doc/user/tutorials/tutorial-pipeline-workbench.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Running a pipeline using Workbench"
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   7 notextile. <div class="spaced-out">
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   9 # Go to "Collections":https://{{ site.arvados_workbench_host }}/collections (*Data* %(rarr)&rarr;% *Collections (data files)*).
  10 # On the Collections page, go to the search box <span class="glyphicon glyphicon-search"></span> and search for "tutorial".
  11 # The results should include a collection with the contents *var-GS000016015-ASM.tsv.bz2*.
  12 # Click on the check box to the left of *var-GS000016015-ASM.tsv.bz2*.  This puts the collection in your persistent selection list.  You can click on the paperclip <span class="glyphicon glyphicon-paperclip"></span> in the upper right to review your current selections.
  13 # Go to "Pipeline templates":https://{{ site.arvados_workbench_host }}/pipeline_templates (*Compute* %(rarr)&rarr;% *Pipeline templates*).
  14 # Look for a pipeline named *Tutorial pipeline*.
  15 # Click on the play button <span class="glyphicon glyphicon-play"></span> to the left of *Tutorial pipeline*.  This will take you to a new page to configure the pipeline.
  16 # Under the *parameter* column, look for *input*.  Set the value of *input* by clicking on *none* to get a selection popup.  The collection that you selected in step 4 will be at the top of that pulldown menu.  Select that collection in the pulldown menu.
  17 # You can now click on the *Run pipeline* button in the upper right to start the pipeline.  A new page shows the pipeline status, queued to run.
  18 # The page refreshes automatically every 15 seconds.  You should see the pipeline running, and then finish successfully.
  19 # Once the pipeline is finished, click on the link under the *output* column.  This will take you to the collection page for the output of this pipeline.
  20 # Click on *md5sum.txt* to see the actual file that is the output of this pipeline.
  21 # Go back to the collection page for the result.  Click on the *Provenance graph* tab to see a graph illustrating the collections and scripts that were used to generate this file.
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  23 notextile. </div>
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