build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 doc
  74 lib/cli
  75 lib/cmd
  76 lib/crunchstat
  77 lib/dispatchcloud
  78 services/api
  79 services/arv-git-httpd
  80 services/crunchstat
  81 services/dockercleaner
  82 services/fuse
  83 services/health
  84 services/keep-web
  85 services/keepproxy
  86 services/keepstore
  87 services/keep-balance
  88 services/login-sync
  89 services/nodemanager
  90 services/nodemanager_integration
  91 services/crunch-run
  92 services/crunch-dispatch-local
  93 services/crunch-dispatch-slurm
  94 services/ws
  95 sdk/cli
  96 sdk/pam
  97 sdk/python
  98 sdk/python:py3
  99 sdk/ruby
 100 sdk/go/arvados
 101 sdk/go/arvadosclient
 102 sdk/go/dispatch
 103 sdk/go/keepclient
 104 sdk/go/health
 105 sdk/go/httpserver
 106 sdk/go/manifest
 107 sdk/go/blockdigest
 108 sdk/go/asyncbuf
 109 sdk/go/stats
 110 sdk/go/crunchrunner
 111 sdk/cwl
 112 sdk/R
 113 tools/sync-groups
 114 tools/crunchstat-summary
 115 tools/keep-exercise
 116 tools/keep-rsync
 117 tools/keep-block-check
 118
 119 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 120     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 121
 122 EOF
 123
 124 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 125 # environment that could interfere with the tests.
 126 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 127
 128 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 129 # accident.
 130 GITDIR=
 131 GOPATH=
 132 VENVDIR=
 133 VENV3DIR=
 134 PYTHONPATH=
 135 GEMHOME=
 136 PERLINSTALLBASE=
 137 R_LIBS=
 138
 139 short=
 140 only_install=
 141 temp=
 142 temp_preserve=
 143
 144 clear_temp() {
 145     if [[ -z "$temp" ]]; then
 146         # we didn't even get as far as making a temp dir
 147         :
 148     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 149         rm -rf "$temp"
 150     else
 151         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 152     fi
 153 }
 154
 155 fatal() {
 156     clear_temp
 157     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 158     exit 1
 159 }
 160
 161 exit_cleanly() {
 162     trap - INT
 163     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 164     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 165     stop_services
 166     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 167     report_outcomes
 168     clear_temp
 169     exit ${#failures}
 170 }
 171
 172 sanity_checks() {
 173     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 174         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 175     echo Checking dependencies:
 176     echo -n 'virtualenv: '
 177     virtualenv --version \
 178         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 179     echo -n 'ruby: '
 180     ruby -v \
 181         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 182     echo -n 'go: '
 183     go version \
 184         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 185     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 186         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 187     echo -n 'gcc: '
 188     gcc --version | egrep ^gcc \
 189         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 190     echo -n 'fuse.h: '
 191     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 192         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 193     echo -n 'gnutls.h: '
 194     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 195         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 196     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 197     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 198         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 199     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 200     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 201         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 202     echo -n 'nginx: '
 203     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 204         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 205     echo -n 'perl: '
 206     perl -v | grep version \
 207         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 208     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 209         echo -n "perl $mod: "
 210         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 211             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 212     done
 213     echo -n 'gitolite: '
 214     which gitolite \
 215         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 216     echo -n 'npm: '
 217     npm --version \
 218         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 219     echo -n 'cadaver: '
 220     cadaver --version | grep -w cadaver \
 221           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 222     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 223     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 224         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 225     echo -n 'libcurl curl.h: '
 226     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 227         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 228     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 229     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 230         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 231     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 232     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 233             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 234     else
 235             echo "OK"
 236     fi
 237     echo -n 'postgresql: '
 238     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 239     echo -n 'phantomjs: '
 240     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 241     echo -n 'xvfb: '
 242     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 243     echo -n 'graphviz: '
 244     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 245
 246     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 247       # R SDK stuff
 248       echo -n 'R: '
 249       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 250       echo -n 'testthat: '
 251       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 252       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 253       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 254       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 255       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 256     fi
 257 }
 258
 259 rotate_logfile() {
 260   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 261   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 262   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 263     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 264     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 265     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 266   fi
