Merge branch '20497-updating-wgs-tutorial'
[arvados.git] / lib / install / init.go
1 // Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
2 //
3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
4
5 package install
6
7 import (
8         "context"
9         "crypto/rand"
10         "crypto/rsa"
11         "crypto/x509"
12         "encoding/pem"
13         "flag"
14         "fmt"
15         "io"
16         "net"
17         "net/http"
18         "net/url"
19         "os"
20         "os/exec"
21         "os/user"
22         "regexp"
23         "strconv"
24         "strings"
25         "sync/atomic"
26         "text/template"
27         "time"
28
29         "git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd"
30         "git.arvados.org/arvados.git/lib/config"
31         "git.arvados.org/arvados.git/lib/controller/rpc"
32         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
33         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/auth"
34         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/ctxlog"
35         "github.com/lib/pq"
36 )
37
38 var InitCommand cmd.Handler = &initCommand{}
39
40 type initCommand struct {
41         ClusterID  string
42         Domain     string
43         CreateDB   bool
44         Login      string
45         TLS        string
46         AdminEmail string
47         Start      bool
48
49         PostgreSQL struct {
50                 Host     string
51                 User     string
52                 Password string
53                 DB       string
54         }
55         LoginPAM                bool
56         LoginTest               bool
57         LoginGoogle             bool
58         LoginGoogleClientID     string
59         LoginGoogleClientSecret string
60         TLSDir                  string
61 }
62
63 func (initcmd *initCommand) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
64         logger := ctxlog.New(stderr, "text", "info")
65         ctx := ctxlog.Context(context.Background(), logger)
66         ctx, cancel := context.WithCancel(ctx)
67         defer cancel()
68
69         var err error
70         defer func() {
71                 if err != nil {
72                         logger.WithError(err).Info("exiting")
73                 }
74         }()
75
76         hostname, err := os.Hostname()
77         if err != nil {
78                 err = fmt.Errorf("Hostname(): %w", err)
79                 return 1
80         }
81
82         flags := flag.NewFlagSet(prog, flag.ContinueOnError)
83         flags.SetOutput(stderr)
84         versionFlag := flags.Bool("version", false, "Write version information to stdout and exit 0")
85         flags.StringVar(&initcmd.ClusterID, "cluster-id", "", "cluster `id`, like x1234 for a dev cluster")
86         flags.BoolVar(&initcmd.CreateDB, "create-db", true, "create an 'arvados' postgresql role and database using 'sudo -u postgres psql ...' (if false, use existing database specified by POSTGRES_HOST, POSTGRES_USER, POSTGRES_PASSWORD, and POSTGRES_DB env vars, and assume 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm' has already been done)")
87         flags.StringVar(&initcmd.Domain, "domain", hostname, "cluster public DNS `name`, like x1234.arvadosapi.com")
88         flags.StringVar(&initcmd.Login, "login", "", "login `backend`: test, pam, 'google {client-id} {client-secret}', or ''")
89         flags.StringVar(&initcmd.AdminEmail, "admin-email", "", "give admin privileges to user with given `email`")
90         flags.StringVar(&initcmd.TLS, "tls", "none", "tls certificate `source`: acme, insecure, none, or /path/to/dir containing privkey and cert files")
91         flags.BoolVar(&initcmd.Start, "start", true, "start systemd service after creating config")
92         if ok, code := cmd.ParseFlags(flags, prog, args, "", stderr); !ok {
93                 return code
94         } else if *versionFlag {
95                 return cmd.Version.RunCommand(prog, args, stdin, stdout, stderr)
96         } else if !regexp.MustCompile(`^[a-z][a-z0-9]{4}`).MatchString(initcmd.ClusterID) {
97                 err = fmt.Errorf("cluster ID %q is invalid; must be an ASCII letter followed by 4 alphanumerics (try -help)", initcmd.ClusterID)
98                 return 1
99         }
100
101         if fields := strings.Fields(initcmd.Login); len(fields) == 3 && fields[0] == "google" {
102                 initcmd.LoginGoogle = true
103                 initcmd.LoginGoogleClientID = fields[1]
104                 initcmd.LoginGoogleClientSecret = fields[2]
