tools/compute-images/scripts/base.sh

   1 #!/bin/bash -euxo pipefail
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   6
   7 SUDO=sudo
   8
   9 wait_for_apt_locks() {
  10   while $SUDO fuser /var/{lib/{dpkg,apt/lists},cache/apt/archives}/lock >/dev/null 2>&1; do
  11     echo "APT: Waiting for apt/dpkg locks to be released..."
  12     sleep 1
  13   done
  14 }
  15
  16 # Run apt-get update
  17 $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get --yes update
  18
  19 # Install gnupg and dirmgr or gpg key checks will fail
  20 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  21   gnupg \
  22   dirmngr \
  23   lsb-release
  24
  25 # For good measure, apt-get upgrade
  26 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes upgrade
  27
  28 # Make sure cloud-init is installed
  29 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install cloud-init
  30 if [[ ! -d /var/lib/cloud/scripts/per-boot ]]; then
  31   mkdir -p /var/lib/cloud/scripts/per-boot
  32 fi
  33
  34 TMP_LSB=`/usr/bin/lsb_release -c -s`
  35 LSB_RELEASE_CODENAME=${TMP_LSB//[$'\t\r\n ']}
  36
  37 # Add the arvados apt repository
  38 echo "# apt.arvados.org" |$SUDO tee --append /etc/apt/sources.list.d/apt.arvados.org.list
  39 echo "deb http://apt.arvados.org/$LSB_RELEASE_CODENAME $LSB_RELEASE_CODENAME${REPOSUFFIX} main" |$SUDO tee --append /etc/apt/sources.list.d/apt.arvados.org.list
  40
  41 # Add the arvados signing key
  42 cat /tmp/1078ECD7.asc | $SUDO apt-key add -
  43 # Add the debian keys
  44 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get install --yes debian-keyring debian-archive-keyring
  45
  46 # Fix locale
  47 $SUDO /bin/sed -ri 's/# en_US.UTF-8 UTF-8/en_US.UTF-8 UTF-8/' /etc/locale.gen
  48 $SUDO /usr/sbin/locale-gen
  49
  50 # Install some packages we always need
  51 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get --yes update
  52 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  53   openssh-server \
  54   apt-utils \
  55   git \
  56   curl \
  57   libcurl3-gnutls \
  58   libcurl4-openssl-dev \
  59   lvm2 \
  60   cryptsetup \
  61   xfsprogs \
  62   squashfs-tools
  63
  64 # Install the Arvados packages we need
  65 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  66   python3-arvados-fuse \
  67   crunch-run \
  68   arvados-docker-cleaner \
  69   docker.io
  70
  71 # Get Go and build singularity
  72 goversion=1.17.1
  73 mkdir -p /var/lib/arvados
  74 rm -rf /var/lib/arvados/go/
  75 curl -s https://storage.googleapis.com/golang/go${goversion}.linux-amd64.tar.gz | tar -C /var/lib/arvados -xzf -
  76 ln -sf /var/lib/arvados/go/bin/* /usr/local/bin/
  77
  78 singularityversion=3.7.4
  79 curl -Ls https://github.com/sylabs/singularity/archive/refs/tags/v${singularityversion}.tar.gz | tar -C /var/lib/arvados -xzf -
  80 cd /var/lib/arvados/singularity-${singularityversion}
  81
  82 # build dependencies for singularity
  83 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes install \
  84   make build-essential libssl-dev uuid-dev cryptsetup
  85
  86 echo $singularityversion > VERSION
  87 ./mconfig --prefix=/var/lib/arvados
  88 make -C ./builddir
  89 make -C ./builddir install
  90 ln -sf /var/lib/arvados/bin/* /usr/local/bin/
  91
  92 # set `mksquashfs mem` in the singularity config file if it is configured
  93 if [ "$MKSQUASHFS_MEM" != "" ]; then
  94   echo "mksquashfs mem = ${MKSQUASHFS_MEM}" >> /var/lib/arvados/etc/singularity/singularity.conf
  95 fi
  96
  97 # Print singularity version installed
  98 singularity --version
  99
 100 # Remove unattended-upgrades if it is installed
 101 wait_for_apt_locks && $SUDO DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -qq --yes remove unattended-upgrades --purge
 102
 103 # Configure arvados-docker-cleaner
 104 $SUDO mkdir -p /etc/arvados/docker-cleaner
 105 $SUDO echo -e "{\n  \"Quota\": \"10G\",\n  \"RemoveStoppedContainers\": \"always\"\n}" > /etc/arvados/docker-cleaner/docker-cleaner.json
 106
 107 # Enable cgroup accounting
 108 $SUDO sed -i 's/GRUB_CMDLINE_LINUX=""/GRUB_CMDLINE_LINUX="cgroup_enable=memory swapaccount=1"/g' /etc/default/grub
 109 $SUDO update-grub
 110
 111 # Set a higher ulimit and the resolver (if set) for docker
 112 if [ "x$RESOLVER" != "x" ]; then
 113   SET_RESOLVER="--dns ${RESOLVER}"
 114 fi
 115
 116 $SUDO sed "s/ExecStart=\(.*\)/ExecStart=\1 --default-ulimit nofile=10000:10000 ${SET_RESOLVER}/g" \
 117   /lib/systemd/system/docker.service \
 118   > /etc/systemd/system/docker.service
 119
 120 $SUDO systemctl daemon-reload
 121
 122 # docker should not start on boot: we restart it inside /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh,
 123 # and the BootProbeCommand might be "docker ps -q"
 124 $SUDO systemctl disable docker
 125
 126 # Make sure user_allow_other is set in fuse.conf
 127 $SUDO sed -i 's/#user_allow_other/user_allow_other/g' /etc/fuse.conf
