sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # == Synopsis
   4 #
   5 #  arv-run-pipeline-instance --template pipeline-template-uuid [options] [--] [parameters]
   6 #  arv-run-pipeline-instance --instance pipeline-instance-uuid [options]
   7 #
   8 # Satisfy a pipeline template by finding or submitting a mapreduce job
   9 # for each pipeline component.
  10 #
  11 # == Options
  12 #
  13 # [--template uuid] Use the specified pipeline template.
  14 #
  15 # [--template path] Load the pipeline template from the specified
  16 #                   local file.
  17 #
  18 # [--instance uuid] Use the specified pipeline instance.
  19 #
  20 # [-n, --dry-run] Do not start any new jobs or wait for existing jobs
  21 #                 to finish. Just find out whether jobs are finished,
  22 #                 queued, or running for each component
  23 #
  24 # [--submit] Do not try to satisfy any components. Just
  25 #                          create an instance, print its UUID to
  26 #                          stdout, and exit.
  27 #
  28 # [--no-wait] Make only as much progress as possible without entering
  29 #             a sleep/poll loop.
  30 #
  31 # [--no-reuse] Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline
  32 #              components. Submit a new job for every component.
  33 #
  34 # [--debug] Print extra debugging information on stderr.
  35 #
  36 # [--debug-level N] Increase amount of debugging information. Default
  37 #                   1, possible range 0..3.
  38 #
  39 # [--status-text path] Print plain text status report to a file or
  40 #                      fifo. Default: /dev/stdout
  41 #
  42 # [--status-json path] Print JSON status report to a file or
  43 #                      fifo. Default: /dev/null
  44 #
  45 # == Parameters
  46 #
  47 # [param_name=param_value]
  48 #
  49 # [param_name param_value] Set (or override) the default value for
  50 #                          every parameter with the given name.
  51 #
  52 # [component_name::param_name=param_value]
  53 # [component_name::param_name param_value]
  54 # [--component_name::param_name=param_value]
  55 # [--component_name::param_name param_value] Set the value of a
  56 #                                            parameter for a single
  57 #                                            component.
  58 #
  59 class WhRunPipelineInstance
  60 end
  61
  62 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
  63   abort <<-EOS
  64 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
  65   EOS
  66 end
  67
  68 $arvados_api_version = ENV['ARVADOS_API_VERSION'] || 'v1'
  69 $arvados_api_host = ENV['ARVADOS_API_HOST'] or
  70   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_HOST environment variable not set."
  71 $arvados_api_token = ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] or
  72   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_TOKEN environment variable not set."
  73
  74 begin
  75   require 'arvados'
  76   require 'rubygems'
  77   require 'json'
  78   require 'pp'
  79   require 'trollop'
  80   require 'google/api_client'
  81 rescue LoadError => l
  82   puts $:
  83   abort <<-EOS
  84 #{$0}: fatal: #{l.message}
  85 Some runtime dependencies may be missing.
  86 Try: gem install arvados pp google-api-client json trollop
  87   EOS
  88 end
  89
  90 def debuglog(message, verbosity=1)
  91   $stderr.puts "#{File.split($0).last} #{$$}: #{message}" if $debuglevel >= verbosity
  92 end
  93
  94 module Kernel
  95   def suppress_warnings
  96     original_verbosity = $VERBOSE
  97     $VERBOSE = nil
  98     result = yield
  99     $VERBOSE = original_verbosity
 100     return result
 101   end
 102 end
 103
 104 if $arvados_api_host.match /local/
 105   # You probably don't care about SSL certificate checks if you're
 106   # testing with a dev server.
 107   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 108 end
 109
 110
 111 # Parse command line options (the kind that control the behavior of
 112 # this program, that is, not the pipeline component parameters).