105         } else if initcmd.Login == "test" {
106                 initcmd.LoginTest = true
107                 if initcmd.AdminEmail == "" {
108                         initcmd.AdminEmail = "admin@example.com"
109                 }
110         } else if initcmd.Login == "pam" {
111                 initcmd.LoginPAM = true
112         } else if initcmd.Login == "" {
113                 // none; login will show an error page
114         } else {
115                 err = fmt.Errorf("invalid argument to -login: %q: should be 'test', 'pam', 'google {client-id} {client-secret}', or empty", initcmd.Login)
116                 return 1
117         }
118
119         switch initcmd.TLS {
120         case "none", "acme", "insecure":
121         default:
122                 if !strings.HasPrefix(initcmd.TLS, "/") {
123                         err = fmt.Errorf("invalid argument to -tls: %q; see %s -help", initcmd.TLS, prog)
124                         return 1
125                 }
126                 initcmd.TLSDir = initcmd.TLS
127         }
128
129         confdir := "/etc/arvados"
130         conffile := confdir + "/config.yml"
131         if _, err = os.Stat(conffile); err == nil {
132                 err = fmt.Errorf("config file %s already exists; delete it first if you really want to start over", conffile)
133                 return 1
134         }
135
136         ports := []int{443}
137         for i := 4440; i < 4460; i++ {
138                 ports = append(ports, i)
139         }
140         if initcmd.TLS == "acme" {
141                 ports = append(ports, 80)
142         }
143         for _, port := range ports {
144                 err = initcmd.checkPort(ctx, fmt.Sprintf("%d", port))
145                 if err != nil {
146                         return 1
147                 }
148         }
149
150         if initcmd.CreateDB {
151                 // Do the "create extension" thing early. This way, if
152                 // there's no local postgresql server (a likely
153                 // failure mode), we can bail out without any side
154                 // effects, and the user can start over easily.
155                 fmt.Fprintln(stderr, "installing pg_trgm postgresql extension...")
156                 cmd := exec.CommandContext(ctx, "sudo", "-u", "postgres", "psql", "--quiet",
157                         "-c", `CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm`)
158                 cmd.Dir = "/"
159                 cmd.Stdout = stdout
160                 cmd.Stderr = stderr
161                 err = cmd.Run()
162                 if err != nil {
163                         err = fmt.Errorf("error preparing postgresql server: %w", err)
164                         return 1
165                 }
166                 fmt.Fprintln(stderr, "...done")
167                 initcmd.PostgreSQL.Host = "localhost"
168                 initcmd.PostgreSQL.User = "arvados"
169                 initcmd.PostgreSQL.Password = initcmd.RandomHex(32)
170                 initcmd.PostgreSQL.DB = "arvados"
171         } else {
172                 initcmd.PostgreSQL.Host = os.Getenv("POSTGRES_HOST")
173                 initcmd.PostgreSQL.User = os.Getenv("POSTGRES_USER")
174                 initcmd.PostgreSQL.Password = os.Getenv("POSTGRES_PASSWORD")
175                 initcmd.PostgreSQL.DB = os.Getenv("POSTGRES_DB")
176                 if initcmd.PostgreSQL.Host == "" || initcmd.PostgreSQL.User == "" || initcmd.PostgreSQL.Password == "" || initcmd.PostgreSQL.DB == "" {
177                         err = fmt.Errorf("missing $POSTGRES_* env var(s) for -create-db=false; see %s -help", prog)
178                         return 1
179                 }
180         }
181
182         wwwuser, err := user.Lookup("www-data")
183         if err != nil {
184                 err = fmt.Errorf("user.Lookup(%q): %w", "www-data", err)
185                 return 1
186         }
187         wwwgid, err := strconv.Atoi(wwwuser.Gid)
188         if err != nil {
189                 return 1
190         }
191
192         fmt.Fprintln(stderr, "creating data storage directory /var/lib/arvados/keep ...")
193         err = os.Mkdir("/var/lib/arvados/keep", 0600)
194         if err != nil && !os.IsExist(err) {
195                 err = fmt.Errorf("mkdir /var/lib/arvados/keep: %w", err)
196                 return 1
197         }
198         fmt.Fprintln(stderr, "...done")
199
200         fmt.Fprintln(stderr, "creating config file", conffile, "...")
