build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 COLUMNS=80
   7 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
   8
   9 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  10 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  11
  12 Exit non-zero if any tests fail.
  13
  14 Syntax:
  15         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  16
  17 Options:
  18
  19 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  20 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  21 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  22                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  23                from a previous invocation if you use this option.
  24 --only FOO     Do not test anything except the FOO component. If given
  25                more than once, all specified test suites are run.
  26 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  27                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  28 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  29                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  30                subsequent invocations.
  31 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  32 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  33 --only-install Run specific install step. If given more than once,
  34                all but the last are ignored.
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests.
  39 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  40                Restrict apiserver tests to the given file
  41 sdk/python_test="tests/test_api.py::ArvadosApiTest"
  42                Restrict Python SDK tests to the given class
  43 lib/dispatchcloud_test="-check.vv"
  44                Show all log messages, even when tests pass (also works
  45                with services/keepstore_test etc.)
  46 ARVADOS_DEBUG=1
  47                Print more debug messages
  48 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  49                *_test, and other examples shown above.
  50
  51 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  52 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  53 test suites depend on other components being installed, and installing
  54 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  55
  56 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  57 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  58
  59 More information and background:
  60
  61 https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  62
  63 Available tests:
  64
  65 cmd/arvados-client
  66 cmd/arvados-package
  67 cmd/arvados-server
  68 doc
  69 lib/cli
  70 lib/cmd
  71 lib/controller
  72 lib/controller/federation
  73 lib/controller/railsproxy
  74 lib/controller/router
  75 lib/controller/rpc
  76 lib/crunchstat
  77 lib/crunch-run
  78 lib/cloud
  79 lib/cloud/azure
  80 lib/cloud/cloudtest
  81 lib/dispatchcloud
  82 lib/dispatchcloud/container
  83 lib/dispatchcloud/scheduler
  84 lib/dispatchcloud/sshexecutor
  85 lib/dispatchcloud/worker
  86 lib/mount
  87 lib/pam
  88 lib/service
  89 services/api
  90 services/dockercleaner
  91 services/fuse
  92 services/health
  93 services/keep-web
  94 services/keepproxy
  95 services/keepstore
  96 services/keep-balance
  97 services/login-sync
  98 services/crunch-dispatch-local
  99 services/crunch-dispatch-slurm
 100 services/workbench2_units
 101 services/workbench2_integration
 102 services/ws
 103 sdk/cli
 104 sdk/cwl
 105 sdk/python
 106 sdk/ruby-google-api-client
 107 sdk/ruby
 108 sdk/go/arvados
 109 sdk/go/arvadosclient
 110 sdk/go/auth
 111 sdk/go/dispatch
 112 sdk/go/keepclient
 113 sdk/go/health
 114 sdk/go/httpserver
 115 sdk/go/blockdigest
 116 sdk/go/asyncbuf
 117 sdk/go/stats
 118 sdk/go/crunchrunner
 119 sdk/R
 120 sdk/java-v2
 121 tools/sync-groups
 122 tools/crunchstat-summary
 123 tools/keep-exercise
 124 tools/keep-rsync
 125 tools/keep-block-check
 126
 127 EOF
 128
 129 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 130 # environment that could interfere with the tests.
 131 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 132
 133 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 134 # accident.
 135 GITDIR=
 136 GOPATH=
 137 VENV3DIR=
 138 PYTHONPATH=
 139 GEMHOME=
 140 R_LIBS=
 141 export LANG=en_US.UTF-8
 142
 143 short=
 144 only_install=
 145 temp=
 146 temp_preserve=
 147
 148 ignore_sigint=
 149
 150 clear_temp() {
 151     if [[ -z "$temp" ]]; then
 152         # we did not even get as far as making a temp dir
 153         :
 154     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 155         # Go creates readonly dirs in the module cache, which cause
 156         # "rm -rf" to fail unless we chmod first.
