13306: Adding a py3 variant of the sdk/cwl tests to run-tests.sh
[arvados.git] / build / run-tests.sh
1 #!/bin/bash
2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
3 #
4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
5
6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
7
8 COLUMNS=80
9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
10
11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
13
14 Exit non-zero if any tests fail.
15
16 Syntax:
17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
18
19 Options:
20
21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
27                subsequent invocations.
28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
32                from a previous invocation if you use this option.
33 --only-install Run specific install step
34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
39                Restrict apiserver tests to the given file
40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
41                Restrict Python SDK tests to the given class
42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
43                Restrict Workbench tests to the given file
44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
45                Show all log messages, even when tests pass (also works
46                with services/keepstore_test etc.)
47 ARVADOS_DEBUG=1
48                Print more debug messages
49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
50                *_test, and other examples shown above.
51
52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
54 test suites depend on other components being installed, and installing
55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
56
57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
59
60 More information and background:
61
62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
63
64 Available tests:
65
66 apps/workbench (*)
67 apps/workbench_units (*)
68 apps/workbench_functionals (*)
69 apps/workbench_integration (*)
70 apps/workbench_benchmark
71 apps/workbench_profile
72 cmd/arvados-client
73 cmd/arvados-server
74 doc
75 lib/cli
76 lib/cmd
77 lib/controller
78 lib/crunchstat
79 lib/dispatchcloud
80 lib/dispatchcloud/container
81 lib/dispatchcloud/scheduler
82 lib/dispatchcloud/ssh_executor
83 lib/dispatchcloud/worker
84 services/api
85 services/arv-git-httpd
86 services/crunchstat
87 services/dockercleaner
88 services/fuse
89 services/health
90 services/keep-web
91 services/keepproxy
92 services/keepstore
93 services/keep-balance
94 services/login-sync
95 services/nodemanager
96 services/nodemanager_integration
97 services/crunch-run
98 services/crunch-dispatch-local
99 services/crunch-dispatch-slurm
100 services/ws
101 sdk/cli
102 sdk/pam
103 sdk/python
104 sdk/python:py3
105 sdk/ruby
106 sdk/go/arvados
107 sdk/go/arvadosclient
108 sdk/go/auth
109 sdk/go/dispatch
110 sdk/go/keepclient
111 sdk/go/health
112 sdk/go/httpserver
113 sdk/go/manifest
114 sdk/go/blockdigest
115 sdk/go/asyncbuf
116 sdk/go/stats
117 sdk/go/crunchrunner
118 sdk/cwl
119 sdk/R
120 tools/sync-groups
121 tools/crunchstat-summary
122 tools/keep-exercise
123 tools/keep-rsync
124 tools/keep-block-check
125
126 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
127     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
128
129 EOF
130
131 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
132 # environment that could interfere with the tests.
133 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
134
135 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
136 # accident.
137 GITDIR=
138 GOPATH=
139 VENVDIR=
140 VENV3DIR=
141 PYTHONPATH=
142 GEMHOME=
143 PERLINSTALLBASE=
144 R_LIBS=
145
146 short=
147 only_install=
148 temp=
149 temp_preserve=
150
151 clear_temp() {
152     if [[ -z "$temp" ]]; then
153         # we didn't even get as far as making a temp dir
154         :
155     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
156         rm -rf "$temp"
157     else
158         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
159     fi
160 }
161
162 fatal() {
163     clear_temp
164     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
165     exit 1
166 }
167
168 exit_cleanly() {
169     trap - INT
170     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
171     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
172     stop_services
173     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
174     report_outcomes
175     clear_temp
176     exit ${#failures}
177 }
178
179 sanity_checks() {
180     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
181         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
182     echo Checking dependencies:
183     echo -n 'virtualenv: '
184     virtualenv --version \
185         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
186     echo -n 'ruby: '
187     ruby -v \
188         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
189     echo -n 'go: '
190     go version \
191         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
192     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
193         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
194     echo -n 'gcc: '
195     gcc --version | egrep ^gcc \
196         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
197     echo -n 'fuse.h: '
198     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
199         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
200     echo -n 'gnutls.h: '
201     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
202         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
203     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
204     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
205         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
206     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
207     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
208         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
209     echo -n 'nginx: '
210     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
211         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
212     echo -n 'perl: '
213     perl -v | grep version \
214         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
215     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
216         echo -n "perl $mod: "
217         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
218             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
219     done
220     echo -n 'gitolite: '
221     which gitolite \
222         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
223     echo -n 'npm: '
224     npm --version \
225         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
226     echo -n 'cadaver: '
227     cadaver --version | grep -w cadaver \
228           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
229     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
230     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
231         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
232     echo -n 'libcurl curl.h: '
233     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
234         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
235     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
236     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
237         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
238     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