 267 }
 268
 269 declare -a failures
 270 declare -A skip
 271 declare -A testargs
 272 skip[apps/workbench_profile]=1
 273 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 274 skip[services/nodemanager_integration]=1
 275
 276 while [[ -n "$1" ]]
 277 do
 278     arg="$1"; shift
 279     case "$arg" in
 280         --help)
 281             echo >&2 "$helpmessage"
 282             echo >&2
 283             exit 1
 284             ;;
 285         --skip)
 286             skip[$1]=1; shift
 287             ;;
 288         --only)
 289             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 290             ;;
 291         --short)
 292             short=1
 293             ;;
 294         --skip-install)
 295             only_install=nothing
 296             ;;
 297         --only-install)
 298             only_install="$1"; shift
 299             ;;
 300         --temp)
 301             temp="$1"; shift
 302             temp_preserve=1
 303             ;;
 304         --leave-temp)
 305             temp_preserve=1
 306             ;;
 307         --repeat)
 308             repeat=$((${1}+0)); shift
 309             ;;
 310         --retry)
 311             retry=1
 312             ;;
 313         *_test=*)
 314             suite="${arg%%_test=*}"
 315             args="${arg#*=}"
 316             testargs["$suite"]="$args"
 317             ;;
 318         *=*)
 319             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 320             ;;
 321         *)
 322             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 323             exit 1
 324             ;;
 325     esac
 326 done
 327
 328 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 329 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 330 NEED_SDK_R=true
 331
 332 if [[ ! -z "${only}" && "${only}" != "sdk/R" ]]; then
 333   NEED_SDK_R=false
 334 fi
 335
 336 if [[ ! -z "${skip}" && "${skip}" == "sdk/R" ]]; then
 337   NEED_SDK_R=false
 338 fi
 339
 340 start_services() {
 341     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 342     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 343         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 344     fi
 345     # Remove empty api.pid file if it exists
 346     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 347         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 348     fi
 349     cd "$WORKSPACE" \
 350         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 351         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 352         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 353         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 354         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 355         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 356         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 357         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx \
 358         && (env | egrep ^ARVADOS)
 359 }
 360
 361 stop_services() {
 362     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 363         return
 364     fi
 365     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 366     cd "$WORKSPACE" \
 367         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 368         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 369         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 370         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 371         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 372         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 373 }
 374
 375 interrupt() {
 376     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 377     exit_cleanly
 378 }
 379 trap interrupt INT
 380
 381 sanity_checks
 382
 383 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 384
 385 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 386     # Jenkins expects us to use this by default.
 387     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 388 fi
 389
 390 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 391 cd "$WORKSPACE"
 392 find -name '*.pyc' -delete
 393
 394 if [[ -z "$temp" ]]; then
 395     temp="$(mktemp -d)"
 396 fi
 397
 398 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 399 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 400 do
 401     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 402         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 403     fi
 404     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 405         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 406     fi
 407 done
 408
 409 setup_ruby_environment() {
 410     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 411         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 412         using_rvm=true
 413     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 414         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 415         using_rvm=true
 416     else
 417         using_rvm=false
 418     fi
 419
 420     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 421         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 422         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 423         # the environment to the "current gemset", which would lose
 424         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 425         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 426         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 427         # rvm gemset and use it for everything.
 428
 429         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 430             || fatal 'rvm check'
 431
 432         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 433         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 434         # complaint about not being in first place already.
 435         rvm use @default 2>/dev/null
 436
 437         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 438         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 439         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 440         # ruby to the caller.
 441         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 442         rvm use "@${gemset}" --create \
 443             || fatal 'rvm gemset setup'
 444
 445         rvm env
 446     else
 447         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 448         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 449         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 450         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 451         # should be installed, and we should leave it alone.)
