tools/arvbox/bin/arvbox

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e
   7
   8 if ! test -d /sys/fs/cgroup ; then
   9      echo "Arvbox requires cgroups to be mounted at /sys/fs/cgroup in order to use"
  10      echo "Docker-in-Docker.  Older operating systems that put cgroups in other"
  11      echo "places (such as /cgroup) are not supported."
  12      exit 1
  13 fi
  14
  15 if ! which docker >/dev/null 2>/dev/null ; then
  16   echo "Arvbox requires Docker.  To install, run the following command as root:"
  17   echo "curl -sSL https://get.docker.com/ | sh"
  18   exit 1
  19 fi
  20
  21 if test -z "$ARVBOX_DOCKER" ; then
  22     set +e
  23     if which greadlink >/dev/null 2>/dev/null ; then
  24         ARVBOX_DOCKER=$(greadlink -f $(dirname $0)/../lib/arvbox/docker)
  25     else
  26         ARVBOX_DOCKER=$(readlink -f $(dirname $0)/../lib/arvbox/docker)
  27     fi
  28     set -e
  29 fi
  30
  31 if test -z "$ARVBOX_CONTAINER" ; then
  32     ARVBOX_CONTAINER=arvbox
  33 fi
  34
  35 if test -z "$ARVBOX_BASE" ; then
  36     ARVBOX_BASE="$HOME/.arvbox"
  37 fi
  38
  39 if test -z "$ARVBOX_DATA" ; then
  40     ARVBOX_DATA="$ARVBOX_BASE/$ARVBOX_CONTAINER"
  41 fi
  42
  43 if test -z "$ARVADOS_ROOT" ; then
  44     ARVADOS_ROOT="$ARVBOX_DATA/arvados"
  45 fi
  46
  47 if test -z "$COMPOSER_ROOT" ; then
  48     COMPOSER_ROOT="$ARVBOX_DATA/composer"
  49 fi
  50
  51 if test -z "$WORKBENCH2_ROOT" ; then
  52     WORKBENCH2_ROOT="$ARVBOX_DATA/workbench2"
  53 fi
  54
  55 if test -z "$ARVADOS_BRANCH" ; then
  56     ARVADOS_BRANCH=main
  57 fi
  58
  59 if test -z "$WORKBENCH2_BRANCH" ; then
  60     WORKBENCH2_BRANCH=main
  61 fi
  62
  63 # Update this to the docker tag for the version on releases.
  64 DEFAULT_TAG=
  65
  66 PG_DATA="$ARVBOX_DATA/postgres"
  67 VAR_DATA="$ARVBOX_DATA/var"
  68 PASSENGER="$ARVBOX_DATA/passenger"
  69 GEMS="$ARVBOX_DATA/gems"
  70 PIPCACHE="$ARVBOX_DATA/pip"
  71 NPMCACHE="$ARVBOX_DATA/npm"
  72 GOSTUFF="$ARVBOX_DATA/gopath"
  73 RLIBS="$ARVBOX_DATA/Rlibs"
  74 ARVADOS_CONTAINER_PATH="/var/lib/arvados-arvbox"
  75
  76 getip() {
  77     docker inspect --format='{{range .NetworkSettings.Networks}}{{.IPAddress}}{{end}}' $ARVBOX_CONTAINER
  78 }
  79
  80 gethost() {
  81     set +e
  82     OVERRIDE=$(docker exec -i $ARVBOX_CONTAINER cat /var/run/localip_override 2>/dev/null)
  83     CODE=$?
  84     set -e
  85     if test "$CODE" = 0 ; then
  86        echo $OVERRIDE
  87     else
  88         getip
  89     fi
  90 }
  91
  92 getclusterid() {
  93     docker exec $ARVBOX_CONTAINER cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_uuid_prefix
  94 }
  95
  96 updateconf() {
  97     if test -f ~/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf ; then
  98         sed "s/ARVADOS_API_HOST=.*/ARVADOS_API_HOST=$(gethost):8000/" <$HOME/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf >$HOME/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf.tmp
  99         mv ~/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf.tmp ~/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf
 100     else
 101         mkdir -p $HOME/.config/arvados
 102         cat >$HOME/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf <<EOF
 103 ARVADOS_API_HOST=$(gethost):8000
 104 ARVADOS_API_TOKEN=
 105 ARVADOS_API_HOST_INSECURE=true
 106 EOF
 107     fi
 108 }
 109
 110 listusers() {
 111     docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/local/lib/arvbox/edit_users.py $ARVADOS_CONTAINER_PATH/cluster_config.yml $(getclusterid) list