239     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
240             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
241     else
242             echo "OK"
243     fi
244     echo -n 'postgresql: '
245     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
246     echo -n 'phantomjs: '
247     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
248     echo -n 'xvfb: '
249     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
250     echo -n 'graphviz: '
251     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
252     echo -n 'geckodriver: '
253     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
254
255     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
256       # R SDK stuff
257       echo -n 'R: '
258       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
259       echo -n 'testthat: '
260       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
261       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
262       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
263       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
264       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
265     fi
266 }
267
268 rotate_logfile() {
269   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
270   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
271   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
272     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
273     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
274     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
275   fi
276 }
277
278 declare -a failures
279 declare -A skip
280 declare -A only
281 declare -A testargs
282 skip[apps/workbench_profile]=1
283 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
284 skip[services/nodemanager_integration]=1
285
286 while [[ -n "$1" ]]
287 do
288     arg="$1"; shift
289     case "$arg" in
290         --help)
291             echo >&2 "$helpmessage"
292             echo >&2
293             exit 1
294             ;;
295         --skip)
296             skip[$1]=1; shift
297             ;;
298         --only)
299             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
300             ;;
301         --short)
302             short=1
303             ;;
304         --skip-install)
305             only_install=nothing
306             ;;
307         --only-install)
308             only_install="$1"; shift
309             ;;
310         --temp)
311             temp="$1"; shift
312             temp_preserve=1
313             ;;
314         --leave-temp)
315             temp_preserve=1
316             ;;
317         --repeat)
318             repeat=$((${1}+0)); shift
319             ;;
320         --retry)
321             retry=1
322             ;;
323         *_test=*)
324             suite="${arg%%_test=*}"
325             args="${arg#*=}"
326             testargs["$suite"]="$args"
327             ;;
328         *=*)
329             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
330             ;;
331         *)
332             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
333             exit 1
334             ;;
335     esac
336 done
337
338 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
339 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
340 NEED_SDK_R=true
341
342 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
343    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
344   NEED_SDK_R=false
345 fi
346
347 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
348   NEED_SDK_R=false
349 fi
350
351 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
352         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
353 fi
354
355 start_services() {
356     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
357     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
358         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
359     fi
360     # Remove empty api.pid file if it exists
361     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
362         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
363     fi
364     cd "$WORKSPACE" \
365         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
366         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
367         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
368         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
369         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
370         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
371         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
372         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
373         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
374         && (env | egrep ^ARVADOS)
375     if [[ -n "$fail" ]]; then
376        return 1
377     fi
378 }
379
380 stop_services() {
381     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
382         return
383     fi
384     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
385     cd "$WORKSPACE" \
386         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
387         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
388         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
389         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
390         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
391         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
392         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
393 }
394
395 interrupt() {
396     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
397     exit_cleanly
398 }
399 trap interrupt INT
400
401 sanity_checks
402
403 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
404
405 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
406     # Jenkins expects us to use this by default.
407     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
408 fi
409
410 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
411 cd "$WORKSPACE"
412 find -name '*.pyc' -delete
413
414 if [[ -z "$temp" ]]; then
415     temp="$(mktemp -d)"
416 fi
417
418 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
419 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
420 do
421     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
422         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
423     fi
424     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
425         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
426     fi
427 done
428
429 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
430
431 setup_ruby_environment() {
432     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
433         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
434         using_rvm=true
435     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
436         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
437         using_rvm=true
438     else
439         using_rvm=false
440     fi
441
442     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
443         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
444         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
445         # the environment to the "current gemset", which would lose
446         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
447         # programs (for example, the Workbench test suite could not
448         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
449         # rvm gemset and use it for everything.
