crunch_scripts/arvados-bcbio-nextgen.py

   1 #!/usr/bin/python
   2
   3 import arvados
   4 import subprocess
   5 import subst
   6 import shutil
   7 import os
   8 import sys
   9
  10 if len(arvados.current_task()['parameters']) > 0:
  11     p = arvados.current_task()['parameters']
  12 else:
  13     p = arvados.current_job()['script_parameters']
  14
  15 t = arvados.current_task().tmpdir
  16
  17 os.unlink("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy")
  18 os.mkdir("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy")
  19 shutil.copy("/usr/local/share/bcbio-nextgen/config/bcbio_system.yaml", "/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy")
  20
  21 with open("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool_data_table_conf.xml", "w") as f:
  22     f.write('''<tables>
  23     <!-- Locations of indexes in the BWA mapper format -->
  24     <table name="bwa_indexes" comment_char="#">
  25         <columns>value, dbkey, name, path</columns>
  26         <file path="tool-data/bwa_index.loc" />
  27     </table>
  28     <!-- Locations of indexes in the Bowtie2 mapper format -->
  29     <table name="bowtie2_indexes" comment_char="#">
  30         <columns>value, dbkey, name, path</columns>
  31         <file path="tool-data/bowtie2_indices.loc" />
  32     </table>
  33     <!-- Locations of indexes in the Bowtie2 mapper format for TopHat2 to use -->
  34     <table name="tophat2_indexes" comment_char="#">
  35         <columns>value, dbkey, name, path</columns>
  36         <file path="tool-data/bowtie2_indices.loc" />
  37     </table>
  38     <!-- Location of SAMTools indexes and other files -->
  39     <table name="sam_fa_indexes" comment_char="#">
  40         <columns>index, value, path</columns>
  41         <file path="tool-data/sam_fa_indices.loc" />
  42     </table>
  43     <!-- Location of Picard dict file and other files -->
  44     <table name="picard_indexes" comment_char="#">
  45         <columns>value, dbkey, name, path</columns>
  46         <file path="tool-data/picard_index.loc" />
  47     </table>
  48     <!-- Location of Picard dict files valid for GATK -->
  49     <table name="gatk_picard_indexes" comment_char="#">
  50         <columns>value, dbkey, name, path</columns>
  51         <file path="tool-data/gatk_sorted_picard_index.loc" />
  52     </table>
  53 </tables>
  54 ''')
  55
  56 os.mkdir("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data")
  57
  58 with open("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data/bowtie2_indices.loc", "w") as f:
  59     f.write(subst.do_substitution(p, "GRCh37\tGRCh37\tHuman (GRCh37)\t$(dir $(bowtie2_indices))\n"))
  60
  61 with open("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data/bwa_index.loc", "w") as f:
  62     f.write(subst.do_substitution(p, "GRCh37\tGRCh37\tHuman (GRCh37)\t$(file $(bwa_index))\n"))
  63
  64 with open("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data/gatk_sorted_picard_index.loc", "w") as f:
  65     f.write(subst.do_substitution(p, "GRCh37\tGRCh37\tHuman (GRCh37)\t$(file $(gatk_sorted_picard_index))\n"))
  66
  67 with open("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data/picard_index.loc", "w") as f:
  68     f.write(subst.do_substitution(p, "GRCh37\tGRCh37\tHuman (GRCh37)\t$(file $(picard_index))\n"))
  69
  70 with open("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data/sam_fa_indices.loc", "w") as f:
  71     f.write(subst.do_substitution(p, "index\tGRCh37\t$(file $(sam_fa_indices))\n"))
  72
  73 with open("/tmp/crunch-job/freebayes-variant.yaml", "w") as f:
  74     f.write('''
  75 # Template for whole genome Illumina variant calling with FreeBayes
  76 # This is a GATK-free pipeline without post-alignment BAM pre-processing
  77 # (recalibration and realignment)
  78 ---
  79 details:
  80   - analysis: variant2
  81     genome_build: GRCh37
  82     # to do multi-sample variant calling, assign samples the same metadata / batch
  83     # metadata:
  84     #   batch: your-arbitrary-batch-name
  85     algorithm:
  86       aligner: bwa
  87       mark_duplicates: true
  88       recalibrate: false
  89       realign: false
  90       variantcaller: freebayes
  91       platform: illumina
  92       quality_format: Standard
  93       # for targetted projects, set the region
  94       # variant_regions: /path/to/your.bed
  95 ''')
  96
  97 os.unlink("/usr/local/share/bcbio-nextgen/gemini_data")
  98 os.symlink(arvados.get_job_param_mount("gemini_data"), "/usr/local/share/bcbio-nextgen/gemini_data")
  99
 100 os.chdir(arvados.current_task().tmpdir)
 101
 102 rcode = subprocess.call(["bcbio_nextgen.py", "--workflow", "template", "/tmp/crunch-job/freebayes-variant.yaml", "project1",
 103                          subst.do_substitution(p, "$(file $(R1))"),
 104                          subst.do_substitution(p, "$(file $(R2))")])
 105
 106 os.chdir("project1/work")
 107
 108 os.symlink("/usr/local/share/bcbio-nextgen/galaxy/tool-data", "tool-data")
 109
 110 rcode = subprocess.call(["bcbio_nextgen.py", "../config/project1.yaml", "-n", os.environ['CRUNCH_NODE_SLOTS']])
 111
 112 print("run-command: completed with exit code %i (%s)" % (rcode, "success" if rcode == 0 else "failed"))
 113
 114 if rcode == 0:
 115     os.chdir("../final")
 116
 117     print("arvados-bcbio-nextgen: the follow output files will be saved to keep:")
 118
 119     subprocess.call(["find", ".", "-type", "f", "-printf", "arvados-bcbio-nextgen: %12.12s %h/%f\\n"])
 120
 121     print("arvados-bcbio-nextgen: start writing output to keep")
 122
 123     done = False
 124     while not done:
 125         try:
 126             out = arvados.CollectionWriter()
 127             out.write_directory_tree(".", max_manifest_depth=0)
 128             outuuid = out.finish()
 129             api.job_tasks().update(uuid=arvados.current_task()['uuid'],
 130                                                  body={
 131                                                      'output':outuuid,
 132                                                      'success': (rcode == 0),
 133                                                      'progress':1.0
 134                                                  }).execute()
 135             done = True
 136         except Exception as e:
 137             print("arvados-bcbio-nextgen: caught exception: {}".format(e))
 138             time.sleep(5)
 139
 140 sys.exit(rcode)