services/fuse/arvados_fuse/__init__.py

   1 #
   2 # FUSE driver for Arvados Keep
   3 #
   4
   5 import os
   6 import sys
   7 import llfuse
   8 import errno
   9 import stat
  10 import threading
  11 import arvados
  12 import pprint
  13 import arvados.events
  14 import re
  15 import apiclient
  16 import json
  17 import logging
  18 import time
  19 import _strptime
  20 import calendar
  21 import threading
  22 import itertools
  23
  24 from arvados.util import portable_data_hash_pattern, uuid_pattern, collection_uuid_pattern, group_uuid_pattern, user_uuid_pattern, link_uuid_pattern
  25
  26 _logger = logging.getLogger('arvados.arvados_fuse')
  27
  28 # Match any character which FUSE or Linux cannot accommodate as part
  29 # of a filename. (If present in a collection filename, they will
  30 # appear as underscores in the fuse mount.)
  31 _disallowed_filename_characters = re.compile('[\x00/]')
  32
  33 class SafeApi(object):
  34     '''Threadsafe wrapper for API object.  This stores and returns a different api
  35     object per thread, because httplib2 which underlies apiclient is not
  36     threadsafe.
  37     '''
  38
  39     def __init__(self, config):
  40         self.host = config.get('ARVADOS_API_HOST')
  41         self.api_token = config.get('ARVADOS_API_TOKEN')
  42         self.insecure = config.flag_is_true('ARVADOS_API_HOST_INSECURE')
  43         self.local = threading.local()
  44         self.block_cache = arvados.KeepBlockCache()
  45
  46     def localapi(self):
  47         if 'api' not in self.local.__dict__:
  48             self.local.api = arvados.api('v1', False, self.host,
  49                                          self.api_token, self.insecure)
  50         return self.local.api
  51
  52     def localkeep(self):
  53         if 'keep' not in self.local.__dict__:
  54             self.local.keep = arvados.KeepClient(api_client=self.localapi(), block_cache=self.block_cache)
  55         return self.local.keep
  56
  57     def __getattr__(self, name):
  58         # Proxy nonexistent attributes to the local API client.
  59         try:
  60             return getattr(self.localapi(), name)
  61         except AttributeError:
  62             return super(SafeApi, self).__getattr__(name)
  63
  64
  65 def convertTime(t):
  66     '''Parse Arvados timestamp to unix time.'''
  67     try:
  68         return calendar.timegm(time.strptime(t, "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ"))
  69     except (TypeError, ValueError):
  70         return 0
  71
  72 def sanitize_filename(dirty):
  73     '''Replace disallowed filename characters with harmless "_".'''
  74     if dirty is None:
  75         return None
  76     elif dirty == '':
  77         return '_'
  78     elif dirty == '.':
  79         return '_'
  80     elif dirty == '..':
  81         return '__'
  82     else:
  83         return _disallowed_filename_characters.sub('_', dirty)
  84
  85
  86 class FreshBase(object):
  87     '''Base class for maintaining fresh/stale state to determine when to update.'''
  88     def __init__(self):
  89         self._stale = True
  90         self._poll = False
  91         self._last_update = time.time()
  92         self._atime = time.time()
  93         self._poll_time = 60
  94
  95     # Mark the value as stale
  96     def invalidate(self):
  97         self._stale = True
  98
  99     # Test if the entries dict is stale.
 100     def stale(self):
 101         if self._stale:
 102             return True
 103         if self._poll:
 104             return (self._last_update + self._poll_time) < self._atime
 105         return False
 106
 107     def fresh(self):
 108         self._stale = False
 109         self._last_update = time.time()
 110
 111     def atime(self):
 112         return self._atime
 113
 114 class File(FreshBase):
 115     '''Base for file objects.'''
 116
 117     def __init__(self, parent_inode, _mtime=0):
 118         super(File, self).__init__()
 119         self.inode = None
 120         self.parent_inode = parent_inode
 121         self._mtime = _mtime
 122
 123     def size(self):
 124         return 0
 125
 126     def readfrom(self, off, size):
 127         return ''
 128
 129     def mtime(self):
 130         return self._mtime
 131
 132
 133 class StreamReaderFile(File):
 134     '''Wraps a StreamFileReader as a file.'''