450
451         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
452             || fatal 'rvm check'
453
454         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
455         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
456         # complaint about not being in first place already.
457         rvm use @default 2>/dev/null
458
459         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
460         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
461         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
462         # ruby to the caller.
463         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
464         rvm use "@${gemset}" --create \
465             || fatal 'rvm gemset setup'
466
467         rvm env
468     else
469         # When our "bundle install"s need to install new gems to
470         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
471         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
472         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
473         # should be installed, and we should leave it alone.)
474
475         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
476             user_gempath="$(gem env gempath)"
477             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
478         fi
479         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
480
481         # When we build and install our own gems, we install them in our
482         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
483         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
484         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
485
486         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
487         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
488         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
489
490         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
491         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
492         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
493     fi
494     bundle config || gem install bundler \
495         || fatal 'install bundler'
496 }
497
498 with_test_gemset() {
499     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
500         "$@"
501     else
502         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
503     fi
504 }
505
506 gem_uninstall_if_exists() {
507     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
508         gem uninstall --force --all --executables "$1"
509     fi
510 }
511
512 setup_virtualenv() {
513     local venvdest="$1"; shift
514     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
515         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
516     elif [[ -n "$short" ]]; then
517         return
518     fi
519     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
520         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
521         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
522     else
523         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
524     fi
525     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
526     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
527 }
528
529 export PERLINSTALLBASE
530 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
531
532 export R_LIBS
533
534 export GOPATH
535 (
536     set -e
537     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
538     rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "${temp}/GOPATH"
539     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
540         for d in \
541             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
542                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
543                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
544             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
545         done
546     fi
547     for d in \
548         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
549         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
550         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
551     done
552     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
553     go get -v github.com/kardianos/govendor
554     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
555     if [[ -n "$short" ]]; then
556         go get -v -d ...
557         "$GOPATH/bin/govendor" sync
558     else
559         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
560         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
561         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
562         rm -rf vendor/*/
563         go get -v -d ...
564         "$GOPATH/bin/govendor" sync
565         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
566             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
567
568 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
569
570 ";
571     fi
572 ) || fatal "Go setup failed"
573
574 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
575 . "$VENVDIR/bin/activate"
576
577 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
578 pip install --no-cache-dir PyYAML \
579     || fatal "pip install PyYAML failed"
580
581 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
582 # install" won't pick it up by default.
583 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
584     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
585         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
586         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
587 fi
588
589 # Deactivate Python 2 virtualenv
590 deactivate
591
592 declare -a pythonstuff
593 pythonstuff=(
594     sdk/pam
595     sdk/python
596     sdk/python:py3
597     sdk/cwl
598     sdk/cwl:py3
599     services/dockercleaner:py3
600     services/fuse
601     services/nodemanager
602     tools/crunchstat-summary
603     )
604
605 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
606 # Otherwise, skip dependent tests.
607 PYTHON3=$(which python3)
608 if [[ ${?} = 0 ]]; then
609     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
610 else
611     PYTHON3=
612     cat >&2 <<EOF
613
614 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
615
616 EOF
617 fi
618
619 # Reactivate Python 2 virtualenv
620 . "$VENVDIR/bin/activate"
621
622 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
623 # whine a lot.
624 setup_ruby_environment
625
626 echo "PATH is $PATH"
627
628 if ! which bundler >/dev/null
629 then
630     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
631 fi
632
633 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
634 # that happens even if we don't end up running services that set up
635 # logging.
636 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
637 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
638
639 retry() {
640     remain="${repeat}"
641     while :
642     do
643         if ${@}; then
644             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
645                 remain=$((${remain}-1))
646                 title "Repeating ${remain} more times"
647             else
648                 break
649             fi
650         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
651             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
652             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
653             then
654                 break
655             fi
656         else
657             break
658         fi
659     done
660 }
661
662 do_test() {
663     case "${1}" in
664         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
665             suite=apps/workbench
666             ;;
667         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
668             suite=services/nodemanager_suite
669             ;;
670         *)
671             suite="${1}"
672             ;;
673     esac
674     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
675               (${#only[@]} -eq 0 || ${only[$suite]} -eq 1 || \
676                    ${only[$1]} -eq 1) ||
677                   ${only[$2]} -eq 1 ]]; then
678         retry do_test_once ${@}
679     else
680         title "Skipping ${1} tests"
681     fi
682 }
683
684 do_test_once() {
685     unset result
686
687     title "Running $1 tests"
688     timer_reset
689     if [[ "$2" == "go" ]]
690     then
691         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
692         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
693         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
694         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
695         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
696         # compilation errors.