 128
 129 # Add crunch user with sudo powers
 130 $SUDO adduser --disabled-password --gecos "Crunch user,,,," crunch
 131 # Do not require a password to sudo
 132 echo -e "# for the crunch user\ncrunch ALL=(ALL) NOPASSWD:ALL" | $SUDO tee /etc/sudoers.d/91-crunch
 133
 134 # Set up the ssh public key for the crunch user
 135 $SUDO mkdir /home/crunch/.ssh
 136 $SUDO mv /tmp/crunch-authorized_keys /home/crunch/.ssh/authorized_keys
 137 $SUDO chown -R crunch:crunch /home/crunch/.ssh
 138 $SUDO chmod 600 /home/crunch/.ssh/authorized_keys
 139 $SUDO chmod 700 /home/crunch/.ssh/
 140
 141 # Make sure we resolve via the provided resolver IP if set. Prepending is good enough because
 142 # unless 'rotate' is set, the nameservers are queried in order (cf. man resolv.conf)
 143 if [ "x$RESOLVER" != "x" ]; then
 144   $SUDO sed -i "s/#prepend domain-name-servers 127.0.0.1;/prepend domain-name-servers ${RESOLVER};/" /etc/dhcp/dhclient.conf
 145 fi
 146 # Set up the cloud-init script that will ensure encrypted disks
 147 $SUDO mv /tmp/usr-local-bin-ensure-encrypted-partitions.sh /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 148 $SUDO chmod 755 /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 149 $SUDO chown root:root /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh
 150 $SUDO mv /tmp/etc-cloud-cloud.cfg.d-07_compute_arvados_dispatch_cloud.cfg /etc/cloud/cloud.cfg.d/07_compute_arvados_dispatch_cloud.cfg
 151 $SUDO chown root:root /etc/cloud/cloud.cfg.d/07_compute_arvados_dispatch_cloud.cfg
 152
 153 if [ "$NVIDIA_GPU_SUPPORT" == "1" ]; then
 154   # $DIST should not have a dot if there is one in /etc/os-release (e.g. 18.04)
 155   DIST=$(. /etc/os-release; echo $ID$VERSION_ID | tr -d '.')
 156   # We need a kernel and matching headers
 157   if [[ "$DIST" =~ ^debian ]]; then
 158     $SUDO apt-get -y install linux-image-cloud-amd64 linux-headers-cloud-amd64
 159   elif [ "$CLOUD" == "azure" ]; then
 160     $SUDO apt-get -y install linux-image-azure linux-headers-azure
 161   elif [ "$CLOUD" == "aws" ]; then
 162     $SUDO apt-get -y install linux-image-aws linux-headers-aws
 163   fi
 164
 165   # Install CUDA
 166   $SUDO apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/$DIST/x86_64/7fa2af80.pub
 167   $SUDO apt-get -y install software-properties-common
 168   $SUDO add-apt-repository "deb https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/$DIST/x86_64/ /"
 169   $SUDO add-apt-repository contrib
 170   $SUDO apt-get update
 171   $SUDO apt-get -y install cuda
 172
 173   # Install libnvidia-container, the tooling for Docker/Singularity
 174   curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/gpgkey | \
 175     $SUDO apt-key add -
 176   if [ "$DIST" == "debian11" ]; then
 177     # As of 2021-12-16 libnvidia-container and friends are only available for
 178     # Debian 10, not yet Debian 11. Install experimental rc1 package as per this
 179     # workaround:
 180     # https://github.com/NVIDIA/nvidia-docker/issues/1549#issuecomment-989670662
 181     curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/debian10/libnvidia-container.list | \
 182       $SUDO tee /etc/apt/sources.list.d/libnvidia-container.list
 183     $SUDO sed -i -e '/experimental/ s/^#//g' /etc/apt/sources.list.d/libnvidia-container.list
 184   else
 185     # here, $DIST should have a dot if there is one in /etc/os-release (e.g. 18.04)...
 186     DIST=$(. /etc/os-release; echo $ID$VERSION_ID)
 187     curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/$DIST/libnvidia-container.list | \
 188       $SUDO tee /etc/apt/sources.list.d/libnvidia-container.list
 189   fi
 190
 191   if [ "$DIST" == "debian10" ]; then
 192     # Debian 10 comes with Docker 18.xx, we need 19.03 or later
 193     curl -fsSL https://download.docker.com/linux/debian/gpg | $SUDO gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg
 194     echo deb [arch=amd64 signed-by=/usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg] https://download.docker.com/linux/debian/ buster stable | \
 195       $SUDO tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list
 196     $SUDO apt-get update
 197     $SUDO apt-get -yq --no-install-recommends install docker-ce=5:19.03.15~3-0~debian-buster
 198
 199     $SUDO sed "s/ExecStart=\(.*\)/ExecStart=\1 --default-ulimit nofile=10000:10000 ${SET_RESOLVER}/g" \
 200       /lib/systemd/system/docker.service \
 201       > /etc/systemd/system/docker.service
 202
 203     $SUDO systemctl daemon-reload
 204
 205     # docker should not start on boot: we restart it inside /usr/local/bin/ensure-encrypted-partitions.sh,
 206     # and the BootProbeCommand might be "docker ps -q"
 207     $SUDO systemctl disable docker
 208   fi
 209   $SUDO apt-get update
 210   $SUDO apt-get -y install libnvidia-container1 libnvidia-container-tools nvidia-container-toolkit
 211 fi
 212
 213 $SUDO apt-get clean