 135
 136     def __init__(self, parent_inode, reader, _mtime):
 137         super(StreamReaderFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 138         self.reader = reader
 139
 140     def size(self):
 141         return self.reader.size()
 142
 143     def readfrom(self, off, size):
 144         return self.reader.readfrom(off, size)
 145
 146     def stale(self):
 147         return False
 148
 149
 150 class StringFile(File):
 151     '''Wrap a simple string as a file'''
 152     def __init__(self, parent_inode, contents, _mtime):
 153         super(StringFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 154         self.contents = contents
 155
 156     def size(self):
 157         return len(self.contents)
 158
 159     def readfrom(self, off, size):
 160         return self.contents[off:(off+size)]
 161
 162
 163 class ObjectFile(StringFile):
 164     '''Wrap a dict as a serialized json object.'''
 165
 166     def __init__(self, parent_inode, obj):
 167         super(ObjectFile, self).__init__(parent_inode, "", 0)
 168         self.uuid = obj['uuid']
 169         self.update(obj)
 170
 171     def update(self, obj):
 172         self._mtime = convertTime(obj['modified_at']) if 'modified_at' in obj else 0
 173         self.contents = json.dumps(obj, indent=4, sort_keys=True) + "\n"
 174
 175
 176 class Directory(FreshBase):
 177     '''Generic directory object, backed by a dict.
 178     Consists of a set of entries with the key representing the filename
 179     and the value referencing a File or Directory object.
 180     '''
 181
 182     def __init__(self, parent_inode):
 183         super(Directory, self).__init__()
 184
 185         '''parent_inode is the integer inode number'''
 186         self.inode = None
 187         if not isinstance(parent_inode, int):
 188             raise Exception("parent_inode should be an int")
 189         self.parent_inode = parent_inode
 190         self._entries = {}
 191         self._mtime = time.time()
 192
 193     #  Overriden by subclasses to implement logic to update the entries dict
 194     #  when the directory is stale
 195     def update(self):
 196         pass
 197
 198     # Only used when computing the size of the disk footprint of the directory
 199     # (stub)
 200     def size(self):
 201         return 0
 202
 203     def checkupdate(self):
 204         if self.stale():
 205             try:
 206                 self.update()
 207             except apiclient.errors.HttpError as e:
 208                 _logger.debug(e)
 209
 210     def __getitem__(self, item):
 211         self.checkupdate()
 212         return self._entries[item]
 213
 214     def items(self):
 215         self.checkupdate()
 216         return self._entries.items()
 217
 218     def __iter__(self):
 219         self.checkupdate()
 220         return self._entries.iterkeys()
 221
 222     def __contains__(self, k):
 223         self.checkupdate()
 224         return k in self._entries
 225
 226     def merge(self, items, fn, same, new_entry):
 227         '''Helper method for updating the contents of the directory.  Takes a list
 228         describing the new contents of the directory, reuse entries that are
 229         the same in both the old and new lists, create new entries, and delete
 230         old entries missing from the new list.
 231
 232         items: iterable with new directory contents
 233
 234         fn: function to take an entry in 'items' and return the desired file or
 235         directory name, or None if this entry should be skipped
 236
 237         same: function to compare an existing entry (a File or Directory
 238         object) with an entry in the items list to determine whether to keep
 239         the existing entry.
 240
 241         new_entry: function to create a new directory entry (File or Directory
 242         object) from an entry in the items list.
 243
 244         '''
 245
 246         oldentries = self._entries
 247         self._entries = {}
 248         changed = False
 249         for i in items:
 250             name = sanitize_filename(fn(i))
 251             if name:
 252                 if name in oldentries and same(oldentries[name], i):
 253                     # move existing directory entry over
 254                     self._entries[name] = oldentries[name]
 255                     del oldentries[name]
 256                 else:
 257                     # create new directory entry
 258                     ent = new_entry(i)
 259                     if ent is not None:
 260                         self._entries[name] = self.inodes.add_entry(ent)
 261                         changed = True
 262
 263         # delete any other directory entries that were not in found in 'items'
 264         for i in oldentries:
 265             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(i))
 266             self.inodes.del_entry(oldentries[i])
 267             changed = True
 268
 269         if changed:
 270             self._mtime = time.time()
 271
 272         self.fresh()
 273
 274     def clear(self):
 275         '''Delete all entries'''
 276         oldentries = self._entries
 277         self._entries = {}
 278         for n in oldentries:
 279             if isinstance(n, Directory):
 280                 n.clear()
 281             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(n))
 282             self.inodes.del_entry(oldentries[n])
 283         self.invalidate()
 284
 285     def mtime(self):
 286         return self._mtime
 287
 288
 289 class CollectionDirectory(Directory):
 290     '''Represents the root of a directory tree holding a collection.'''