 112 }
 113
 114 wait_for_arvbox() {
 115     FF=/tmp/arvbox-fifo-$$
 116     mkfifo $FF
 117     docker logs -f $ARVBOX_CONTAINER > $FF &
 118     LOGPID=$!
 119     while read line ; do
 120         if [[ $line =~ "ok: down: ready:" ]] ; then
 121             kill $LOGPID
 122             set +e
 123             wait $LOGPID 2>/dev/null
 124             set -e
 125         else
 126             echo $line
 127         fi
 128     done < $FF
 129     rm $FF
 130     echo
 131     if test -n "$localip" ; then
 132         echo "export ARVADOS_API_HOST=$localip:8000"
 133     else
 134         echo "export ARVADOS_API_HOST=$(gethost):8000"
 135     fi
 136 }
 137
 138 docker_run_dev() {
 139     docker run \
 140            "--volume=$ARVADOS_ROOT:/usr/src/arvados:rw" \
 141            "--volume=$COMPOSER_ROOT:/usr/src/composer:rw" \
 142            "--volume=$WORKBENCH2_ROOT:/usr/src/workbench2:rw" \
 143            "--volume=$PG_DATA:/var/lib/postgresql:rw" \
 144            "--volume=$VAR_DATA:$ARVADOS_CONTAINER_PATH:rw" \
 145            "--volume=$PASSENGER:/var/lib/passenger:rw" \
 146            "--volume=$GEMS:/var/lib/arvados/lib/ruby/gems:rw" \
 147            "--volume=$PIPCACHE:/var/lib/pip:rw" \
 148            "--volume=$NPMCACHE:/var/lib/npm:rw" \
 149            "--volume=$GOSTUFF:/var/lib/gopath:rw" \
 150            "--volume=$RLIBS:/var/lib/Rlibs:rw" \
 151            --label "org.arvados.arvbox_config=$CONFIG" \
 152            "$@"
 153 }
 154
 155 running_config() {
 156     docker inspect $ARVBOX_CONTAINER -f '{{index .Config.Labels "org.arvados.arvbox_config"}}'
 157 }
 158
 159 run() {
 160     CONFIG=$1
 161     TAG=$2
 162
 163     shift
 164
 165     need_setup=1
 166
 167     if docker ps -a --filter "status=running" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 168         if [[ $(running_config) != "$CONFIG" ]] ; then
 169             echo "Container $ARVBOX_CONTAINER is '$(running_config)' config but requested '$CONFIG'; use restart or reboot"
 170             return 1
 171         fi
 172         if test "$CONFIG" = test -o "$CONFIG" = devenv ; then
 173             need_setup=0
 174         else
 175             echo "Container $ARVBOX_CONTAINER is already running"
 176             return 0
 177         fi
 178     fi
 179
 180     if test $need_setup = 1 ; then
 181         if docker ps -a | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 182             echo "Container $ARVBOX_CONTAINER already exists but is not running; use restart or reboot"
 183             return 1
 184         fi
 185     fi
 186
 187     if test -n "$TAG"
 188     then
 189         if test $(echo $TAG | cut -c1-1) != '-' ; then
 190             TAG=":$TAG"
 191             shift
 192         else
 193             if [[ $TAG = '-' ]] ; then
 194                 shift
 195             fi
 196             unset TAG
 197         fi
 198     fi
 199
 200     if test -z "$TAG" -a -n "$DEFAULT_TAG"; then
 201         TAG=":$DEFAULT_TAG"
 202     fi
 203
 204     if [[ "$CONFIG" =~ ^public ]] ; then
 205         if test -n "$ARVBOX_PUBLISH_IP" ; then
 206             localip=$ARVBOX_PUBLISH_IP
 207         else
 208             defaultdev=$(/sbin/ip route|awk '/default/ { print $5 }')
 209             localip=$(ip addr show $defaultdev | grep 'inet ' | sed 's/ *inet \(.*\)\/.*/\1/')
 210         fi
 211         echo "Public arvbox will use address $localip"
 212         iptemp=$(mktemp)
 213         echo $localip > $iptemp
 214         chmod og+r $iptemp
 215         PUBLIC="--volume=$iptemp:/var/run/localip_override
 216               --publish=443:443
 217               --publish=3001:3001
 218               --publish=8000:8000
 219               --publish=8900:8900
 220               --publish=9000:9000
 221               --publish=9002:9002
 222               --publish=9004:9004
 223               --publish=25101:25101
 224               --publish=8001:8001
 225               --publish=8002:8002
 226               --publish=4202:4202
 227               --publish=45000-45020:45000-45020"
 228     else
 229         PUBLIC=""
 230     fi
 231
 232     if [[ "$CONFIG" =~ demo$ ]] ; then
 233         if test -d "$ARVBOX_DATA" ; then
 234             echo "It looks like you already have a development container named $ARVBOX_CONTAINER."
