sdk/cwl/tests/wf/revsort/sorttool.cwl

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 # Example command line program wrapper for the Unix tool "sort"
   6 # demonstrating command line flags.
   7 class: CommandLineTool
   8 doc: "Sort lines using the `sort` command"
   9 cwlVersion: v1.0
  10 hints:
  11   ResourceRequirement:
  12     ramMin: 8
  13
  14 # This example is similar to the previous one, with an additional input
  15 # parameter called "reverse".  It is a boolean parameter, which is
  16 # intepreted as a command line flag.  The value of "prefix" is used for
  17 # flag to put on the command line if "reverse" is true, if "reverse" is
  18 # false, no flag is added.
  19 #
  20 # This example also introduced the "position" field.  This indicates the
  21 # sorting order of items on the command line.  Lower numbers are placed
  22 # before higher numbers.  Here, the "-r" (same as "--reverse") flag (if
  23 #  present) will be added to the command line before the input file path.
  24 inputs:
  25   - id: reverse
  26     type: boolean
  27     inputBinding:
  28       position: 1
  29       prefix: "-r"
  30   - id: input
  31     type: File
  32     inputBinding:
  33       position: 2
  34
  35 outputs:
  36   - id: output
  37     type: File
  38     outputBinding:
  39       glob: output.txt
  40
  41 baseCommand: sort
  42 stdout: output.txt