sdk/python/arvados/commands/keepdocker.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import argparse
   4 import collections
   5 import datetime
   6 import errno
   7 import json
   8 import os
   9 import subprocess
  10 import sys
  11 import tarfile
  12 import tempfile
  13 import _strptime
  14
  15 from operator import itemgetter
  16 from stat import *
  17
  18 import arvados
  19 import arvados.util
  20 import arvados.commands._util as arv_cmd
  21 import arvados.commands.put as arv_put
  22 import ciso8601
  23
  24 EARLIEST_DATETIME = datetime.datetime(datetime.MINYEAR, 1, 1, 0, 0, 0)
  25 STAT_CACHE_ERRORS = (IOError, OSError, ValueError)
  26
  27 DockerImage = collections.namedtuple(
  28     'DockerImage', ['repo', 'tag', 'hash', 'created', 'vsize'])
  29
  30 keepdocker_parser = argparse.ArgumentParser(add_help=False)
  31 keepdocker_parser.add_argument(
  32     '-f', '--force', action='store_true', default=False,
  33     help="Re-upload the image even if it already exists on the server")
  34
  35 _group = keepdocker_parser.add_mutually_exclusive_group()
  36 _group.add_argument(
  37     '--pull', action='store_true', default=False,
  38     help="Try to pull the latest image from Docker registry")
  39 _group.add_argument(
  40     '--no-pull', action='store_false', dest='pull',
  41     help="Use locally installed image only, don't pull image from Docker registry (default)")
  42
  43 keepdocker_parser.add_argument(
  44     'image', nargs='?',
  45     help="Docker image to upload, as a repository name or hash")
  46 keepdocker_parser.add_argument(
  47     'tag', nargs='?', default='latest',
  48     help="Tag of the Docker image to upload (default 'latest')")
  49
  50 # Combine keepdocker options listed above with run_opts options of arv-put.
  51 # The options inherited from arv-put include --name, --project-uuid,
  52 # --progress/--no-progress/--batch-progress and --resume/--no-resume.
  53 arg_parser = argparse.ArgumentParser(
  54         description="Upload or list Docker images in Arvados",
  55         parents=[keepdocker_parser, arv_put.run_opts, arv_cmd.retry_opt])
  56
  57 class DockerError(Exception):
  58     pass
  59
  60
  61 def popen_docker(cmd, *args, **kwargs):
  62     manage_stdin = ('stdin' not in kwargs)
  63     kwargs.setdefault('stdin', subprocess.PIPE)
  64     kwargs.setdefault('stdout', sys.stderr)
  65     try:
  66         docker_proc = subprocess.Popen(['docker.io'] + cmd, *args, **kwargs)
  67     except OSError:  # No docker.io in $PATH
  68         docker_proc = subprocess.Popen(['docker'] + cmd, *args, **kwargs)
  69     if manage_stdin:
  70         docker_proc.stdin.close()
  71     return docker_proc
  72
  73 def check_docker(proc, description):
  74     proc.wait()
  75     if proc.returncode != 0:
  76         raise DockerError("docker {} returned status code {}".
  77                           format(description, proc.returncode))
  78
  79 def docker_images():
  80     # Yield a DockerImage tuple for each installed image.
  81     list_proc = popen_docker(['images', '--no-trunc'], stdout=subprocess.PIPE)
  82     list_output = iter(list_proc.stdout)
  83     next(list_output)  # Ignore the header line
  84     for line in list_output:
  85         words = line.split()
  86         size_index = len(words) - 2
  87         repo, tag, imageid = words[:3]
  88         ctime = ' '.join(words[3:size_index])
  89         vsize = ' '.join(words[size_index:])
  90         yield DockerImage(repo, tag, imageid, ctime, vsize)
  91     list_proc.stdout.close()
  92     check_docker(list_proc, "images")
  93
  94 def find_image_hashes(image_search, image_tag=None):
  95     # Given one argument, search for Docker images with matching hashes,
  96     # and return their full hashes in a set.
  97     # Given two arguments, also search for a Docker image with the
  98     # same repository and tag.  If one is found, return its hash in a
  99     # set; otherwise, fall back to the one-argument hash search.
 100     # Returns None if no match is found, or a hash search is ambiguous.
