build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  25                from a previous invocation if you use this option.
  26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  31                subsequent invocations.
  32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  34 --only-install Run specific install step
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  39                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  40 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  41                Restrict apiserver tests to the given file
  42 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  43                Restrict Python SDK tests to the given class
  44 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  45                Restrict Workbench tests to the given file
  46 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  47                Show all log messages, even when tests pass (also works
  48                with services/keepstore_test etc.)
  49 ARVADOS_DEBUG=1
  50                Print more debug messages
  51 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  52                *_test, and other examples shown above.
  53
  54 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  55 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  56 test suites depend on other components being installed, and installing
  57 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  58
  59 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  60 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  61
  62 More information and background:
  63
  64 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  65
  66 Available tests:
  67
  68 apps/workbench (*)
  69 apps/workbench_units (*)
  70 apps/workbench_functionals (*)
  71 apps/workbench_integration (*)
  72 apps/workbench_benchmark
  73 apps/workbench_profile
  74 cmd/arvados-client
  75 cmd/arvados-server
  76 doc
  77 lib/cli
  78 lib/cmd
  79 lib/controller
  80 lib/controller/federation
  81 lib/controller/railsproxy
  82 lib/controller/router
  83 lib/controller/rpc
  84 lib/crunchstat
  85 lib/cloud
  86 lib/cloud/azure
  87 lib/cloud/cloudtest
  88 lib/dispatchcloud
  89 lib/dispatchcloud/container
  90 lib/dispatchcloud/scheduler
  91 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  92 lib/dispatchcloud/worker
  93 lib/service
  94 services/api
  95 services/arv-git-httpd
  96 services/crunchstat
  97 services/dockercleaner
  98 services/fuse
  99 services/health
 100 services/keep-web
 101 services/keepproxy
 102 services/keepstore
 103 services/keep-balance
 104 services/login-sync
 105 services/nodemanager
 106 services/nodemanager_integration
 107 services/crunch-run
 108 services/crunch-dispatch-local
 109 services/crunch-dispatch-slurm
 110 services/ws
 111 sdk/cli
 112 sdk/pam
 113 sdk/pam:py3
 114 sdk/python
 115 sdk/python:py3
 116 sdk/ruby
 117 sdk/go/arvados
 118 sdk/go/arvadosclient
 119 sdk/go/auth
 120 sdk/go/dispatch
 121 sdk/go/keepclient
 122 sdk/go/health
 123 sdk/go/httpserver
 124 sdk/go/manifest
 125 sdk/go/blockdigest
 126 sdk/go/asyncbuf
 127 sdk/go/stats
 128 sdk/go/crunchrunner
 129 sdk/cwl
 130 sdk/R
 131 sdk/java-v2
 132 tools/sync-groups
 133 tools/crunchstat-summary
 134 tools/crunchstat-summary:py3
 135 tools/keep-exercise
 136 tools/keep-rsync
 137 tools/keep-block-check
 138
 139 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 140     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 141
 142 EOF
 143
 144 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 145 # environment that could interfere with the tests.
 146 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 147
 148 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 149 # accident.