 157         chmod -R u+w "$temp"
 158         rm -rf "$temp"
 159     else
 160         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 161     fi
 162 }
 163
 164 fatal() {
 165     clear_temp
 166     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 167     exit 1
 168 }
 169
 170 exit_cleanly() {
 171     trap - INT
 172     stop_services
 173     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 174     report_outcomes
 175     clear_temp
 176     exit ${#failures}
 177 }
 178
 179 sanity_checks() {
 180     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 181     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 182         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 183     [[ -z "$CONFIGSRC" ]] || [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
 184         || fatal "CONFIGSRC is $CONFIGSRC but '$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
 185     echo Checking dependencies:
 186     echo "locale: ${LANG}"
 187     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 188         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 189     echo -n 'ruby: '
 190     ruby -v \
 191         || fatal "No ruby. Install >=2.7 from package or source"
 192     echo -n 'go: '
 193     go version \
 194         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 195     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
 196         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
 197     echo -n 'gcc: '
 198     gcc --version | egrep ^gcc \
 199         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 200     echo -n 'fuse.h: '
 201     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 202         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 203     echo -n 'gnutls.h: '
 204     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 205         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 206     echo -n 'virtualenv: '
 207     python3 -m venv --help | grep -q '^usage: venv ' \
 208         && echo "venv module found" \
 209         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install python3-venv"
 210     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 211     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 212         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 213     which netstat \
 214         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
 215     echo -n 'nginx: '
 216     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 217         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 218     echo -n 'npm: '
 219     npm --version \
 220         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v12.22.12/node-v12.22.12-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v12.22.12-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 221     echo -n 'cadaver: '
 222     cadaver --version | grep -w cadaver \
 223           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 224     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 225     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 227     echo -n 'libcurl curl.h: '
 228     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 230     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 231     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 232         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 233     echo -n 'libpam pam_appl.h: '
 234     find /usr/include -path '*/security/pam_appl.h' | egrep --max-count=1 . \
 235         || fatal "No libpam pam_appl.h. Try: apt-get install libpam0g-dev"
 236     echo -n 'postgresql: '
 237     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 238     echo -n 'xvfb: '
 239     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 240     echo -n 'graphviz: '
 241     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 242     echo -n 'singularity: '
 243     singularity --version || fatal "No singularity. Try: arvados-server install"
 244     echo -n 'docker client: '
 245     docker --version || echo "No docker client. Try: arvados-server install"
 246     echo -n 'docker server: '
 247     docker info --format='{{.ServerVersion}}' || echo "No docker server. Try: arvados-server install"
 248     echo -n 's3cmd: '
 249     s3cmd --version || echo "No s3cmd. Try: apt-get install s3cmd"
 250
 251     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 252       # R SDK stuff
 253       echo -n 'R: '
 254       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 255       echo -n 'testthat: '
 256       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 257       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 258       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 259       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 260       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 261     fi
 262     echo 'procs with /dev/fuse open:'
 263     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
 264     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
 265     grep fuse /proc/self/mountinfo
 266 }
 267
 268 rotate_logfile() {
 269   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 270   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 271   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 272     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 273     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 274     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 275   fi
 276 }
 277
 278 declare -a failures
 279 declare -A skip
 280 declare -A only
 281 declare -A testargs
 282
 283 while [[ -n "$1" ]]
 284 do
 285     arg="$1"; shift
 286     case "$arg" in
 287         --help)
 288             echo >&2 "$helpmessage"
 289             echo >&2
 290             exit 1
 291             ;;
 292         --skip)
 293             skip["${1%:py3}"]=1; shift
 294             ;;
 295         --only)
 296             only["${1%:py3}"]=1; skip["${1%:py3}"]=""; shift