 101     hash_search = image_search.lower()
 102     hash_matches = set()
 103     for image in docker_images():
 104         if (image.repo == image_search) and (image.tag == image_tag):
 105             return set([image.hash])
 106         elif image.hash.startswith(hash_search):
 107             hash_matches.add(image.hash)
 108     return hash_matches
 109
 110 def find_one_image_hash(image_search, image_tag=None):
 111     hashes = find_image_hashes(image_search, image_tag)
 112     hash_count = len(hashes)
 113     if hash_count == 1:
 114         return hashes.pop()
 115     elif hash_count == 0:
 116         raise DockerError("no matching image found")
 117     else:
 118         raise DockerError("{} images match {}".format(hash_count, image_search))
 119
 120 def stat_cache_name(image_file):
 121     return getattr(image_file, 'name', image_file) + '.stat'
 122
 123 def pull_image(image_name, image_tag):
 124     check_docker(popen_docker(['pull', '{}:{}'.format(image_name, image_tag)]),
 125                  "pull")
 126
 127 def save_image(image_hash, image_file):
 128     # Save the specified Docker image to image_file, then try to save its
 129     # stats so we can try to resume after interruption.
 130     check_docker(popen_docker(['save', image_hash], stdout=image_file),
 131                  "save")
 132     image_file.flush()
 133     try:
 134         with open(stat_cache_name(image_file), 'w') as statfile:
 135             json.dump(tuple(os.fstat(image_file.fileno())), statfile)
 136     except STAT_CACHE_ERRORS:
 137         pass  # We won't resume from this cache.  No big deal.
 138
 139 def prep_image_file(filename):
 140     # Return a file object ready to save a Docker image,
 141     # and a boolean indicating whether or not we need to actually save the
 142     # image (False if a cached save is available).
 143     cache_dir = arv_cmd.make_home_conf_dir(
 144         os.path.join('.cache', 'arvados', 'docker'), 0o700)
 145     if cache_dir is None:
 146         image_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.tar')
 147         need_save = True
 148     else:
 149         file_path = os.path.join(cache_dir, filename)
 150         try:
 151             with open(stat_cache_name(file_path)) as statfile:
 152                 prev_stat = json.load(statfile)
 153             now_stat = os.stat(file_path)
 154             need_save = any(prev_stat[field] != now_stat[field]
 155                             for field in [ST_MTIME, ST_SIZE])
 156         except STAT_CACHE_ERRORS + (AttributeError, IndexError):
 157             need_save = True  # We couldn't compare against old stats
 158         image_file = open(file_path, 'w+b' if need_save else 'rb')
 159     return image_file, need_save
 160
 161 def make_link(api_client, num_retries, link_class, link_name, **link_attrs):
 162     link_attrs.update({'link_class': link_class, 'name': link_name})
 163     return api_client.links().create(body=link_attrs).execute(
 164         num_retries=num_retries)
 165
 166 def docker_link_sort_key(link):
 167     """Build a sort key to find the latest available Docker image.
 168
 169     To find one source collection for a Docker image referenced by
 170     name or image id, the API server looks for a link with the most
 171     recent `image_timestamp` property; then the most recent
 172     `created_at` timestamp.  This method generates a sort key for
 173     Docker metadata links to sort them from least to most preferred.
 174     """
 175     try:
 176         image_timestamp = ciso8601.parse_datetime_unaware(
 177             link['properties']['image_timestamp'])
 178     except (KeyError, ValueError):
 179         image_timestamp = EARLIEST_DATETIME
 180     return (image_timestamp,
 181             ciso8601.parse_datetime_unaware(link['created_at']))
 182
 183 def _get_docker_links(api_client, num_retries, **kwargs):
 184     links = arvados.util.list_all(api_client.links().list,
 185                                   num_retries, **kwargs)
 186     for link in links:
 187         link['_sort_key'] = docker_link_sort_key(link)
 188     links.sort(key=itemgetter('_sort_key'), reverse=True)
 189     return links
 190
 191 def _new_image_listing(link, dockerhash, repo='<none>', tag='<none>'):
 192     timestamp_index = 1 if (link['_sort_key'][0] is EARLIEST_DATETIME) else 0
 193     return {
 194         '_sort_key': link['_sort_key'],
 195         'timestamp': link['_sort_key'][timestamp_index],
 196         'collection': link['head_uuid'],
 197         'dockerhash': dockerhash,
 198         'repo': repo,
 199         'tag': tag,
 200         }
 201
 202 def list_images_in_arv(api_client, num_retries, image_name=None, image_tag=None):
 203     """List all Docker images known to the api_client with image_name and
 204     image_tag.  If no image_name is given, defaults to listing all
 205     Docker images.
 206
 207     Returns a list of tuples representing matching Docker images,
 208     sorted in preference order (i.e. the first collection in the list
 209     is the one that the API server would use). Each tuple is a
 210     (collection_uuid, collection_info) pair, where collection_info is
 211     a dict with fields "dockerhash", "repo", "tag", and "timestamp".
