build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 doc
  74 lib/cli
  75 lib/cmd
  76 lib/crunchstat
  77 services/api
  78 services/arv-git-httpd
  79 services/crunchstat
  80 services/dockercleaner
  81 services/fuse
  82 services/health
  83 services/keep-web
  84 services/keepproxy
  85 services/keepstore
  86 services/keep-balance
  87 services/login-sync
  88 services/nodemanager
  89 services/nodemanager_integration
  90 services/crunch-run
  91 services/crunch-dispatch-local
  92 services/crunch-dispatch-slurm
  93 services/ws
  94 sdk/cli
  95 sdk/pam
  96 sdk/python
  97 sdk/python:py3
  98 sdk/ruby
  99 sdk/go/arvados
 100 sdk/go/arvadosclient
 101 sdk/go/dispatch
 102 sdk/go/keepclient
 103 sdk/go/health
 104 sdk/go/httpserver
 105 sdk/go/manifest
 106 sdk/go/blockdigest
 107 sdk/go/asyncbuf
 108 sdk/go/stats
 109 sdk/go/crunchrunner
 110 sdk/cwl
 111 tools/sync-groups
 112 tools/crunchstat-summary
 113 tools/keep-exercise
 114 tools/keep-rsync
 115 tools/keep-block-check
 116
 117 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 118     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 119
 120 EOF
 121
 122 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 123 # environment that could interfere with the tests.
 124 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 125
 126 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 127 # accident.
 128 GITDIR=
 129 GOPATH=
 130 VENVDIR=
 131 VENV3DIR=
 132 PYTHONPATH=
 133 GEMHOME=
 134 PERLINSTALLBASE=
 135
 136 short=
 137 only_install=
 138 temp=
 139 temp_preserve=
 140
 141 clear_temp() {
 142     if [[ -z "$temp" ]]; then
 143         # we didn't even get as far as making a temp dir
 144         :
 145     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 146         rm -rf "$temp"
 147     else
 148         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 149     fi
 150 }
 151
 152 fatal() {
 153     clear_temp
 154     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 155     exit 1
 156 }
 157
 158 exit_cleanly() {
 159     trap - INT
 160     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 161     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 162     stop_services
 163     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 164     report_outcomes
 165     clear_temp
 166     exit ${#failures}
 167 }
 168
 169 sanity_checks() {
 170     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 171         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 172     echo Checking dependencies:
 173     echo -n 'virtualenv: '
 174     virtualenv --version \
 175         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 176     echo -n 'ruby: '
 177     ruby -v \
 178         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 179     echo -n 'go: '
 180     go version \
 181         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 182     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 8 ]] \
 183         || fatal "Go >= 1.8 required. See http://golang.org/doc/install"
 184     echo -n 'gcc: '
 185     gcc --version | egrep ^gcc \
 186         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 187     echo -n 'fuse.h: '
 188     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 189         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 190     echo -n 'gnutls.h: '
 191     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 192         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 193     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 194     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 195         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 196     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 197     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 198         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 199     echo -n 'nginx: '
 200     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 201         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 202     echo -n 'perl: '
 203     perl -v | grep version \
 204         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 205     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 206         echo -n "perl $mod: "
 207         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 208             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 209     done
 210     echo -n 'gitolite: '
 211     which gitolite \
 212         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 213     echo -n 'npm: '
 214     npm --version \
 215         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 216     echo -n 'cadaver: '
 217     cadaver --version | grep -w cadaver \
 218           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 219     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 220     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 221         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 222     echo -n 'libcurl curl.h: '
 223     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 224         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 225     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 226     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 227         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 228     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 229     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 230             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 231     else
 232             echo "OK"
 233     fi
 234     echo -n 'postgresql: '
 235     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 236     echo -n 'phantomjs: '
 237     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 238     echo -n 'xvfb: '
 239     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 240     echo -n 'graphviz: '
 241     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 242 }
 243
 244 rotate_logfile() {
 245   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 246   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 247   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 248     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 249     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 250     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 251   fi