201         err = os.Mkdir(confdir, 0750)
202         if err != nil && !os.IsExist(err) {
203                 err = fmt.Errorf("mkdir %s: %w", confdir, err)
204                 return 1
205         }
206         err = os.Chown(confdir, 0, wwwgid)
207         if err != nil {
208                 err = fmt.Errorf("chown 0:%d %s: %w", wwwgid, confdir, err)
209                 return 1
210         }
211         f, err := os.OpenFile(conffile+".tmp", os.O_CREATE|os.O_EXCL|os.O_WRONLY, 0644)
212         if err != nil {
213                 err = fmt.Errorf("open %s: %w", conffile+".tmp", err)
214                 return 1
215         }
216         tmpl, err := template.New("config").Parse(`Clusters:
217   {{.ClusterID}}:
218     Services:
219       Controller:
220         InternalURLs:
221           "http://0.0.0.0:9000/": {}
222         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4440/" ) }}
223       RailsAPI:
224         InternalURLs:
225           "http://0.0.0.0:9001/": {}
226       Websocket:
227         InternalURLs:
228           "http://0.0.0.0:8005/": {}
229         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "wss://" .Domain ":4446/" ) }}
230       Keepbalance:
231         InternalURLs:
232           "http://0.0.0.0:9019/": {}
233       GitHTTP:
234         InternalURLs:
235           "http://0.0.0.0:9005/": {}
236         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4445/" ) }}
237       DispatchCloud:
238         InternalURLs:
239           "http://0.0.0.0:9006/": {}
240       Keepproxy:
241         InternalURLs:
242           "http://0.0.0.0:9007/": {}
243         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4447/" ) }}
244       WebDAV:
245         InternalURLs:
246           "http://0.0.0.0:9008/": {}
247         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4448/" ) }}
248       WebDAVDownload:
249         InternalURLs:
250           "http://0.0.0.0:9009/": {}
251         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4449/" ) }}
252       Keepstore:
253         InternalURLs:
254           "http://0.0.0.0:9010/": {}
255       Composer:
256         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4459/composer" ) }}
257       Workbench1:
258         InternalURLs:
259           "http://0.0.0.0:9002/": {}
260         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain ":4442/" ) }}
261       Workbench2:
262         InternalURLs:
263           "http://0.0.0.0:9003/": {}
264         ExternalURL: {{printf "%q" ( print "https://" .Domain "/" ) }}
265       Health:
266         InternalURLs:
267           "http://0.0.0.0:9011/": {}
268     Collections:
269       BlobSigningKey: {{printf "%q" ( .RandomHex 50 )}}
270       {{if eq .TLS "insecure"}}
271       TrustAllContent: true
272       {{end}}
273     Containers:
274       DispatchPrivateKey: {{printf "%q" .GenerateSSHPrivateKey}}
275       CloudVMs:
276         Enable: true
277         Driver: loopback
278     ManagementToken: {{printf "%q" ( .RandomHex 50 )}}
279     PostgreSQL:
280       Connection:
281         dbname: {{printf "%q" .PostgreSQL.DB}}
282         host: {{printf "%q" .PostgreSQL.Host}}
283         user: {{printf "%q" .PostgreSQL.User}}
284         password: {{printf "%q" .PostgreSQL.Password}}
285     SystemRootToken: {{printf "%q" ( .RandomHex 50 )}}
286     TLS:
287       {{if eq .TLS "insecure"}}
288       Insecure: true
289       {{else if eq .TLS "acme"}}
290       ACME:
291         Server: LE
292       {{else if ne .TLSDir ""}}
293       Certificate: {{printf "%q" (print .TLSDir "/cert")}}
294       Key: {{printf "%q" (print .TLSDir "/privkey")}}
295       {{else}}
296       {}
297       {{end}}
298     Volumes:
299       {{.ClusterID}}-nyw5e-000000000000000:
300         Driver: Directory
301         DriverParameters:
302           Root: /var/lib/arvados/keep
303         Replication: 2
304     Workbench:
305       SecretKeyBase: {{printf "%q" ( .RandomHex 50 )}}
306     {{if .LoginPAM}}
307     Login:
308       PAM:
309         Enable: true
310     {{else if .LoginTest}}
311     Login:
312       Test:
313         Enable: true
314         Users:
315           admin:
316             Email: {{printf "%q" .AdminEmail}}
317             Password: admin
318     {{else if .LoginGoogle}}
319     Login:
320       Google:
321         Enable: true
322         ClientID: {{printf "%q" .LoginGoogleClientID}}
323         ClientSecret: {{printf "%q" .LoginGoogleClientSecret}}
324     {{end}}
325     Users:
326       AutoAdminUserWithEmail: {{printf "%q" .AdminEmail}}
327 `)
328         if err != nil {
329                 return 1
330         }
331         err = tmpl.Execute(f, initcmd)
332         if err != nil {
333                 err = fmt.Errorf("%s: tmpl.Execute: %w", conffile+".tmp", err)
334                 return 1
335         }
336         err = f.Close()
337         if err != nil {
