install)
 301             only_install="$1"; shift
 302             ;;
 303         --temp)
 304             temp="$1"; shift
 305             temp_preserve=1
 306             ;;
 307         --leave-temp)
 308             temp_preserve=1
 309             ;;
 310         --repeat)
 311             repeat=$((${1}+0)); shift
 312             ;;
 313         --retry)
 314             retry=1
 315             ;;
 316         *_test=*)
 317             suite="${arg%%_test=*}"
 318             args="${arg#*=}"
 319             testargs["$suite"]="$args"
 320             ;;
 321         *=*)
 322             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 323             ;;
 324         *)
 325             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 326             exit 1
 327             ;;
 328     esac
 329 done
 330
 331 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 332 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 333 NEED_SDK_R=true
 334
 335 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 336    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 337   NEED_SDK_R=false
 338 fi
 339
 340 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 341   NEED_SDK_R=false
 342 fi
 343
 344 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 345         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 346 fi
 347
 348 start_services() {
 349     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 350     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 351         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 352     fi
 353     # Remove empty api.pid file if it exists
 354     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 355         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 356     fi
 357     cd "$WORKSPACE" \
 358         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
 359         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 360         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 361         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 362         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 363         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 364         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 365         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 366         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
 367         && (env | egrep ^ARVADOS)
 368     if [[ -n "$fail" ]]; then
 369        return 1
 370     fi
 371 }
 372
 373 stop_services() {
 374     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 375         return
 376     fi
 377     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 378     cd "$WORKSPACE" \
 379         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 380         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 381         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 382         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 383         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 384         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 385         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 386 }
 387
 388 interrupt() {
 389     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 390     exit_cleanly
 391 }
 392 trap interrupt INT
 393
 394 sanity_checks
 395
 396 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 397
 398 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 399     # Jenkins expects us to use this by default.
 400     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 401 fi
 402
 403 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 404 cd "$WORKSPACE"
 405 find -name '*.pyc' -delete
 406
 407 if [[ -z "$temp" ]]; then
 408     temp="$(mktemp -d)"
 409 fi
 410
 411 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 412 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 413 do
 414     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 415         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 416     fi
 417     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 418         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 419     fi
 420 done
 421
 422 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 423
 424 setup_ruby_environment() {
 425     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 426         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 427         using_rvm=true
 428     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 429         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 430         using_rvm=true
 431     else
 432         using_rvm=false
 433     fi
 434
 435     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 436         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 437         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 438         # the environment to the "current gemset", which would lose
 439         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 440         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 441         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 442         # rvm gemset and use it for everything.
 443
 444         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 445             || fatal 'rvm check'
 446
 447         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 448         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 449         # complaint about not being in first place already.
 450         rvm use @default 2>/dev/null
 451
 452         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 453         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 454         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 455         # ruby to the caller.
 456         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 457         rvm use "@${gemset}" --create \
 458             || fatal 'rvm gemset setup'
 459
 460         rvm env
 461     else
 462         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 463         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 464         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 465         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 466         # should be installed, and we should leave it alone.)
 467
 468         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 469             user_gempath="$(gem env gempath)"
 470             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 471         fi
 472         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 473
 474         # When we build and install our own gems, we install them in our
 475         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 476         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 477         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 478
 479         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 480         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 481         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 482
 483         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 484         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 485         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 486     fi
 487     bundle config || gem install bundler \
 488         || fatal 'install bundler'
 489 }
 490
 491 with_test_gemset() {
 492     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 493         "$@"
 494     else
 495         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 496     fi
 497 }
 498
 499 gem_uninstall_if_exists() {
 500     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 501         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 502     fi
 503 }
 504
 505 setup_virtualenv() {
 506     local venvdest="$1"; shift
 507     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 508         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 509     elif [[ -n "$short" ]]; then
 510         return
 511     fi
 512     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 513         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 514         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 515     else
 516         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 517     fi
 518     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 519     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 520 }
 521
 522 export PERLINSTALLBASE
 523 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 524
 525 export R_LIBS
 526
 527 export GOPATH
 528 (
 529     set -e
 530     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 531     rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "${temp}/GOPATH"
 532     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 533         for d in \
 534             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 535                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 536                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 537             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 538         done
 539     fi
 540     for d in \
 541         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 542         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 543         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 544     done
 545     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 546     go get -v github.com/kardianos/govendor
 547     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 548     if [[ -n "$short" ]]; then
 549         go get -v -d ...
 550         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 551     else
 552         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 553         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 554         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 555         rm -rf vendor/*/
 556         go get -v -d ...
 557         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 558         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 559             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 560
 561 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 562
 563 ";
 564     fi
 565 ) || fatal "Go setup failed"
 566
 567 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 568 . "$VENVDIR/bin/activate"
 569
 570 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 571 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 572     || fatal "pip install PyYAML failed"
 573
 574 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 575 # install" won't pick it up by default.