 212
 213     """
 214     search_filters = []
 215     repo_links = None
 216     hash_links = None
 217     if image_name:
 218         # Find images with the name the user specified.
 219         search_links = _get_docker_links(
 220             api_client, num_retries,
 221             filters=[['link_class', '=', 'docker_image_repo+tag'],
 222                      ['name', '=',
 223                       '{}:{}'.format(image_name, image_tag or 'latest')]])
 224         if search_links:
 225             repo_links = search_links
 226         else:
 227             # Fall back to finding images with the specified image hash.
 228             search_links = _get_docker_links(
 229                 api_client, num_retries,
 230                 filters=[['link_class', '=', 'docker_image_hash'],
 231                          ['name', 'ilike', image_name + '%']])
 232             hash_links = search_links
 233         # Only list information about images that were found in the search.
 234         search_filters.append(['head_uuid', 'in',
 235                                [link['head_uuid'] for link in search_links]])
 236
 237     # It should be reasonable to expect that each collection only has one
 238     # image hash (though there may be many links specifying this).  Find
 239     # the API server's most preferred image hash link for each collection.
 240     if hash_links is None:
 241         hash_links = _get_docker_links(
 242             api_client, num_retries,
 243             filters=search_filters + [['link_class', '=', 'docker_image_hash']])
 244     hash_link_map = {link['head_uuid']: link for link in reversed(hash_links)}
 245
 246     # Each collection may have more than one name (though again, one name
 247     # may be specified more than once).  Build an image listing from name
 248     # tags, sorted by API server preference.
 249     if repo_links is None:
 250         repo_links = _get_docker_links(
 251             api_client, num_retries,
 252             filters=search_filters + [['link_class', '=',
 253                                        'docker_image_repo+tag']])
 254     seen_image_names = collections.defaultdict(set)
 255     images = []
 256     for link in repo_links:
 257         collection_uuid = link['head_uuid']
 258         if link['name'] in seen_image_names[collection_uuid]:
 259             continue
 260         seen_image_names[collection_uuid].add(link['name'])
 261         try:
 262             dockerhash = hash_link_map[collection_uuid]['name']
 263         except KeyError:
 264             dockerhash = '<unknown>'
 265         name_parts = link['name'].split(':', 1)
 266         images.append(_new_image_listing(link, dockerhash, *name_parts))
 267
 268     # Find any image hash links that did not have a corresponding name link,
 269     # and add image listings for them, retaining the API server preference
 270     # sorting.
 271     images_start_size = len(images)
 272     for collection_uuid, link in hash_link_map.iteritems():
 273         if not seen_image_names[collection_uuid]:
 274             images.append(_new_image_listing(link, link['name']))
 275     if len(images) > images_start_size:
 276         images.sort(key=itemgetter('_sort_key'), reverse=True)
 277
 278     # Remove any image listings that refer to unknown collections.
 279     existing_coll_uuids = {coll['uuid'] for coll in arvados.util.list_all(
 280             api_client.collections().list, num_retries,
 281             filters=[['uuid', 'in', [im['collection'] for im in images]]],
 282             select=['uuid'])}
 283     return [(image['collection'], image) for image in images
 284             if image['collection'] in existing_coll_uuids]
 285
 286 def main(arguments=None):
 287     args = arg_parser.parse_args(arguments)
 288     api = arvados.api('v1')
 289
 290     if args.image is None or args.image == 'images':
 291         fmt = "{:30}  {:10}  {:12}  {:29}  {:20}"
 292         print fmt.format("REPOSITORY", "TAG", "IMAGE ID", "COLLECTION", "CREATED")
 293         for i, j in list_images_in_arv(api, args.retries):
 294             print(fmt.format(j["repo"], j["tag"], j["dockerhash"][0:12], i, j["timestamp"].strftime("%c")))
 295         sys.exit(0)
 296
 297     # Pull the image if requested, unless the image is specified as a hash
 298     # that we already have.
 299     if args.pull and not find_image_hashes(args.image):
 300         pull_image(args.image, args.tag)
 301
 302     try:
 303         image_hash = find_one_image_hash(args.image, args.tag)
 304     except DockerError as error:
 305         print >>sys.stderr, "arv-keepdocker:", error.message
 306         sys.exit(1)
 307
 308     image_repo_tag = '{}:{}'.format(args.image, args.tag) if not image_hash.startswith(args.image.lower()) else None
 309
 310     if args.name is None:
 311         if image_repo_tag:
 312             collection_name = 'Docker image {} {}'.format(image_repo_tag, image_hash[0:12])
 313         else:
 314             collection_name = 'Docker image {}'.format(image_hash[0:12])
 315     else:
 316         collection_name = args.name
 317
 318     if not args.force:
 319         # Check if this image is already in Arvados.
