sdk/python/arvados/commands/run.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import arvados.commands.ws as ws
   5 import argparse
   6 import json
   7 import re
   8 import os
   9 import stat
  10 import put
  11 import time
  12 import subprocess
  13 import logging
  14 import sys
  15 import arvados.commands._util as arv_cmd
  16
  17 from arvados._version import __version__
  18
  19 logger = logging.getLogger('arvados.arv-run')
  20 logger.setLevel(logging.INFO)
  21
  22 arvrun_parser = argparse.ArgumentParser(parents=[arv_cmd.retry_opt])
  23 arvrun_parser.add_argument('--dry-run', action="store_true",
  24                            help="Print out the pipeline that would be submitted and exit")
  25 arvrun_parser.add_argument('--local', action="store_true",
  26                            help="Run locally using arv-run-pipeline-instance")
  27 arvrun_parser.add_argument('--docker-image', type=str,
  28                            help="Docker image to use, otherwise use instance default.")
  29 arvrun_parser.add_argument('--ignore-rcode', action="store_true",
  30                            help="Commands that return non-zero return codes should not be considered failed.")
  31 arvrun_parser.add_argument('--no-reuse', action="store_true",
  32                            help="Do not reuse past jobs.")
  33 arvrun_parser.add_argument('--no-wait', action="store_true",
  34                            help="Do not wait and display logs after submitting command, just exit.")
  35 arvrun_parser.add_argument('--project-uuid', type=str,
  36                            help="Parent project of the pipeline")
  37 arvrun_parser.add_argument('--git-dir', type=str, default="",
  38                            help="Git repository passed to arv-crunch-job when using --local")
  39 arvrun_parser.add_argument('--repository', type=str, default="arvados",
  40                            help="repository field of component, default 'arvados'")
  41 arvrun_parser.add_argument('--script-version', type=str, default="master",
  42                            help="script_version field of component, default 'master'")
  43 arvrun_parser.add_argument('--version', action='version',
  44                            version="%s %s" % (sys.argv[0], __version__),
  45                            help='Print version and exit.')
  46 arvrun_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
  47
  48 class ArvFile(object):
  49     def __init__(self, prefix, fn):
  50         self.prefix = prefix
  51         self.fn = fn
  52
  53     def __hash__(self):
  54         return (self.prefix+self.fn).__hash__()
  55
  56     def __eq__(self, other):
  57         return (self.prefix == other.prefix) and (self.fn == other.fn)
  58
  59 class UploadFile(ArvFile):
  60     pass
  61
  62 # Determine if a file is in a collection, and return a tuple consisting of the
  63 # portable data hash and the path relative to the root of the collection.
  64 # Return None if the path isn't with an arv-mount collection or there was is error.
  65 def is_in_collection(root, branch):
  66     try:
  67         if root == "/":
  68             return (None, None)
  69         fn = os.path.join(root, ".arvados#collection")
  70         if os.path.exists(fn):
  71             with file(fn, 'r') as f:
  72                 c = json.load(f)
  73             return (c["portable_data_hash"], branch)
  74         else:
  75             sp = os.path.split(root)
  76             return is_in_collection(sp[0], os.path.join(sp[1], branch))
  77     except (IOError, OSError):
  78         return (None, None)
  79
  80 # Determine the project to place the output of this command by searching upward
  81 # for arv-mount psuedofile indicating the project.  If the cwd isn't within
  82 # an arv-mount project or there is an error, return current_user.
  83 def determine_project(root, current_user):
  84     try:
  85         if root == "/":
  86             return current_user
  87         fn = os.path.join(root, ".arvados#project")
  88         if os.path.exists(fn):
  89             with file(fn, 'r') as f:
  90                 c = json.load(f)
  91             if 'writable_by' in c and current_user in c['writable_by']:
  92                 return c["uuid"]
  93             else:
  94                 return current_user
  95         else:
  96             sp = os.path.split(root)
  97             return determine_project(sp[0], current_user)
  98     except (IOError, OSError):
  99         return current_user
 100
 101 # Determine if string corresponds to a file, and if that file is part of a
 102 # arv-mounted collection or only local to the machine.  Returns one of
 103 # ArvFile() (file already exists in a collection), UploadFile() (file needs to
 104 # be uploaded to a collection), or simply returns prefix+fn (which yields the
 105 # original parameter string).
 106 def statfile(prefix, fn, fnPattern="$(file %s/%s)", dirPattern="$(dir %s/%s/)"):
 107     absfn = os.path.abspath(fn)
 108     if os.path.exists(absfn):
 109         st = os.stat(absfn)
 110         if stat.S_ISREG(st.st_mode):
 111             sp = os.path.split(absfn)
 112             (pdh, branch) = is_in_collection(sp[0], sp[1])
 113             if pdh:
 114                 return ArvFile(prefix, fnPattern % (pdh, branch))
 115             else:
 116                 # trim leading '/' for path prefix test later
 117                 return UploadFile(prefix, absfn[1:])
 118         if stat.S_ISDIR(st.st_mode):
 119             sp = os.path.split(absfn)
 120             (pdh, branch) = is_in_collection(sp[0], sp[1])
 121             if pdh:
 122                 return ArvFile(prefix, dirPattern % (pdh, branch))
 123
 124     return prefix+fn
 125
 126 def uploadfiles(files, api, dry_run=False, num_retries=0, project=None, fnPattern="$(file %s/%s)", name=None):
 127     # Find the smallest path prefix that includes all the files that need to be uploaded.