 150 GITDIR=
 151 GOPATH=
 152 VENVDIR=
 153 VENV3DIR=
 154 PYTHONPATH=
 155 GEMHOME=
 156 PERLINSTALLBASE=
 157 R_LIBS=
 158 export LANG=en_US.UTF-8
 159
 160 short=
 161 only_install=
 162 temp=
 163 temp_preserve=
 164
 165 clear_temp() {
 166     if [[ -z "$temp" ]]; then
 167         # we didn't even get as far as making a temp dir
 168         :
 169     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 170         rm -rf "$temp"
 171     else
 172         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 173     fi
 174 }
 175
 176 fatal() {
 177     clear_temp
 178     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 179     exit 1
 180 }
 181
 182 exit_cleanly() {
 183     trap - INT
 184     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
 185         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 186     fi
 187     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 188     stop_services
 189     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 190     report_outcomes
 191     clear_temp
 192     exit ${#failures}
 193 }
 194
 195 sanity_checks() {
 196     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 197     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 198         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 199     echo Checking dependencies:
 200     echo "locale: ${LANG}"
 201     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 202         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 203     echo -n 'virtualenv: '
 204     virtualenv --version \
 205         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 206     echo -n 'ruby: '
 207     ruby -v \
 208         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 209     echo -n 'go: '
 210     go version \
 211         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 212     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 213         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 214     echo -n 'gcc: '
 215     gcc --version | egrep ^gcc \
 216         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 217     echo -n 'fuse.h: '
 218     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 219         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 220     echo -n 'gnutls.h: '
 221     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 222         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 223     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 224     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 225         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 226     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 227     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 228         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 229     echo -n 'nginx: '
 230     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 231         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 232     echo -n 'perl: '
 233     perl -v | grep version \
 234         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 235     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 236         echo -n "perl $mod: "
 237         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 238             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 239     done
 240     echo -n 'gitolite: '
 241     which gitolite \
 242         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 243     echo -n 'npm: '
 244     npm --version \
 245         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 246     echo -n 'cadaver: '
 247     cadaver --version | grep -w cadaver \
 248           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 249     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 250     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 251         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 252     echo -n 'libcurl curl.h: '
 253     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 254         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 255     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 256     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 257         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 258     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 259     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 260             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 261     else
 262             echo "OK"
 263     fi
 264     echo -n 'postgresql: '
 265     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 266     echo -n 'phantomjs: '
 267     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 268     echo -n 'xvfb: '
 269     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 270     echo -n 'graphviz: '
 271     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 272     echo -n 'geckodriver: '
 273     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 274
 275     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 276       # R SDK stuff
 277       echo -n 'R: '
 278       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 279       echo -n 'testthat: '
 280       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 281       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 282       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 283       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 284       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 285     fi
 286 }
 287
 288 rotate_logfile() {
 289   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 290   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 291   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 292     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 293     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 294     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 295   fi
 296 }
 297
 298 declare -a failures
 299 declare -A skip
 300 declare -A only
 301 declare -A testargs
 302 skip[apps/workbench_profile]=1
 303 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 304 skip[services/nodemanager_integration]=1
 305
 306 while [[ -n "$1" ]]
 307 do
 308     arg="$1"; shift
 309     case "$arg" in
 310         --help)
 311             echo >&2 "$helpmessage"
 312             echo >&2
 313             exit 1
 314             ;;
 315         --skip)
 316             skip[$1]=1; shift
 317             ;;
 318         --only)
 319             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 320             ;;
 321         --short)
 322             short=1
 323             ;;
 324         --interactive)
 325             interactive=1
 326             ;;
 327         --skip-install)
 328             skip[install]=1
 329             ;;
 330         --only-install)
 331             only_install="$1"; shift
 332             ;;
 333         --temp)
 334             temp="$1"; shift
 335             temp_preserve=1
 336             ;;
 337         --leave-temp)
 338             temp_preserve=1
 339             ;;
 340         --repeat)
 341             repeat=$((${1}+0)); shift
 342             ;;
 343         --retry)
 344             retry=1
 345             ;;
 346         *_test=*)
 347             suite="${arg%%_test=*}"
 348             args="${arg#*=}"
 349             testargs["$suite"]="$args"
 350             ;;
 351         *=*)
 352             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 353             ;;
 354         *)
 355             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 356             exit 1
 357             ;;
 358     esac
 359 done
 360
 361 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 362 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 363 NEED_SDK_R=true
 364
 365 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 366    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 367   NEED_SDK_R=false
 368 fi
 369
 370 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 371   NEED_SDK_R=false
 372 fi
 373
 374 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 375         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 376 fi
 377
 378 checkpidfile() {
 379     svc="$1"
 380     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 381     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 382         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 383         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 384         return 1
 385     fi
 386     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 387 }
 388
 389 checkhealth() {
 390     svc="$1"
 391     port="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.port")"
 392     scheme=http
 393     if [[ ${svc} =~ -ssl$ || ${svc} = wss ]]; then
 394         scheme=https
 395     fi
 396     url="$scheme://localhost:${port}/_health/ping"
 397     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 398         echo "${url} failed"
 399         return 1
 400     fi
 401 }
 402
 403 checkdiscoverydoc() {
 404     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 405     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 406         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 407         tail -v $WORKSPACE/services/api/log/test.log
 408         return 1
 409     fi
 410     echo "${dd} ok"
 411 }
 412
 413 start_services() {
 414     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 415         return 0
 416     fi
 417     . "$VENVDIR/bin/activate"
 418     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, arv-git-httpd, ws, and nginx ssl proxy...'