 113
 114 p = Trollop::Parser.new do
 115   version __FILE__
 116   opt(:dry_run,
 117       "Do not start any new jobs or wait for existing jobs to finish. Just find out whether jobs are finished, queued, or running for each component.",
 118       :type => :boolean,
 119       :short => :n)
 120   opt(:status_text,
 121       "Store plain text status in given file.",
 122       :short => :none,
 123       :type => :string,
 124       :default => '/dev/stdout')
 125   opt(:status_json,
 126       "Store json-formatted pipeline in given file.",
 127       :short => :none,
 128       :type => :string,
 129       :default => '/dev/null')
 130   opt(:no_wait,
 131       "Do not wait for jobs to finish. Just look up status, submit new jobs if needed, and exit.",
 132       :short => :none,
 133       :type => :boolean)
 134   opt(:no_reuse,
 135       "Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline components. Submit a new job for every component.",
 136       :short => :none,
 137       :type => :boolean)
 138   opt(:debug,
 139       "Print extra debugging information on stderr.",
 140       :type => :boolean)
 141   opt(:debug_level,
 142       "Set debug verbosity level.",
 143       :short => :none,
 144       :type => :integer)
 145   opt(:template,
 146       "UUID of pipeline template, or path to local pipeline template file.",
 147       :short => :none,
 148       :type => :string)
 149   opt(:instance,
 150       "UUID of pipeline instance.",
 151       :short => :none,
 152       :type => :string)
 153   opt(:submit,
 154       "Do not try to satisfy any components. Just create a pipeline instance and output its UUID.",
 155       :short => :none,
 156       :type => :boolean)
 157   opt(:run_here,
 158       "Manage the pipeline in process.",
 159       :short => :none,
 160       :type => :boolean)
 161   stop_on [:'--']
 162 end
 163 $options = Trollop::with_standard_exception_handling p do
 164   p.parse ARGV
 165 end
 166 $debuglevel = $options[:debug_level] || ($options[:debug] && 1) || 0
 167
 168 if $options[:instance]
 169   if $options[:template] or $options[:submit]
 170     abort "#{$0}: syntax error: --instance cannot be combined with --template or --submit."
 171   end
 172 elsif not $options[:template]
 173   puts "error: you must supply a --template or --instance."
 174   p.educate
 175   abort
 176 end
 177
 178 if $options[:run_here] == $options[:submit]
 179   abort "#{$0}: syntax error: you must supply either --run-here or --submit."
 180 end
 181
 182 # Suppress SSL certificate checks if ARVADOS_API_HOST_INSECURE
 183
 184 module Kernel
 185   def suppress_warnings
 186     original_verbosity = $VERBOSE
 187     $VERBOSE = nil
 188     result = yield
 189     $VERBOSE = original_verbosity
 190     return result
 191   end
 192 end
 193
 194 if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
 195   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 196 end
 197
 198 # Set up the API client.
 199
 200 $arv = Arvados.new api_version: 'v1'
 201 $client = $arv.client
 202 $arvados = $arv.arvados_api
 203
 204 class PipelineInstance
 205   def self.find(uuid)
 206     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.get,
 207                              :parameters => {
 208                                :uuid => uuid
 209                              },
 210                              :authenticated => false,
 211                              :headers => {
 212                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 213                              })
 214     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 215     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 216       debuglog "Failed to get pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 217       nil
 218     else
 219       debuglog "Retrieved pipeline_instance #{j[:uuid]}"
 220       self.new(j)
 221     end
 222   end
 223   def self.create(attributes)
 224     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.create,
 225                              :body_object => {
 226                                :pipeline_instance => attributes
 227                              },
 228                              :authenticated => false,
 229                              :headers => {
 230                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 231                              })
 232     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 233     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 234       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nFailed to create pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil} #{j.inspect}"
 235     end
 236     debuglog "Created pipeline instance: #{j[:uuid]}"
 237     self.new(j)
 238   end
 239   def save
 240     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.update,
 241                              :parameters => {
 242                                :uuid => @pi[:uuid]
 243                              },
 244                              :body_object => {