 576 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 577     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 578         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 579         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 580 fi
 581
 582 # Deactivate Python 2 virtualenv
 583 deactivate
 584
 585 declare -a pythonstuff
 586 pythonstuff=(
 587     sdk/pam
 588     sdk/python
 589     sdk/python:py3
 590     sdk/cwl
 591     services/dockercleaner:py3
 592     services/fuse
 593     services/nodemanager
 594     tools/crunchstat-summary
 595     )
 596
 597 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 598 # Otherwise, skip dependent tests.
 599 PYTHON3=$(which python3)
 600 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 601     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 602 else
 603     PYTHON3=
 604     cat >&2 <<EOF
 605
 606 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 607
 608 EOF
 609 fi
 610
 611 # Reactivate Python 2 virtualenv
 612 . "$VENVDIR/bin/activate"
 613
 614 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 615 # whine a lot.
 616 setup_ruby_environment
 617
 618 echo "PATH is $PATH"
 619
 620 if ! which bundler >/dev/null
 621 then
 622     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 623 fi
 624
 625 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 626 # that happens even if we don't end up running services that set up
 627 # logging.
 628 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 629 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 630
 631 retry() {
 632     remain="${repeat}"
 633     while :
 634     do
 635         if ${@}; then
 636             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 637                 remain=$((${remain}-1))
 638                 title "Repeating ${remain} more times"
 639             else
 640                 break
 641             fi
 642         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 643             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 644             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 645             then
 646                 break
 647             fi
 648         else
 649             break
 650         fi
 651     done
 652 }
 653
 654 do_test() {
 655     case "${1}" in
 656         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 657             suite=apps/workbench
 658             ;;
 659         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 660             suite=services/nodemanager_suite
 661             ;;
 662         *)
 663             suite="${1}"
 664             ;;
 665     esac
 666     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 667               (${#only[@]} -eq 0 || ${only[$suite]} = 1 || \
 668                    ${only[$1]} = 1) ||
 669                   ${only[$2]} = 1 ]]; then
 670         retry do_test_once ${@}
 671     else
 672         title "Skipping ${1} tests"
 673     fi
 674 }
 675
 676 do_test_once() {
 677     unset result
 678
 679     title "Running $1 tests"
 680     timer_reset
 681     if [[ "$2" == "go" ]]
 682     then
 683         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 684         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 685         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 686         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 687         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 688         # compilation errors.
 689         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 690             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 691             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 692             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 693         then
 694             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 695             # does:
 696             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 697         else
 698             # The above form gets verbose even when testargs is
 699             # empty, so use this form in such cases:
 700             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 701         fi
 702         result=${result:-$?}
 703         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 704         then
 705             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 706             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 707         fi
 708     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 709     then
 710         tries=0
 711         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 712         do
 713             tries=$((${tries}+1))
 714             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 715             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 716             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 717             result=$?
 718             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 719             then
 720                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 721                 continue
 722             else
 723                 break
 724             fi
 725         done
 726     elif [[ "$2" != "" ]]
 727     then
 728         "test_$2"
 729     else
 730         "test_$1"
 731     fi
 732     result=${result:-$?}
 733     checkexit $result "$1 tests"
 734     title "End of $1 tests (`timer`)"
 735     return $result
 736 }
 737
 738 do_install() {
 739   skipit=false
 740
 741   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" || "${only_install}" == "${2}" ]]; then
 742       retry do_install_once ${@}
 743   else
 744       skipit=true
 745   fi
 746
 747   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 748     title "Skipping $1 install"
 749   fi
 750 }
 751
 752 do_install_once() {
 753     title "Running $1 install"
 754     timer_reset
 755     if [[ "$2" == "go" ]]
 756     then
 757         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 758     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 759     then
 760         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 761         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 762
 763         # Need to change to a different directory after creating
 764         # the source dist package to avoid a pip bug.
 765         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 766
 767         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 768         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 769         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 770         # install" ensures that we've actually installed the local package
 771         # we just built.
 772         cd "$WORKSPACE/$1" \
 773             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 774             && cd "$WORKSPACE" \
 775             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 776             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 777     elif [[ "$2" != "" ]]
 778     then
 779         "install_$2"
 780     else
 781         "install_$1"
 782     fi
 783     result=$?
 784     checkexit $result "$1 install"
 785     title "End of $1 install (`timer`)"
 786     return $result
 787 }
 788
 789 bundle_install_trylocal() {
 790     (
 791         set -e
 792         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 793         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 794             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 795             bundle install --no-deployment
 796         fi
 797         bundle package --all
 798     )
 799 }
 800
 801 install_doc() {
 802     cd "$WORKSPACE/doc" \
 803         && bundle_install_trylocal \
 804         && rm -rf .site
 805 }
 806 do_install doc
 807
 808 install_gem() {
 809     gemname=$1
 810     srcpath=$2
 811     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 812         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 813         && bundle_install_trylocal \
 814         && gem build "$gemname.gemspec" \
 815         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 816 }
 817
 818 install_ruby_sdk() {
 819     install_gem arvados sdk/ruby
 820 }
 821 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 822
 823 install_R_sdk() {
 824   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 825     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 826        && Rscript --vanilla install_deps.R
 827   fi
 828 }
 829 do_install sdk/R R_sdk
 830
 831 install_perl_sdk() {
 832     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 833         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 834         && make install INSTALLDIRS=perl
 835 }
 836 do_install sdk/perl perl_sdk
 837
 838 install_cli() {
 839     install_gem arvados-cli sdk/cli
 840 }
 841 do_install sdk/cli cli
 842
 843 install_login-sync() {
 844     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 845 }
 846 do_install services/login-sync login-sync
 847
 848 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 849 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 850 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 851 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 852 # keepproxy).
