crunch_scripts/arvados_picard.py

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 import arvados
   6 import re
   7 import os
   8 import sys
   9 import fcntl
  10 import subprocess
  11
  12 picard_install_path = None
  13
  14 def install_path():
  15     global picard_install_path
  16     if picard_install_path:
  17         return picard_install_path
  18     zipball = arvados.current_job()['script_parameters']['picard_zip']
  19     extracted = arvados.util.zipball_extract(
  20         zipball = zipball,
  21         path = 'picard')
  22     for f in os.listdir(extracted):
  23         if (re.search(r'^picard-tools-[\d\.]+$', f) and
  24             os.path.exists(os.path.join(extracted, f, '.'))):
  25             picard_install_path = os.path.join(extracted, f)
  26             break
  27     if not picard_install_path:
  28         raise Exception("picard-tools-{version} directory not found in %s" %
  29                         zipball)
  30     return picard_install_path
  31
  32 def run(module, **kwargs):
  33     kwargs.setdefault('cwd', arvados.current_task().tmpdir)
  34     execargs = ['java',
  35                 '-Xmx1500m',
  36                 '-Djava.io.tmpdir=' + arvados.current_task().tmpdir,
  37                 '-jar', os.path.join(install_path(), module + '.jar')]
  38     execargs += [str(arg) for arg in kwargs.pop('args', [])]
  39     for key, value in kwargs.pop('params', {}).items():
  40         execargs += [key.upper() + '=' + str(value)]
  41     sys.stderr.write("%s.run: exec %s\n" % (__name__, str(execargs)))
  42     return arvados.util.run_command(execargs, **kwargs)