697         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
698             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
699             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
700             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
701         then
702             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
703             # does:
704             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
705         else
706             # The above form gets verbose even when testargs is
707             # empty, so use this form in such cases:
708             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
709         fi
710         result=${result:-$?}
711         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
712         then
713             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
714             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
715         fi
716     elif [[ "$2" == "pip" ]]
717     then
718         tries=0
719         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
720         do
721             tries=$((${tries}+1))
722             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
723             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
724             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
725             result=$?
726             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
727             then
728                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
729                 continue
730             else
731                 break
732             fi
733         done
734     elif [[ "$2" != "" ]]
735     then
736         "test_$2"
737     else
738         "test_$1"
739     fi
740     result=${result:-$?}
741     checkexit $result "$1 tests"
742     title "End of $1 tests (`timer`)"
743     return $result
744 }
745
746 do_install() {
747   skipit=false
748
749   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" || "${only_install}" == "${2}" ]]; then
750       retry do_install_once ${@}
751   else
752       skipit=true
753   fi
754
755   if [[ "$skipit" = true ]]; then
756     title "Skipping $1 install"
757   fi
758 }
759
760 do_install_once() {
761     title "Running $1 install"
762     timer_reset
763     if [[ "$2" == "go" ]]
764     then
765         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
766     elif [[ "$2" == "pip" ]]
767     then
768         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
769         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
770
771         # Need to change to a different directory after creating
772         # the source dist package to avoid a pip bug.
773         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
774
775         # Also need to install twice, because if it believes the package is
776         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
777         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
778         # install" ensures that we've actually installed the local package
779         # we just built.
780         cd "$WORKSPACE/$1" \
781             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
782             && cd "$WORKSPACE" \
783             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
784             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
785     elif [[ "$2" != "" ]]
786     then
787         "install_$2"
788     else
789         "install_$1"
790     fi
791     result=$?
792     checkexit $result "$1 install"
793     title "End of $1 install (`timer`)"
794     return $result
795 }
796
797 bundle_install_trylocal() {
798     (
799         set -e
800         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
801         if ! bundle install --local --no-deployment; then
802             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
803             bundle install --no-deployment
804         fi
805         bundle package --all
806     )
807 }
808
809 install_doc() {
810     cd "$WORKSPACE/doc" \
811         && bundle_install_trylocal \
812         && rm -rf .site
813 }
814 do_install doc
815
816 install_gem() {
817     gemname=$1
818     srcpath=$2
819     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
820         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
821         && bundle_install_trylocal \
822         && gem build "$gemname.gemspec" \
823         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
824 }
825
826 install_ruby_sdk() {
827     install_gem arvados sdk/ruby
828 }
829 do_install sdk/ruby ruby_sdk
830
831 install_R_sdk() {
832   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
833     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
834        && Rscript --vanilla install_deps.R
835   fi
836 }
837 do_install sdk/R R_sdk
838
839 install_perl_sdk() {
840     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
841         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
842         && make install INSTALLDIRS=perl
843 }
844 do_install sdk/perl perl_sdk
845
846 install_cli() {
847     install_gem arvados-cli sdk/cli
848 }
849 do_install sdk/cli cli
850
851 install_login-sync() {
852     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
853 }
854 do_install services/login-sync login-sync
855
856 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
857 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
858 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
859 # its own test suite brings up some of those other programs (like
860 # keepproxy).
861 for p in "${pythonstuff[@]}"
862 do
863     dir=${p%:py3}
864     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
865         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
866             do_install ${dir} pip
867         fi
868     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
869         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
870             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
871         fi
872     fi
873 done
874
875 install_apiserver() {
876     cd "$WORKSPACE/services/api" \
877         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
878
879     rm -f config/environments/test.rb
880     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
881
882     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
883     then
884         for f in database.yml
885         do
886             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
887         done
888     fi
889
890     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
891     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
892     # is a postgresql superuser.
