services/fuse/arvados_fuse/__init__.py

   1 #
   2 # FUSE driver for Arvados Keep
   3 #
   4
   5 import os
   6 import sys
   7 import llfuse
   8 from llfuse import FUSEError
   9 import errno
  10 import stat
  11 import threading
  12 import arvados
  13 import pprint
  14 import arvados.events
  15 import re
  16 import apiclient
  17 import json
  18 import logging
  19 import time
  20 import calendar
  21 import threading
  22 from arvados.util import portable_data_hash_pattern, uuid_pattern, collection_uuid_pattern, group_uuid_pattern, user_uuid_pattern, link_uuid_pattern
  23
  24 _logger = logging.getLogger('arvados.arvados_fuse')
  25
  26 class SafeApi(object):
  27     '''Threadsafe wrapper for API object.  This stores and returns a different api
  28     object per thread, because httplib2 which underlies apiclient is not
  29     threadsafe.
  30     '''
  31
  32     def __init__(self, config):
  33         self.host = config.get('ARVADOS_API_HOST')
  34         self.api_token = config.get('ARVADOS_API_TOKEN')
  35         self.insecure = config.flag_is_true('ARVADOS_API_HOST_INSECURE')
  36         self.local = threading.local()
  37         self.block_cache = arvados.KeepBlockCache()
  38
  39     def localapi(self):
  40         if 'api' not in self.local.__dict__:
  41             self.local.api = arvados.api('v1', False, self.host,
  42                                          self.api_token, self.insecure)
  43         return self.local.api
  44
  45     def localkeep(self):
  46         if 'keep' not in self.local.__dict__:
  47             self.local.keep = arvados.KeepClient(api_client=self.localapi(), block_cache=self.block_cache)
  48         return self.local.keep
  49
  50     def __getattr__(self, name):
  51         # Proxy nonexistent attributes to the local API client.
  52         try:
  53             return getattr(self.localapi(), name)
  54         except AttributeError:
  55             return super(SafeApi, self).__getattr__(name)
  56
  57
  58 def convertTime(t):
  59     '''Parse Arvados timestamp to unix time.'''
  60     try:
  61         return calendar.timegm(time.strptime(t, "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ"))
  62     except (TypeError, ValueError):
  63         return 0
  64
  65 def sanitize_filename(dirty):
  66     '''Remove troublesome characters from filenames.'''
  67     # http://www.dwheeler.com/essays/fixing-unix-linux-filenames.html
  68     if dirty is None:
  69         return None
  70
  71     fn = ""
  72     for c in dirty:
  73         if (c >= '\x00' and c <= '\x1f') or c == '\x7f' or c == '/':
  74             # skip control characters and /
  75             continue
  76         fn += c
  77
  78     # strip leading - or ~ and leading/trailing whitespace
  79     stripped = fn.lstrip("-~ ").rstrip()
  80     if len(stripped) > 0:
  81         return stripped
  82     else:
  83         return None
  84
  85
  86 class FreshBase(object):
  87     '''Base class for maintaining fresh/stale state to determine when to update.'''
  88     def __init__(self):
  89         self._stale = True
  90         self._poll = False
  91         self._last_update = time.time()
  92         self._atime = time.time()
  93         self._poll_time = 60
  94
  95     # Mark the value as stale
  96     def invalidate(self):
  97         self._stale = True
  98
  99     # Test if the entries dict is stale.
 100     def stale(self):
 101         if self._stale:
 102             return True
 103         if self._poll:
 104             return (self._last_update + self._poll_time) < self._atime
 105         return False
 106
 107     def fresh(self):
 108         self._stale = False
 109         self._last_update = time.time()
 110
 111     def atime(self):
 112         return self._atime
 113
 114 class File(FreshBase):
 115     '''Base for file objects.'''
 116
 117     def __init__(self, parent_inode, _mtime=0):
 118         super(File, self).__init__()
 119         self.inode = None
 120         self.parent_inode = parent_inode
 121         self._mtime = _mtime
 122
 123     def size(self):
 124         return 0
 125
 126     def readfrom(self, off, size):
 127         return ''
 128
 129     def mtime(self):
 130         return self._mtime
 131
 132
 133 class StreamReaderFile(File):
 134     '''Wraps a StreamFileReader as a file.'''
