sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # == Synopsis
   4 #
   5 #  arv-run-pipeline-instance --template pipeline-template-uuid [options] [--] [parameters]
   6 #  arv-run-pipeline-instance --instance pipeline-instance-uuid [options]
   7 #
   8 # Satisfy a pipeline template by finding or submitting a mapreduce job
   9 # for each pipeline component.
  10 #
  11 # == Options
  12 #
  13 # [--template uuid] Use the specified pipeline template.
  14 #
  15 # [--template path] Load the pipeline template from the specified
  16 #                   local file.
  17 #
  18 # [--instance uuid] Use the specified pipeline instance.
  19 #
  20 # [-n, --dry-run] Do not start any new jobs or wait for existing jobs
  21 #                 to finish. Just find out whether jobs are finished,
  22 #                 queued, or running for each component
  23 #
  24 # [--submit] Do not try to satisfy any components. Just
  25 #                          create an instance, print its UUID to
  26 #                          stdout, and exit.
  27 #
  28 # [--no-wait] Make only as much progress as possible without entering
  29 #             a sleep/poll loop.
  30 #
  31 # [--no-reuse] Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline
  32 #              components. Submit a new job for every component.
  33 #
  34 # [--debug] Print extra debugging information on stderr.
  35 #
  36 # [--debug-level N] Increase amount of debugging information. Default
  37 #                   1, possible range 0..3.
  38 #
  39 # [--status-text path] Print plain text status report to a file or
  40 #                      fifo. Default: /dev/stdout
  41 #
  42 # [--status-json path] Print JSON status report to a file or
  43 #                      fifo. Default: /dev/null
  44 #
  45 # == Parameters
  46 #
  47 # [param_name=param_value]
  48 #
  49 # [param_name param_value] Set (or override) the default value for
  50 #                          every parameter with the given name.
  51 #
  52 # [component_name::param_name=param_value]
  53 # [component_name::param_name param_value]
  54 # [--component_name::param_name=param_value]
  55 # [--component_name::param_name param_value] Set the value of a
  56 #                                            parameter for a single
  57 #                                            component.
  58 #
  59 class WhRunPipelineInstance
  60 end
  61
  62 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
  63   abort <<-EOS
  64 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
  65   EOS
  66 end
  67
  68 $arvados_api_version = ENV['ARVADOS_API_VERSION'] || 'v1'
  69 $arvados_api_host = ENV['ARVADOS_API_HOST'] or
  70   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_HOST environment variable not set."
  71 $arvados_api_token = ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] or
  72   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_TOKEN environment variable not set."
  73
  74 begin
  75   require 'arvados'
  76   require 'rubygems'
  77   require 'json'
  78   require 'pp'
  79   require 'trollop'
  80   require 'google/api_client'
  81 rescue LoadError => l
  82   puts $:
  83   abort <<-EOS
  84 #{$0}: fatal: #{l.message}
  85 Some runtime dependencies may be missing.
  86 Try: gem install arvados pp google-api-client json trollop
  87   EOS
  88 end
  89
  90 def debuglog(message, verbosity=1)
  91   $stderr.puts "#{File.split($0).last} #{$$}: #{message}" if $debuglevel >= verbosity
  92 end
  93
  94 module Kernel
  95   def suppress_warnings
  96     original_verbosity = $VERBOSE
  97     $VERBOSE = nil
  98     result = yield
  99     $VERBOSE = original_verbosity
 100     return result
 101   end
 102 end
 103
 104 if $arvados_api_host.match /local/
 105   # You probably don't care about SSL certificate checks if you're
 106   # testing with a dev server.
 107   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 108 end
 109
 110
 111 # Parse command line options (the kind that control the behavior of
 112 # this program, that is, not the pipeline component parameters).
