sdk/cwl/tests/arvados-tests.yml

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 - job: dir-job.yml
   6   output:
   7     "outlist": {
   8         "size": 20,
   9         "location": "output.txt",
  10         "class": "File",
  11         "checksum": "sha1$13cda8661796ae241da3a18668fb552161a72592"
  12     }
  13   tool: keep-dir-test-input.cwl
  14   doc: Test directory in keep
  15
  16 - job: dir-job2.yml
  17   output:
  18     "outlist": {
  19         "size": 20,
  20         "location": "output.txt",
  21         "class": "File",
  22         "checksum": "sha1$13cda8661796ae241da3a18668fb552161a72592"
  23     }
  24   tool: keep-dir-test-input.cwl
  25   doc: Test directory in keep
  26
  27 - job: null
  28   output:
  29     "outlist": {
  30         "size": 20,
  31         "location": "output.txt",
  32         "class": "File",
  33         "checksum": "sha1$13cda8661796ae241da3a18668fb552161a72592"
  34     }
  35   tool: keep-dir-test-input2.cwl
  36   doc: Test default directory in keep
  37
  38 - job: null
  39   output:
  40     "outlist": {
  41         "size": 20,
  42         "location": "output.txt",
  43         "class": "File",
  44         "checksum": "sha1$13cda8661796ae241da3a18668fb552161a72592"
  45     }
  46   tool: keep-dir-test-input3.cwl
  47   doc: Test default directory in keep
  48
  49 - job: octo.yml
  50   output: {}
  51   tool: cat.cwl
  52   doc: Test hashes in filenames
  53
  54 - job: listing-job.yml
  55   output: {
  56     "out": {
  57         "class": "File",
  58         "location": "output.txt",
  59         "size": 5,
  60         "checksum": "sha1$724ba28f4a9a1b472057ff99511ed393a45552e1"
  61     }
  62   }
  63   tool: wf/listing_shallow.cwl
  64   doc: test shallow directory listing
  65
  66 - job: listing-job.yml
  67   output: {
  68     "out": {
  69         "class": "File",
  70         "location": "output.txt",
  71         "size": 5,
  72         "checksum": "sha1$724ba28f4a9a1b472057ff99511ed393a45552e1"
  73     }
  74   }
  75   tool: wf/listing_none.cwl
  76   doc: test no directory listing
  77
  78 - job: listing-job.yml
  79   output: {
  80     "out": {
  81         "class": "File",
  82         "location": "output.txt",
  83         "size": 5,
  84         "checksum": "sha1$724ba28f4a9a1b472057ff99511ed393a45552e1"
  85     }
  86   }
  87   tool: wf/listing_deep.cwl
  88   doc: test deep directory listing
  89
  90 - job: null
  91   output: {}
  92   tool: noreuse.cwl
  93   doc: "Test arv:ReuseRequirement"
  94
  95 - job: 12213-keepref-job.yml
  96   output: {
  97     "out": [
  98         {
  99             "checksum": "sha1$1c78028c0d69163391eef89316b44a57bde3fead",
 100             "location": "sample1_S01_R1_001.fastq.txt",
 101             "class": "File",
 102             "size": 32
 103         },
 104         {
 105             "checksum": "sha1$83483b9c65d99967aecc794c14f9f4743314d186",
 106             "location": "sample2_S01_R3_001.fastq.txt",
 107             "class": "File",
 108             "size": 32
 109         }
 110     ]
 111   }
 112   tool: 12213-keepref-wf.cwl
 113   doc: "Test manipulating keep references with expression tools"
 114
 115 - job: null
 116   output:
 117     out: null
 118   tool: 12418-glob-empty-collection.cwl
 119   doc: "Test glob output on empty collection"
 120
 121 - job: null
 122   output:
 123     out: out
 124   tool: wf/runin-wf.cwl
 125   doc: "RunInSingleContainer cwl.input.json needs to be consistent with pathmapper manipulations"
 126
 127 - job: secondary/wf-job.yml
 128   output: {}
 129   tool: secondary/wf.cwl
 130   doc: "RunInSingleContainer applies secondaryFile discovery & manipulation before generating cwl.input.yml"
 131
 132 - job: null
 133   output:
 134     out: out
 135   tool: wf/runin-with-ttl-wf.cwl
 136   doc: "RunInSingleContainer respects outputTTL"
 137
 138 - job: secret_test_job.yml
 139   output: {
 140     "out": {
 141         "class": "File",
 142         "location": "hashed_example.txt",
 143         "size": 47,
 144         "checksum": "sha1$f45341c7f03b4dd10646c402908d1aea0d580f5d"
 145     }
 146   }
 147   tool: wf/secret_wf.cwl
 148   doc: "Test secret input parameters"
 149   tags: [ secrets ]
 150
 151 - job: null
 152   output:
 153     out: null
 154   tool: wf/runin-reqs-wf.cwl
 155   doc: "RunInSingleContainer handles dynamic resource requests on step"
 156
 157 - job: null
 158   output:
 159     out: null
 160   tool: wf/runin-reqs-wf2.cwl
 161   doc: "RunInSingleContainer handles dynamic resource requests on embedded subworkflow"
 162
 163 - job: null
 164   output:
 165     out: null
 166   tool: wf/runin-reqs-wf3.cwl
 167   should_fail: true
 168   doc: "RunInSingleContainer disallows dynamic resource request on subworkflow steps"
 169
 170 - job: null
 171   output:
 172     out: null
 173   tool: wf/runin-reqs-wf4.cwl
 174   doc: "RunInSingleContainer discovers static resource request in subworkflow steps"
 175
 176 - job: secondaryFiles/inp3.yml
 177   output: {}
 178   tool: secondaryFiles/example1.cwl
 179   doc: Discover secondaryFiles at runtime if they are in keep
 180
 181 - job: null
 182   output: {}
 183   tool: secondaryFiles/example3.cwl
 184   doc: Discover secondaryFiles on default values
 185
 186 - job: null
 187   output:
 188     out: null
 189   tool: wf-defaults/wf1.cwl
 190   doc: "Can have separate default parameters including directory and file inside same directory"
 191
 192 - job: null
 193   output:
 194     out: null
 195   tool: wf-defaults/wf2.cwl
 196   doc: "Can have a parameter default value that is a directory literal with a file literal"
 197
 198 - job: null
 199   output:
 200     out: null
 201   tool: wf-defaults/wf3.cwl
 202   doc: "Do not accept a directory literal without a basename"
 203   should_fail: true
 204
 205 - job: null
 206   output:
 207     out: null
 208   tool: wf-defaults/wf4.cwl
 209   doc: default in embedded subworkflow missing 'id' field
 210   should_fail: true
 211
 212 - job: null
 213   output:
 214     out: null
 215   tool: wf-defaults/wf5.cwl
 216   doc: default in embedded subworkflow
 217
 218 - job: null
 219   output:
 220     out: null
 221   tool: wf-defaults/wf6.cwl
 222   doc: default in RunInSingleContainer step
 223
 224 - job: null
 225   output:
 226     out: null
 227   tool: wf-defaults/wf7.cwl
 228   doc: workflow level default in RunInSingleContainer