 245                                :pipeline_instance => @attributes_to_update
 246                              },
 247                              :authenticated => false,
 248                              :headers => {
 249                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 250                              })
 251     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 252     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 253       debuglog "Failed to save pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 254       nil
 255     else
 256       @attributes_to_update = {}
 257       @pi = j
 258     end
 259   end
 260   def []=(x,y)
 261     @attributes_to_update[x] = y
 262     @pi[x] = y
 263   end
 264   def [](x)
 265     @pi[x]
 266   end
 267
 268   def log_stderr(msg)
 269     $arv.log.create log: {
 270       event_type: 'stderr',
 271       object_uuid: self[:uuid],
 272       owner_uuid: self[:owner_uuid],
 273       properties: {"text" => msg},
 274     }
 275   end
 276
 277   protected
 278   def initialize(j)
 279     @attributes_to_update = {}
 280     @pi = j
 281   end
 282 end
 283
 284 class JobCache
 285   def self.get(uuid)
 286     @cache ||= {}
 287     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.get,
 288                              :parameters => {
 289                                :uuid => uuid
 290                              },
 291                              :authenticated => false,
 292                              :headers => {
 293                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 294                              })
 295     @cache[uuid] = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 296   end
 297   def self.where(conditions)
 298     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.list,
 299                              :parameters => {
 300                                :limit => 10000,
 301                                :where => conditions.to_json
 302                              },
 303                              :authenticated => false,
 304                              :headers => {
 305                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 306                              })
 307     list = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 308     if list and list[:items].is_a? Array
 309       list[:items]
 310     else
 311       []
 312     end
 313   end
 314   def self.create(pipeline, component, job, create_params)
 315     @cache ||= {}
 316
 317     body = {job: no_nil_values(job)}.merge(no_nil_values(create_params))
 318
 319     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.create,
 320                              :body_object => body,
 321                              :authenticated => false,
 322                              :headers => {
 323                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 324                              })
 325     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 326     if j.is_a? Hash and j[:uuid]
 327       @cache[j[:uuid]] = j
 328     else
 329       debuglog "create job: #{j[:errors] rescue nil} with attributes #{body}", 0
 330
 331       msg = ""
 332       j[:errors].each do |err|
 333         msg += "Error creating job for component #{component}: #{err}\n"
 334       end
 335       msg += "Job submission was: #{body.to_json}"
 336
 337       pipeline.log_stderr(msg)
 338       nil
 339     end
 340   end
 341
 342   protected
 343
 344   def self.no_nil_values(hash)
 345     hash.reject { |key, value| value.nil? }
 346   end
 347 end
 348
 349 class WhRunPipelineInstance
 350   attr_reader :instance
 351
 352   def initialize(_options)
 353     @options = _options
 354   end
 355
 356   def fetch_template(template)
 357     if template.match /[^-0-9a-z]/
 358       # Doesn't look like a uuid -- use it as a filename.
 359       @template = JSON.parse File.read(template), :symbolize_names => true
 360     else
 361       result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_templates.get,
 362                                :parameters => {
 363                                  :uuid => template
 364                                },
 365                                :authenticated => false,
 366                                :headers => {
 367                                  authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 368                                })
 369       @template = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 370       if !@template[:uuid]
 371         abort "#{$0}: fatal: failed to retrieve pipeline template #{template} #{@template[:errors].inspect rescue nil}"
 372       end
 373     end
 374     self
 375   end
 376
 377   def fetch_instance(instance_uuid)
 378     @instance = PipelineInstance.find(instance_uuid)
 379     @template = @instance
 380     self
 381   end
 382
 383   def apply_parameters(params_args)
 384     params_args.shift if params_args[0] == '--'
 385     params = {}
 386     while !params_args.empty?
