sdk/cli/arv

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Arvados cli client
   4 #
   5 # Ward Vandewege <ward@clinicalfuture.com>
   6
   7 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
   8   abort <<-EOS
   9 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
  10   EOS
  11 end
  12
  13 ENV['ARVADOS_API_VERSION'] ||= 'v1'
  14
  15 if not ENV.include?('ARVADOS_API_HOST') or not ENV.include?('ARVADOS_API_TOKEN') then
  16   abort <<-EOS
  17 ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN need to be defined as environment variables.
  18   EOS
  19 end
  20
  21 begin
  22   require 'rubygems'
  23   require 'google/api_client'
  24   require 'json'
  25   require 'pp'
  26   require 'trollop'
  27   require 'andand'
  28   require 'oj'
  29   require 'active_support/inflector'
  30 rescue LoadError
  31   abort <<-EOS
  32
  33 Please install all required gems:
  34
  35   gem install google-api-client json trollop andand oj activesupport
  36
  37   EOS
  38 end
  39
  40 ActiveSupport::Inflector.inflections do |inflect|
  41   inflect.irregular 'specimen', 'specimens'
  42   inflect.irregular 'human', 'humans'
  43 end
  44
  45 module Kernel
  46   def suppress_warnings
  47     original_verbosity = $VERBOSE
  48     $VERBOSE = nil
  49     result = yield
  50     $VERBOSE = original_verbosity
  51     return result
  52   end
  53 end
  54
  55 # do this if you're testing with a dev server and you don't care about SSL certificate checks:
  56 if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
  57   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
  58 end
  59
  60 class Google::APIClient
  61  def discovery_document(api, version)
  62   api = api.to_s
  63   return @discovery_documents["#{api}:#{version}"] ||= (begin
  64     response = self.execute!(
  65       :http_method => :get,
  66       :uri => self.discovery_uri(api, version),
  67       :authenticated => false
  68     )
  69     response.body.class == String ? JSON.parse(response.body) : response.body
  70   end)
  71  end
  72 end
  73
  74 client = Google::APIClient.new(:host => ENV['ARVADOS_API_HOST'], :application_name => 'arvados-cli', :application_version => '1.0')
  75 arvados = client.discovered_api('arvados', ENV['ARVADOS_API_VERSION'])
  76
  77 def to_boolean(s)
  78   !!(s =~ /^(true|t|yes|y|1)$/i)
  79 end
  80
  81 def parse_arguments(discovery_document)
  82   resource_types = Array.new()
  83   resource_types << '--help'
  84   discovery_document["resources"].each do |k,v|
  85     resource_types << k.singularize
  86   end
  87
  88   global_opts = Trollop::options do
  89     banner "arvados cli client"
  90     opt :dry_run, "Don't actually do anything", :short => "-n"
  91     opt :verbose, "Print some things on stderr", :short => "-v"
  92     opt :uuid, "Return the UUIDs of the objects in the response, one per line (default)", :short => nil
  93     opt :json, "Return the entire response received from the API server, as a JSON object", :short => "-j"
  94     opt :human, "Return the response received from the API server, as a JSON object with whitespace added for human consumption", :short => "-h"
  95     opt :pretty, "Synonym of --human", :short => nil
  96     stop_on resource_types
  97   end
  98
  99   # get the subcommand
 100   resource_arg = ARGV.shift
 101   if resource_types.include?(resource_arg) and resource_arg != '--help' then
 102     # subcommand exists
 103     # Now see if the method supplied exists
 104     method = ARGV.shift
 105     if discovery_document["resources"][resource_arg.pluralize]["methods"].include?(method) then
 106       # method exists. Collect arguments.
 107       discovered_params = discovery_document["resources"][resource_arg.pluralize]["methods"][method]["parameters"]
 108       method_opts = Trollop::options do
 109         discovered_params.each do |k,v|
 110           opts = Hash.new()
 111           opts[:type] = v["type"].to_sym if v.include?("type")
 112           if [:datetime, :text, :object].index opts[:type]
 113             opts[:type] = :string                       # else trollop bork
 114           end
 115           opts[:default] = v["default"] if v.include?("default")
 116           opts[:default] = v["default"].to_i if opts[:type] == :integer
 117           opts[:default] = to_boolean(v["default"]) if opts[:type] == :boolean
 118           opts[:required] = true if v.include?("required") and v["required"]
 119           description = ''
 120           description = '  ' + v["description"] if v.include?("description")
 121           opt k.to_sym, description, opts
 122         end
 123       end
 124       discovered_params.each do |k,v|
 125         if v["type"] == "object" and method_opts.has_key? k
 126           method_opts[k] = JSON.parse method_opts[k]
 127         end
 128       end
 129     else
 130       banner = "\nThis resource type supports the following methods:\n\n"
 131       discovery_document["resources"][resource_arg.pluralize]["methods"].each do |k,v|
 132         description = ''
 133         description = '  ' + v["description"] if v.include?("description")
 134         banner += "   #{sprintf("%20s",k)}#{description}\n"
 135       end
 136       banner += "\n"
 137
 138       STDERR.puts banner
 139
 140       if not method.nil? and method != '--help' then
 141         Trollop::die "Unknown method #{method.to_s} for command #{resource_arg.to_s}"
 142       else
 143         exit 255
 144       end
 145
 146     end
 147
 148   else
 149     banner = "\nThis Arvados instance supports the following resource types:\n\n"
 150     discovery_document["resources"].each do |k,v|
 151       description = ''
 152       if discovery_document["schemas"].include?(k.singularize.capitalize) and
 153          discovery_document["schemas"][k.singularize.capitalize].include?('description') then
 154         description = '  ' + discovery_document["schemas"][k.singularize.capitalize]["description"]
 155       end
 156       banner += "   #{sprintf("%30s",k.singularize)}#{description}\n"
 157     end
 158     banner += "\n"
 159
 160     STDERR.puts banner
 161
 162     if not resource_arg.nil? and resource_arg != '--help' then
 163       Trollop::die "Unknown resource type #{resource_arg.inspect}"
 164     else
 165       exit 255
 166     end
 167   end
 168
 169   return resource_arg.pluralize, method, method_opts, global_opts, ARGV
 170 end
 171
 172 controller, method, method_opts, global_opts, remaining_opts = parse_arguments(arvados.discovery_document)
 173
 174 api_method = 'arvados.' + controller + '.' + method
 175
 176 if global_opts[:dry_run]
 177   if global_opts[:verbose]
 178     $stderr.puts "#{api_method} #{method_opts.inspect}"
 179   end
 180   exit
 181 end
 182
 183 result = client.execute :api_method => eval(api_method), :parameters => { :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] }.merge(method_opts), :authenticated => false
 184 results = JSON.parse result.body
 185
 186 if results["errors"] then
 187   abort "Error: #{results["errors"][0]}"
 188 end
 189
 190 if global_opts[:human] or global_opts[:pretty] then
 191   puts Oj.dump(results, :indent => 1)
 192 elsif global_opts[:json] then
 193   puts Oj.dump(results)
 194 elsif results["items"] and results["kind"].match /list$/i
 195   results['items'].each do |i| puts i['uuid'] end
 196 else
 197   puts results['uuid']
 198 end