 252 }
 253
 254 declare -a failures
 255 declare -A skip
 256 declare -A testargs
 257 skip[apps/workbench_profile]=1
 258
 259 while [[ -n "$1" ]]
 260 do
 261     arg="$1"; shift
 262     case "$arg" in
 263         --help)
 264             echo >&2 "$helpmessage"
 265             echo >&2
 266             exit 1
 267             ;;
 268         --skip)
 269             skip[$1]=1; shift
 270             ;;
 271         --only)
 272             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 273             ;;
 274         --short)
 275             short=1
 276             ;;
 277         --skip-install)
 278             only_install=nothing
 279             ;;
 280         --only-install)
 281             only_install="$1"; shift
 282             ;;
 283         --temp)
 284             temp="$1"; shift
 285             temp_preserve=1
 286             ;;
 287         --leave-temp)
 288             temp_preserve=1
 289             ;;
 290         --repeat)
 291             repeat=$((${1}+0)); shift
 292             ;;
 293         --retry)
 294             retry=1
 295             ;;
 296         *_test=*)
 297             suite="${arg%%_test=*}"
 298             args="${arg#*=}"
 299             testargs["$suite"]="$args"
 300             ;;
 301         *=*)
 302             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 303             ;;
 304         *)
 305             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 306             exit 1
 307             ;;
 308     esac
 309 done
 310
 311 start_services() {
 312     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 313     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 314         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 315     fi
 316     # Remove empty api.pid file if it exists
 317     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 318         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 319     fi
 320     cd "$WORKSPACE" \
 321         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 322         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 323         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 324         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 325         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 326         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 327         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 328         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx \
 329         && (env | egrep ^ARVADOS)
 330 }
 331
 332 stop_services() {
 333     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 334         return
 335     fi
 336     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 337     cd "$WORKSPACE" \
 338         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 339         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 340         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 341         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 342         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 343         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 344 }
 345
 346 interrupt() {
 347     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 348     exit_cleanly
 349 }
 350 trap interrupt INT
 351
 352 sanity_checks
 353
 354 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 355
 356 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 357     # Jenkins expects us to use this by default.
 358     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 359 fi
 360
 361 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 362 cd "$WORKSPACE"
 363 find -name '*.pyc' -delete
 364
 365 if [[ -z "$temp" ]]; then
 366     temp="$(mktemp -d)"
 367 fi
 368
 369 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 370 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE
 371 do
 372     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 373         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 374     fi
 375     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 376         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 377     fi
 378 done
 379
 380 setup_ruby_environment() {
 381     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 382         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 383         using_rvm=true
 384     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 385         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 386         using_rvm=true
 387     else
 388         using_rvm=false
 389     fi
 390
 391     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 392         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 393         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 394         # the environment to the "current gemset", which would lose
 395         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 396         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 397         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 398         # rvm gemset and use it for everything.
 399
 400         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 401             || fatal 'rvm check'
 402
 403         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 404         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 405         # complaint about not being in first place already.
 406         rvm use @default 2>/dev/null
 407
 408         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 409         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 410         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 411         # ruby to the caller.
 412         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 413         rvm use "@${gemset}" --create \
 414             || fatal 'rvm gemset setup'
 415
 416         rvm env
 417     else
 418         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 419         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 420         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 421         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 422         # should be installed, and we should leave it alone.)