 135
 136     def __init__(self, parent_inode, reader, _mtime):
 137         super(StreamReaderFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 138         self.reader = reader
 139
 140     def size(self):
 141         return self.reader.size()
 142
 143     def readfrom(self, off, size):
 144         return self.reader.readfrom(off, size)
 145
 146     def stale(self):
 147         return False
 148
 149
 150 class StringFile(File):
 151     '''Wrap a simple string as a file'''
 152     def __init__(self, parent_inode, contents, _mtime):
 153         super(StringFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 154         self.contents = contents
 155
 156     def size(self):
 157         return len(self.contents)
 158
 159     def readfrom(self, off, size):
 160         return self.contents[off:(off+size)]
 161
 162
 163 class ObjectFile(StringFile):
 164     '''Wrap a dict as a serialized json object.'''
 165
 166     def __init__(self, parent_inode, obj):
 167         super(ObjectFile, self).__init__(parent_inode, "", 0)
 168         self.uuid = obj['uuid']
 169         self.update(obj)
 170
 171     def update(self, obj):
 172         self._mtime = convertTime(obj['modified_at']) if 'modified_at' in obj else 0
 173         self.contents = json.dumps(obj, indent=4, sort_keys=True) + "\n"
 174
 175
 176 class Directory(FreshBase):
 177     '''Generic directory object, backed by a dict.
 178     Consists of a set of entries with the key representing the filename
 179     and the value referencing a File or Directory object.
 180     '''
 181
 182     def __init__(self, parent_inode):
 183         super(Directory, self).__init__()
 184
 185         '''parent_inode is the integer inode number'''
 186         self.inode = None
 187         if not isinstance(parent_inode, int):
 188             raise Exception("parent_inode should be an int")
 189         self.parent_inode = parent_inode
 190         self._entries = {}
 191         self._mtime = time.time()
 192
 193     #  Overriden by subclasses to implement logic to update the entries dict
 194     #  when the directory is stale
 195     def update(self):
 196         pass
 197
 198     # Only used when computing the size of the disk footprint of the directory
 199     # (stub)
 200     def size(self):
 201         return 0
 202
 203     def checkupdate(self):
 204         if self.stale():
 205             try:
 206                 self.update()
 207             except apiclient.errors.HttpError as e:
 208                 _logger.debug(e)
 209
 210     def __getitem__(self, item):
 211         self.checkupdate()
 212         return self._entries[item]
 213
 214     def items(self):
 215         self.checkupdate()
 216         return self._entries.items()
 217
 218     def __iter__(self):
 219         self.checkupdate()
 220         return self._entries.iterkeys()
 221
 222     def __contains__(self, k):
 223         self.checkupdate()
 224         return k in self._entries
 225
 226     def merge(self, items, fn, same, new_entry):
 227         '''Helper method for updating the contents of the directory.  Takes a list
 228         describing the new contents of the directory, reuse entries that are
 229         the same in both the old and new lists, create new entries, and delete
 230         old entries missing from the new list.
 231
 232         items: iterable with new directory contents
 233
 234         fn: function to take an entry in 'items' and return the desired file or
 235         directory name, or None if this entry should be skipped
 236
 237         same: function to compare an existing entry (a File or Directory
 238         object) with an entry in the items list to determine whether to keep
 239         the existing entry.
 240
 241         new_entry: function to create a new directory entry (File or Directory
 242         object) from an entry in the items list.