 452
 453         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 454             user_gempath="$(gem env gempath)"
 455             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 456         fi
 457         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 458
 459         # When we build and install our own gems, we install them in our
 460         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 461         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 462         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 463
 464         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 465         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 466         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 467
 468         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 469         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 470         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 471     fi
 472     bundle config || gem install bundler \
 473         || fatal 'install bundler'
 474 }
 475
 476 with_test_gemset() {
 477     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 478         "$@"
 479     else
 480         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 481     fi
 482 }
 483
 484 gem_uninstall_if_exists() {
 485     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 486         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 487     fi
 488 }
 489
 490 setup_virtualenv() {
 491     local venvdest="$1"; shift
 492     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 493         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 494     elif [[ -n "$short" ]]; then
 495         return
 496     fi
 497     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 498         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 499         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 500     else
 501         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 502     fi
 503     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 504     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 505 }
 506
 507 export PERLINSTALLBASE
 508 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 509
 510 export R_LIBS
 511
 512 export GOPATH
 513 (
 514     set -e
 515     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 516     rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "${temp}/GOPATH"
 517     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 518         for d in \
 519             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 520                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 521                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 522             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 523         done
 524     fi
 525     for d in \
 526         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 527         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 528         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 529     done
 530     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 531     go get -v github.com/kardianos/govendor
 532     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 533     if [[ -n "$short" ]]; then
 534         go get -v -d ...
 535         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 536     else
 537         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 538         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 539         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 540         rm -rf vendor/*/
 541         go get -v -d ...
 542         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 543         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 544             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 545
 546 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 547
 548 ";
 549     fi
 550 ) || fatal "Go setup failed"
 551
 552 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 553 . "$VENVDIR/bin/activate"
 554
 555 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 556 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 557     || fatal "pip install PyYAML failed"
 558
 559 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 560 # install" won't pick it up by default.
 561 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 562     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 563         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 564         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 565 fi
 566
 567 # Deactivate Python 2 virtualenv
 568 deactivate
 569
 570 declare -a pythonstuff
 571 pythonstuff=(
 572     sdk/pam
 573     sdk/python
 574     sdk/python:py3
 575     sdk/cwl
 576     services/dockercleaner:py3
 577     services/fuse
 578     services/nodemanager
 579     tools/crunchstat-summary
 580     )
 581
 582 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 583 # Otherwise, skip dependent tests.
 584 PYTHON3=$(which python3)
 585 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 586     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 587 else
 588     PYTHON3=
 589     cat >&2 <<EOF
 590
 591 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 592
 593 EOF
 594 fi
 595
 596 # Reactivate Python 2 virtualenv
 597 . "$VENVDIR/bin/activate"
 598
 599 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 600 # whine a lot.
 601 setup_ruby_environment
 602
 603 echo "PATH is $PATH"
 604
 605 if ! which bundler >/dev/null
 606 then
 607     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 608 fi
 609
 610 retry() {
 611     remain="${repeat}"
 612     while :
 613     do
 614         if ${@}; then
 615             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 616                 remain=$((${remain}-1))
 617                 title "Repeating ${remain} more times"
 618             else
 619                 break
 620             fi
 621         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 622             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 623             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 624             then
 625                 break
 626             fi
 627         else
 628             break
 629         fi
 630     done
 631 }
 632
 633 do_test() {
 634     case "${1}" in
 635         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 636             suite=apps/workbench
 637             ;;
 638         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 639             suite=services/nodemanager_suite
 640             ;;
 641         *)
 642             suite="${1}"
 643             ;;
 644     esac
 645     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 646                 (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 647                  "${only}" == "${1}") ]]; then
 648         retry do_test_once ${@}
 649     else
 650         title "Skipping ${1} tests"
 651     fi
 652 }
 653
 654 do_test_once() {
 655     unset result
 656
 657     title "Running $1 tests"
 658     timer_reset
 659     if [[ "$2" == "go" ]]
 660     then
 661         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 662         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 663         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 664         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 665         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 666         # compilation errors.