 291
 292     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, collection):
 293         super(CollectionDirectory, self).__init__(parent_inode)
 294         self.inodes = inodes
 295         self.api = api
 296         self.num_retries = num_retries
 297         self.collection_object_file = None
 298         self.collection_object = None
 299         if isinstance(collection, dict):
 300             self.collection_locator = collection['uuid']
 301         else:
 302             self.collection_locator = collection
 303
 304     def same(self, i):
 305         return i['uuid'] == self.collection_locator or i['portable_data_hash'] == self.collection_locator
 306
 307     def new_collection(self, new_collection_object, coll_reader):
 308         self.collection_object = new_collection_object
 309
 310         if self.collection_object_file is not None:
 311             self.collection_object_file.update(self.collection_object)
 312
 313         self.clear()
 314         for s in coll_reader.all_streams():
 315             cwd = self
 316             for part in s.name().split('/'):
 317                 if part != '' and part != '.':
 318                     partname = sanitize_filename(part)
 319                     if partname not in cwd._entries:
 320                         cwd._entries[partname] = self.inodes.add_entry(Directory(cwd.inode))
 321                     cwd = cwd._entries[partname]
 322             for k, v in s.files().items():
 323                 cwd._entries[sanitize_filename(k)] = self.inodes.add_entry(StreamReaderFile(cwd.inode, v, self.mtime()))
 324
 325     def update(self):
 326         try:
 327             if self.collection_object is not None and portable_data_hash_pattern.match(self.collection_locator):
 328                 return True
 329
 330             with llfuse.lock_released:
 331                 coll_reader = arvados.CollectionReader(
 332                     self.collection_locator, self.api, self.api.localkeep(),
 333                     num_retries=self.num_retries)
 334                 new_collection_object = coll_reader.api_response() or {}
 335                 # If the Collection only exists in Keep, there will be no API
 336                 # response.  Fill in the fields we need.
 337                 if 'uuid' not in new_collection_object:
 338                     new_collection_object['uuid'] = self.collection_locator
 339                 if "portable_data_hash" not in new_collection_object:
 340                     new_collection_object["portable_data_hash"] = new_collection_object["uuid"]
 341                 if 'manifest_text' not in new_collection_object:
 342                     new_collection_object['manifest_text'] = coll_reader.manifest_text()
 343                 coll_reader.normalize()
 344             # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 345
 346             if self.collection_object is None or self.collection_object["portable_data_hash"] != new_collection_object["portable_data_hash"]:
 347                 self.new_collection(new_collection_object, coll_reader)
 348
 349             self.fresh()
 350             return True
 351         except apiclient.errors.NotFoundError:
 352             _logger.exception("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 353         except arvados.errors.ArgumentError as detail:
 354             _logger.warning("arv-mount %s: error %s", self.collection_locator, detail)
 355             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 356                 _logger.warning("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 357         except Exception:
 358             _logger.exception("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 359             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 360                 _logger.error("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 361         return False
 362
 363     def __getitem__(self, item):
 364         self.checkupdate()
 365         if item == '.arvados#collection':
 366             if self.collection_object_file is None:
 367                 self.collection_object_file = ObjectFile(self.inode, self.collection_object)
 368                 self.inodes.add_entry(self.collection_object_file)
 369             return self.collection_object_file
 370         else:
 371             return super(CollectionDirectory, self).__getitem__(item)
 372
 373     def __contains__(self, k):
 374         if k == '.arvados#collection':
 375             return True
 376         else:
 377             return super(CollectionDirectory, self).__contains__(k)
 378
 379     def mtime(self):
 380         self.checkupdate()
 381         return convertTime(self.collection_object["modified_at"]) if self.collection_object is not None and 'modified_at' in self.collection_object else 0
 382
 383
 384 class MagicDirectory(Directory):
 385     '''A special directory that logically contains the set of all extant keep
 386     locators.  When a file is referenced by lookup(), it is tested to see if it
 387     is a valid keep locator to a manifest, and if so, loads the manifest
 388     contents as a subdirectory of this directory with the locator as the
 389     directory name.  Since querying a list of all extant keep locators is
 390     impractical, only collections that have already been accessed are visible
 391     to readdir().