 235             echo "Set environment variable ARVBOX_CONTAINER to set a different name for your demo container"
 236             exit 1
 237         fi
 238
 239         if ! (docker ps -a | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER-data$" -q) ; then
 240             docker create -v /var/lib/postgresql -v $ARVADOS_CONTAINER_PATH --name $ARVBOX_CONTAINER-data arvados/arvbox-demo /bin/true
 241         fi
 242
 243         docker run \
 244                --detach \
 245                --name=$ARVBOX_CONTAINER \
 246                --privileged \
 247                --volumes-from $ARVBOX_CONTAINER-data \
 248                --label "org.arvados.arvbox_config=$CONFIG" \
 249                $PUBLIC \
 250                arvados/arvbox-demo$TAG
 251         updateconf
 252         wait_for_arvbox
 253     else
 254         mkdir -p "$PG_DATA" "$VAR_DATA" "$PASSENGER" "$GEMS" "$PIPCACHE" "$NPMCACHE" "$GOSTUFF" "$RLIBS"
 255
 256         if ! test -d "$ARVADOS_ROOT" ; then
 257             git clone https://git.arvados.org/arvados.git "$ARVADOS_ROOT"
 258             git -C "$ARVADOS_ROOT" checkout $ARVADOS_BRANCH
 259         fi
 260         if ! test -d "$COMPOSER_ROOT" ; then
 261             git clone https://github.com/arvados/composer.git "$COMPOSER_ROOT"
 262             git -C "$COMPOSER_ROOT" checkout arvados-fork
 263         fi
 264         if ! test -d "$WORKBENCH2_ROOT" ; then
 265             git clone https://git.arvados.org/arvados-workbench2.git "$WORKBENCH2_ROOT"
 266             git -C "$ARVADOS_ROOT" checkout $WORKBENCH2_BRANCH
 267         fi
 268
 269         if [[ "$CONFIG" = test ]] ; then
 270
 271             mkdir -p $VAR_DATA/test
 272
 273             if test "$need_setup" = 1 ; then
 274                 docker_run_dev \
 275                        --detach \
 276                        --name=$ARVBOX_CONTAINER \
 277                        --privileged \
 278                        "--env=SVDIR=/etc/test-service" \
 279                        arvados/arvbox-dev$TAG
 280
 281                 docker exec -ti \
 282                        $ARVBOX_CONTAINER \
 283                        /usr/local/lib/arvbox/runsu.sh \
 284                        /usr/local/lib/arvbox/waitforpostgres.sh
 285             fi
 286
 287             interactive=""
 288             if [[ -z "$@" ]] ; then
 289                 interactive=--interactive
 290             fi
 291
 292             docker exec -ti \
 293                    -e LINES=$(tput lines) \
 294                    -e COLUMNS=$(tput cols) \
 295                    -e TERM=$TERM \
 296                    -e WORKSPACE=/usr/src/arvados \
 297                    -e CONFIGSRC=$ARVADOS_CONTAINER_PATH/run_tests \
 298                    $ARVBOX_CONTAINER \
 299                    /usr/local/lib/arvbox/runsu.sh \
 300                    /usr/src/arvados/build/run-tests.sh \
 301                    --temp $ARVADOS_CONTAINER_PATH/test \
 302                    $interactive \
 303                    "$@"
 304         elif [[ "$CONFIG" = devenv ]] ; then
 305             if [[ $need_setup = 1 ]] ; then
 306                     docker_run_dev \
 307                     --detach \
 308                     --name=${ARVBOX_CONTAINER} \
 309                     "--env=SVDIR=/etc/devenv-service" \
 310                         "--volume=$HOME:$HOME:rw" \
 311                     --volume=/tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix:rw \
 312                         arvados/arvbox-dev$TAG
 313             fi
 314             exec docker exec --interactive --tty \
 315                  -e LINES=$(tput lines) \
 316                  -e COLUMNS=$(tput cols) \
 317                  -e TERM=$TERM \
 318                  -e "ARVBOX_HOME=$HOME" \