338                 err = fmt.Errorf("%s: close: %w", conffile+".tmp", err)
339                 return 1
340         }
341         err = os.Rename(conffile+".tmp", conffile)
342         if err != nil {
343                 err = fmt.Errorf("rename %s -> %s: %w", conffile+".tmp", conffile, err)
344                 return 1
345         }
346         fmt.Fprintln(stderr, "...done")
347
348         ldr := config.NewLoader(nil, logger)
349         ldr.SkipLegacy = true
350         ldr.Path = conffile // load the file we just wrote, even if $ARVADOS_CONFIG is set
351         cfg, err := ldr.Load()
352         if err != nil {
353                 err = fmt.Errorf("%s: %w", conffile, err)
354                 return 1
355         }
356         cluster, err := cfg.GetCluster("")
357         if err != nil {
358                 return 1
359         }
360
361         fmt.Fprintln(stderr, "creating postresql user and database...")
362         err = initcmd.createDB(ctx, cluster.PostgreSQL.Connection, stderr)
363         if err != nil {
364                 return 1
365         }
366         fmt.Fprintln(stderr, "...done")
367
368         fmt.Fprintln(stderr, "initializing database...")
369         cmd := exec.CommandContext(ctx, "sudo", "-u", "www-data", "-E", "HOME=/var/www", "PATH=/var/lib/arvados/bin:"+os.Getenv("PATH"), "/var/lib/arvados/bin/bundle", "exec", "rake", "db:setup")
370         cmd.Dir = "/var/lib/arvados/railsapi"
371         cmd.Stdout = stderr
372         cmd.Stderr = stderr
373         err = cmd.Run()
374         if err != nil {
375                 err = fmt.Errorf("rake db:setup failed: %w", err)
376                 return 1
377         }
378         fmt.Fprintln(stderr, "...done")
379
380         if initcmd.Start {
381                 fmt.Fprintln(stderr, "starting systemd service...")
382                 cmd := exec.CommandContext(ctx, "systemctl", "start", "arvados")
383                 cmd.Dir = "/"
384                 cmd.Stdout = stderr
385                 cmd.Stderr = stderr
386                 err = cmd.Run()
387                 if err != nil {
388                         err = fmt.Errorf("%v: %w", cmd.Args, err)
389                         return 1
390                 }
391                 fmt.Fprintln(stderr, "...done")
392
393                 fmt.Fprintln(stderr, "checking controller API endpoint...")
394                 u := url.URL(cluster.Services.Controller.ExternalURL)
395                 conn := rpc.NewConn(cluster.ClusterID, &u, cluster.TLS.Insecure, rpc.PassthroughTokenProvider)
396                 ctx := auth.NewContext(context.Background(), auth.NewCredentials(cluster.SystemRootToken))
397                 _, err = conn.UserGetCurrent(ctx, arvados.GetOptions{})
398                 if err != nil {
399                         err = fmt.Errorf("API request failed: %w", err)
400                         return 1
401                 }
402                 fmt.Fprintln(stderr, "...looks good")
403         }
404
405         fmt.Fprintf(stderr, `
406 Setup complete. Next steps:
407 * run 'arv sudo diagnostics'
408 * log in to workbench2 at %s
409 * see documentation at https://doc.arvados.org/install/automatic.html
410 `, cluster.Services.Workbench2.ExternalURL.String())
411
412         return 0
413 }
414
415 func (initcmd *initCommand) GenerateSSHPrivateKey() (string, error) {
416         privkey, err := rsa.GenerateKey(rand.Reader, 4096)
417         if err != nil {
418                 return "", err
419         }
420         err = privkey.Validate()
421         if err != nil {
422                 return "", err
423         }
424         return string(pem.EncodeToMemory(&pem.Block{
425                 Type:  "RSA PRIVATE KEY",
426                 Bytes: x509.MarshalPKCS1PrivateKey(privkey),
427         })), nil
428 }
429
430 func (initcmd *initCommand) RandomHex(chars int) string {
431         b := make([]byte, chars/2)
432         _, err := rand.Read(b)
433         if err != nil {
434                 panic(err)
435         }
436         return fmt.Sprintf("%x", b)
437 }
438
439 func (initcmd *initCommand) createDB(ctx context.Context, dbconn arvados.PostgreSQLConnection, stderr io.Writer) error {
440         cmd := exec.CommandContext(ctx, "sudo", "-u", "postgres", "psql", "--quiet",
441                 "-c", `CREATE USER `+pq.QuoteIdentifier(dbconn["user"])+` WITH SUPERUSER ENCRYPTED PASSWORD `+pq.QuoteLiteral(dbconn["password"]),
442                 "-c", `CREATE DATABASE `+pq.QuoteIdentifier(dbconn["dbname"])+` WITH TEMPLATE template0 ENCODING 'utf8'`,
443         )
444         cmd.Dir = "/"
445         cmd.Stdout = stderr
446         cmd.Stderr = stderr
447         err := cmd.Run()
448         if err != nil {
449                 return fmt.Errorf("error setting up arvados user/database: %w", err)
450         }
451         return nil
452 }
453
454 // Confirm that http://{initcmd.Domain}:{port} reaches a server that
455 // we run on {port}.