 243
 244         '''
 245
 246         oldentries = self._entries
 247         self._entries = {}
 248         changed = False
 249         for i in items:
 250             name = sanitize_filename(fn(i))
 251             if name:
 252                 if name in oldentries and same(oldentries[name], i):
 253                     # move existing directory entry over
 254                     self._entries[name] = oldentries[name]
 255                     del oldentries[name]
 256                 else:
 257                     # create new directory entry
 258                     ent = new_entry(i)
 259                     if ent is not None:
 260                         self._entries[name] = self.inodes.add_entry(ent)
 261                         changed = True
 262
 263         # delete any other directory entries that were not in found in 'items'
 264         for i in oldentries:
 265             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(i))
 266             self.inodes.del_entry(oldentries[i])
 267             changed = True
 268
 269         if changed:
 270             self._mtime = time.time()
 271
 272         self.fresh()
 273
 274     def clear(self):
 275         '''Delete all entries'''
 276         oldentries = self._entries
 277         self._entries = {}
 278         for n in oldentries:
 279             if isinstance(n, Directory):
 280                 n.clear()
 281             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(n))
 282             self.inodes.del_entry(oldentries[n])
 283         self.invalidate()
 284
 285     def mtime(self):
 286         return self._mtime
 287
 288
 289 class CollectionDirectory(Directory):
 290     '''Represents the root of a directory tree holding a collection.'''
 291
 292     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, collection):
 293         super(CollectionDirectory, self).__init__(parent_inode)
 294         self.inodes = inodes
 295         self.api = api
 296         self.num_retries = num_retries
 297         self.collection_object_file = None
 298         self.collection_object = None
 299         if isinstance(collection, dict):
 300             self.collection_locator = collection['uuid']
 301         else:
 302             self.collection_locator = collection
 303
 304     def same(self, i):
 305         return i['uuid'] == self.collection_locator or i['portable_data_hash'] == self.collection_locator
 306
 307     def new_collection(self, new_collection_object):
 308         self.collection_object = new_collection_object
 309
 310         if self.collection_object_file is not None:
 311             self.collection_object_file.update(self.collection_object)
 312
 313         self.clear()
 314         collection = arvados.CollectionReader(
 315             self.collection_object["manifest_text"], self.api,
 316             self.api.localkeep(), num_retries=self.num_retries)
 317         for s in collection.all_streams():
 318             cwd = self
 319             for part in s.name().split('/'):
 320                 if part != '' and part != '.':
 321                     partname = sanitize_filename(part)
 322                     if partname not in cwd._entries:
 323                         cwd._entries[partname] = self.inodes.add_entry(Directory(cwd.inode))
 324                     cwd = cwd._entries[partname]
 325             for k, v in s.files().items():
 326                 cwd._entries[sanitize_filename(k)] = self.inodes.add_entry(StreamReaderFile(cwd.inode, v, self.mtime()))
 327
 328     def update(self):
 329         try:
 330             if self.collection_object is not None and portable_data_hash_pattern.match(self.collection_locator):
 331                 return True
 332
 333             with llfuse.lock_released:
 334                 new_collection_object = self.api.collections().get(
 335                     uuid=self.collection_locator
 336                     ).execute(num_retries=self.num_retries)
 337                 if "portable_data_hash" not in new_collection_object:
 338                     new_collection_object["portable_data_hash"] = new_collection_object["uuid"]
 339             # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 340
 341             if self.collection_object is None or self.collection_object["portable_data_hash"] != new_collection_object["portable_data_hash"]:
 342                 self.new_collection(new_collection_object)
 343
 344             self.fresh()
 345             return True
 346         except apiclient.errors.HttpError as e:
 347             if e.resp.status == 404:
 348                 _logger.warn("arv-mount %s: not found", self.collection_locator)
 349             else:
 350                 _logger.error("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 351                 _logger.exception(detail)
 352         except arvados.errors.ArgumentError as detail:
 353             _logger.warning("arv-mount %s: error %s", self.collection_locator, detail)
 354             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 355                 _logger.warning("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 356         except Exception as detail:
 357             _logger.error("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 358             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 359                 _logger.error("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 360             _logger.exception(detail)
 361         return False
 362
 363     def __getitem__(self, item):
 364         self.checkupdate()
 365         if item == '.arvados#collection':
 366             if self.collection_object_file is None:
 367                 self.collection_object_file = ObjectFile(self.inode, self.collection_object)
 368                 self.inodes.add_entry(self.collection_object_file)
 369             return self.collection_object_file
 370         else:
 371             return super(CollectionDirectory, self).__getitem__(item)
 372
 373     def __contains__(self, k):
 374         if k == '.arvados#collection':
 375             return True
 376         else:
 377             return super(CollectionDirectory, self).__contains__(k)
 378
 379     def mtime(self):
 380         self.checkupdate()
 381         return convertTime(self.collection_object["modified_at"]) if self.collection_object is not None and 'modified_at' in self.collection_object else 0
 382
 383
 384 class MagicDirectory(Directory):
 385     '''A special directory that logically contains the set of all extant keep
 386     locators.  When a file is referenced by lookup(), it is tested to see if it
 387     is a valid keep locator to a manifest, and if so, loads the manifest
 388     contents as a subdirectory of this directory with the locator as the
 389     directory name.  Since querying a list of all extant keep locators is
 390     impractical, only collections that have already been accessed are visible
 391     to readdir().