 319                  -e "DISPLAY=$DISPLAY" \
 320                  --workdir=$PWD \
 321                  ${ARVBOX_CONTAINER} \
 322                  /usr/local/lib/arvbox/devenv.sh "$@"
 323         elif [[ "$CONFIG" =~ dev$ ]] ; then
 324             docker_run_dev \
 325                    --detach \
 326                    --name=$ARVBOX_CONTAINER \
 327                    --privileged \
 328                    $PUBLIC \
 329                    arvados/arvbox-dev$TAG
 330             updateconf
 331             wait_for_arvbox
 332             echo "The Arvados source code is checked out at: $ARVADOS_ROOT"
 333             echo "The Arvados testing root certificate is $VAR_DATA/root-cert.pem"
 334             if [[ "$(listusers)" =~ ^\{\} ]] ; then
 335                 echo "No users defined, use 'arvbox adduser' to add user logins"
 336             else
 337                 echo "Use 'arvbox listusers' to see user logins"
 338             fi
 339         else
 340             echo "Unknown configuration '$CONFIG'"
 341         fi
 342     fi
 343 }
 344
 345 update() {
 346     CONFIG=$1
 347     TAG=$2
 348
 349     if test -n "$TAG"
 350     then
 351         if test $(echo $TAG | cut -c1-1) != '-' ; then
 352             TAG=":$TAG"
 353             shift
 354         else
 355             unset TAG
 356         fi
 357     fi
 358
 359     if echo "$CONFIG" | grep 'demo$' ; then
 360         docker pull arvados/arvbox-demo$TAG
 361     else
 362         docker pull arvados/arvbox-dev$TAG
 363     fi
 364 }
 365
 366 stop() {
 367     if docker ps -a --filter "status=running" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 368         docker stop $ARVBOX_CONTAINER
 369     fi
 370
 371     VOLUMES=--volumes=true
 372     if docker ps -a --filter "status=created" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 373         docker rm $VOLUMES $ARVBOX_CONTAINER
 374     fi
 375     if docker ps -a --filter "status=exited" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 376         docker rm $VOLUMES $ARVBOX_CONTAINER
 377     fi
 378 }
 379
 380 build() {
 381     export DOCKER_BUILDKIT=1
 382     if ! test -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.base" ;  then
 383         echo "Could not find Dockerfile (expected it at $ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.base)"
 384         exit 1
 385     fi
 386     if docker --version |grep " 1\.[0-9]\." ; then
 387         # Docker version prior 1.10 require -f flag
 388         # -f flag removed in Docker 1.12
 389         FORCE=-f
 390     fi
 391     GITHEAD=$(cd $ARVBOX_DOCKER && git log --format=%H -n1 HEAD)
 392
 393     set +e
 394     if which greadlink >/dev/null 2>/dev/null ; then
 395         LOCAL_ARVADOS_ROOT=$(greadlink -f $(dirname $0)/../../../)
 396     else
 397         LOCAL_ARVADOS_ROOT=$(readlink -f $(dirname $0)/../../../)
 398     fi
 399     set -e
 400
 401     # Get the go version we should use for bootstrapping
 402     GO_VERSION=`grep 'const goversion =' $LOCAL_ARVADOS_ROOT/lib/install/deps.go |awk -F'"' '{print $2}'`
 403
 404     if test "$1" = localdemo -o "$1" = publicdemo ; then
 405         BUILDTYPE=demo
 406     else
 407         BUILDTYPE=dev
 408     fi
 409
 410     if test "$ARVADOS_BRANCH" = "main" ; then
 411         ARVADOS_BRANCH=$GITHEAD
 412     fi
 413
 414     docker build --build-arg=BUILDTYPE=$BUILDTYPE $NO_CACHE \
 415            --build-arg=go_version=$GO_VERSION \
 416            --build-arg=arvados_version=$ARVADOS_BRANCH \
 417            --build-arg=workbench2_version=$WORKBENCH2_BRANCH \
 418            --build-arg=workdir=/tools/arvbox/lib/arvbox/docker \
 419            -t arvados/arvbox-base:$GITHEAD \