 392     '''
 393
 394     README_TEXT = '''
 395 This directory provides access to Arvados collections as subdirectories listed
 396 by uuid (in the form 'zzzzz-4zz18-1234567890abcde') or portable data hash (in
 397 the form '1234567890abcdefghijklmnopqrstuv+123').
 398
 399 Note that this directory will appear empty until you attempt to access a
 400 specific collection subdirectory (such as trying to 'cd' into it), at which
 401 point the collection will actually be looked up on the server and the directory
 402 will appear if it exists.
 403 '''.lstrip()
 404
 405     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries):
 406         super(MagicDirectory, self).__init__(parent_inode)
 407         self.inodes = inodes
 408         self.api = api
 409         self.num_retries = num_retries
 410
 411     def __setattr__(self, name, value):
 412         super(MagicDirectory, self).__setattr__(name, value)
 413         # When we're assigned an inode, add a README.
 414         if ((name == 'inode') and (self.inode is not None) and
 415               (not self._entries)):
 416             self._entries['README'] = self.inodes.add_entry(
 417                 StringFile(self.inode, self.README_TEXT, time.time()))
 418             # If we're the root directory, add an identical by_id subdirectory.
 419             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 420                 self._entries['by_id'] = self.inodes.add_entry(MagicDirectory(
 421                         self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries))
 422
 423     def __contains__(self, k):
 424         if k in self._entries:
 425             return True
 426
 427         if not portable_data_hash_pattern.match(k) and not uuid_pattern.match(k):
 428             return False
 429
 430         try:
 431             e = self.inodes.add_entry(CollectionDirectory(
 432                     self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, k))
 433             if e.update():
 434                 self._entries[k] = e
 435                 return True
 436             else:
 437                 return False
 438         except Exception as e:
 439             _logger.debug('arv-mount exception keep %s', e)
 440             return False
 441
 442     def __getitem__(self, item):
 443         if item in self:
 444             return self._entries[item]
 445         else:
 446             raise KeyError("No collection with id " + item)
 447
 448
 449 class RecursiveInvalidateDirectory(Directory):
 450     def invalidate(self):
 451         if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 452             llfuse.lock.acquire()
 453         try:
 454             super(RecursiveInvalidateDirectory, self).invalidate()
 455             for a in self._entries:
 456                 self._entries[a].invalidate()
 457         except Exception:
 458             _logger.exception()
 459         finally:
 460             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 461                 llfuse.lock.release()
 462
 463
 464 class TagsDirectory(RecursiveInvalidateDirectory):
 465     '''A special directory that contains as subdirectories all tags visible to the user.'''
 466
 467     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, poll_time=60):
 468         super(TagsDirectory, self).__init__(parent_inode)
 469         self.inodes = inodes
 470         self.api = api
 471         self.num_retries = num_retries
 472         self._poll = True
 473         self._poll_time = poll_time
 474
 475     def update(self):
 476         with llfuse.lock_released:
 477             tags = self.api.links().list(
 478                 filters=[['link_class', '=', 'tag']],
 479                 select=['name'], distinct=True
 480                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 481         if "items" in tags:
 482             self.merge(tags['items'],
 483                        lambda i: i['name'] if 'name' in i else i['uuid'],
 484                        lambda a, i: a.tag == i,
 485                        lambda i: TagDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['name'], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 486
 487
 488 class TagDirectory(Directory):
 489     '''A special directory that contains as subdirectories all collections visible
 490     to the user that are tagged with a particular tag.
 491     '''
 492
 493     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, tag,
 494                  poll=False, poll_time=60):
 495         super(TagDirectory, self).__init__(parent_inode)
 496         self.inodes = inodes
 497         self.api = api
 498         self.num_retries = num_retries
 499         self.tag = tag
 500         self._poll = poll
 501         self._poll_time = poll_time
 502
 503     def update(self):
 504         with llfuse.lock_released:
 505             taggedcollections = self.api.links().list(
 506                 filters=[['link_class', '=', 'tag'],
 507                          ['name', '=', self.tag],
 508                          ['head_uuid', 'is_a', 'arvados#collection']],
 509                 select=['head_uuid']
 510                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 511         self.merge(taggedcollections['items'],
 512                    lambda i: i['head_uuid'],
 513                    lambda a, i: a.collection_locator == i['head_uuid'],
 514                    lambda i: CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid']))
 515
 516
 517 class ProjectDirectory(Directory):
 518     '''A special directory that contains the contents of a project.'''