 392     '''
 393
 394     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries):
 395         super(MagicDirectory, self).__init__(parent_inode)
 396         self.inodes = inodes
 397         self.api = api
 398         self.num_retries = num_retries
 399         # Have to defer creating readme_file because at this point we don't
 400         # yet have an inode assigned.
 401         self.readme_file = None
 402
 403     def create_readme(self):
 404         if self.readme_file is None:
 405             text = '''This directory provides access to Arvados collections as subdirectories listed
 406 by uuid (in the form 'zzzzz-4zz18-1234567890abcde') or portable data hash (in
 407 the form '1234567890abcdefghijklmnopqrstuv+123').
 408
 409 Note that this directory will appear empty until you attempt to access a
 410 specific collection subdirectory (such as trying to 'cd' into it), at which
 411 point the collection will actually be looked up on the server and the directory
 412 will appear if it exists.
 413 '''
 414             self.readme_file = self.inodes.add_entry(StringFile(self.inode, text, time.time()))
 415             self._entries["README"] = self.readme_file
 416
 417     def __contains__(self, k):
 418         self.create_readme()
 419
 420         if k in self._entries:
 421             return True
 422
 423         if not portable_data_hash_pattern.match(k) and not uuid_pattern.match(k):
 424             return False
 425
 426         try:
 427             e = self.inodes.add_entry(CollectionDirectory(
 428                     self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, k))
 429             if e.update():
 430                 self._entries[k] = e
 431                 return True
 432             else:
 433                 return False
 434         except Exception as e:
 435             _logger.debug('arv-mount exception keep %s', e)
 436             return False
 437
 438     def items(self):
 439         self.create_readme()
 440         return self._entries.items()
 441
 442     def __getitem__(self, item):
 443         if item in self:
 444             return self._entries[item]
 445         else:
 446             raise KeyError("No collection with id " + item)
 447
 448
 449 class RecursiveInvalidateDirectory(Directory):
 450     def invalidate(self):
 451         if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 452             llfuse.lock.acquire()
 453         try:
 454             super(RecursiveInvalidateDirectory, self).invalidate()
 455             for a in self._entries:
 456                 self._entries[a].invalidate()
 457         except Exception as e:
 458             _logger.exception(e)
 459         finally:
 460             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 461                 llfuse.lock.release()
 462
 463
 464 class TagsDirectory(RecursiveInvalidateDirectory):
 465     '''A special directory that contains as subdirectories all tags visible to the user.'''
 466
 467     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, poll_time=60):
 468         super(TagsDirectory, self).__init__(parent_inode)
 469         self.inodes = inodes
 470         self.api = api
 471         self.num_retries = num_retries
 472         self._poll = True
 473         self._poll_time = poll_time
 474
 475     def update(self):
 476         with llfuse.lock_released:
 477             tags = self.api.links().list(
 478                 filters=[['link_class', '=', 'tag']],
 479                 select=['name'], distinct=True
 480                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 481         if "items" in tags:
 482             self.merge(tags['items'],
 483                        lambda i: i['name'] if 'name' in i else i['uuid'],
 484                        lambda a, i: a.tag == i,
 485                        lambda i: TagDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['name'], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 486
 487
 488 class TagDirectory(Directory):
 489     '''A special directory that contains as subdirectories all collections visible
 490     to the user that are tagged with a particular tag.
