doc/user/cwl/bwa-mem/bwa-mem.cwl

   1 #!/usr/bin/env cwl-runner
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
   5
   6 cwlVersion: v1.0
   7 class: CommandLineTool
   8
   9 hints:
  10   DockerRequirement:
  11     dockerPull: quay.io/biocontainers/bwa:0.7.17--ha92aebf_3
  12
  13 baseCommand: [bwa, mem]
  14
  15 arguments:
  16   - {prefix: "-t", valueFrom: $(runtime.cores)}
  17   - {prefix: "-R", valueFrom: '@RG\\\tID:$(inputs.group_id)\\\tPL:$(inputs.PL)\\\tSM:$(inputs.sample_id)'}
  18
  19 inputs:
  20   reference:
  21     type: File
  22     inputBinding:
  23       position: 1
  24       valueFrom: $(self.dirname)/$(self.nameroot)
  25     secondaryFiles:
  26       - ^.ann
  27       - ^.amb
  28       - ^.pac
  29       - ^.sa
  30     doc: The index files produced by `bwa index`
  31   read_p1:
  32     type: File
  33     inputBinding:
  34       position: 2
  35     doc: The reads, in fastq format.
  36   read_p2:
  37     type: File?
  38     inputBinding:
  39       position: 3
  40     doc:  For mate paired reads, the second file (optional).
  41   group_id: string
  42   sample_id: string
  43   PL: string
  44
  45 stdout: $(inputs.read_p1.nameroot).sam
  46
  47 outputs:
  48   aligned_sam:
  49     type: stdout