 113
 114 p = Trollop::Parser.new do
 115   version __FILE__
 116   opt(:dry_run,
 117       "Do not start any new jobs or wait for existing jobs to finish. Just find out whether jobs are finished, queued, or running for each component.",
 118       :type => :boolean,
 119       :short => :n)
 120   opt(:status_text,
 121       "Store plain text status in given file.",
 122       :short => :none,
 123       :type => :string,
 124       :default => '/dev/stdout')
 125   opt(:status_json,
 126       "Store json-formatted pipeline in given file.",
 127       :short => :none,
 128       :type => :string,
 129       :default => '/dev/null')
 130   opt(:no_wait,
 131       "Do not wait for jobs to finish. Just look up status, submit new jobs if needed, and exit.",
 132       :short => :none,
 133       :type => :boolean)
 134   opt(:no_reuse,
 135       "Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline components. Submit a new job for every component.",
 136       :short => :none,
 137       :type => :boolean)
 138   opt(:debug,
 139       "Print extra debugging information on stderr.",
 140       :type => :boolean)
 141   opt(:debug_level,
 142       "Set debug verbosity level.",
 143       :short => :none,
 144       :type => :integer)
 145   opt(:template,
 146       "UUID of pipeline template, or path to local pipeline template file.",
 147       :short => :none,
 148       :type => :string)
 149   opt(:instance,
 150       "UUID of pipeline instance.",
 151       :short => :none,
 152       :type => :string)
 153   opt(:submit,
 154       "Submit the pipeline instance to the server, and exit. Let the Crunch dispatch service to satisfy the components by finding/running jobs.",
 155       :short => :none,
 156       :type => :boolean)
 157   opt(:run_pipeline_here,
 158       "Manage the pipeline instance in-process. Submit jobs to Crunch as needed. Do not exit until the pipeline finishes (or fails).",
 159       :short => :none,
 160       :type => :boolean)
 161   opt(:run_jobs_here,
 162       "Run jobs in the local terminal session instead of submitting them to Crunch. Implies --run-pipeline-here. Note: this results in a significantly different job execution environment, and some Crunch features are not supported. It can be necessary to modify a pipeline in order to make it run this way.",
 163       :short => :none,
 164       :type => :boolean)
 165   opt(:run_here,
 166       "Synonym for --run-jobs-here.",
 167       :short => :none,
 168       :type => :boolean)
 169   stop_on [:'--']
 170 end
 171 $options = Trollop::with_standard_exception_handling p do
 172   p.parse ARGV
 173 end
 174 $debuglevel = $options[:debug_level] || ($options[:debug] && 1) || 0
 175
 176 $options[:run_jobs_here] ||= $options[:run_here] # old flag name
 177 $options[:run_pipeline_here] ||= $options[:run_jobs_here] # B requires A
 178
 179 if $options[:instance]
 180   if $options[:template] or $options[:submit]
 181     abort "#{$0}: syntax error: --instance cannot be combined with --template or --submit."
 182   end
 183 elsif not $options[:template]
 184   puts "error: you must supply a --template or --instance."
 185   p.educate
 186   abort
 187 end
 188
 189 if $options[:run_pipeline_here] == $options[:submit]
 190   abort "#{$0}: error: you must supply --run-pipeline-here, --run-jobs-here, or --submit."
 191 end
 192
 193 # Suppress SSL certificate checks if ARVADOS_API_HOST_INSECURE
 194
 195 module Kernel
 196   def suppress_warnings
 197     original_verbosity = $VERBOSE
 198     $VERBOSE = nil
 199     result = yield
 200     $VERBOSE = original_verbosity
 201     return result
 202   end
 203 end
 204
 205 if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
 206   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 207 end
 208
 209 # Set up the API client.