 491     '''
 492
 493     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, tag,
 494                  poll=False, poll_time=60):
 495         super(TagDirectory, self).__init__(parent_inode)
 496         self.inodes = inodes
 497         self.api = api
 498         self.num_retries = num_retries
 499         self.tag = tag
 500         self._poll = poll
 501         self._poll_time = poll_time
 502
 503     def update(self):
 504         with llfuse.lock_released:
 505             taggedcollections = self.api.links().list(
 506                 filters=[['link_class', '=', 'tag'],
 507                          ['name', '=', self.tag],
 508                          ['head_uuid', 'is_a', 'arvados#collection']],
 509                 select=['head_uuid']
 510                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 511         self.merge(taggedcollections['items'],
 512                    lambda i: i['head_uuid'],
 513                    lambda a, i: a.collection_locator == i['head_uuid'],
 514                    lambda i: CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid']))
 515
 516
 517 class ProjectDirectory(Directory):
 518     '''A special directory that contains the contents of a project.'''
 519
 520     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, project_object,
 521                  poll=False, poll_time=60):
 522         super(ProjectDirectory, self).__init__(parent_inode)
 523         self.inodes = inodes
 524         self.api = api
 525         self.num_retries = num_retries
 526         self.project_object = project_object
 527         self.project_object_file = None
 528         self.uuid = project_object['uuid']
 529
 530     def createDirectory(self, i):
 531         if collection_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 532             return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i)
 533         elif group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 534             return ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i, self._poll, self._poll_time)
 535         elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 536             if i['head_kind'] == 'arvados#collection' or portable_data_hash_pattern.match(i['head_uuid']):
 537                 return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid'])
 538             else:
 539                 return None
 540         elif uuid_pattern.match(i['uuid']):
 541             return ObjectFile(self.parent_inode, i)
 542         else:
 543             return None
 544
 545     def update(self):
 546         if self.project_object_file == None:
 547             self.project_object_file = ObjectFile(self.inode, self.project_object)
 548             self.inodes.add_entry(self.project_object_file)
 549
 550         def namefn(i):
 551             if 'name' in i:
 552                 if i['name'] is None or len(i['name']) == 0:
 553                     return None
 554                 elif collection_uuid_pattern.match(i['uuid']) or group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 555                     # collection or subproject
 556                     return i['name']
 557                 elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']) and i['head_kind'] == 'arvados#collection':
 558                     # name link
 559                     return i['name']
 560                 elif 'kind' in i and i['kind'].startswith('arvados#'):
 561                     # something else
 562                     return "{}.{}".format(i['name'], i['kind'][8:])
 563             else:
 564                 return None
 565
 566         def samefn(a, i):
 567             if isinstance(a, CollectionDirectory):
 568                 return a.collection_locator == i['uuid']
 569             elif isinstance(a, ProjectDirectory):
 570                 return a.uuid == i['uuid']
 571             elif isinstance(a, ObjectFile):
 572                 return a.uuid == i['uuid'] and not a.stale()
 573             return False
 574
 575         with llfuse.lock_released:
 576             if group_uuid_pattern.match(self.uuid):
 577                 self.project_object = self.api.groups().get(
 578                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 579             elif user_uuid_pattern.match(self.uuid):
 580                 self.project_object = self.api.users().get(
 581                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 582
 583             contents = arvados.util.list_all(self.api.groups().contents,
 584                                              self.num_retries, uuid=self.uuid)
 585             # Name links will be obsolete soon, take this out when there are no more pre-#3036 in use.