 297             ;;
 298         --short)
 299             short=1
 300             ;;
 301         --interactive)
 302             interactive=1
 303             ;;
 304         --skip-install)
 305             skip[install]=1
 306             ;;
 307         --only-install)
 308             only_install="$1"; shift
 309             ;;
 310         --temp)
 311             temp="$1"; shift
 312             temp_preserve=1
 313             ;;
 314         --leave-temp)
 315             temp_preserve=1
 316             ;;
 317         --repeat)
 318             repeat=$((${1}+0)); shift
 319             ;;
 320         --retry)
 321             retry=1
 322             ;;
 323         *_test=*)
 324             suite="${arg%%_test=*}"
 325             args="${arg#*=}"
 326             testargs["${suite%:py3}"]="$args"
 327             ;;
 328         *=*)
 329             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 330             ;;
 331         *)
 332             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 333             exit 1
 334             ;;
 335     esac
 336 done
 337
 338 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 339 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 340 NEED_SDK_R=true
 341
 342 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 343    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 344   NEED_SDK_R=false
 345 fi
 346
 347 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 348   NEED_SDK_R=false
 349 fi
 350
 351 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 352         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 353 fi
 354
 355 checkpidfile() {
 356     svc="$1"
 357     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 358     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 359         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 360         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 361         return 1
 362     fi
 363     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 364 }
 365
 366 checkhealth() {
 367     svc="$1"
 368     base=$("${VENV3DIR}/bin/python3" -c "import yaml; print(list(yaml.safe_load(open('$ARVADOS_CONFIG','r'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0])")
 369     url="$base/_health/ping"
 370     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 371         echo "${url} failed"
 372         return 1
 373     fi
 374 }
 375
 376 checkdiscoverydoc() {
 377     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 378     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 379         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 380         tail -v $WORKSPACE/tmp/railsapi.log
 381         return 1
 382     fi
 383     echo "${dd} ok"
 384 }
 385
 386 start_services() {
 387     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 388         return 0
 389     fi
 390     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, ws, and nginx ssl proxy...'
 391     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 392         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 393     fi
 394     # Remove empty api.pid file if it exists
 395     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 396         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 397     fi
 398     all_services_stopped=
 399     fail=1
 400
 401     cd "$WORKSPACE" \
 402         && eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 403         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 404         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 405         && checkpidfile api \
 406         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 407         && eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 408         && checkpidfile nginx \
 409         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 410         && checkpidfile controller \
 411         && checkhealth Controller \
 412         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 413         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 414         && checkpidfile keepproxy \
 415         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 416         && checkpidfile keep-web \
 417         && checkhealth WebDAV \
 418         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 419         && checkpidfile ws \
 420         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 421         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 422         && fail=0
 423     if [[ $fail != 0 ]]; then
 424         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 425     fi
 426     return $fail
 427 }
 428
 429 stop_services() {
 430     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 431         return
 432     fi
 433     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 434     cd "$WORKSPACE" \
 435         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 436         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 437         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 438         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 439         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 440         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 441         && all_services_stopped=1
 442     unset ARVADOS_CONFIG
 443 }
 444
 445 interrupt() {
 446     if [[ -n "$ignore_sigint" ]]; then
 447         echo >&2 "ignored SIGINT"
 448         return
 449     fi
 450     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 451     exit_cleanly
 452 }
 453 trap interrupt INT
 454
 455 setup_ruby_environment() {
 456     # When our "bundle install"s need to install new gems to
 457     # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 458     # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 459     # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 460     # should be installed, and we should leave it alone.)