 128     # This starts at the root and iteratively removes common parent directory prefixes
 129     # until all file paths no longer have a common parent.
 130     n = True
 131     pathprefix = "/"
 132     while n:
 133         pathstep = None
 134         for c in files:
 135             if pathstep is None:
 136                 sp = c.fn.split('/')
 137                 if len(sp) < 2:
 138                     # no parent directories left
 139                     n = False
 140                     break
 141                 # path step takes next directory
 142                 pathstep = sp[0] + "/"
 143             else:
 144                 # check if pathstep is common prefix for all files
 145                 if not c.fn.startswith(pathstep):
 146                     n = False
 147                     break
 148         if n:
 149             # pathstep is common parent directory for all files, so remove the prefix
 150             # from each path
 151             pathprefix += pathstep
 152             for c in files:
 153                 c.fn = c.fn[len(pathstep):]
 154
 155     orgdir = os.getcwd()
 156     os.chdir(pathprefix)
 157
 158     logger.info("Upload local files: \"%s\"", '" "'.join([c.fn for c in files]))
 159
 160     if dry_run:
 161         logger.info("$(input) is %s", pathprefix.rstrip('/'))
 162         pdh = "$(input)"
 163     else:
 164         files = sorted(files, key=lambda x: x.fn)
 165         collection = arvados.CollectionWriter(api, num_retries=num_retries)
 166         stream = None
 167         for f in files:
 168             sp = os.path.split(f.fn)
 169             if sp[0] != stream:
 170                 stream = sp[0]
 171                 collection.start_new_stream(stream)
 172             collection.write_file(f.fn, sp[1])
 173
 174         filters=[["portable_data_hash", "=", collection.portable_data_hash()],
 175                  ["name", "like", name+"%"]]
 176         if project:
 177             filters.append(["owner_uuid", "=", project])
 178
 179         exists = api.collections().list(filters=filters).execute(num_retries=num_retries)
 180
 181         if exists["items"]:
 182             item = exists["items"][0]
 183             logger.info("Using collection %s", item["uuid"])
 184         else:
 185             body = {"owner_uuid": project, "manifest_text": collection.manifest_text()}
 186             if name is not None:
 187                 body["name"] = name
 188             item = api.collections().create(body=body, ensure_unique_name=True).execute()
 189             logger.info("Uploaded to %s", item["uuid"])
 190
 191         pdh = item["portable_data_hash"]
 192
 193     for c in files:
 194         c.keepref = "%s/%s" % (pdh, c.fn)
 195         c.fn = fnPattern % (pdh, c.fn)
 196
 197     os.chdir(orgdir)
 198
 199
 200 def main(arguments=None):
 201     args = arvrun_parser.parse_args(arguments)
 202
 203     if len(args.args) == 0:
 204         arvrun_parser.print_help()
 205         return
 206
 207     starting_args = args.args
 208
 209     reading_into = 2
 210
 211     # Parse the command arguments into 'slots'.
 212     # All words following '>' are output arguments and are collected into slots[0].
 213     # All words following '<' are input arguments and are collected into slots[1].
 214     # slots[2..] store the parameters of each command in the pipeline.
 215     #
 216     # e.g. arv-run foo arg1 arg2 '|' bar arg3 arg4 '<' input1 input2 input3 '>' output.txt
 217     # will be parsed into:
 218     #   [['output.txt'],
 219     #    ['input1', 'input2', 'input3'],
 220     #    ['foo', 'arg1', 'arg2'],
 221     #    ['bar', 'arg3', 'arg4']]
 222     slots = [[], [], []]
 223     for c in args.args:
 224         if c.startswith('>'):
 225             reading_into = 0
 226             if len(c) > 1:
 227                 slots[reading_into].append(c[1:])
 228         elif c.startswith('<'):
 229             reading_into = 1
 230             if len(c) > 1:
 231                 slots[reading_into].append(c[1:])
 232         elif c == '|':
 233             reading_into = len(slots)
 234             slots.append([])
 235         else:
 236             slots[reading_into].append(c)
 237
 238     if slots[0] and len(slots[0]) > 1:
 239         logger.error("Can only specify a single stdout file (run-command substitutions are permitted)")
 240         return
 241
 242     if not args.dry_run:
 243         api = arvados.api('v1')
 244         if args.project_uuid:
 245             project = args.project_uuid
 246         else:
 247             project = determine_project(os.getcwd(), api.users().current().execute()["uuid"])
 248
 249     # Identify input files.  Look at each parameter and test to see if there is
 250     # a file by that name.  This uses 'patterns' to look for within
 251     # command line arguments, such as --foo=file.txt or -lfile.txt
 252     patterns = [re.compile("([^=]+=)(.*)"),
 253                 re.compile("(-[A-Za-z])(.+)")]
 254     for j, command in enumerate(slots[1:]):
 255         for i, a in enumerate(command):
 256             if j > 0 and i == 0:
 257                 # j == 0 is stdin, j > 0 is commands
 258                 # always skip program executable (i == 0) in commands
 259                 pass
 260             elif a.startswith('\\'):
 261                 # if it starts with a \ then don't do any interpretation
 262                 command[i] = a[1:]
 263             else:
 264                 # See if it looks like a file
 265                 command[i] = statfile('', a)
 266
 267                 # If a file named command[i] was found, it would now be an
 268                 # ArvFile or UploadFile.  If command[i] is a basestring, that
 269                 # means it doesn't correspond exactly to a file, so do some
 270                 # pattern matching.