 419     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 420         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 421     fi
 422     # Remove empty api.pid file if it exists
 423     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 424         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 425     fi
 426     all_services_stopped=
 427     fail=1
 428     cd "$WORKSPACE" \
 429         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 430         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 431         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 432         && checkpidfile api \
 433         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 434         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 435         && checkpidfile controller \
 436         && checkhealth controller \
 437         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 438         && checkpidfile keepproxy \
 439         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 440         && checkpidfile keep-web \
 441         && checkhealth keep-web \
 442         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 443         && checkpidfile arv-git-httpd \
 444         && checkhealth arv-git-httpd \
 445         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 446         && checkpidfile ws \
 447         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 448         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 449         && checkpidfile nginx \
 450         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 451         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 452         && fail=0
 453     deactivate
 454     if [[ $fail != 0 ]]; then
 455         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 456     fi
 457     return $fail
 458 }
 459
 460 stop_services() {
 461     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 462         return
 463     fi
 464     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 465     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
 466     cd "$WORKSPACE" \
 467         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 468         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 469         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 470         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 471         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 472         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 473         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 474         && all_services_stopped=1
 475     deactivate
 476 }
 477
 478 interrupt() {
 479     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 480     exit_cleanly
 481 }
 482 trap interrupt INT
 483
 484 setup_ruby_environment() {
 485     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 486         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 487         using_rvm=true
 488     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 489         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 490         using_rvm=true
 491     else
 492         using_rvm=false
 493     fi
 494
 495     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 496         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 497         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 498         # the environment to the "current gemset", which would lose
 499         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 500         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 501         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 502         # rvm gemset and use it for everything.
 503
 504         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 505             || fatal 'rvm check'
 506
 507         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 508         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 509         # complaint about not being in first place already.
 510         rvm use @default 2>/dev/null
 511
 512         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 513         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 514         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 515         # ruby to the caller.
 516         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 517         rvm use "@${gemset}" --create \
 518             || fatal 'rvm gemset setup'
 519
 520         rvm env
 521     else
 522         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 523         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 524         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 525         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 526         # should be installed, and we should leave it alone.)
 527
 528         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 529             user_gempath="$(gem env gempath)"
 530             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 531         fi
 532         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 533
 534         # When we build and install our own gems, we install them in our
 535         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 536         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 537         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 538
 539         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 540         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 541         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 542
 543         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 544         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 545         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 546     fi
 547     bundle config || gem install bundler \
 548         || fatal 'install bundler'
 549 }
 550
 551 with_test_gemset() {
 552     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 553         "$@"
 554     else
 555         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 556     fi
 557 }
 558
 559 gem_uninstall_if_exists() {
 560     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 561         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 562     fi
 563 }
 564
 565 setup_virtualenv() {
 566     local venvdest="$1"; shift
 567     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 568         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 569     elif [[ -n "$short" ]]; then
 570         return
 571     fi
 572     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 573         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 574         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 575     else
 576         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 577     fi
 578     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 579     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 580 }
 581
 582 initialize() {
 583     sanity_checks
 584
 585     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 586
 587     if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 588         # Jenkins expects us to use this by default.