 423
 424         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 425             user_gempath="$(gem env gempath)"
 426             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 427         fi
 428         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 429
 430         # When we build and install our own gems, we install them in our
 431         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 432         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 433         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 434
 435         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 436         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 437         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 438
 439         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 440         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 441         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 442     fi
 443     bundle config || gem install bundler \
 444         || fatal 'install bundler'
 445 }
 446
 447 with_test_gemset() {
 448     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 449         "$@"
 450     else
 451         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 452     fi
 453 }
 454
 455 gem_uninstall_if_exists() {
 456     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 457         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 458     fi
 459 }
 460
 461 setup_virtualenv() {
 462     local venvdest="$1"; shift
 463     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 464         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 465     fi
 466     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 467         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 468         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 469     else
 470         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 471     fi
 472     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 473     "$venvdest/bin/pip" install 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 474 }
 475
 476 export PERLINSTALLBASE
 477 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 478
 479 export GOPATH
 480 mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 481 rmdir --parents "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH"
 482 ln -snfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 483     || fatal "symlink failed"
 484 go get -v github.com/kardianos/govendor \
 485     || fatal "govendor install failed"
 486
 487 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 488 . "$VENVDIR/bin/activate"
 489
 490 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 491 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^PyYAML= \
 492     || pip install PyYAML >/dev/null \
 493     || fatal "pip install PyYAML failed"
 494
 495 # Preinstall forked version of libcloud, because nodemanager "pip install"
 496 # won't pick it up by default.
 497 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 498     || pip install --pre --ignore-installed https://github.com/curoverse/libcloud/archive/apache-libcloud-$LIBCLOUD_PIN.zip >/dev/null \
 499     || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 500
 501 # We need an unreleased (as of 2017-08-17) llfuse bugfix, otherwise our fuse test suite deadlocks.
 502 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || (
 503     set -e
 504     yes | pip uninstall llfuse || true
 505     cython --version || fatal "no cython; try sudo apt-get install cython"
 506     cd "$temp"
 507     (cd python-llfuse 2>/dev/null || git clone https://github.com/curoverse/python-llfuse)
 508     cd python-llfuse
 509     git checkout 620722fd990ea642ddb8e7412676af482c090c0c
 510     git checkout setup.py
 511     sed -i -e "s:'1\\.2':'1.2.0':" setup.py
 512     python setup.py build_cython
 513     python setup.py install --force
 514 ) || fatal "llfuse fork failed"
 515 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || fatal "error: installed llfuse 1.2.0 but '$(pip freeze | grep llfuse)' ???"
 516
 517 # Deactivate Python 2 virtualenv
 518 deactivate
 519
 520 declare -a pythonstuff
 521 pythonstuff=(
 522     sdk/pam
 523     sdk/python
 524     sdk/python:py3
 525     sdk/cwl
 526     services/dockercleaner:py3
 527     services/fuse
 528     services/nodemanager
 529     tools/crunchstat-summary
 530     )
 531
 532 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 533 # Otherwise, skip dependent tests.
 534 PYTHON3=$(which python3)
 535 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 536     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 537 else
 538     PYTHON3=
 539     cat >&2 <<EOF
 540
 541 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 542
 543 EOF
 544 fi
 545
 546 # Reactivate Python 2 virtualenv
 547 . "$VENVDIR/bin/activate"
 548
 549 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 550 # whine a lot.
 551 setup_ruby_environment
 552
 553 echo "PATH is $PATH"
 554
 555 if ! which bundler >/dev/null
 556 then
 557     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 558 fi
 559
 560 retry() {
 561     remain="${repeat}"
 562     while :
 563     do
 564         if ${@}; then
 565             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 566                 remain=$((${remain}-1))
 567                 title "Repeating ${remain} more times"
 568             else
 569                 break
 570             fi
 571         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 572             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 573             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 574             then
 575                 break
 576             fi
 577         else
 578             break
 579         fi
 580     done
 581 }
 582
 583 do_test() {
 584     case "${1}" in
 585         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 586             suite=apps/workbench
 587             ;;
 588         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 589             suite=services/nodemanager_suite
 590             ;;
 591         *)
 592             suite="${1}"
 593             ;;
 594     esac
 595     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 596                 (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 597                  "${only}" == "${1}") ]]; then
 598         retry do_test_once ${@}
 599     else
 600         title "Skipping ${1} tests"
 601     fi
 602 }
 603
 604 do_test_once() {
 605     unset result
 606
 607     title "Running $1 tests"
 608     timer_reset
 609     if [[ "$2" == "go" ]]
 610     then
 611         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 612         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 613         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 614         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 615         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 616         # compilation errors.
