doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Writing a multi-step pipeline"
   5 ...
   6
   7 A pipeline in Arvados is a collection of crunch scripts, in which the output from one script may be used as the input to another script.
   8
   9 *This tutorial assumes that you are "logged into an Arvados VM instance":{{site.baseurl}}/user/getting_started/ssh-access.html#login, and have a "working environment.":{{site.baseurl}}/user/getting_started/check-environment.html*
  10
  11 This tutorial uses *@you@* to denote your username.  Replace *@you@* with your user name in all the following examples.
  12
  13 h2. Create a new script
  14
  15 Our second script will filter the output of @hash.py@ and only include hashes that start with 0.  Create a new script in <notextile><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts/</code></notextile> called @0-filter.py@:
  16
  17 <notextile> {% code '0_filter_py' as python %} </notextile>
  18
  19 Now add it to git:
  20
  21 <notextile>
  22 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x 0-filter.py</span>
  23 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">git add 0-filter.py</span>
  24 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">git commit -m"zero filter"</span>
  25 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">git push origin master</span>
  26 </code></pre>
  27 </notextile>
  28
  29 h2. Create a pipeline template
  30
  31 Next, create a file that contains the pipeline definition:
  32
  33 <notextile>
  34 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_pipeline &lt;&lt;EOF
  35 {
  36   "name":"Filter md5 hash values",
  37   "components":{
  38     "do_hash":{
  39       "script":"hash.py",
  40       "script_parameters":{
  41         "input":{
  42           "required": true,
  43           "dataclass": "Collection"
  44         }
  45       },
  46       "repository":"$USER",
  47       "script_version":"master",
  48       "output_is_persistent":false
  49     },
  50     "do_filter":{
  51       "script":"0-filter.py",
  52       "script_parameters":{
  53         "input":{
  54           "output_of":"do_hash"
  55         }
  56       },
  57       "repository":"$USER",
  58       "script_version":"master",
  59       "output_is_persistent":true
  60     }
  61   }
  62 }
  63 EOF
  64 </span></code></pre>
  65 </notextile>
  66
  67 * @"output_of"@ indicates that the @output@ of the @do_hash@ component should be used as the @"input"@ of @do_filter@.  Arvados uses these dependencies between jobs to automatically determine the correct order to run them.
  68
  69 (Your shell should automatically fill in @$USER@ with your login name.  The JSON that gets saved should have @"repository"@ pointed at your personal git repository.)
  70
  71 Now, use @arv pipeline_template create@ to register your pipeline template in Arvados:
  72
  73 <notextile>
  74 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv pipeline_template create --pipeline-template "$(cat ~/the_pipeline)"</span>
  75 </code></pre>
  76 </notextile>
  77
  78 Your new pipeline template will appear on the Workbench "Compute %(rarr)&rarr;% Pipeline&nbsp;templates":https://{{ site.arvados_workbench_host }}/pipeline_instances page.