 519
 520     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, project_object,
 521                  poll=False, poll_time=60):
 522         super(ProjectDirectory, self).__init__(parent_inode)
 523         self.inodes = inodes
 524         self.api = api
 525         self.num_retries = num_retries
 526         self.project_object = project_object
 527         self.project_object_file = None
 528         self.uuid = project_object['uuid']
 529
 530     def createDirectory(self, i):
 531         if collection_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 532             return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i)
 533         elif group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 534             return ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i, self._poll, self._poll_time)
 535         elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 536             if i['head_kind'] == 'arvados#collection' or portable_data_hash_pattern.match(i['head_uuid']):
 537                 return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid'])
 538             else:
 539                 return None
 540         elif uuid_pattern.match(i['uuid']):
 541             return ObjectFile(self.parent_inode, i)
 542         else:
 543             return None
 544
 545     def update(self):
 546         if self.project_object_file == None:
 547             self.project_object_file = ObjectFile(self.inode, self.project_object)
 548             self.inodes.add_entry(self.project_object_file)
 549
 550         def namefn(i):
 551             if 'name' in i:
 552                 if i['name'] is None or len(i['name']) == 0:
 553                     return None
 554                 elif collection_uuid_pattern.match(i['uuid']) or group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 555                     # collection or subproject
 556                     return i['name']
 557                 elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']) and i['head_kind'] == 'arvados#collection':
 558                     # name link
 559                     return i['name']
 560                 elif 'kind' in i and i['kind'].startswith('arvados#'):
 561                     # something else
 562                     return "{}.{}".format(i['name'], i['kind'][8:])
 563             else:
 564                 return None
 565
 566         def samefn(a, i):
 567             if isinstance(a, CollectionDirectory):
 568                 return a.collection_locator == i['uuid']
 569             elif isinstance(a, ProjectDirectory):
 570                 return a.uuid == i['uuid']
 571             elif isinstance(a, ObjectFile):
 572                 return a.uuid == i['uuid'] and not a.stale()
 573             return False
 574
 575         with llfuse.lock_released:
 576             if group_uuid_pattern.match(self.uuid):
 577                 self.project_object = self.api.groups().get(
 578                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 579             elif user_uuid_pattern.match(self.uuid):
 580                 self.project_object = self.api.users().get(
 581                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 582
 583             contents = arvados.util.list_all(self.api.groups().contents,
 584                                              self.num_retries, uuid=self.uuid)
 585
 586         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 587
 588         self.merge(contents,
 589                    namefn,
 590                    samefn,
 591                    self.createDirectory)
 592
 593     def __getitem__(self, item):
 594         self.checkupdate()
 595         if item == '.arvados#project':
 596             return self.project_object_file
 597         else:
 598             return super(ProjectDirectory, self).__getitem__(item)
 599
 600     def __contains__(self, k):
 601         if k == '.arvados#project':
 602             return True
 603         else:
 604             return super(ProjectDirectory, self).__contains__(k)
 605
 606
 607 class SharedDirectory(Directory):
 608     '''A special directory that represents users or groups who have shared projects with me.'''