 461
 462     if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 463         user_gempath="$(gem env gempath)"
 464         export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 465     fi
 466     PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 467
 468     # When we build and install our own gems, we install them in our
 469     # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 470     # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 471     # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 472
 473     tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 474     PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 475     export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home:$(gem env gempath)"
 476
 477     echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 478     echo "Will install bundler and arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 479     echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 480     gem install --user --no-document --conservative --version '~> 2.4.0' bundler \
 481         || fatal 'install bundler'
 482 }
 483
 484 with_test_gemset() {
 485     GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 486 }
 487
 488 gem_uninstall_if_exists() {
 489     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 490         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 491     fi
 492 }
 493
 494 setup_virtualenv() {
 495     if [[ -z "${VENV3DIR:-}" ]]; then
 496         fatal "setup_virtualenv called before \$VENV3DIR was set"
 497     elif ! [[ -e "$VENV3DIR/bin/activate" ]]; then
 498         python3 -m venv "$VENV3DIR" || fatal "virtualenv creation failed"
 499         # Configure pip options we always want to use.
 500         "$VENV3DIR/bin/pip" config --quiet --site set global.disable-pip-version-check true
 501         "$VENV3DIR/bin/pip" config --quiet --site set global.no-input true
 502         "$VENV3DIR/bin/pip" config --quiet --site set global.no-python-version-warning true
 503         "$VENV3DIR/bin/pip" config --quiet --site set install.progress-bar off
 504         # If we didn't have a virtualenv before, we couldn't have started any
 505         # services. Set the flag used by stop_services to indicate that.
 506         all_services_stopped=1
 507     fi
 508     . "$VENV3DIR/bin/activate" || fatal "virtualenv activation failed"
 509     # pip >= 20.3 is necessary for modern dependency resolution.
 510     # setuptools is our chosen Python build tool.
 511     # wheel modernizes the venv (as of early 2024) and makes it more closely
 512     # match our package build environment.
 513     # We must have these in place *before* we install the PySDK below.
 514     pip install "pip>=20.3" setuptools wheel ||
 515         fatal "failed to install build packages in virtualenv"
 516     # run-tests.sh uses run_test_server.py from the Python SDK.
 517     # This requires both the Python SDK itself and PyYAML.
 518     # Hence we must install these dependencies this early for the rest of the
 519     # script to work.
 520     pip install PyYAML || fatal "failed to install PyYAML in virtualenv"
 521     do_install_once sdk/python pip || fatal "failed to install PySDK in virtualenv"
 522 }
 523
 524 initialize() {
 525     # If dependencies like ruby, go, etc. are installed in
 526     # /var/lib/arvados -- presumably by "arvados-server install" --
 527     # then we want to use those versions, instead of whatever happens
 528     # to be installed in /usr.
 529     PATH="/var/lib/arvados/bin:${PATH}"
 530     sanity_checks
 531
 532     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 533     cd "$WORKSPACE"
 534
 535     if [[ -z "$temp" ]]; then
 536         temp="$(mktemp -d)"
 537     fi
 538
 539     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 540     for tmpdir in VENV3DIR GOPATH GEMHOME R_LIBS
 541     do
 542         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 543             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 544         fi
 545         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 546             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 547         fi
 548     done
 549
 550     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 551
 552     export R_LIBS
 553
 554     export GOPATH
 555     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 556     # else that might be in the environment.
 557     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 558
 559     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 560     # that happens even if we don't end up running services that set up
 561     # logging.
 562     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 563     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 564
 565     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 566
 567     setup_ruby_environment
 568     setup_virtualenv
 569
 570     echo "PATH is $PATH"
 571 }
 572
 573 install_env() {
 574     go mod download || fatal "Go deps failed"
 575     which goimports >/dev/null || go install golang.org/x/tools/cmd/goimports@latest || fatal "Go setup failed"
 576     # parameterized and pytest are direct dependencies of Python tests.
 577     # pdoc is needed to build PySDK documentation.