 589         CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 590     fi
 591
 592     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 593     cd "$WORKSPACE"
 594     find -name '*.pyc' -delete
 595
 596     if [[ -z "$temp" ]]; then
 597         temp="$(mktemp -d)"
 598     fi
 599
 600     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 601     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 602     do
 603         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 604             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 605         fi
 606         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 607             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 608         fi
 609     done
 610
 611     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 612
 613     export PERLINSTALLBASE
 614     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 615
 616     export R_LIBS
 617
 618     export GOPATH
 619     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 620     # else that might be in the environment.
 621     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 622
 623     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 624     # that happens even if we don't end up running services that set up
 625     # logging.
 626     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 627     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 628
 629     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 630
 631
 632     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 633     # whine a lot.
 634     setup_ruby_environment
 635
 636     echo "PATH is $PATH"
 637 }
 638
 639 install_env() {
 640     (
 641         set -e
 642         mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 643         if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 644             for d in \
 645                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 646                     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 647                     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 648                 [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 649             done
 650         fi
 651         for d in \
 652             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 653                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 654             [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 655         done
 656         ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 657         go get -v github.com/kardianos/govendor
 658         cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 659         go get -v -d ...
 660         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 661     ) || fatal "Go setup failed"
 662
 663     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 664     . "$VENVDIR/bin/activate"
 665
 666     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 667     pip install --no-cache-dir PyYAML \
 668         || fatal "pip install PyYAML failed"
 669
 670     # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 671     # install" won't pick it up by default.
 672     if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 673         pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 674             || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 675             || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 676     fi
 677
 678     # Deactivate Python 2 virtualenv
 679     deactivate
 680
 681     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 682     # Otherwise, skip dependent tests.
 683     PYTHON3=$(which python3)
 684     if [[ ${?} = 0 ]]; then
 685         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 686     else
 687         PYTHON3=
 688         cat >&2 <<EOF
 689
 690 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 691
 692 EOF
 693     fi
 694
 695     if ! which bundler >/dev/null
 696     then
 697         gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 698     fi
 699 }
 700
 701 retry() {
 702     remain="${repeat}"
 703     while :
 704     do
 705         if ${@}; then
 706             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 707                 remain=$((${remain}-1))
 708                 title "(repeating ${remain} more times)"
 709             else
 710                 break
 711             fi
 712         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 713             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 714             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 715             then
 716                 break
 717             fi
 718         else
 719             break
 720         fi
 721     done
 722 }
 723
 724 do_test() {
 725     case "${1}" in
 726         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 727             suite=apps/workbench
 728             ;;
 729         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 730             suite=services/nodemanager_suite
 731             ;;
 732         *)
 733             suite="${1}"
 734             ;;
 735     esac
 736     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 737               -n "${skip[$1]}" || \
 738               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 739         return 0
 740     fi
 741     case "${1}" in
 742         services/api)
 743             stop_services
 744             ;;
 745         gofmt | govendor | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
 746             # don't care whether services are running
 747             ;;
 748         *)
 749             if ! start_services; then
 750                 title "test $1 -- failed to start services"
 751                 return 1
 752             fi
 753             ;;
 754     esac
 755     retry do_test_once ${@}
 756 }
 757
 758 do_test_once() {
 759     unset result
 760
 761     title "test $1"
 762     timer_reset
 763
 764     result=
 765     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 766     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
 767     then
 768         result=1
 769     elif [[ "$2" == "go" ]]
 770     then
 771         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 772         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 773         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 774         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 775         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 776         # compilation errors.
 777         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 778             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 779             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 780         then
 781             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 782             # does:
 783             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 784         else
 785             # The above form gets verbose even when testargs is
 786             # empty, so use this form in such cases:
 787             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 788         fi
 789         result=${result:-$?}
 790         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 791         then
 792             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 793             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 794         fi
 795         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 796     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 797     then
 798         tries=0
 799         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 800         do
 801             tries=$((${tries}+1))
 802             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 803             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 804             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 805             result=$?