 853 for p in "${pythonstuff[@]}"
 854 do
 855     dir=${p%:py3}
 856     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 857         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 858             do_install ${dir} pip
 859         fi
 860     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 861         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 862             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 863         fi
 864     fi
 865 done
 866
 867 install_apiserver() {
 868     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 869         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 870
 871     rm -f config/environments/test.rb
 872     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 873
 874     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 875     then
 876         for f in database.yml
 877         do
 878             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 879         done
 880     fi
 881
 882     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 883     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 884     # is a postgresql superuser.
 885     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 886         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 887         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 888
 889     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 890
 891     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 892     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 893         (
 894             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 895             set -ex
 896             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 897             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 898         ) || return 1
 899     fi
 900
 901     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 902         && rm -rf tmp/git \
 903         && mkdir -p tmp/git \
 904         && cd tmp/git \
 905         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 906         && mkdir -p internal.git \
 907         && git --git-dir internal.git init \
 908             || return 1
 909
 910     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 911         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 912         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 913         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 914 }
 915 do_install services/api apiserver
 916
 917 declare -a gostuff
 918 gostuff=(
 919     cmd/arvados-client
 920     cmd/arvados-server
 921     lib/cli
 922     lib/cmd
 923     lib/controller
 924     lib/crunchstat
 925     lib/dispatchcloud
 926     sdk/go/arvados
 927     sdk/go/arvadosclient
 928     sdk/go/blockdigest
 929     sdk/go/dispatch
 930     sdk/go/health
 931     sdk/go/httpserver
 932     sdk/go/manifest
 933     sdk/go/asyncbuf
 934     sdk/go/crunchrunner
 935     sdk/go/stats
 936     services/arv-git-httpd
 937     services/crunchstat
 938     services/health
 939     services/keep-web
 940     services/keepstore
 941     sdk/go/keepclient
 942     services/keep-balance
 943     services/keepproxy
 944     services/crunch-dispatch-local
 945     services/crunch-dispatch-slurm
 946     services/crunch-run
 947     services/ws
 948     tools/keep-block-check
 949     tools/keep-exercise
 950     tools/keep-rsync
 951     tools/sync-groups
 952 )
 953 for g in "${gostuff[@]}"
 954 do
 955     do_install "$g" go
 956 done
 957
 958 install_workbench() {
 959     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 960         && mkdir -p tmp/cache \
 961         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 962         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 963 }
 964 do_install apps/workbench workbench
 965
 966 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 967
 968 test_doclinkchecker() {
 969     (
 970         set -e
 971         cd "$WORKSPACE/doc"
 972         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 973         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 974         # do much good!
 975         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 976     )
 977 }
 978 do_test doc doclinkchecker
 979
 980 stop_services
 981
 982 test_apiserver() {
 983     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 984     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 985         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 986 }
 987 do_test services/api apiserver
 988
 989 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 990 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 991 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 992   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 993   exit_cleanly
 994 fi
 995
 996 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 997
 998 test_ruby_sdk() {
 999     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1000         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1001 }
1002 do_test sdk/ruby ruby_sdk
1003
1004 test_R_sdk() {
1005   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1006     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1007         && Rscript --vanilla run_test.R
1008   fi
1009 }
1010
1011 do_test sdk/R R_sdk
1012
1013 test_cli() {
1014     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1015         && mkdir -p /tmp/keep \
1016         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1017 }
1018 do_test sdk/cli cli
1019
1020 test_login-sync() {
1021     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1022         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1023 }
1024 do_test services/login-sync login-sync
1025
1026 test_nodemanager_integration() {
1027     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1028         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1029 }
1030 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1031
1032 for p in "${pythonstuff[@]}"
1033 do
1034     dir=${p%:py3}
1035     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1036         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1037             do_test ${dir} pip
1038         fi
1039     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1040         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1041             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1042         fi
1043     fi
1044 done
1045
1046 for g in "${gostuff[@]}"
1047 do
1048     do_test "$g" go
1049 done
1050
1051 test_workbench_units() {
1052     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1053         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1054 }
1055 do_test apps/workbench_units workbench_units
1056
1057 test_workbench_functionals() {
1058     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1059         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1060 }
1061 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1062
1063 test_workbench_integration() {
1064     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1065         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1066 }
1067 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1068
1069
1070 test_workbench_benchmark() {
1071     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1072         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1073 }
1074 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1075
1076 test_workbench_profile() {
1077     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1078         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1079 }
1080 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1081
1082 exit_cleanly