crunch_scripts/rtg-fasta2sdf

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 import arvados
   7 import os
   8 import re
   9 import sys
  10 import pyrtg
  11
  12 this_job = arvados.current_job()
  13 this_task = arvados.current_task()
  14 fasta_path = arvados.util.collection_extract(
  15     collection = this_job['script_parameters']['input'],
  16     path = 'fasta',
  17     decompress = False)
  18 fasta_files = filter(lambda f: f != '.locator', os.listdir(fasta_path))
  19 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'ref-sdf')
  20 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  21
  22 pyrtg.run_rtg('format', out_dir,
  23               map(lambda f: os.path.join(fasta_path, f), fasta_files))
  24
  25 out = arvados.CollectionWriter()
  26 out.write_directory_tree(out_dir, max_manifest_depth=0)
  27 this_task.set_output(out.finish())