 387       if (re = params_args[0].match /^(--)?([^-].*?)=(.+)/)
 388         params[re[2]] = re[3]
 389         params_args.shift
 390       elsif params_args.size > 1
 391         param = params_args.shift.sub /^--/, ''
 392         params[param] = params_args.shift
 393       else
 394         abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: I do not know what to do with arg \"#{params_args[0]}\""
 395       end
 396     end
 397
 398     if not @template[:components].is_a?(Hash)
 399       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Template missing \"components\" hash"
 400     end
 401     @components = @template[:components].dup
 402
 403     bad_components = @components.each_pair.select do |cname, cspec|
 404       not cspec.is_a?(Hash)
 405     end
 406     if bad_components.any?
 407       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Components not specified with hashes: #{bad_components.map(&:first).join(', ')}"
 408     end
 409
 410     bad_components = @components.each_pair.select do |cname, cspec|
 411       not cspec[:script_parameters].is_a?(Hash)
 412     end
 413     if bad_components.any?
 414       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Components missing \"script_parameters\" hashes: #{bad_components.map(&:first).join(', ')}"
 415     end
 416
 417     errors = []
 418     @components.each do |componentname, component|
 419       component[:script_parameters].each do |parametername, parameter|
 420         parameter = { :value => parameter } unless parameter.is_a? Hash
 421         value =
 422           (params["#{componentname}::#{parametername}"] ||
 423            parameter[:value] ||
 424            (parameter[:output_of].nil? &&
 425             (params[parametername.to_s] ||
 426              parameter[:default])) ||
 427            nil)
 428         if value.nil? and
 429             ![false,'false',0,'0'].index parameter[:required]
 430           if parameter[:output_of]
 431             next
 432           end
 433           errors << [componentname, parametername, "required parameter is missing"]
 434         end
 435         debuglog "parameter #{componentname}::#{parametername} == #{value}"
 436         component[:script_parameters][parametername] = value
 437       end
 438     end
 439     if !errors.empty?
 440       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nErrors:\n#{errors.collect { |c,p,e| "#{c}::#{p} - #{e}\n" }.join ""}"
 441     end
 442     debuglog "options=" + @options.pretty_inspect
 443     self
 444   end
 445
 446   def setup_instance
 447     if @instance
 448       @instance[:properties][:run_options] ||= {}
 449       if @options[:no_reuse]
 450         # override properties of existing instance
 451         @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse] = false
 452       else
 453         # Default to "enable reuse" if not specified. (This code path
 454         # can go away when old clients go away.)
 455         if @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse].nil?
 456           @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse] = true
 457         end
 458       end
 459     else
 460       @instance = PipelineInstance.
 461         create(components: @components,
 462                properties: {
 463                  run_options: {
 464                    enable_job_reuse: !@options[:no_reuse]
 465                  }
 466                },
 467                pipeline_template_uuid: @template[:uuid],
 468                state: ($options[:submit] ? 'RunningOnServer' : 'RunningOnClient'))
 469     end
 470     self
 471   end
 472
 473   def run
 474     moretodo = true
 475     interrupted = false
 476
 477     job_creation_failed = 0
 478     while moretodo
 479       moretodo = false
 480       @components.each do |cname, c|
 481         job = nil
 482         owner_uuid = @instance[:owner_uuid]
 483         # Is the job satisfying this component already known to be
 484         # finished? (Already meaning "before we query API server about
 485         # the job's current state")
 486         c_already_finished = (c[:job] &&
 487                               c[:job][:uuid] &&
 488                               !c[:job][:success].nil?)
 489         if !c[:job] and
 490             c[:script_parameters].select { |pname, p| p.is_a? Hash and p[:output_of]}.empty?
 491           # No job yet associated with this component and is component inputs
 492           # are fully specified (any output_of script_parameters are resolved
 493           # to real value)
 494           job = JobCache.create(@instance, cname, {
 495             :script => c[:script],
 496             :script_parameters => c[:script_parameters],
 497             :script_version => c[:script_version],
 498             :repository => c[:repository],
 499             :nondeterministic => c[:nondeterministic],
 500             :runtime_constraints => c[:runtime_constraints],
 501             :owner_uuid => owner_uuid,
 502           }, {
 503             # This is the right place to put these attributes when
 504             # dealing with new API servers.