 806             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 807             then
 808                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 809                 continue
 810             else
 811                 break
 812             fi
 813         done
 814     elif [[ "$2" != "" ]]
 815     then
 816         "test_$2"
 817     else
 818         "test_$1"
 819     fi
 820     result=${result:-$?}
 821     checkexit $result "$1 tests"
 822     title "test $1 -- `timer`"
 823     return $result
 824 }
 825
 826 do_install() {
 827     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 828         return 0
 829     fi
 830     retry do_install_once ${@}
 831 }
 832
 833 do_install_once() {
 834     title "install $1"
 835     timer_reset
 836
 837     result=
 838     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 839     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
 840         result=1
 841     elif [[ "$2" == "go" ]]
 842     then
 843         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 844     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 845     then
 846         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 847         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 848
 849         # Need to change to a different directory after creating
 850         # the source dist package to avoid a pip bug.
 851         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 852
 853         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 854         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 855         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 856         # install" ensures that we've actually installed the local package
 857         # we just built.
 858         cd "$WORKSPACE/$1" \
 859             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 860             && cd "$WORKSPACE" \
 861             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 862             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 863     elif [[ "$2" != "" ]]
 864     then
 865         "install_$2"
 866     else
 867         "install_$1"
 868     fi
 869     result=${result:-$?}
 870     checkexit $result "$1 install"
 871     title "install $1 -- `timer`"
 872     return $result
 873 }
 874
 875 bundle_install_trylocal() {
 876     (
 877         set -e
 878         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 879         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 880             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 881             bundle install --no-deployment
 882         fi
 883         bundle package --all
 884     )
 885 }
 886
 887 install_doc() {
 888     cd "$WORKSPACE/doc" \
 889         && bundle_install_trylocal \
 890         && rm -rf .site
 891 }
 892
 893 install_gem() {
 894     gemname=$1
 895     srcpath=$2
 896     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 897         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 898         && bundle_install_trylocal \
 899         && gem build "$gemname.gemspec" \
 900         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 901 }
 902
 903 install_sdk/ruby() {
 904     install_gem arvados sdk/ruby
 905 }
 906
 907 install_sdk/R() {
 908   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 909     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 910        && Rscript --vanilla install_deps.R
 911   fi
 912 }
 913
 914 install_sdk/perl() {
 915     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 916         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 917         && make install INSTALLDIRS=perl
 918 }
 919
 920 install_sdk/cli() {
 921     install_gem arvados-cli sdk/cli
 922 }
 923
 924 install_services/login-sync() {
 925     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 926 }
 927
 928 install_services/api() {
 929     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 930         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 931
 932     rm -f config/environments/test.rb
 933     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 934
 935     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 936     then
 937         for f in database.yml
 938         do
 939             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 940         done
 941     fi
 942
 943     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 944     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 945     # is a postgresql superuser.
 946     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 947         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.safe_load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 948         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 949
 950     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 951
 952     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 953     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 954         (
 955             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 956             set -ex
 957             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 958             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 959         ) || return 1
 960     fi
 961
 962     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 963         && rm -rf tmp/git \
 964         && mkdir -p tmp/git \
 965         && cd tmp/git \
 966         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 967         && mkdir -p internal.git \
 968         && git --git-dir internal.git init \
 969             || return 1
 970
 971     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 972         && RAILS_ENV=test bundle exec rails db:environment:set \
 973         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 974         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 975         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 976 }
 977
 978 declare -a pythonstuff
 979 pythonstuff=(
 980     sdk/pam
 981     sdk/python
 982     sdk/python:py3
 983     sdk/cwl
 984     sdk/cwl:py3
 985     services/dockercleaner:py3
 986     services/fuse
 987     services/nodemanager
 988     tools/crunchstat-summary
 989     tools/crunchstat-summary:py3
 990 )
 991
 992 declare -a gostuff
 993 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git grep -lw func | grep \\.go | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
 994
 995 install_apps/workbench() {
 996     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 997         && mkdir -p tmp/cache \
 998         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 999         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
1000 }
1001
1002 test_doc() {
1003     (
1004         set -e
1005         cd "$WORKSPACE/doc"
1006         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
1007         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1008         # do much good!