 617         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 618             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 619             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 620             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 621         then
 622             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 623             # does:
 624             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 625         else
 626             # The above form gets verbose even when testargs is
 627             # empty, so use this form in such cases:
 628             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 629         fi
 630         result=${result:-$?}
 631         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 632         then
 633             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 634             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 635         fi
 636     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 637     then
 638         tries=0
 639         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 640         do
 641             tries=$((${tries}+1))
 642             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 643             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 644             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 645             result=$?
 646             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 647             then
 648                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 649                 continue
 650             else
 651                 break
 652             fi
 653         done
 654     elif [[ "$2" != "" ]]
 655     then
 656         "test_$2"
 657     else
 658         "test_$1"
 659     fi
 660     result=${result:-$?}
 661     checkexit $result "$1 tests"
 662     title "End of $1 tests (`timer`)"
 663     return $result
 664 }
 665
 666 do_install() {
 667     if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 668         retry do_install_once ${@}
 669     else
 670         title "Skipping $1 install"
 671     fi
 672 }
 673
 674 do_install_once() {
 675     title "Running $1 install"
 676     timer_reset
 677     if [[ "$2" == "go" ]]
 678     then
 679         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 680     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 681     then
 682         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 683         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 684
 685         # Need to change to a different directory after creating
 686         # the source dist package to avoid a pip bug.
 687         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 688
 689         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 690         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 691         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 692         # install" ensures that we've actually installed the local package
 693         # we just built.
 694         cd "$WORKSPACE/$1" \
 695             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 696             && cd "$WORKSPACE" \
 697             && "${3}pip" install --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 698             && "${3}pip" install --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 699     elif [[ "$2" != "" ]]
 700     then
 701         "install_$2"
 702     else
 703         "install_$1"
 704     fi
 705     result=$?
 706     checkexit $result "$1 install"
 707     title "End of $1 install (`timer`)"
 708     return $result
 709 }
 710
 711 bundle_install_trylocal() {
 712     (
 713         set -e
 714         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 715         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 716             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 717             bundle install --no-deployment
 718         fi
 719         bundle package --all
 720     )
 721 }
 722
 723 install_doc() {
 724     cd "$WORKSPACE/doc" \
 725         && bundle_install_trylocal \
 726         && rm -rf .site
 727 }
 728 do_install doc
 729
 730 install_gem() {
 731     gemname=$1
 732     srcpath=$2
 733     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 734         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 735         && bundle_install_trylocal \
 736         && gem build "$gemname.gemspec" \
 737         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 738 }
 739
 740 install_ruby_sdk() {
 741     install_gem arvados sdk/ruby
 742 }
 743 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 744
 745 install_perl_sdk() {
 746     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 747         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 748         && make install INSTALLDIRS=perl
 749 }
 750 do_install sdk/perl perl_sdk
 751
 752 install_cli() {
 753     install_gem arvados-cli sdk/cli
 754 }
 755 do_install sdk/cli cli
 756
 757 install_login-sync() {
 758     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 759 }
 760 do_install services/login-sync login-sync
 761
 762 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 763 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 764 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 765 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 766 # keepproxy).
 767 for p in "${pythonstuff[@]}"
 768 do
 769     dir=${p%:py3}
 770     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 771         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 772             do_install ${dir} pip
 773         fi
 774     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 775         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 776             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 777         fi
 778     fi
 779 done
 780
 781 install_apiserver() {
 782     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 783         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 784
 785     rm -f config/environments/test.rb
 786     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 787
 788     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 789     then
 790         for f in database.yml
 791         do
 792             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 793         done
 794     fi
 795
 796     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 797     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 798     # is a postgresql superuser.