 667         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 668             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 669             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 670             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 671         then
 672             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 673             # does:
 674             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 675         else
 676             # The above form gets verbose even when testargs is
 677             # empty, so use this form in such cases:
 678             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 679         fi
 680         result=${result:-$?}
 681         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 682         then
 683             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 684             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 685         fi
 686     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 687     then
 688         tries=0
 689         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 690         do
 691             tries=$((${tries}+1))
 692             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 693             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 694             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 695             result=$?
 696             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 697             then
 698                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 699                 continue
 700             else
 701                 break
 702             fi
 703         done
 704     elif [[ "$2" != "" ]]
 705     then
 706         "test_$2"
 707     else
 708         "test_$1"
 709     fi
 710     result=${result:-$?}
 711     checkexit $result "$1 tests"
 712     title "End of $1 tests (`timer`)"
 713     return $result
 714 }
 715
 716 do_install() {
 717   skipit=false
 718
 719   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 720       retry do_install_once ${@}
 721   else
 722       skipit=true
 723   fi
 724
 725   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 726     title "Skipping $1 install"
 727   fi
 728 }
 729
 730 do_install_once() {
 731     title "Running $1 install"
 732     timer_reset
 733     if [[ "$2" == "go" ]]
 734     then
 735         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 736     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 737     then
 738         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 739         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 740
 741         # Need to change to a different directory after creating
 742         # the source dist package to avoid a pip bug.
 743         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 744
 745         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 746         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 747         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 748         # install" ensures that we've actually installed the local package
 749         # we just built.
 750         cd "$WORKSPACE/$1" \
 751             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 752             && cd "$WORKSPACE" \
 753             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 754             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 755     elif [[ "$2" != "" ]]
 756     then
 757         "install_$2"
 758     else
 759         "install_$1"
 760     fi
 761     result=$?
 762     checkexit $result "$1 install"
 763     title "End of $1 install (`timer`)"
 764     return $result
 765 }
 766
 767 bundle_install_trylocal() {
 768     (
 769         set -e
 770         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 771         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 772             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 773             bundle install --no-deployment
 774         fi
 775         bundle package --all
 776     )
 777 }
 778
 779 install_doc() {
 780     cd "$WORKSPACE/doc" \
 781         && bundle_install_trylocal \
 782         && rm -rf .site
 783 }
 784 do_install doc
 785
 786 install_gem() {
 787     gemname=$1
 788     srcpath=$2
 789     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 790         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 791         && bundle_install_trylocal \
 792         && gem build "$gemname.gemspec" \
 793         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 794 }
 795
 796 install_ruby_sdk() {
 797     install_gem arvados sdk/ruby
 798 }
 799 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 800
 801 install_R_sdk() {
 802   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 803     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 804        && Rscript --vanilla install_deps.R
 805   fi
 806 }
 807 do_install sdk/R R_sdk
 808
 809 install_perl_sdk() {
 810     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 811         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 812         && make install INSTALLDIRS=perl
 813 }
 814 do_install sdk/perl perl_sdk
 815
 816 install_cli() {
 817     install_gem arvados-cli sdk/cli
 818 }
 819 do_install sdk/cli cli
 820
 821 install_login-sync() {
 822     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 823 }
 824 do_install services/login-sync login-sync
 825
 826 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 827 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 828 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 829 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 830 # keepproxy).
 831 for p in "${pythonstuff[@]}"
 832 do
 833     dir=${p%:py3}
 834     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 835         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 836             do_install ${dir} pip
 837         fi
 838     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 839         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 840             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 841         fi
 842     fi
 843 done
 844
 845 install_apiserver() {
 846     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 847         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 848
 849     rm -f config/environments/test.rb
 850     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 851
 852     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 853     then
 854         for f in database.yml
 855         do
 856             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 857         done
 858     fi
 859
 860     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 861     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 862     # is a postgresql superuser.