893     cd "$WORKSPACE/services/api" \
894         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
895         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
896
897     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
898
899     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
900     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
901         (
902             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
903             set -ex
904             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
905             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
906         ) || return 1
907     fi
908
909     cd "$WORKSPACE/services/api" \
910         && rm -rf tmp/git \
911         && mkdir -p tmp/git \
912         && cd tmp/git \
913         && tar xf ../../test/test.git.tar \
914         && mkdir -p internal.git \
915         && git --git-dir internal.git init \
916             || return 1
917
918     cd "$WORKSPACE/services/api" \
919         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
920         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
921         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
922 }
923 do_install services/api apiserver
924
925 declare -a gostuff
926 gostuff=(
927     cmd/arvados-client
928     cmd/arvados-server
929     lib/cli
930     lib/cmd
931     lib/controller
932     lib/crunchstat
933     lib/dispatchcloud
934     lib/dispatchcloud/container
935     lib/dispatchcloud/scheduler
936     lib/dispatchcloud/ssh_executor
937     lib/dispatchcloud/worker
938     sdk/go/arvados
939     sdk/go/arvadosclient
940     sdk/go/auth
941     sdk/go/blockdigest
942     sdk/go/dispatch
943     sdk/go/health
944     sdk/go/httpserver
945     sdk/go/manifest
946     sdk/go/asyncbuf
947     sdk/go/crunchrunner
948     sdk/go/stats
949     services/arv-git-httpd
950     services/crunchstat
951     services/health
952     services/keep-web
953     services/keepstore
954     sdk/go/keepclient
955     services/keep-balance
956     services/keepproxy
957     services/crunch-dispatch-local
958     services/crunch-dispatch-slurm
959     services/crunch-run
960     services/ws
961     tools/keep-block-check
962     tools/keep-exercise
963     tools/keep-rsync
964     tools/sync-groups
965 )
966 for g in "${gostuff[@]}"
967 do
968     do_install "$g" go
969 done
970
971 install_workbench() {
972     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
973         && mkdir -p tmp/cache \
974         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
975         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
976 }
977 do_install apps/workbench workbench
978
979 unset http_proxy https_proxy no_proxy
980
981 test_doclinkchecker() {
982     (
983         set -e
984         cd "$WORKSPACE/doc"
985         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
986         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
987         # do much good!
988         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
989     )
990 }
991 do_test doc doclinkchecker
992
993 stop_services
994
995 test_apiserver() {
996     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
997     cd "$WORKSPACE/services/api" \
998         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
999 }
1000 do_test services/api apiserver
1001
1002 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1003 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1004 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1005   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1006   exit_cleanly
1007 fi
1008
1009 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
1010
1011 test_ruby_sdk() {
1012     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1013         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1014 }
1015 do_test sdk/ruby ruby_sdk
1016
1017 test_R_sdk() {
1018   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1019     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1020         && Rscript --vanilla run_test.R
1021   fi
1022 }
1023
1024 do_test sdk/R R_sdk
1025
1026 test_cli() {
1027     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1028         && mkdir -p /tmp/keep \
1029         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1030 }
1031 do_test sdk/cli cli
1032
1033 test_login-sync() {
1034     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1035         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1036 }
1037 do_test services/login-sync login-sync
1038
1039 test_nodemanager_integration() {
1040     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1041         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1042 }
1043 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1044
1045 for p in "${pythonstuff[@]}"
1046 do
1047     dir=${p%:py3}
1048     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1049         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1050             do_test ${dir} pip
1051         fi
1052     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1053         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1054             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1055         fi
1056     fi
1057 done
1058
1059 for g in "${gostuff[@]}"
1060 do
1061     do_test "$g" go
1062 done
1063
1064 test_workbench_units() {
1065     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1066         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1067 }
1068 do_test apps/workbench_units workbench_units
1069
1070 test_workbench_functionals() {
1071     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1072         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1073 }
1074 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1075
1076 test_workbench_integration() {
1077     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1078         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1079 }
1080 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1081
1082
1083 test_workbench_benchmark() {
1084     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1085         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1086 }
1087 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1088
1089 test_workbench_profile() {
1090     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1091         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1092 }
1093 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1094
1095 exit_cleanly