sdk/cwl/tests/wf/revsort/revsort.cwl

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
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   5 #
   6 # This is a two-step workflow which uses "revtool" and "sorttool" defined above.
   7 #
   8 class: Workflow
   9 doc: "Reverse the lines in a document, then sort those lines."
  10 cwlVersion: v1.0
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  13 # The inputs array defines the structure of the input object that describes
  14 # the inputs to the workflow.
  15 #
  16 # The "reverse_sort" input parameter demonstrates the "default" field.  If the
  17 # field "reverse_sort" is not provided in the input object, the default value will
  18 # be used.
  19 inputs:
  20   input:
  21     type: File
  22     doc: "The input file to be processed."
  23   reverse_sort:
  24     type: boolean
  25     default: true
  26     doc: "If true, reverse (decending) sort"
  27
  28 # The "outputs" array defines the structure of the output object that describes
  29 # the outputs of the workflow.
  30 #
  31 # Each output field must be connected to the output of one of the workflow
  32 # steps using the "connect" field.  Here, the parameter "#output" of the
  33 # workflow comes from the "#sorted" output of the "sort" step.
  34 outputs:
  35   output:
  36     type: File
  37     outputSource: sorted/output
  38     doc: "The output with the lines reversed and sorted."
  39
  40 # The "steps" array lists the executable steps that make up the workflow.
  41 # The tool to execute each step is listed in the "run" field.
  42 #
  43 # In the first step, the "inputs" field of the step connects the upstream
  44 # parameter "#input" of the workflow to the input parameter of the tool
  45 # "revtool.cwl#input"
  46 #
  47 # In the second step, the "inputs" field of the step connects the output
  48 # parameter "#reversed" from the first step to the input parameter of the
  49 # tool "sorttool.cwl#input".
  50 steps:
  51   rev:
  52     in:
  53       input: input
  54     out: [output]
  55     run: revtool.cwl
  56
  57   sorted:
  58     in:
  59       input: rev/output
  60       reverse: reverse_sort
  61     out: [output]
  62     run: sorttool.cwl