 578     pip install parameterized pdoc pytest ||
 579         fatal "failed to install test+documentation packages in virtualenv"
 580 }
 581
 582 retry() {
 583     remain="${repeat}"
 584     while :
 585     do
 586         if ${@}; then
 587             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 588                 remain=$((${remain}-1))
 589                 title "(repeating ${remain} more times)"
 590             else
 591                 break
 592             fi
 593         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 594             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 595             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 596             then
 597                 break
 598             fi
 599         else
 600             break
 601         fi
 602     done
 603 }
 604
 605 do_test() {
 606     case "${1}" in
 607         services/workbench2_units | services/workbench2_integration)
 608             suite=services/workbench2
 609             ;;
 610         *)
 611             suite="${1}"
 612             ;;
 613     esac
 614     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 615               -n "${skip[$1]}" || \
 616               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 617         return 0
 618     fi
 619     case "${1}" in
 620         services/api)
 621             stop_services
 622             check_arvados_config "$1"
 623             ;;
 624         gofmt \
 625             | arvados_version.py \
 626             | cmd/arvados-package \
 627             | doc \
 628             | lib/boot \
 629             | lib/cli \
 630             | lib/cloud/azure \
 631             | lib/cloud/cloudtest \
 632             | lib/cloud/ec2 \
 633             | lib/cmd \
 634             | lib/dispatchcloud/sshexecutor \
 635             | lib/dispatchcloud/worker \
 636             | lib/install \
 637             | services/workbench2_integration \
 638             | services/workbench2_units \
 639             )
 640             check_arvados_config "$1"
 641             # don't care whether services are running
 642             ;;
 643         *)
 644             check_arvados_config "$1"
 645             if ! start_services; then
 646                 checkexit 1 "$1 tests"
 647                 title "test $1 -- failed to start services"
 648                 return 1
 649             fi
 650             ;;
 651     esac
 652     retry do_test_once ${@}
 653 }
 654
 655 go_ldflags() {
 656     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
 657     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version} -s -w"
 658 }
 659
 660 do_test_once() {
 661     unset result
 662
 663     if [[ "$2" == pip ]]; then
 664         # We need to install the module before testing to ensure all the
 665         # dependencies are satisfied. We need to do this before we start
 666         # the test header+timer.
 667         do_install_once "$1" "$2" || return
 668     fi
 669
 670     title "test $1"
 671     timer_reset
 672
 673     result=
 674     if [[ "$2" == "go" ]]
 675     then
 676         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 677         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 678         testflags=()
 679         if [[ "$1" == "cmd/arvados-package" ]]; then
 680             testflags+=("-timeout" "20m")
 681         fi
 682         # We do "go install" here to catch compilation errors
 683         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 684         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 685         # compilation errors.
 686         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
 687             cd "$WORKSPACE/$1" && \
 688             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 689         then
 690             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 691             # does:
 692             go test ${short:+-short} ${testflags[@]} ${testargs[$1]}
 693         else
 694             # The above form gets verbose even when testargs is
 695             # empty, so use this form in such cases:
 696             go test ${short:+-short} ${testflags[@]} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
 697         fi
 698         result=${result:-$?}
 699         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 700         then
 701             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 702             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 703         fi
 704         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 705     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 706     then
 707         tries=0
 708         while :
 709         do
 710             tries=$((${tries}+1))
 711             env -C "$WORKSPACE/$1" python3 -m pytest ${testargs[$1]}
 712             result=$?
 713             # pytest uses exit code 2 to mean "test collection failed."
 714             # See discussion in FUSE's IntegrationTest and MountTestBase.
 715             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 2 ]]
 716             then
 717                 printf '\n*****\n%s tests exited with code 2 -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 718                 continue
 719             else
 720                 break
 721             fi
 722         done
 723     elif [[ "$2" != "" ]]
 724     then
 725         "test_$2"
 726     else
 727         "test_$1"
 728     fi
 729     result=${result:-$?}
 730     checkexit $result "$1 tests"
 731     title "test $1 -- `timer`"
 732     return $result
 733 }
 734
 735 check_arvados_config() {
 736     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
 737         return
 738     fi
 739     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
 740         cd "$WORKSPACE"
 741         eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 742     fi
 743 }
 744
 745 do_install() {
 746     if [[ -n ${skip["install_$1"]} || -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 747         return 0
 748     fi
 749     check_arvados_config "$1"
 750     retry do_install_once ${@}
 751 }
 752
 753 do_install_once() {
 754     title "install $1"
 755     timer_reset
 756
 757     result=
 758     if [[ "$2" == "go" ]]
 759     then
 760         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
 761     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 762     then
 763         # Generate _version.py before installing.