 210
 211 $arv = Arvados.new api_version: 'v1'
 212 $client = $arv.client
 213 $arvados = $arv.arvados_api
 214
 215 class PipelineInstance
 216   def self.find(uuid)
 217     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.get,
 218                              :parameters => {
 219                                :uuid => uuid
 220                              },
 221                              :authenticated => false,
 222                              :headers => {
 223                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 224                              })
 225     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 226     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 227       debuglog "Failed to get pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 228       nil
 229     else
 230       debuglog "Retrieved pipeline_instance #{j[:uuid]}"
 231       self.new(j)
 232     end
 233   end
 234   def self.create(attributes)
 235     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.create,
 236                              :body_object => {
 237                                :pipeline_instance => attributes
 238                              },
 239                              :authenticated => false,
 240                              :headers => {
 241                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 242                              })
 243     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 244     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 245       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nFailed to create pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil} #{j.inspect}"
 246     end
 247     debuglog "Created pipeline instance: #{j[:uuid]}"
 248     self.new(j)
 249   end
 250   def save
 251     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.update,
 252                              :parameters => {
 253                                :uuid => @pi[:uuid]
 254                              },
 255                              :body_object => {
 256                                :pipeline_instance => @attributes_to_update
 257                              },
 258                              :authenticated => false,
 259                              :headers => {
 260                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 261                              })
 262     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 263     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 264       debuglog "Failed to save pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 265       nil
 266     else
 267       @attributes_to_update = {}
 268       @pi = j
 269     end
 270   end
 271   def []=(x,y)
 272     @attributes_to_update[x] = y
 273     @pi[x] = y
 274   end
 275   def [](x)
 276     @pi[x]
 277   end
 278
 279   def log_stderr(msg)
 280     $arv.log.create log: {
 281       event_type: 'stderr',
 282       object_uuid: self[:uuid],
 283       owner_uuid: self[:owner_uuid],
 284       properties: {"text" => msg},
 285     }
 286   end
 287
 288   protected
 289   def initialize(j)
 290     @attributes_to_update = {}
 291     @pi = j
 292   end
 293 end
 294
 295 class JobCache
 296   def self.get(uuid)
 297     @cache ||= {}
 298     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.get,
 299                              :parameters => {
 300                                :uuid => uuid
 301                              },
 302                              :authenticated => false,
 303                              :headers => {
 304                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 305                              })
 306     @cache[uuid] = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 307   end
 308   def self.where(conditions)
 309     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.list,
 310                              :parameters => {
 311                                :limit => 10000,
 312                                :where => conditions.to_json
 313                              },
 314                              :authenticated => false,
 315                              :headers => {
 316                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 317                              })
 318     list = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 319     if list and list[:items].is_a? Array
 320       list[:items]
 321     else
 322       []
 323     end
 324   end
 325   def self.create(pipeline, component, job, create_params)
 326     @cache ||= {}
 327
 328     body = {job: no_nil_values(job)}.merge(no_nil_values(create_params))
 329
 330     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.create,
 331                              :body_object => body,
 332                              :authenticated => false,
 333                              :headers => {
 334                                authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 335                              })
 336     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 337     if j.is_a? Hash and j[:uuid]
 338       @cache[j[:uuid]] = j
 339     else
 340       debuglog "create job: #{j[:errors] rescue nil} with attributes #{body}", 0
 341
 342       msg = ""
 343       j[:errors].each do |err|
 344         msg += "Error creating job for component #{component}: #{err}\n"
 345       end
 346       msg += "Job submission was: #{body.to_json}"
 347
 348       pipeline.log_stderr(msg)
 349       nil
 350     end
 351   end
 352
 353   protected
 354
 355   def self.no_nil_values(hash)
 356     hash.reject { |key, value| value.nil? }
 357   end
 358 end
 359
 360 class WhRunPipelineInstance
 361   attr_reader :instance
 362
 363   def initialize(_options)
 364     @options = _options
 365   end
 366
 367   def fetch_template(template)
 368     if template.match /[^-0-9a-z]/
 369       # Doesn't look like a uuid -- use it as a filename.