1009         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1010     )
1011 }
1012
1013 test_gofmt() {
1014     cd "$WORKSPACE" || return 1
1015     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1016     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1017 }
1018
1019 test_govendor() {
1020     (
1021         set -e
1022         cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
1023         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
1024         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
1025         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
1026         rm -rf vendor/*/
1027         go get -v -d ...
1028         "$GOPATH/bin/govendor" sync
1029         if [[ -n $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]]; then
1030             echo >&2 "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
1031
1032 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
1033
1034 "
1035             return 1
1036         fi
1037     )
1038 }
1039
1040 test_services/api() {
1041     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1042     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1043         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS='-v -d' ${testargs[services/api]}
1044 }
1045
1046 test_sdk/ruby() {
1047     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1048         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1049 }
1050
1051 test_sdk/R() {
1052   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1053     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1054         && Rscript --vanilla run_test.R
1055   fi
1056 }
1057
1058 test_sdk/cli() {
1059     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1060         && mkdir -p /tmp/keep \
1061         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1062 }
1063
1064 test_sdk/java-v2() {
1065     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test
1066 }
1067
1068 test_services/login-sync() {
1069     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1070         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1071 }
1072
1073 test_services/nodemanager_integration() {
1074     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1075         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1076 }
1077
1078 test_apps/workbench_units() {
1079     local TASK="test:units"
1080     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_units]}" ]]; then
1081         TASK="test"
1082     fi
1083     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1084         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} TESTOPTS='-v -d' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_units]}
1085 }
1086
1087 test_apps/workbench_functionals() {
1088     local TASK="test:functionals"
1089     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_functionals]}" ]]; then
1090         TASK="test"
1091     fi
1092     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1093         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} TESTOPTS='-v -d' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_functionals]}
1094 }
1095
1096 test_apps/workbench_integration() {
1097     local TASK="test:integration"
1098     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_integration]}" ]]; then
1099         TASK="test"
1100     fi
1101     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1102         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} TESTOPTS='-v -d' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_integration]}
1103 }
1104
1105 test_apps/workbench_benchmark() {
1106     local TASK="test:benchmark"
1107     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_benchmark]}" ]]; then
1108         TASK="test"
1109     fi
1110     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1111         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1112 }
1113
1114 test_apps/workbench_profile() {
1115     local TASK="test:profile"
1116     if [[ -n "${testargs[apps/workbench]}" ]] || [[ -n "${testargs[apps/workbench_profile]}" ]]; then
1117         TASK="test"
1118     fi
1119     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1120         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_profile]}
1121 }
1122
1123 install_deps() {
1124     # Install parts needed by test suites
1125     do_install env
1126     do_install cmd/arvados-server go
1127     do_install sdk/cli
1128     do_install sdk/perl
1129     do_install sdk/python pip
1130     do_install sdk/ruby
1131     do_install services/api
1132     do_install services/arv-git-httpd go
1133     do_install services/keepproxy go
1134     do_install services/keepstore go
1135     do_install services/keep-web go
1136     do_install services/ws go
1137 }
1138
1139 install_all() {
1140     do_install env
1141     do_install doc
1142     do_install sdk/ruby
1143     do_install sdk/R
1144     do_install sdk/perl
1145     do_install sdk/cli
1146     do_install services/login-sync
1147     for p in "${pythonstuff[@]}"
1148     do
1149         dir=${p%:py3}
1150         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1151             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1152                 do_install ${dir} pip
1153             fi
1154         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1155             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1156                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1157             fi
1158         fi