 764         python3 "$WORKSPACE/$1/arvados_version.py" >/dev/null &&
 765             pip install "$WORKSPACE/$1"
 766     elif [[ "$2" != "" ]]
 767     then
 768         "install_$2"
 769     else
 770         "install_$1"
 771     fi
 772     result=${result:-$?}
 773     checkexit $result "$1 install"
 774     title "install $1 -- `timer`"
 775     return $result
 776 }
 777
 778 bundle_install_trylocal() {
 779     (
 780         set -e
 781         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 782         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 783             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 784             bundle install --no-deployment
 785         fi
 786         bundle package
 787     )
 788 }
 789
 790 install_doc() {
 791     cd "$WORKSPACE/doc" \
 792         && bundle_install_trylocal \
 793         && rm -rf .site
 794 }
 795
 796 install_gem() {
 797     gemname=$1
 798     srcpath=$2
 799     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 800         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 801         && bundle_install_trylocal \
 802         && gem build "$gemname.gemspec" \
 803         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 804 }
 805
 806 install_sdk/ruby() {
 807     install_gem arvados sdk/ruby
 808 }
 809
 810 install_sdk/ruby-google-api-client() {
 811     install_gem arvados-google-api-client sdk/ruby-google-api-client
 812 }
 813
 814 install_sdk/R() {
 815   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 816     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 817        && Rscript --vanilla install_deps.R
 818   fi
 819 }
 820
 821 install_sdk/cli() {
 822     install_gem arvados-cli sdk/cli
 823 }
 824
 825 install_services/login-sync() {
 826     install_gem arvados-google-api-client sdk/ruby-google-api-client
 827     install_gem arvados sdk/ruby
 828     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 829 }
 830
 831 install_services/api() {
 832     stop_services
 833     check_arvados_config "services/api"
 834     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 835         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 836             || return 1
 837
 838     rm -f config/environments/test.rb
 839     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 840
 841     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 842     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 843     # is a postgresql superuser.
 844     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 845         && test_database=$("${VENV3DIR}/bin/python3" -c "import yaml; print(yaml.safe_load(open('$ARVADOS_CONFIG','r'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname'])") \
 846         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 847
 848     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 849
 850     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 851     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 852         (
 853             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 854             set -e
 855             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 856             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 857         ) || return 1
 858     fi
 859
 860     (
 861         set -ex
 862         cd "$WORKSPACE/services/api"
 863         export RAILS_ENV=test
 864         if bin/rails db:environment:set ; then
 865             bin/rake db:drop
 866         fi
 867         bin/rake db:setup
 868         bin/rake db:fixtures:load
 869     ) || return 1
 870 }
 871
 872 declare -a pythonstuff
 873 pythonstuff=(
 874     # The ordering of sdk/python, tools/crunchstat-summary, and
 875     # sdk/cwl here is significant. See
 876     # https://dev.arvados.org/issues/19744#note-26
 877     sdk/python
 878     tools/crunchstat-summary
 879     sdk/cwl
 880     services/dockercleaner
 881     services/fuse
 882 )
 883
 884 declare -a gostuff
 885 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git ls-files | grep '\.go$' | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
 886
 887 install_services/workbench2() {
 888     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" \
 889         && make yarn-install ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}"
 890 }
 891
 892 test_doc() {
 893     local arvados_api_host=pirca.arvadosapi.com && \
 894         env -C "$WORKSPACE/doc" \
 895         bundle exec rake linkchecker \
 896         arvados_api_host="$arvados_api_host" \
 897         arvados_workbench_host="https://workbench.$arvados_api_host" \
 898         baseurl="file://$WORKSPACE/doc/.site/" \
 899         ${testargs[doc]}
 900 }
 901
 902 test_gofmt() {
 903     cd "$WORKSPACE" || return 1
 904     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
 905     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
 906     go vet -composites=false ./...