 505             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 506             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 507             :find_or_create => (@instance[:properties][:run_options].andand[:enable_job_reuse] &&
 508                                 !c[:nondeterministic]),
 509             :filters => c[:filters]
 510           })
 511           if job
 512             debuglog "component #{cname} new job #{job[:uuid]}"
 513             c[:job] = job
 514           else
 515             debuglog "component #{cname} new job failed", 0
 516             job_creation_failed += 1
 517           end
 518         end
 519
 520         if c[:job] and c[:job][:uuid]
 521           if (c[:job][:running] or
 522               not (c[:job][:finished_at] or c[:job][:cancelled_at]))
 523             # Job is running so update copy of job record
 524             c[:job] = JobCache.get(c[:job][:uuid])
 525           end
 526
 527           if c[:job][:success]
 528             # Populate script_parameters of other components waiting for
 529             # this job
 530             @components.each do |c2name, c2|
 531               c2[:script_parameters].each do |pname, p|
 532                 if p.is_a? Hash and p[:output_of] == cname.to_s
 533                   debuglog "parameter #{c2name}::#{pname} == #{c[:job][:output]}"
 534                   c2[:script_parameters][pname] = c[:job][:output]
 535                   moretodo = true
 536                 end
 537               end
 538             end
 539             unless c_already_finished
 540               # This is my first time discovering that the job
 541               # succeeded. (At the top of this loop, I was still
 542               # waiting for it to finish.)
 543
 544               debuglog "names: #{@instance[:name]} #{@template[:name]}", 0
 545               if (not @instance[:name].nil?) and (not @instance[:name].empty?)
 546                 pipeline_name = @instance[:name]
 547               else
 548                 fetch_template(@instance[:pipeline_template_uuid])
 549                 pipeline_name = @template[:name]
 550               end
 551               if c[:output_name] != false
 552                 output_name = c[:output_name] || "Output of #{cname} of #{pipeline_name}"
 553                 # Create a collection located in the same project as the pipeline with the contents of the output.
 554                 portable_data_hash = c[:job][:output]
 555                 collections = $arv.collection.list(limit: 1,
 556                                                    filters: [['portable_data_hash', '=', portable_data_hash]],
 557                                                    select: ["portable_data_hash", "manifest_text"]
 558                                                    )[:items]
 559                 if collections.any?
 560                   newcollection = {
 561                     owner_uuid: owner_uuid,
 562                     name: "#{output_name} at #{c[:job][:finished_at]}",
 563                     portable_data_hash: collections.first[:portable_data_hash],
 564                     manifest_text: collections.first[:manifest_text]
 565                   }
 566                   debuglog "Creating collection #{newcollection}", 0
 567                   newcollection_actual = $arv.collection.create collection: newcollection
 568                   c[:output_uuid] = newcollection_actual[:uuid]
 569                 else
 570                   debuglog "Could not find a collection with portable data hash #{portable_data_hash}", 0
 571                 end
 572               end
 573             end
 574           elsif c[:job][:running] ||
 575               (!c[:job][:started_at] && !c[:job][:cancelled_at])
 576             # Job is still running
 577             moretodo = true
 578           elsif c[:job][:cancelled_at]
 579             debuglog "component #{cname} job #{c[:job][:uuid]} cancelled."
 580           end
 581         end
 582       end
 583       @instance[:components] = @components
 584       report_status
 585
 586       if @options[:no_wait]
 587         moretodo = false
 588       end
 589
 590       # If job creation fails, just give up on this pipeline instance.