1159     done
1160     for g in "${gostuff[@]}"
1161     do
1162         do_install "$g" go
1163     done
1164     do_install services/api
1165     do_install apps/workbench
1166 }
1167
1168 test_all() {
1169     stop_services
1170     do_test services/api
1171
1172     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1173     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1174     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1175         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1176         exit_cleanly
1177     fi
1178
1179     do_test gofmt
1180     do_test govendor
1181     do_test doc
1182     do_test sdk/ruby
1183     do_test sdk/R
1184     do_test sdk/cli
1185     do_test services/login-sync
1186     do_test sdk/java-v2
1187     do_test services/nodemanager_integration
1188     for p in "${pythonstuff[@]}"
1189     do
1190         dir=${p%:py3}
1191         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1192             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1193                 do_test ${dir} pip
1194             fi
1195         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1196             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1197                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1198             fi
1199         fi
1200     done
1201
1202     for g in "${gostuff[@]}"
1203     do
1204         do_test "$g" go
1205     done
1206     do_test apps/workbench_units
1207     do_test apps/workbench_functionals
1208     do_test apps/workbench_integration
1209     do_test apps/workbench_benchmark
1210     do_test apps/workbench_profile
1211 }
1212
1213 help_interactive() {
1214     echo "== Interactive commands:"
1215     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1216     echo "test TARGET"
1217     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1218     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1219     echo "install TARGET"
1220     echo "install env            (go/python libs)"
1221     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1222     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1223     echo "exit"
1224     echo "== Test targets:"
1225     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1226 }
1227
1228 initialize
1229
1230 declare -A testfuncargs=()
1231 for g in "${gostuff[@]}"; do
1232     testfuncargs[$g]="$g go"
1233 done
1234 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1235     dir=${p%:py3}
1236     testfuncargs[$dir]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1237     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1238 done
1239
1240 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1241 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1242 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1243 testfuncargs["apps/workbench_units"]="apps/workbench_units"
1244 testfuncargs["apps/workbench_functionals"]="apps/workbench_functionals"
1245 testfuncargs["apps/workbench_integration"]="apps/workbench_integration"
1246 testfuncargs["apps/workbench_benchmark"]="apps/workbench_benchmark"
1247 testfuncargs["apps/workbench_profile"]="apps/workbench_profile"
1248
1249 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1250     install_all
1251     test_all
1252 else
1253     skip=()
1254     only=()
1255     only_install=()
1256     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1257     setnextcmd() {
1258         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1259             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1260             # and pre-populating the command will only cause trouble
1261             nextcmd=
1262         elif [[ ! -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1263             nextcmd="install deps"
1264         else
1265             nextcmd=""
1266         fi
1267     }
1268     echo
1269     help_interactive
1270     nextcmd="install deps"
1271     setnextcmd
1272     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1273     history -r
1274     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1275         history -s "$nextcmd"
1276         history -w
1277         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1278         target="${target%/}"
1279         target="${target/\/:/:}"
1280         case "${verb}" in
1281             "exit" | "quit")
1282                 exit_cleanly
1283                 ;;
1284             "reset")
1285                 stop_services
1286                 ;;
1287             "test" | "install")
1288                 case "$target" in
1289                     "")
1290                         help_interactive
1291                         ;;
1292                     all | deps)
1293                         ${verb}_${target}
1294                         ;;
1295                     *)
1296                         testargs["$target"]="${opts}"
1297                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1298                         tt="${tt:-$target}"
1299                         do_$verb $tt
1300                         ;;
1301                 esac
1302                 ;;
1303             "" | "help" | *)
1304                 help_interactive
1305                 ;;
1306         esac
1307         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1308             report_outcomes
1309             successes=()
1310             failures=()
1311         fi
1312         cd "$WORKSPACE"
1313         setnextcmd
1314     done
1315     echo
1316 fi
1317 exit_cleanly