 420            -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.base" \
 421            "$LOCAL_ARVADOS_ROOT"
 422     docker tag $FORCE arvados/arvbox-base:$GITHEAD arvados/arvbox-base:latest
 423     docker build $NO_CACHE \
 424            --build-arg=go_version=$GO_VERSION \
 425            --build-arg=arvados_version=$ARVADOS_BRANCH \
 426            --build-arg=workbench2_version=$WORKBENCH2_BRANCH \
 427            -t arvados/arvbox-$BUILDTYPE:$GITHEAD \
 428            -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.$BUILDTYPE" \
 429            "$ARVBOX_DOCKER"
 430     docker tag $FORCE arvados/arvbox-$BUILDTYPE:$GITHEAD arvados/arvbox-$BUILDTYPE:latest
 431 }
 432
 433 check() {
 434     case "$1" in
 435         localdemo|publicdemo|dev|publicdev|test|devenv)
 436             true
 437             ;;
 438         *)
 439             echo "Argument to $subcmd must be one of localdemo, publicdemo, dev, publicdev, test, devenv"
 440             exit 1
 441         ;;
 442     esac
 443 }
 444
 445 subcmd="$1"
 446 if test -n "$subcmd" ; then
 447     shift
 448 fi
 449 case "$subcmd" in
 450     build)
 451         check $@
 452         build $@
 453         ;;
 454
 455     rebuild)
 456         check $@
 457         NO_CACHE=--no-cache build $@
 458         ;;
 459
 460     start|run)
 461         check $@
 462         run $@
 463         ;;
 464
 465     sh*)
 466         exec docker exec --interactive --tty \
 467                -e LINES=$(tput lines) \
 468                -e COLUMNS=$(tput cols) \
 469                -e TERM=$TERM \
 470                $ARVBOX_CONTAINER /bin/bash
 471         ;;
 472
 473     ash*)
 474         exec docker exec --interactive --tty \
 475                -e LINES=$(tput lines) \
 476                -e COLUMNS=$(tput cols) \
 477                -e TERM=$TERM \
 478                -u arvbox \
 479                -w /usr/src/arvados \
 480                $ARVBOX_CONTAINER /bin/bash --login
 481         ;;
 482
 483     pipe)
 484         exec docker exec -i $ARVBOX_CONTAINER /usr/bin/env /bin/bash -
 485         ;;
 486
 487     stop)
 488         stop
 489         ;;
 490
 491     restart)
 492         check $@
 493         stop
 494         run $@
 495         ;;
 496
 497     reboot)
 498         check $@
 499         stop
 500         build $@
 501         run $@
 502         ;;
 503
 504     update)
 505         check $@
 506         stop
 507         update $@
 508         run $@
 509         ;;
 510
 511     ip)
 512         getip
 513         ;;
 514
 515     host)
 516         gethost
 517         ;;
 518
 519     open)
 520         exec xdg-open http://$(gethost)
 521         ;;
 522
 523     status)
 524         echo "Container: $ARVBOX_CONTAINER"
 525         if docker ps -a --filter "status=running" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 526             echo "Cluster id: $(getclusterid)"
 527             echo "Status: running"
 528             echo "Container IP: $(getip)"
 529             echo "Published host: $(gethost)"
 530             echo "Workbench: https://$(gethost)"
 531         else
 532             echo "Status: not running"
 533         fi
 534         if test -d "$ARVBOX_DATA" ; then
 535             echo "Data: $ARVBOX_DATA"
 536         elif docker ps -a | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER-data$" -q ; then
 537             echo "Data: $ARVBOX_CONTAINER-data"
 538         else
 539             echo "Data: none"
 540         fi
 541         ;;
 542
 543     reset|destroy)
 544         stop
 545         if test -d "$ARVBOX_DATA" ; then
 546             if test "$subcmd" = destroy ; then
 547                 if test "$1" != -f ; then
 548                     echo "WARNING!  This will delete your entire arvbox ($ARVBOX_DATA)."