 799     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 800         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 801         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.procpid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 802
 803     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 804
 805     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 806     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 807         (
 808             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 809             set -ex
 810             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 811             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 812         ) || return 1
 813     fi
 814
 815     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 816         && rm -rf tmp/git \
 817         && mkdir -p tmp/git \
 818         && cd tmp/git \
 819         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 820         && mkdir -p internal.git \
 821         && git --git-dir internal.git init \
 822             || return 1
 823
 824     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 825         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 826         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 827         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 828 }
 829 do_install services/api apiserver
 830
 831 cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" && \
 832     "$GOPATH/bin/govendor" sync -v || \
 833         fatal "govendor sync failed"
 834 declare -a gostuff
 835 gostuff=(
 836     cmd/arvados-client
 837     lib/cli
 838     lib/cmd
 839     lib/crunchstat
 840     sdk/go/arvados
 841     sdk/go/arvadosclient
 842     sdk/go/blockdigest
 843     sdk/go/dispatch
 844     sdk/go/health
 845     sdk/go/httpserver
 846     sdk/go/manifest
 847     sdk/go/asyncbuf
 848     sdk/go/crunchrunner
 849     sdk/go/stats
 850     services/arv-git-httpd
 851     services/crunchstat
 852     services/health
 853     services/keep-web
 854     services/keepstore
 855     sdk/go/keepclient
 856     services/keep-balance
 857     services/keepproxy
 858     services/crunch-dispatch-local
 859     services/crunch-dispatch-slurm
 860     services/crunch-run
 861     services/ws
 862     tools/keep-block-check
 863     tools/keep-exercise
 864     tools/keep-rsync
 865     tools/sync-groups
 866 )
 867 for g in "${gostuff[@]}"
 868 do
 869     do_install "$g" go
 870 done
 871
 872 install_workbench() {
 873     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 874         && mkdir -p tmp/cache \
 875         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 876         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 877 }
 878 do_install apps/workbench workbench
 879
 880 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 881
 882 test_doclinkchecker() {
 883     (
 884         set -e
 885         cd "$WORKSPACE/doc"
 886         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 887         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 888         # do much good!
 889         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 890     )
 891 }
 892 do_test doc doclinkchecker
 893
 894 stop_services
 895
 896 test_apiserver() {
 897     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 898     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 899         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 900 }
 901 do_test services/api apiserver
 902
 903 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 904 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 905 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 906   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 907   exit_cleanly
 908 fi
 909
 910 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 911
 912 test_ruby_sdk() {
 913     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 914         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 915 }
 916 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 917
 918 test_cli() {
 919     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 920         && mkdir -p /tmp/keep \
 921         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 922 }
 923 do_test sdk/cli cli
 924
 925 test_login-sync() {
 926     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 927         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
 928 }
 929 do_test services/login-sync login-sync
 930
 931 test_nodemanager_integration() {
 932     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
 933         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
 934 }
 935 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
 936
 937 for p in "${pythonstuff[@]}"
 938 do
 939     dir=${p%:py3}
 940     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 941         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 942             do_test ${dir} pip
 943         fi
 944     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 945         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 946             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 947         fi
 948     fi
 949 done
 950
 951 for g in "${gostuff[@]}"
 952 do
 953     do_test "$g" go
 954 done
 955
 956 test_workbench_units() {
 957     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 958         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
 959 }
 960 do_test apps/workbench_units workbench_units
 961
 962 test_workbench_functionals() {
 963     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 964         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
 965 }
 966 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
 967
 968 test_workbench_integration() {
 969     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 970         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
 971 }
 972 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
 973
 974
 975 test_workbench_benchmark() {
 976     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 977         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
 978 }
 979 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
 980
 981 test_workbench_profile() {
 982     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 983         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
 984 }
 985 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
 986
 987 exit_cleanly