 370       @template = JSON.parse File.read(template), :symbolize_names => true
 371     else
 372       result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_templates.get,
 373                                :parameters => {
 374                                  :uuid => template
 375                                },
 376                                :authenticated => false,
 377                                :headers => {
 378                                  authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 379                                })
 380       @template = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 381       if !@template[:uuid]
 382         abort "#{$0}: fatal: failed to retrieve pipeline template #{template} #{@template[:errors].inspect rescue nil}"
 383       end
 384     end
 385     self
 386   end
 387
 388   def fetch_instance(instance_uuid)
 389     @instance = PipelineInstance.find(instance_uuid)
 390     @template = @instance
 391     self
 392   end
 393
 394   def apply_parameters(params_args)
 395     params_args.shift if params_args[0] == '--'
 396     params = {}
 397     while !params_args.empty?
 398       if (re = params_args[0].match /^(--)?([^-].*?)=(.+)/)
 399         params[re[2]] = re[3]
 400         params_args.shift
 401       elsif params_args.size > 1
 402         param = params_args.shift.sub /^--/, ''
 403         params[param] = params_args.shift
 404       else
 405         abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: I do not know what to do with arg \"#{params_args[0]}\""
 406       end
 407     end
 408
 409     if not @template[:components].is_a?(Hash)
 410       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Template missing \"components\" hash"
 411     end
 412     @components = @template[:components].dup
 413
 414     bad_components = @components.each_pair.select do |cname, cspec|
 415       not cspec.is_a?(Hash)
 416     end
 417     if bad_components.any?
 418       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Components not specified with hashes: #{bad_components.map(&:first).join(', ')}"
 419     end
 420
 421     bad_components = @components.each_pair.select do |cname, cspec|
 422       not cspec[:script_parameters].is_a?(Hash)
 423     end
 424     if bad_components.any?
 425       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nSyntax error: Components missing \"script_parameters\" hashes: #{bad_components.map(&:first).join(', ')}"
 426     end
 427
 428     errors = []
 429     @components.each do |componentname, component|
 430       component[:script_parameters].each do |parametername, parameter|
 431         parameter = { :value => parameter } unless parameter.is_a? Hash
 432         value =
 433           (params["#{componentname}::#{parametername}"] ||
 434            parameter[:value] ||
 435            (parameter[:output_of].nil? &&
 436             (params[parametername.to_s] ||
 437              parameter[:default])) ||
 438            nil)
 439         if value.nil? and
 440             ![false,'false',0,'0'].index parameter[:required]
 441           if parameter[:output_of]
 442             next
 443           end
 444           errors << [componentname, parametername, "required parameter is missing"]
 445         end
 446         debuglog "parameter #{componentname}::#{parametername} == #{value}"
 447         component[:script_parameters][parametername] = value
 448       end
 449     end
 450     if !errors.empty?
 451       abort "\n#{Time.now} -- pipeline_template #{@template[:uuid]}\nErrors:\n#{errors.collect { |c,p,e| "#{c}::#{p} - #{e}\n" }.join ""}"
 452     end
 453     debuglog "options=" + @options.pretty_inspect
 454     self
 455   end
 456
 457   def setup_instance
 458     if @instance
 459       @instance[:properties][:run_options] ||= {}
 460       if @options[:no_reuse]
 461         # override properties of existing instance
 462         @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse] = false
 463       else
 464         # Default to "enable reuse" if not specified. (This code path
 465         # can go away when old clients go away.)
 466         if @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse].nil?
 467           @instance[:properties][:run_options][:enable_job_reuse] = true
 468         end
 469       end
 470     else
 471       @instance = PipelineInstance.
 472         create(components: @components,
 473                properties: {
 474                  run_options: {
 475                    enable_job_reuse: !@options[:no_reuse]
 476                  }
 477                },
 478                pipeline_template_uuid: @template[:uuid],
 479                state: ($options[:submit] ? 'RunningOnServer' : 'RunningOnClient'))
 480     end
 481     self
 482   end
 483
 484   def run
 485     moretodo = true
 486     interrupted = false
 487
 488     if @instance[:started_at].nil?