 863     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 864         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 865         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 866
 867     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 868
 869     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 870     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 871         (
 872             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 873             set -ex
 874             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 875             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 876         ) || return 1
 877     fi
 878
 879     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 880         && rm -rf tmp/git \
 881         && mkdir -p tmp/git \
 882         && cd tmp/git \
 883         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 884         && mkdir -p internal.git \
 885         && git --git-dir internal.git init \
 886             || return 1
 887
 888     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 889         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 890         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 891         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 892 }
 893 do_install services/api apiserver
 894
 895 declare -a gostuff
 896 gostuff=(
 897     cmd/arvados-client
 898     lib/cli
 899     lib/cmd
 900     lib/crunchstat
 901     lib/dispatchcloud
 902     sdk/go/arvados
 903     sdk/go/arvadosclient
 904     sdk/go/blockdigest
 905     sdk/go/dispatch
 906     sdk/go/health
 907     sdk/go/httpserver
 908     sdk/go/manifest
 909     sdk/go/asyncbuf
 910     sdk/go/crunchrunner
 911     sdk/go/stats
 912     services/arv-git-httpd
 913     services/crunchstat
 914     services/health
 915     services/keep-web
 916     services/keepstore
 917     sdk/go/keepclient
 918     services/keep-balance
 919     services/keepproxy
 920     services/crunch-dispatch-local
 921     services/crunch-dispatch-slurm
 922     services/crunch-run
 923     services/ws
 924     tools/keep-block-check
 925     tools/keep-exercise
 926     tools/keep-rsync
 927     tools/sync-groups
 928 )
 929 for g in "${gostuff[@]}"
 930 do
 931     do_install "$g" go
 932 done
 933
 934 install_workbench() {
 935     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 936         && mkdir -p tmp/cache \
 937         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 938         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 939 }
 940 do_install apps/workbench workbench
 941
 942 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 943
 944 test_doclinkchecker() {
 945     (
 946         set -e
 947         cd "$WORKSPACE/doc"
 948         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 949         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 950         # do much good!
 951         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 952     )
 953 }
 954 do_test doc doclinkchecker
 955
 956 stop_services
 957
 958 test_apiserver() {
 959     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 960     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 961         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 962 }
 963 do_test services/api apiserver
 964
 965 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 966 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 967 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 968   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 969   exit_cleanly
 970 fi
 971
 972 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 973
 974 test_ruby_sdk() {
 975     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 976         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 977 }
 978 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 979
 980 test_R_sdk() {
 981   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 982     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 983         && Rscript --vanilla run_test.R
 984   fi
 985 }
 986
 987 do_test sdk/R R_sdk
 988
 989 test_cli() {
 990     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 991         && mkdir -p /tmp/keep \
 992         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 993 }
 994 do_test sdk/cli cli
 995
 996 test_login-sync() {
 997     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 998         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
 999 }
1000 do_test services/login-sync login-sync
1001
1002 test_nodemanager_integration() {
1003     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1004         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1005 }
1006 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1007
1008 for p in "${pythonstuff[@]}"
1009 do
1010     dir=${p%:py3}
1011     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1012         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1013             do_test ${dir} pip
1014         fi
1015     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1016         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1017             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1018         fi
1019     fi
1020 done
1021
1022 for g in "${gostuff[@]}"
1023 do
1024     do_test "$g" go
1025 done
1026
1027 test_workbench_units() {
1028     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1029         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1030 }
1031 do_test apps/workbench_units workbench_units
1032
1033 test_workbench_functionals() {
1034     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1035         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1036 }
1037 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1038
1039 test_workbench_integration() {
1040     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1041         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1042 }
1043 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1044
1045
1046 test_workbench_benchmark() {
1047     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1048         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1049 }
1050 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1051
1052 test_workbench_profile() {
1053     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1054         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1055 }
1056 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1057
1058 exit_cleanly