 609
 610     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, exclude,
 611                  poll=False, poll_time=60):
 612         super(SharedDirectory, self).__init__(parent_inode)
 613         self.inodes = inodes
 614         self.api = api
 615         self.num_retries = num_retries
 616         self.current_user = api.users().current().execute(num_retries=num_retries)
 617         self._poll = True
 618         self._poll_time = poll_time
 619
 620     def update(self):
 621         with llfuse.lock_released:
 622             all_projects = arvados.util.list_all(
 623                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 624                 filters=[['group_class','=','project']])
 625             objects = {}
 626             for ob in all_projects:
 627                 objects[ob['uuid']] = ob
 628
 629             roots = []
 630             root_owners = {}
 631             for ob in all_projects:
 632                 if ob['owner_uuid'] != self.current_user['uuid'] and ob['owner_uuid'] not in objects:
 633                     roots.append(ob)
 634                     root_owners[ob['owner_uuid']] = True
 635
 636             lusers = arvados.util.list_all(
 637                 self.api.users().list, self.num_retries,
 638                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 639             lgroups = arvados.util.list_all(
 640                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 641                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 642
 643             users = {}
 644             groups = {}
 645
 646             for l in lusers:
 647                 objects[l["uuid"]] = l
 648             for l in lgroups:
 649                 objects[l["uuid"]] = l
 650
 651             contents = {}
 652             for r in root_owners:
 653                 if r in objects:
 654                     obr = objects[r]
 655                     if "name" in obr:
 656                         contents[obr["name"]] = obr
 657                     if "first_name" in obr:
 658                         contents[u"{} {}".format(obr["first_name"], obr["last_name"])] = obr
 659
 660             for r in roots:
 661                 if r['owner_uuid'] not in objects:
 662                     contents[r['name']] = r
 663
 664         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 665
 666         try:
 667             self.merge(contents.items(),
 668                        lambda i: i[0],
 669                        lambda a, i: a.uuid == i[1]['uuid'],
 670                        lambda i: ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i[1], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 671         except Exception:
 672             _logger.exception()
 673
 674
 675 class FileHandle(object):
 676     '''Connects a numeric file handle to a File or Directory object that has
 677     been opened by the client.'''
 678
 679     def __init__(self, fh, entry):
 680         self.fh = fh
 681         self.entry = entry
 682
 683
 684 class Inodes(object):
 685     '''Manage the set of inodes.  This is the mapping from a numeric id
 686     to a concrete File or Directory object'''
 687
 688     def __init__(self):
 689         self._entries = {}
 690         self._counter = itertools.count(llfuse.ROOT_INODE)
 691
 692     def __getitem__(self, item):
 693         return self._entries[item]
 694
 695     def __setitem__(self, key, item):
 696         self._entries[key] = item
 697
 698     def __iter__(self):
 699         return self._entries.iterkeys()
 700
 701     def items(self):
 702         return self._entries.items()
 703
 704     def __contains__(self, k):
 705         return k in self._entries
 706
 707     def add_entry(self, entry):
 708         entry.inode = next(self._counter)
 709         self._entries[entry.inode] = entry
 710         return entry
 711
 712     def del_entry(self, entry):
 713         llfuse.invalidate_inode(entry.inode)
 714         del self._entries[entry.inode]
 715
 716 class Operations(llfuse.Operations):
 717     '''This is the main interface with llfuse.  The methods on this object are
 718     called by llfuse threads to service FUSE events to query and read from
 719     the file system.
 720
 721     llfuse has its own global lock which is acquired before calling a request handler,
 722     so request handlers do not run concurrently unless the lock is explicitly released
 723     using "with llfuse.lock_released:"'''
 724
 725     def __init__(self, uid, gid, encoding="utf-8"):
 726         super(Operations, self).__init__()
 727
 728         self.inodes = Inodes()
 729         self.uid = uid
 730         self.gid = gid
 731         self.encoding = encoding
 732
 733         # dict of inode to filehandle
 734         self._filehandles = {}
 735         self._filehandles_counter = 1
 736
 737         # Other threads that need to wait until the fuse driver
 738         # is fully initialized should wait() on this event object.