 591       if job_creation_failed > 0
 592         moretodo = false
 593       end
 594
 595       if moretodo
 596         begin
 597           sleep 10
 598         rescue Interrupt
 599           debuglog "interrupt", 0
 600           interrupted = true
 601           break
 602         end
 603       end
 604     end
 605
 606     ended = 0
 607     succeeded = 0
 608     failed = 0
 609     @components.each do |cname, c|
 610       if c[:job]
 611         if c[:job][:finished_at] or c[:job][:cancelled_at] or (c[:job][:running] == false and c[:job][:success] == false)
 612           ended += 1
 613           if c[:job][:success] == true
 614             succeeded += 1
 615           elsif c[:job][:success] == false or c[:job][:cancelled_at]
 616             failed += 1
 617           end
 618         end
 619       end
 620     end
 621
 622     success = (succeeded == @components.length)
 623
 624     # A job create call failed. Just give up.
 625     if job_creation_failed > 0
 626       debuglog "job creation failed - giving up on this pipeline instance", 0
 627       success = false
 628       failed += 1
 629     end
 630
 631     if interrupted
 632      if success
 633         @instance[:state] = 'Complete'
 634      else
 635         @instance[:state] = 'Paused'
 636       end
 637     else
 638       if ended == @components.length or failed > 0
 639         @instance[:state] = success ? 'Complete' : 'Failed'
 640       end
 641     end
 642
 643     debuglog "pipeline instance state is #{@instance[:state]}"
 644
 645     # set components_summary
 646     components_summary = {"todo" => @components.length - ended, "done" => succeeded, "failed" => failed}
 647     @instance[:components_summary] = components_summary
 648
 649     @instance.save
 650   end
 651
 652   def cleanup
 653     if @instance and @instance[:state] == 'RunningOnClient'
 654       @instance[:state] = 'Paused'
 655       @instance.save
 656     end
 657   end
 658
 659   def uuid
 660     @instance[:uuid]
 661   end
 662
 663   protected
 664
 665   def report_status
 666     @instance.save
 667
 668     if @options[:status_json] != '/dev/null'
 669       File.open(@options[:status_json], 'w') do |f|
 670         f.puts @components.pretty_inspect
 671       end
 672     end
 673
 674     if @options[:status_text] != '/dev/null'
 675       File.open(@options[:status_text], 'w') do |f|
 676         f.puts ""
 677         f.puts "#{Time.now} -- pipeline_instance #{@instance[:uuid]}"
 678         namewidth = @components.collect { |cname, c| cname.size }.max
 679         @components.each do |cname, c|
 680           jstatus = if !c[:job]
 681                       "-"
 682                     elsif c[:job][:running]
 683                       "#{c[:job][:tasks_summary].inspect}"
 684                     elsif c[:job][:success]
 685                       c[:job][:output]
 686                     elsif c[:job][:cancelled_at]
 687                       "cancelled #{c[:job][:cancelled_at]}"
 688                     elsif c[:job][:finished_at]
 689                       "failed #{c[:job][:finished_at]}"
 690                     elsif c[:job][:started_at]
 691                       "started #{c[:job][:started_at]}"
 692                     else
 693                       "queued #{c[:job][:created_at]}"
 694                     end
 695           f.puts "#{cname.to_s.ljust namewidth} #{c[:job] ? c[:job][:uuid] : '-'.ljust(27)} #{jstatus}"
 696         end
 697       end
 698     end
 699   end
 700
 701   def abort(msg)
 702     if @instance
 703       if ["New", "Ready", "RunningOnClient",
 704           "RunningOnServer"].include?(@instance[:state])
 705         @instance[:state] = "Failed"
 706         @instance.save
 707       end
 708       @instance.log_stderr(msg)
 709     end
 710     Kernel::abort(msg)
 711   end
 712 end
 713
 714 runner = WhRunPipelineInstance.new($options)
 715 begin
 716   if $options[:template]
 717     runner.fetch_template($options[:template])
 718   else
 719     runner.fetch_instance($options[:instance])
 720   end
 721   runner.apply_parameters(p.leftovers)
 722   runner.setup_instance
 723   if $options[:submit]
 724     runner.instance.save
 725     puts runner.instance[:uuid]
 726   else
 727     runner.run
 728   end
 729 rescue Exception => e
 730   runner.cleanup
 731   raise e
 732 end