 907 }
 908
 909 test_arvados_version.py() {
 910     local orig_fn=""
 911     local fail_count=0
 912     while read -d "" fn; do
 913         if [[ -z "$orig_fn" ]]; then
 914             orig_fn="$fn"
 915         elif ! cmp "$orig_fn" "$fn"; then
 916             fail_count=$(( $fail_count + 1 ))
 917             printf "FAIL: %s and %s are not identical\n" "$orig_fn" "$fn"
 918         fi
 919     done < <(git -C "$WORKSPACE" ls-files -z | grep -z '/arvados_version\.py$')
 920     case "$orig_fn" in
 921         "") return 66 ;;  # EX_NOINPUT
 922         *) return "$fail_count" ;;
 923     esac
 924 }
 925
 926 test_services/api() {
 927     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 928     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 929         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
 930 }
 931
 932 test_sdk/ruby() {
 933     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 934         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 935 }
 936
 937 test_sdk/ruby-google-api-client() {
 938     echo "*** note \`test sdk/ruby-google-api-client\` does not actually run any tests, see https://dev.arvados.org/issues/20993 ***"
 939     true
 940 }
 941
 942 test_sdk/R() {
 943   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 944     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 945         && Rscript --vanilla run_test.R
 946   fi
 947 }
 948
 949 test_sdk/cli() {
 950     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 951         && mkdir -p /tmp/keep \
 952         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 953 }
 954
 955 test_sdk/java-v2() {
 956     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test ${testargs[sdk/java-v2]}
 957 }
 958
 959 test_services/login-sync() {
 960     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 961         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
 962 }
 963
 964 test_services/workbench2_units() {
 965     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" && make unit-tests ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}" WORKSPACE="$(pwd)" ${testargs[services/workbench2]}
 966 }
 967
 968 test_services/workbench2_integration() {
 969     INTERACTIVE=
 970     FAIL_FAST_ENABLED=false
 971     if [[ -n ${interactive} ]]; then
 972         INTERACTIVE=-i
 973         FAIL_FAST_ENABLED=true
 974     fi
 975     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" && make integration-tests ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}" \
 976                                                 WORKSPACE="$(pwd)" \
 977                                                 INTERACTIVE=$INTERACTIVE \
 978                                                 CYPRESS_FAIL_FAST_ENABLED=$FAIL_FAST_ENABLED \
 979                                                 ${testargs[services/workbench2]}
 980 }
 981
 982 install_deps() {
 983     # Install parts needed by test suites
 984     do_install env
 985     # Many other components rely on PySDK's run_test_server.py, which relies on
 986     # the SDK itself, so install that first.
 987     do_install sdk/python pip
 988     # lib/controller integration tests depend on arv-mount to run containers.
 989     do_install services/fuse pip
 990     # sdk/cwl depends on crunchstat-summary.