 489       @instance[:started_at] = Time.now
 490     end
 491
 492     job_creation_failed = 0
 493     while moretodo
 494       moretodo = false
 495       @components.each do |cname, c|
 496         job = nil
 497         owner_uuid = @instance[:owner_uuid]
 498         # Is the job satisfying this component already known to be
 499         # finished? (Already meaning "before we query API server about
 500         # the job's current state")
 501         c_already_finished = (c[:job] &&
 502                               c[:job][:uuid] &&
 503                               !c[:job][:success].nil?)
 504         if !c[:job] and
 505             c[:script_parameters].select { |pname, p| p.is_a? Hash and p[:output_of]}.empty?
 506           # No job yet associated with this component and is component inputs
 507           # are fully specified (any output_of script_parameters are resolved
 508           # to real value)
 509           my_submit_id = "instance #{@instance[:uuid]} rand #{rand(2**64).to_s(36)}"
 510           job = JobCache.create(@instance, cname, {
 511             :script => c[:script],
 512             :script_parameters => c[:script_parameters],
 513             :script_version => c[:script_version],
 514             :repository => c[:repository],
 515             :nondeterministic => c[:nondeterministic],
 516             :runtime_constraints => c[:runtime_constraints],
 517             :owner_uuid => owner_uuid,
 518             :is_locked_by_uuid => (@options[:run_jobs_here] ? owner_uuid : nil),
 519             :submit_id => my_submit_id,
 520           }, {
 521             # This is the right place to put these attributes when
 522             # dealing with new API servers.
 523             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 524             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 525             :find_or_create => (@instance[:properties][:run_options].andand[:enable_job_reuse] &&
 526                                 !c[:nondeterministic]),
 527             :filters => c[:filters]
 528           })
 529           if job
 530             debuglog "component #{cname} new job #{job[:uuid]}"
 531             c[:job] = job
 532             c[:run_in_process] = (@options[:run_jobs_here] and
 533                                   job[:submit_id] == my_submit_id)
 534           else
 535             debuglog "component #{cname} new job failed", 0
 536             job_creation_failed += 1
 537           end
 538         end
 539
 540         if c[:job] and c[:run_in_process]
 541           report_status
 542           begin
 543             require 'open3'
 544             Open3.popen3("arv-crunch-job", "--force-unlock",
 545                          "--job", c[:job][:uuid]) do |stdin, stdout, stderr, wait_thr|
 546               debuglog "arv-crunch-job pid #{wait_thr.pid} started", 0
 547               stdin.close
 548               while true
 549                 rready, wready, = IO.select([stdout, stderr], [])
 550                 break if !rready[0]
 551                 begin
 552                   buf = rready[0].read_nonblock(2**20)
 553                 rescue EOFError
 554                   break
 555                 end
 556                 (rready[0] == stdout ? $stdout : $stderr).write(buf)
 557               end
 558               stdout.close
 559               stderr.close
 560               debuglog "arv-crunch-job pid #{wait_thr.pid} exit #{wait_thr.value.to_i}", 0
 561             end
 562             if not $arv.job.get(uuid: c[:job][:uuid])[:finished_at]
 563               raise Exception.new("arv-crunch-job did not set finished_at.")
 564             end
 565           rescue Exception => e
 566             debuglog "Interrupted (#{e}). Failing job.", 0
 567             $arv.job.update(uuid: c[:job][:uuid],
 568                             job: {
 569                               finished_at: Time.now,
 570                               running: false,
 571                               success: false
 572                             })
 573           end
 574         end
 575
 576         if c[:job] and c[:job][:uuid]
 577           if (c[:job][:running] or
 578               not (c[:job][:finished_at] or c[:job][:cancelled_at]))
 579             # Job is running so update copy of job record
 580             c[:job] = JobCache.get(c[:job][:uuid])
 581           end
 582
 583           if c[:job][:success]
 584             # Populate script_parameters of other components waiting for
 585             # this job
 586             @components.each do |c2name, c2|
 587               c2[:script_parameters].each do |pname, p|
 588                 if p.is_a? Hash and p[:output_of] == cname.to_s
 589                   debuglog "parameter #{c2name}::#{pname} == #{c[:job][:output]}"
 590                   c2[:script_parameters][pname] = c[:job][:output]
 591                   moretodo = true
 592                 end
 593               end
 594             end
 595             unless c_already_finished
 596               # This is my first time discovering that the job
 597               # succeeded. (At the top of this loop, I was still
 598               # waiting for it to finish.)