456 //
457 // If port is "80", listening fails, and Nginx appears to be using the
458 // debian-packaged default configuration that listens on port 80,
459 // disable that Nginx config and try again.
460 //
461 // (Typically, the reason Nginx is installed is so that Arvados can
462 // run an Nginx child process; the default Nginx service using config
463 // from /etc/nginx is just an unfortunate side effect of installing
464 // Nginx by way of the Debian package.)
465 func (initcmd *initCommand) checkPort(ctx context.Context, port string) error {
466         err := initcmd.checkPortOnce(ctx, port)
467         if err == nil || port != "80" {
468                 // success, or poking Nginx in the eye won't help
469                 return err
470         }
471         d, err2 := os.Open("/etc/nginx/sites-enabled/.")
472         if err2 != nil {
473                 return err
474         }
475         fis, err2 := d.Readdir(-1)
476         if err2 != nil || len(fis) != 1 {
477                 return err
478         }
479         if target, err2 := os.Readlink("/etc/nginx/sites-enabled/default"); err2 != nil || target != "/etc/nginx/sites-available/default" {
480                 return err
481         }
482         err2 = os.Remove("/etc/nginx/sites-enabled/default")
483         if err2 != nil {
484                 return err
485         }
486         exec.CommandContext(ctx, "nginx", "-s", "reload").Run()
487         time.Sleep(time.Second)
488         return initcmd.checkPortOnce(ctx, port)
489 }
490
491 // Start an http server on 0.0.0.0:{port} and confirm that
492 // http://{initcmd.Domain}:{port} reaches that server.
493 func (initcmd *initCommand) checkPortOnce(ctx context.Context, port string) error {
494         b := make([]byte, 128)
495         _, err := rand.Read(b)
496         if err != nil {
497                 return err
498         }
499         token := fmt.Sprintf("%x", b)
500
501         srv := http.Server{
502                 Addr: net.JoinHostPort("", port),
503                 Handler: http.HandlerFunc(func(w http.ResponseWriter, r *http.Request) {
504                         fmt.Fprint(w, token)
505                 })}
506         var errServe atomic.Value
507         go func() {
508                 errServe.Store(srv.ListenAndServe())
509         }()
510         defer srv.Close()
511         url := "http://" + net.JoinHostPort(initcmd.Domain, port) + "/probe"
512         req, err := http.NewRequestWithContext(ctx, "GET", url, nil)
513         if err != nil {
514                 return err
515         }
516         resp, err := http.DefaultClient.Do(req)
517         if err == nil {
518                 defer resp.Body.Close()
519         }
520         if errServe, _ := errServe.Load().(error); errServe != nil {
521                 // If server already exited, return that error
522                 // (probably "can't listen"), not the request error.
523                 return errServe
524         }
525         if err != nil {
526                 return err
527         }
528         buf := make([]byte, len(token))
529         n, err := io.ReadFull(resp.Body, buf)
530         if string(buf[:n]) != token {
531                 return fmt.Errorf("listened on port %s but %s connected to something else, returned %q, err %v", port, url, buf[:n], err)
532         }
533         return nil
534 }