 991     do_install tools/crunchstat-summary pip
 992     do_install cmd/arvados-server go
 993     do_install sdk/ruby-google-api-client
 994     do_install sdk/ruby
 995     do_install sdk/cli
 996     do_install services/api
 997     do_install services/keepproxy go
 998     do_install services/keep-web go
 999 }
1000
1001 install_all() {
1002     do_install env
1003     do_install doc
1004     do_install sdk/ruby-google-api-client
1005     do_install sdk/ruby
1006     do_install sdk/R
1007     do_install sdk/cli
1008     do_install services/login-sync
1009     local pkg_dir
1010     if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1011         for pkg_dir in "${pythonstuff[@]}"
1012         do
1013             do_install "$pkg_dir" pip
1014         done
1015     fi
1016     for pkg_dir in "${gostuff[@]}"
1017     do
1018         do_install "$pkg_dir" go
1019     done
1020     do_install services/api
1021     do_install services/workbench2
1022 }
1023
1024 test_all() {
1025     stop_services
1026     do_test services/api
1027     do_test gofmt
1028     do_test arvados_version.py
1029     do_test doc
1030     do_test sdk/ruby-google-api-client
1031     do_test sdk/ruby
1032     do_test sdk/R
1033     do_test sdk/cli
1034     do_test services/login-sync
1035     do_test sdk/java-v2
1036     local pkg_dir
1037     if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1038         for pkg_dir in "${pythonstuff[@]}"
1039         do
1040             do_test "$pkg_dir" pip
1041         done
1042     fi
1043     for pkg_dir in "${gostuff[@]}"
1044     do
1045         do_test "$pkg_dir" go
1046     done
1047     do_test services/workbench2_units
1048     do_test services/workbench2_integration
1049 }
1050
1051 test_go() {
1052     do_test gofmt
1053     for g in "${gostuff[@]}"
1054     do
1055         do_test "$g" go
1056     done
1057 }
1058
1059 help_interactive() {
1060     echo "== Interactive commands:"
1061     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1062     echo "test TARGET"
1063     echo "10 test TARGET         (run test 10 times)"
1064     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1065     echo "install TARGET"
1066     echo "install env            (go/python libs)"
1067     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1068     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1069     echo "exit"
1070     echo "== Test targets:"
1071     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1072 }
1073
1074 initialize
1075
1076 declare -A testfuncargs=()
1077 for g in "${gostuff[@]}"; do
1078     testfuncargs[$g]="$g go"
1079 done
1080 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1081     testfuncargs[$p]="$p pip"
1082 done
1083
1084 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1085 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1086 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1087
1088 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1089     install_all
1090     test_all
1091 else
1092     skip=()
1093     only=()
1094     only_install=""
1095     stop_services
1096     setnextcmd() {
1097         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1098             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1099             # and pre-populating the command will only cause trouble
1100             nextcmd=
1101         elif [[ ! -e "$GOPATH/bin/arvados-server" ]]; then
1102             nextcmd="install deps"
1103         else
1104             nextcmd=""
1105         fi
1106     }
1107     echo
1108     help_interactive
1109     setnextcmd
1110     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1111     history -r
1112     ignore_sigint=1
1113     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1114         history -s "$nextcmd"
1115         history -w
1116         count=1
1117         if [[ "${nextcmd}" =~ ^[0-9] ]]; then
1118           read count nextcmd <<<"${nextcmd}"
1119         fi
1120         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1121         target="${target%/}"
1122         target="${target/\/:/:}"
1123         # Remove old Python version suffix for backwards compatibility
1124         target="${target%:py3}"
1125         case "${verb}" in
1126             "exit" | "quit")
1127                 exit_cleanly
1128                 ;;
1129             "reset")
1130                 stop_services
1131                 ;;
1132             "test" | "install")
1133                 case "$target" in
1134                     "")
1135                         help_interactive
1136                         ;;
1137                     all | deps)
1138                         ${verb}_${target}
1139                         ;;
1140                     *)
1141                         testargs["$target"]="${opts}"
1142                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1143                         tt="${tt:-$target}"
1144                         while [ $count -gt 0 ]; do
1145                           do_$verb $tt
1146                           let "count=count-1"
1147                         done
1148                         ;;
1149                 esac
1150                 ;;
1151             "" | "help" | *)
1152                 help_interactive
1153                 ;;
1154         esac
1155         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1156             report_outcomes
1157             successes=()
1158             failures=()
1159         fi
1160         cd "$WORKSPACE"
1161         setnextcmd
1162     done
1163     echo
1164 fi
1165 exit_cleanly