 549                     echo "Use destroy -f if you really mean it."
 550                     exit 1
 551                 fi
 552                 set -x
 553                 chmod -R u+w "$ARVBOX_DATA"
 554                 rm -rf "$ARVBOX_DATA"
 555             else
 556                 if test "$1" != -f ; then
 557                     echo "WARNING!  This will delete your arvbox data ($ARVBOX_DATA)."
 558                     echo "Code and downloaded packages will be preserved."
 559                     echo "Use reset -f if you really mean it."
 560                     exit 1
 561                 fi
 562                 set -x
 563                 rm -rf "$ARVBOX_DATA/postgres"
 564                 rm -rf "$ARVBOX_DATA/var"
 565             fi
 566         else
 567             if test "$1" != -f ; then
 568                 echo "WARNING!  This will delete your data container $ARVBOX_CONTAINER-data.  Use -f if you really mean it."
 569                 exit 1
 570             fi
 571             set -x
 572             docker rm "$ARVBOX_CONTAINER-data"
 573         fi
 574         ;;
 575
 576     log)
 577         if test -n "$1" ; then
 578             exec docker exec -ti -e LINES=$(tput lines) -e COLUMNS=$(tput cols) -e TERM=$TERM $ARVBOX_CONTAINER less --follow-name -R +GF "/etc/service/$1/log/main/current"
 579         else
 580             exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER tail $(docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER find -L /etc -path '/etc/service/*/log/main/current' -printf " %p")
 581         fi
 582         ;;
 583
 584     cat)
 585         if test -n "$1" ; then
 586             exec docker exec $ARVBOX_CONTAINER cat "$@"
 587         else
 588             echo "Usage: $0 $subcmd <files>"
 589         fi
 590         ;;
 591
 592     ls)
 593         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/bin/env TERM=$TERM ls "$@"
 594         ;;
 595
 596     sv)
 597         if test -n "$1" -a -n "$2" ; then
 598             exec docker exec $ARVBOX_CONTAINER sv "$@"
 599         else
 600             echo "Usage: $0 $subcmd <start|stop|restart> <service>"
 601             echo "Available services:"
 602             exec docker exec $ARVBOX_CONTAINER ls /etc/service
 603         fi
 604         ;;
 605
 606     clone)
 607         if test -n "$2" ; then
 608             mkdir -p "$ARVBOX_BASE/$2"
 609             cp -a "$ARVBOX_BASE/$1/passenger" \
 610                "$ARVBOX_BASE/$1/gems" \
 611                "$ARVBOX_BASE/$1/pip" \
 612                "$ARVBOX_BASE/$1/npm" \
 613                "$ARVBOX_BASE/$1/gopath" \
 614                "$ARVBOX_BASE/$1/Rlibs" \
 615                "$ARVBOX_BASE/$1/arvados" \
 616                "$ARVBOX_BASE/$1/composer" \
 617                "$ARVBOX_BASE/$1/workbench2" \
 618                "$ARVBOX_BASE/$2"
 619             echo "Created new arvbox $2"
 620             echo "export ARVBOX_CONTAINER=$2"
 621         else
 622             echo "clone <from> <to>   clone an arvbox"
 623             echo "available arvboxes: $(ls $ARVBOX_BASE)"
 624         fi
 625         ;;
 626
 627     root-cert)
 628         CERT=$PWD/${ARVBOX_CONTAINER}-root-cert.crt
 629         if test -n "$1" ; then
 630             CERT="$1"
 631         fi
 632         docker exec $ARVBOX_CONTAINER cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/root-cert.pem > "$CERT"
 633         echo "Certificate copied to $CERT"
 634         ;;
 635
 636     psql)
 637         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER bash -c 'PGPASSWORD=$(cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_pw) exec psql --dbname=arvados_development --host=localhost --username=arvados'
 638         ;;
 639
 640     checkpoint)
 641         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER bash -c 'PGPASSWORD=$(cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_pw) exec pg_dump --host=localhost --username=arvados --clean arvados_development > $ARVADOS_CONTAINER_PATH/checkpoint.sql'
 642         ;;
 643
 644     restore)