 599
 600               debuglog "names: #{@instance[:name]} #{@template[:name]}", 0
 601               if (not @instance[:name].nil?) and (not @instance[:name].empty?)
 602                 pipeline_name = @instance[:name]
 603               else
 604                 fetch_template(@instance[:pipeline_template_uuid])
 605                 pipeline_name = @template[:name]
 606               end
 607               if c[:output_name] != false
 608                 # Create a collection located in the same project as the pipeline with the contents of the output.
 609                 portable_data_hash = c[:job][:output]
 610                 collections = $arv.collection.list(limit: 1,
 611                                                    filters: [['portable_data_hash', '=', portable_data_hash]],
 612                                                    select: ["portable_data_hash", "manifest_text"]
 613                                                    )[:items]
 614                 if collections.any?
 615                   name = c[:output_name] || "Output #{portable_data_hash[0..7]} of #{cname} of #{pipeline_name}"
 616
 617                   # check if there is a name collision.
 618                   name_collisions = $arv.collection.list(filters: [["owner_uuid", "=", owner_uuid],
 619                                                                    ["name", "=", name]])[:items]
 620
 621                   newcollection_actual = nil
 622                   if name_collisions.any? and name_collisions.first[:portable_data_hash] == portable_data_hash
 623                     # There is already a collection with the same name and the
 624                     # same contents, so just point to that.
 625                     newcollection_actual = name_collisions.first
 626                   end
 627
 628                   if newcollection_actual.nil?
 629                     # Did not find a collection with the same name (or the
 630                     # collection has a different portable data hash) so create
 631                     # a new collection with ensure_unique_name: true.
 632                     newcollection = {
 633                       owner_uuid: owner_uuid,
 634                       name: name,
 635                       portable_data_hash: collections.first[:portable_data_hash],
 636                       manifest_text: collections.first[:manifest_text]
 637                     }
 638                     debuglog "Creating collection #{newcollection}", 0
 639                     newcollection_actual = $arv.collection.create collection: newcollection, ensure_unique_name: true
 640                   end
 641
 642                   c[:output_uuid] = newcollection_actual[:uuid]
 643                 else
 644                   debuglog "Could not find a collection with portable data hash #{portable_data_hash}", 0
 645                 end
 646               end
 647             end
 648           elsif c[:job][:running] ||
 649               (!c[:job][:started_at] && !c[:job][:cancelled_at])
 650             # Job is still running
 651             moretodo = true
 652           elsif c[:job][:cancelled_at]
 653             debuglog "component #{cname} job #{c[:job][:uuid]} cancelled."
 654           end
 655         end
 656       end
 657       @instance[:components] = @components
 658       report_status
 659
 660       if @options[:no_wait]
 661         moretodo = false
 662       end
 663
 664       # If job creation fails, just give up on this pipeline instance.
 665       if job_creation_failed > 0
 666         moretodo = false
 667       end
 668
 669       if moretodo
 670         begin
 671           sleep 10
 672         rescue Interrupt
 673           debuglog "interrupt", 0
 674           interrupted = true
 675           break
 676         end
 677       end
 678     end
 679
 680     ended = 0
 681     succeeded = 0
 682     failed = 0
 683     @components.each do |cname, c|
 684       if c[:job]
 685         if c[:job][:finished_at] or c[:job][:cancelled_at] or (c[:job][:running] == false and c[:job][:success] == false)
 686           ended += 1
 687           if c[:job][:success] == true
 688             succeeded += 1
 689           elsif c[:job][:success] == false or c[:job][:cancelled_at]
 690             failed += 1
 691           end
 692         end
 693       end
 694     end
 695
 696     success = (succeeded == @components.length)
 697
 698     # A job create call failed. Just give up.
