sdk/R/R/ArvadosFile.R

   1 #' ArvadosFile Object
   2 #'
   3 #' Update description
   4 #'
   5 #' @export ArvadosFile
   6 ArvadosFile <- R6::R6Class(
   7
   8     "ArvadosFile",
   9
  10     public = list(
  11
  12         initialize = function(name, relativePath, size, api, collection)
  13         {
  14             private$name         <- name
  15             private$size         <- size
  16             private$relativePath <- relativePath
  17             private$api          <- api
  18             private$collection   <- collection
  19             private$http         <- HttpRequest$new()
  20             private$httpParser   <- HttpParser$new()
  21         },
  22
  23         getName = function() private$name,
  24
  25         getRelativePath = function() private$relativePath,
  26
  27         getSizeInBytes = function() private$size,
  28
  29         read = function(offset = 0, length = 0)
  30         {
  31             if(offset < 0 || length < 0)
  32             stop("Offset and length must be positive values.")
  33
  34             range = paste0("bytes=", offset, "-")
  35
  36             if(length > 0)
  37                 range = paste0(range, offset + length - 1)
  38
  39             fileURL = paste0(private$api$getWebDavHostName(), "c=", private$collection$uuid, "/", private$relativePath);
  40             headers <- list(Authorization = paste("OAuth2", private$api$getToken()),
  41                             Range = range)
  42
  43             serverResponse <- private$http$GET(fileURL, headers)
  44
  45             if(serverResponse$status_code != 206)
  46                 stop(paste("Server code:", serverResponse$status_code))
  47
  48             parsedServerResponse <- httr::content(serverResponse, "raw")
  49             parsedServerResponse
  50         },
  51
  52         write = function(content, contentType = "text/html")
  53         {
  54             fileURL = paste0(private$api$getWebDavHostName(), "c=", private$collection$uuid, "/", private$relativePath);
  55             headers <- list(Authorization = paste("OAuth2", private$api$getToken()),
  56                             "Content-Type" = contentType)
  57             body <- content
  58
  59             serverResponse <- private$http$PUT(fileURL, headers, body)
  60
  61             if(serverResponse$status_code != 201)
  62                 stop(paste("Server code:", serverResponse$status_code))
  63
  64             private$notifyCollectionThatFileSizeChanges()
  65
  66             parsedServerResponse <- httr::content(serverResponse, "text")
  67             parsedServerResponse
  68         }
  69     ),
  70
  71     private = list(
  72
  73         name         = NULL,
  74         relativePath = NULL,
  75         size         = NULL,
  76         parent       = NULL,
  77         api          = NULL,
  78         collection   = NULL,
  79         http         = NULL,
  80         httpParser   = NULL,
  81
  82         notifyCollectionThatFileSizeChanges = function()
  83         {
  84             collectionURL <- URLencode(paste0(private$api$getWebDavHostName(), "c=", private$collection$uuid))
  85             fileURL = paste0(collectionURL, "/", private$relativePath);
  86             headers = list("Authorization" = paste("OAuth2", private$api$getToken()))
  87
  88             propfindResponse <- private$http$PROPFIND(fileURL, headers)
  89
  90             fileInfo <- private$httpParser$parseWebDAVResponse(propfindResponse, collectionURL)
  91
  92             private$size <- fileInfo[[1]]$fileSize
  93             private$collection$update(self, "File size changed")
  94         }
  95     ),
  96
  97     cloneable = FALSE
  98 )