 320
 321         # Project where everything should be owned
 322         if args.project_uuid:
 323             parent_project_uuid = args.project_uuid
 324         else:
 325             parent_project_uuid = api.users().current().execute(
 326                 num_retries=args.retries)['uuid']
 327
 328         # Find image hash tags
 329         existing_links = api.links().list(
 330             filters=[['link_class', '=', 'docker_image_hash'],
 331                      ['name', '=', image_hash]]
 332             ).execute(num_retries=args.retries)['items']
 333         if existing_links:
 334             # get readable collections
 335             collections = api.collections().list(
 336                 filters=[['uuid', 'in', [link['head_uuid'] for link in existing_links]]],
 337                 select=["uuid", "owner_uuid", "name", "manifest_text"]
 338                 ).execute(num_retries=args.retries)['items']
 339
 340             if collections:
 341                 # check for repo+tag links on these collections
 342                 existing_repo_tag = (api.links().list(
 343                     filters=[['link_class', '=', 'docker_image_repo+tag'],
 344                              ['name', '=', image_repo_tag],
 345                              ['head_uuid', 'in', collections]]
 346                     ).execute(num_retries=args.retries)['items']) if image_repo_tag else []
 347
 348                 # Filter on elements owned by the parent project
 349                 owned_col = [c for c in collections if c['owner_uuid'] == parent_project_uuid]
 350                 owned_img = [c for c in existing_links if c['owner_uuid'] == parent_project_uuid]
 351                 owned_rep = [c for c in existing_repo_tag if c['owner_uuid'] == parent_project_uuid]
 352
 353                 if owned_col:
 354                     # already have a collection owned by this project
 355                     coll_uuid = owned_col[0]['uuid']
 356                 else:
 357                     # create new collection owned by the project
 358                     coll_uuid = api.collections().create(
 359                         body={"manifest_text": collections[0]['manifest_text'],
 360                               "name": collection_name,
 361                               "owner_uuid": parent_project_uuid},
 362                         ensure_unique_name=True
 363                         ).execute(num_retries=args.retries)['uuid']
 364
 365                 link_base = {'owner_uuid': parent_project_uuid,
 366                              'head_uuid':  coll_uuid }
 367
 368                 if not owned_img:
 369                     # create image link owned by the project
 370                     make_link(api, args.retries,
 371                               'docker_image_hash', image_hash, **link_base)
 372
 373                 if not owned_rep and image_repo_tag:
 374                     # create repo+tag link owned by the project
 375                     make_link(api, args.retries, 'docker_image_repo+tag',
 376                               image_repo_tag, **link_base)
 377
 378                 print(coll_uuid)
 379
 380                 sys.exit(0)
 381
 382     # Open a file for the saved image, and write it if needed.
 383     outfile_name = '{}.tar'.format(image_hash)
 384     image_file, need_save = prep_image_file(outfile_name)
 385     if need_save:
 386         save_image(image_hash, image_file)
 387
 388     # Call arv-put with switches we inherited from it
 389     # (a.k.a., switches that aren't our own).
 390     put_args = keepdocker_parser.parse_known_args(arguments)[1]
 391
 392     if args.name is None:
 393         put_args += ['--name', collection_name]
 394
 395     coll_uuid = arv_put.main(
 396         put_args + ['--filename', outfile_name, image_file.name]).strip()
 397
 398     # Read the image metadata and make Arvados links from it.
 399     image_file.seek(0)
 400     image_tar = tarfile.open(fileobj=image_file)
 401     json_file = image_tar.extractfile(image_tar.getmember(image_hash + '/json'))
 402     image_metadata = json.load(json_file)
 403     json_file.close()
 404     image_tar.close()
 405     link_base = {'head_uuid': coll_uuid, 'properties': {}}
 406     if 'created' in image_metadata:
 407         link_base['properties']['image_timestamp'] = image_metadata['created']
 408     if args.project_uuid is not None:
 409         link_base['owner_uuid'] = args.project_uuid
 410
 411     make_link(api, args.retries, 'docker_image_hash', image_hash, **link_base)
 412     if image_repo_tag:
 413         make_link(api, args.retries,
 414                   'docker_image_repo+tag', image_repo_tag, **link_base)
 415
 416     # Clean up.
 417     image_file.close()
 418     for filename in [stat_cache_name(image_file), image_file.name]:
 419         try:
 420             os.unlink(filename)
 421         except OSError as error:
 422             if error.errno != errno.ENOENT:
 423                 raise
 424
 425 if __name__ == '__main__':
 426     main()