services/api/test/unit/salvage_collection_test.rb

   1 require 'test_helper'
   2 require 'salvage_collection'
   3
   4 TEST_MANIFEST = ". 341dabea2bd78ad0d6fc3f5b926b450e+85626+Ad391622a17f61e4a254eda85d1ca751c4f368da9@55e076ce 0:85626:brca2-hg19.fa\n. d7321a918923627c972d8f8080c07d29+82570+A22e0a1d9b9bc85c848379d98bedc64238b0b1532@55e076ce 0:82570:brca1-hg19.fa\n"
   5
   6 module Kernel
   7   def exit code
   8     raise "Exit code #{code}" if code == 200
   9   end
  10 end
  11
  12 module SalvageCollection
  13   def self.salvage_collection_arv_put(temp_file)
  14     file_contents = file = File.new(temp_file.path, "r").gets
  15
  16     # simulate arv-put error when it is 'user_agreement'
  17     if file_contents.include? 'GNU_General_Public_License'
  18       return ''
  19     else
  20       ". " +
  21       Digest::MD5.hexdigest(TEST_MANIFEST) +
  22       " 0:" + TEST_MANIFEST.length.to_s + ":invalid_manifest_text.txt\n"
  23     end
  24   end
  25 end
  26
  27 class SalvageCollectionTest < ActiveSupport::TestCase
  28   include SalvageCollection
  29
  30   setup do
  31     set_user_from_auth :admin
  32     # arv-put needs ARV env variables
  33     ENV['ARVADOS_API_HOST'] = 'unused_by_test'
  34     ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] = 'unused_by_test'
  35   end
  36
  37   teardown do
  38     ENV['ARVADOS_API_HOST'] = ''
  39     ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] = ''
  40   end
  41
  42   test "salvage test collection" do
  43     # create a collection to test salvaging
  44     src_collection = Collection.new name: "test collection", manifest_text: TEST_MANIFEST
  45     src_collection.save!
  46
  47     # salvage this collection
  48     SalvageCollection.salvage_collection src_collection.uuid, 'test salvage collection - see #6277, #6859'
  49
  50     # verify the updated src_collection data
  51     updated_src_collection = Collection.find_by_uuid src_collection.uuid
  52     updated_name = updated_src_collection.name
  53     assert_equal true, updated_name.include?(src_collection.name)
  54
  55     match = updated_name.match /^test collection.*salvaged data at (.*)\)$/
  56     assert_not_nil match
  57     assert_not_nil match[1]
  58     assert_empty updated_src_collection.manifest_text
  59
  60     # match[1] is the uuid of the new collection created from src_collection's salvaged data
  61     # use this to get the new collection and verify
  62     new_collection = Collection.find_by_uuid match[1]
  63     match = new_collection.name.match /^salvaged from (.*),.*/
  64     assert_not_nil match
  65     assert_equal src_collection.uuid, match[1]
  66
  67     # verify the new collection's manifest format
  68     match = new_collection.manifest_text.match /^. (.*) (.*):invalid_manifest_text.txt\n. (.*) (.*):salvaged_data/
  69     assert_not_nil match
  70   end
  71
  72   test "salvage collection with no uuid required argument" do
  73     status = SalvageCollection.salvage_collection nil
  74     assert_equal false, status
  75   end
  76
  77   test "salvage collection with bogus uuid" do
  78     status = SalvageCollection.salvage_collection 'bogus-uuid'
  79     assert_equal false, status
  80   end
  81
  82   test "salvage collection with no env ARVADOS_API_HOST" do
  83     exited = false
  84     begin
  85       ENV['ARVADOS_API_HOST'] = ''
  86       ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] = ''
  87       SalvageCollection.salvage_collection collections('user_agreement').uuid
  88     rescue => e
  89       assert_equal "Exit code 200", e.message
  90       exited = true
  91     end
  92     assert_equal true, exited
  93   end
  94
  95   test "salvage collection with error during arv-put" do
  96     # try to salvage collection while mimicking error during arv-put
  97     status = SalvageCollection.salvage_collection collections('user_agreement').uuid
  98     assert_equal false, status
  99   end
 100 end