 699     if job_creation_failed > 0
 700       debuglog "job creation failed - giving up on this pipeline instance", 0
 701       success = false
 702       failed += 1
 703     end
 704
 705     if interrupted
 706      if success
 707         @instance[:state] = 'Complete'
 708      else
 709         @instance[:state] = 'Paused'
 710       end
 711     else
 712       if ended == @components.length or failed > 0
 713         @instance[:state] = success ? 'Complete' : 'Failed'
 714       end
 715     end
 716
 717     if @instance[:finished_at].nil? and ['Complete', 'Failed'].include? @instance[:state]
 718       @instance[:finished_at] = Time.now
 719     end
 720
 721     debuglog "pipeline instance state is #{@instance[:state]}"
 722
 723     # set components_summary
 724     components_summary = {"todo" => @components.length - ended, "done" => succeeded, "failed" => failed}
 725     @instance[:components_summary] = components_summary
 726
 727     @instance.save
 728   end
 729
 730   def cleanup
 731     if @instance and @instance[:state] == 'RunningOnClient'
 732       @instance[:state] = 'Paused'
 733       @instance.save
 734     end
 735   end
 736
 737   def uuid
 738     @instance[:uuid]
 739   end
 740
 741   protected
 742
 743   def report_status
 744     @instance.save
 745
 746     if @options[:status_json] != '/dev/null'
 747       File.open(@options[:status_json], 'w') do |f|
 748         f.puts @components.pretty_inspect
 749       end
 750     end
 751
 752     if @options[:status_text] != '/dev/null'
 753       File.open(@options[:status_text], 'w') do |f|
 754         f.puts ""
 755         f.puts "#{Time.now} -- pipeline_instance #{@instance[:uuid]}"
 756         namewidth = @components.collect { |cname, c| cname.size }.max
 757         @components.each do |cname, c|
 758           jstatus = if !c[:job]
 759                       "-"
 760                     elsif c[:job][:running]
 761                       "#{c[:job][:tasks_summary].inspect}"
 762                     elsif c[:job][:success]
 763                       c[:job][:output]
 764                     elsif c[:job][:cancelled_at]
 765                       "cancelled #{c[:job][:cancelled_at]}"
 766                     elsif c[:job][:finished_at]
 767                       "failed #{c[:job][:finished_at]}"
 768                     elsif c[:job][:started_at]
 769                       "started #{c[:job][:started_at]}"
 770                     elsif c[:job][:is_locked_by_uuid]
 771                       "starting #{c[:job][:started_at]}"
 772                     else
 773                       "queued #{c[:job][:created_at]}"
 774                     end
 775           f.puts "#{cname.to_s.ljust namewidth} #{c[:job] ? c[:job][:uuid] : '-'.ljust(27)} #{jstatus}"
 776         end
 777       end
 778     end
 779   end
 780
 781   def abort(msg)
 782     if @instance
 783       if ["New", "Ready", "RunningOnClient",
 784           "RunningOnServer"].include?(@instance[:state])
 785         @instance[:state] = "Failed"
 786         @instance[:finished_at] = Time.now
 787         @instance.save
 788       end
 789       @instance.log_stderr(msg)
 790     end
 791     Kernel::abort(msg)
 792   end
 793 end
 794
 795 runner = WhRunPipelineInstance.new($options)
 796 begin
 797   if $options[:template]
 798     runner.fetch_template($options[:template])
 799   else
 800     runner.fetch_instance($options[:instance])
 801   end
 802   runner.apply_parameters(p.leftovers)
 803   runner.setup_instance
 804   if $options[:submit]
 805     runner.instance.save
 806     puts runner.instance[:uuid]
 807   else
 808     runner.run
 809   end
 810 rescue Exception => e
 811   runner.cleanup
 812   raise e
 813 end