 645         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER bash -c 'PGPASSWORD=$(cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_pw) exec psql --dbname=arvados_development --host=localhost --username=arvados --quiet --file=$ARVADOS_CONTAINER_PATH/checkpoint.sql'
 646         ;;
 647
 648     hotreset)
 649         exec docker exec -i $ARVBOX_CONTAINER /usr/bin/env /bin/bash - <<EOF
 650 sv stop api
 651 sv stop controller
 652 sv stop websockets
 653 sv stop keepstore0
 654 sv stop keepstore1
 655 sv stop keepproxy
 656 cd /usr/src/arvados/services/api
 657 export DISABLE_DATABASE_ENVIRONMENT_CHECK=1
 658 export RAILS_ENV=development
 659 bin/bundle exec rake db:drop
 660 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_setup
 661 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/superuser_token
 662 sv start api
 663 sv start controller
 664 sv start websockets
 665 sv restart keepstore0
 666 sv restart keepstore1
 667 sv restart keepproxy
 668 EOF
 669         ;;
 670
 671     adduser)
 672 if [[ -n "$2" ]] ; then
 673           docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/local/lib/arvbox/edit_users.py $ARVADOS_CONTAINER_PATH/cluster_config.yml.override $(getclusterid) add $@
 674           docker exec $ARVBOX_CONTAINER sv restart controller
 675         else
 676             echo "Usage: adduser <username> <email> [password]"
 677         fi
 678         ;;
 679
 680     removeuser)
 681         if [[ -n "$1" ]] ; then
 682           docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/local/lib/arvbox/edit_users.py $ARVADOS_CONTAINER_PATH/cluster_config.yml.override $(getclusterid) remove $@
 683           docker exec $ARVBOX_CONTAINER sv restart controller
 684         else
 685             echo "Usage: removeuser <username>"
 686         fi
 687         ;;
 688
 689     listusers)
 690         listusers
 691         ;;
 692
 693     *)
 694         echo "Arvados-in-a-box             https://doc.arvados.org/install/arvbox.html"
 695         echo
 696         echo "start|run <config> [tag]   start $ARVBOX_CONTAINER container"
 697         echo "stop               stop arvbox container"
 698         echo "restart <config>   stop, then run again"
 699         echo "status             print some information about current arvbox"
 700         echo "ip                 print arvbox docker container ip address"
 701         echo "host               print arvbox published host"
 702         echo "shell              enter shell as root"
 703         echo "ashell             enter shell as 'arvbox'"
 704         echo "psql               enter postgres console"
 705         echo "open               open arvbox workbench in a web browser"
 706         echo "root-cert          get copy of root certificate"
 707         echo "update  <config>   stop, pull latest image, run"
 708         echo "build   <config>   build arvbox Docker image"
 709         echo "reboot  <config>   stop, build arvbox Docker image, run"
 710         echo "rebuild <config>   build arvbox Docker image, no layer cache"
 711         echo "checkpoint         create database backup"
 712         echo "restore            restore checkpoint"
 713         echo "hotreset           reset database and restart API without restarting container"
 714         echo "reset              delete arvbox arvados data (be careful!)"
 715         echo "destroy            delete all arvbox code and data (be careful!)"
 716         echo "log <service>      tail log of specified service"
 717         echo "ls <options>       list directories inside arvbox"
 718         echo "cat <files>        get contents of files inside arvbox"
 719         echo "pipe               run a bash script piped in from stdin"
 720         echo "sv <start|stop|restart> <service> "
 721         echo "                   change state of service inside arvbox"
 722         echo "clone <from> <to>  clone dev arvbox"
 723         echo "adduser <username> <email> [password]"
 724         echo "                   add a user login"
 725         echo "removeuser <username>"
 726         echo "                   remove user login"
 727         echo "listusers          list user logins"
 728         ;;
 729 esac