 271                 if isinstance(command[i], basestring):
 272                     for p in patterns:
 273                         m = p.match(a)
 274                         if m:
 275                             command[i] = statfile(m.group(1), m.group(2))
 276                             break
 277
 278     files = [c for command in slots[1:] for c in command if isinstance(c, UploadFile)]
 279     if files:
 280         uploadfiles(files, api, dry_run=args.dry_run, num_retries=args.retries, project=project)
 281
 282     for i in xrange(1, len(slots)):
 283         slots[i] = [("%s%s" % (c.prefix, c.fn)) if isinstance(c, ArvFile) else c for c in slots[i]]
 284
 285     component = {
 286         "script": "run-command",
 287         "script_version": args.script_version,
 288         "repository": args.repository,
 289         "script_parameters": {
 290         },
 291         "runtime_constraints": {}
 292     }
 293
 294     if args.docker_image:
 295         component["runtime_constraints"]["docker_image"] = args.docker_image
 296
 297     task_foreach = []
 298     group_parser = argparse.ArgumentParser()
 299     group_parser.add_argument('-b', '--batch-size', type=int)
 300     group_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
 301
 302     for s in xrange(2, len(slots)):
 303         for i in xrange(0, len(slots[s])):
 304             if slots[s][i] == '--':
 305                 inp = "input%i" % (s-2)
 306                 groupargs = group_parser.parse_args(slots[2][i+1:])
 307                 if groupargs.batch_size:
 308                     component["script_parameters"][inp] = {"value": {"batch":groupargs.args, "size":groupargs.batch_size}}
 309                     slots[s] = slots[s][0:i] + [{"foreach": inp, "command": "$(%s)" % inp}]
 310                 else:
 311                     component["script_parameters"][inp] = groupargs.args
 312                     slots[s] = slots[s][0:i] + ["$(%s)" % inp]
 313                 task_foreach.append(inp)
 314                 break
 315             if slots[s][i] == '\--':
 316                 slots[s][i] = '--'
 317
 318     if slots[0]:
 319         component["script_parameters"]["task.stdout"] = slots[0][0]
 320     if slots[1]:
 321         task_foreach.append("stdin")
 322         component["script_parameters"]["stdin"] = slots[1]
 323         component["script_parameters"]["task.stdin"] = "$(stdin)"
 324
 325     if task_foreach:
 326         component["script_parameters"]["task.foreach"] = task_foreach
 327
 328     component["script_parameters"]["command"] = slots[2:]
 329     if args.ignore_rcode:
 330         component["script_parameters"]["task.ignore_rcode"] = args.ignore_rcode
 331
 332     pipeline = {
 333         "name": "arv-run " + " | ".join([s[0] for s in slots[2:]]),
 334         "description": "@" + " ".join(starting_args) + "@",
 335         "components": {
 336             "command": component
 337         },
 338         "state": "RunningOnClient" if args.local else "RunningOnServer"
 339     }
 340
 341     if args.dry_run:
 342         print(json.dumps(pipeline, indent=4))
 343     else:
 344         pipeline["owner_uuid"] = project
 345         pi = api.pipeline_instances().create(body=pipeline, ensure_unique_name=True).execute()
 346         logger.info("Running pipeline %s", pi["uuid"])
 347
 348         if args.local:
 349             subprocess.call(["arv-run-pipeline-instance", "--instance", pi["uuid"], "--run-jobs-here"] + (["--no-reuse"] if args.no_reuse else []))
 350         elif not args.no_wait:
 351             ws.main(["--pipeline", pi["uuid"]])
 352
 353         pi = api.pipeline_instances().get(uuid=pi["uuid"]).execute()
 354         logger.info("Pipeline is %s", pi["state"])
 355         if "output_uuid" in pi["components"]["command"]:
 356             logger.info("Output is %s", pi["components"]["command"]["output_uuid"])
 357         else:
 358             logger.info("No output")
 359
 360 if __name__ == '__main__':
 361     main()