 739         self.initlock = threading.Event()
 740
 741     def init(self):
 742         # Allow threads that are waiting for the driver to be finished
 743         # initializing to continue
 744         self.initlock.set()
 745
 746     def access(self, inode, mode, ctx):
 747         return True
 748
 749     def getattr(self, inode):
 750         if inode not in self.inodes:
 751             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 752
 753         e = self.inodes[inode]
 754
 755         entry = llfuse.EntryAttributes()
 756         entry.st_ino = inode
 757         entry.generation = 0
 758         entry.entry_timeout = 300
 759         entry.attr_timeout = 300
 760
 761         entry.st_mode = stat.S_IRUSR | stat.S_IRGRP | stat.S_IROTH
 762         if isinstance(e, Directory):
 763             entry.st_mode |= stat.S_IXUSR | stat.S_IXGRP | stat.S_IXOTH | stat.S_IFDIR
 764         else:
 765             entry.st_mode |= stat.S_IFREG
 766
 767         entry.st_nlink = 1
 768         entry.st_uid = self.uid
 769         entry.st_gid = self.gid
 770         entry.st_rdev = 0
 771
 772         entry.st_size = e.size()
 773
 774         entry.st_blksize = 512
 775         entry.st_blocks = (e.size()/512)+1
 776         entry.st_atime = int(e.atime())
 777         entry.st_mtime = int(e.mtime())
 778         entry.st_ctime = int(e.mtime())
 779
 780         return entry
 781
 782     def lookup(self, parent_inode, name):
 783         name = unicode(name, self.encoding)
 784         _logger.debug("arv-mount lookup: parent_inode %i name %s",
 785                       parent_inode, name)
 786         inode = None
 787
 788         if name == '.':
 789             inode = parent_inode
 790         else:
 791             if parent_inode in self.inodes:
 792                 p = self.inodes[parent_inode]
 793                 if name == '..':
 794                     inode = p.parent_inode
 795                 elif isinstance(p, Directory) and name in p:
 796                     inode = p[name].inode
 797
 798         if inode != None:
 799             return self.getattr(inode)
 800         else:
 801             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 802
 803     def open(self, inode, flags):
 804         if inode in self.inodes:
 805             p = self.inodes[inode]
 806         else:
 807             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 808
 809         if (flags & os.O_WRONLY) or (flags & os.O_RDWR):
 810             raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)
 811
 812         if isinstance(p, Directory):
 813             raise llfuse.FUSEError(errno.EISDIR)
 814
 815         fh = self._filehandles_counter
 816         self._filehandles_counter += 1
 817         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, p)
 818         return fh
 819
 820     def read(self, fh, off, size):
 821         _logger.debug("arv-mount read %i %i %i", fh, off, size)
 822         if fh in self._filehandles:
 823             handle = self._filehandles[fh]
 824         else:
 825             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 826
 827         # update atime
 828         handle.entry._atime = time.time()
 829
 830         try:
 831             with llfuse.lock_released:
 832                 return handle.entry.readfrom(off, size)
 833         except arvados.errors.NotFoundError as e:
 834             _logger.warning("Block not found: " + str(e))
 835             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 836         except Exception:
 837             _logger.exception()
 838             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 839
 840     def release(self, fh):
 841         if fh in self._filehandles:
 842             del self._filehandles[fh]
 843
 844     def opendir(self, inode):
 845         _logger.debug("arv-mount opendir: inode %i", inode)
 846
 847         if inode in self.inodes:
 848             p = self.inodes[inode]
 849         else:
 850             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 851
 852         if not isinstance(p, Directory):
 853             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOTDIR)
 854
 855         fh = self._filehandles_counter
 856         self._filehandles_counter += 1
 857         if p.parent_inode in self.inodes:
 858             parent = self.inodes[p.parent_inode]
 859         else:
 860             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 861
 862         # update atime
 863         p._atime = time.time()
 864
 865         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, [('.', p), ('..', parent)] + list(p.items()))
 866         return fh
 867
 868     def readdir(self, fh, off):
 869         _logger.debug("arv-mount readdir: fh %i off %i", fh, off)
 870
 871         if fh in self._filehandles:
 872             handle = self._filehandles[fh]
 873         else:
 874             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 875
 876         _logger.debug("arv-mount handle.entry %s", handle.entry)
 877
 878         e = off
 879         while e < len(handle.entry):
 880             if handle.entry[e][1].inode in self.inodes:
 881                 try:
 882                     yield (handle.entry[e][0].encode(self.encoding), self.getattr(handle.entry[e][1].inode), e+1)
 883                 except UnicodeEncodeError:
 884                     pass
 885             e += 1
 886
 887     def releasedir(self, fh):
 888         del self._filehandles[fh]
 889
 890     def statfs(self):
 891         st = llfuse.StatvfsData()
 892         st.f_bsize = 64 * 1024
 893         st.f_blocks = 0
 894         st.f_files = 0
 895
 896         st.f_bfree = 0
 897         st.f_bavail = 0
 898
 899         st.f_ffree = 0
 900         st.f_favail = 0
 901
 902         st.f_frsize = 0
 903         return st
 904
 905     # The llfuse documentation recommends only overloading functions that
 906     # are actually implemented, as the default implementation will raise ENOSYS.
 907     # However, there is a bug in the llfuse default implementation of create()
 908     # "create() takes exactly 5 positional arguments (6 given)" which will crash
 909     # arv-mount.
 910     # The workaround is to implement it with the proper number of parameters,
 911     # and then everything works out.
 912     def create(self, inode_parent, name, mode, flags, ctx):
 913         raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)