 586             contents += arvados.util.list_all(
 587                 self.api.links().list, self.num_retries,
 588                 filters=[['tail_uuid', '=', self.uuid],
 589                          ['link_class', '=', 'name']])
 590
 591         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 592
 593         self.merge(contents,
 594                    namefn,
 595                    samefn,
 596                    self.createDirectory)
 597
 598     def __getitem__(self, item):
 599         self.checkupdate()
 600         if item == '.arvados#project':
 601             return self.project_object_file
 602         else:
 603             return super(ProjectDirectory, self).__getitem__(item)
 604
 605     def __contains__(self, k):
 606         if k == '.arvados#project':
 607             return True
 608         else:
 609             return super(ProjectDirectory, self).__contains__(k)
 610
 611
 612 class SharedDirectory(Directory):
 613     '''A special directory that represents users or groups who have shared projects with me.'''
 614
 615     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, exclude,
 616                  poll=False, poll_time=60):
 617         super(SharedDirectory, self).__init__(parent_inode)
 618         self.inodes = inodes
 619         self.api = api
 620         self.num_retries = num_retries
 621         self.current_user = api.users().current().execute(num_retries=num_retries)
 622         self._poll = True
 623         self._poll_time = poll_time
 624
 625     def update(self):
 626         with llfuse.lock_released:
 627             all_projects = arvados.util.list_all(
 628                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 629                 filters=[['group_class','=','project']])
 630             objects = {}
 631             for ob in all_projects:
 632                 objects[ob['uuid']] = ob
 633
 634             roots = []
 635             root_owners = {}
 636             for ob in all_projects:
 637                 if ob['owner_uuid'] != self.current_user['uuid'] and ob['owner_uuid'] not in objects:
 638                     roots.append(ob)
 639                     root_owners[ob['owner_uuid']] = True
 640
 641             lusers = arvados.util.list_all(
 642                 self.api.users().list, self.num_retries,
 643                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 644             lgroups = arvados.util.list_all(
 645                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 646                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 647
 648             users = {}
 649             groups = {}
 650
 651             for l in lusers:
 652                 objects[l["uuid"]] = l
 653             for l in lgroups:
 654                 objects[l["uuid"]] = l
 655
 656             contents = {}
 657             for r in root_owners:
 658                 if r in objects:
 659                     obr = objects[r]
 660                     if "name" in obr:
 661                         contents[obr["name"]] = obr
 662                     if "first_name" in obr:
 663                         contents[u"{} {}".format(obr["first_name"], obr["last_name"])] = obr
 664
 665             for r in roots:
 666                 if r['owner_uuid'] not in objects:
 667                     contents[r['name']] = r
 668
 669         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 670
 671         try:
 672             self.merge(contents.items(),
 673                        lambda i: i[0],
 674                        lambda a, i: a.uuid == i[1]['uuid'],
 675                        lambda i: ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i[1], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 676         except Exception as e:
 677             _logger.exception(e)
 678
 679
 680 class FileHandle(object):
 681     '''Connects a numeric file handle to a File or Directory object that has
 682     been opened by the client.'''
 683
 684     def __init__(self, fh, entry):
 685         self.fh = fh
 686         self.entry = entry
 687
 688
 689 class Inodes(object):
 690     '''Manage the set of inodes.  This is the mapping from a numeric id
 691     to a concrete File or Directory object'''
 692
 693     def __init__(self):
 694         self._entries = {}
 695         self._counter = llfuse.ROOT_INODE
 696
 697     def __getitem__(self, item):
 698         return self._entries[item]
 699
 700     def __setitem__(self, key, item):
 701         self._entries[key] = item
 702
 703     def __iter__(self):
 704         return self._entries.iterkeys()
 705
 706     def items(self):
 707         return self._entries.items()
 708
 709     def __contains__(self, k):
 710         return k in self._entries
 711
 712     def add_entry(self, entry):
 713         entry.inode = self._counter
 714         self._entries[entry.inode] = entry
 715         self._counter += 1
 716         return entry
 717
 718     def del_entry(self, entry):
 719         llfuse.invalidate_inode(entry.inode)
 720         del self._entries[entry.inode]
 721
 722 class Operations(llfuse.Operations):
 723     '''This is the main interface with llfuse.  The methods on this object are
 724     called by llfuse threads to service FUSE events to query and read from
 725     the file system.
 726
 727     llfuse has its own global lock which is acquired before calling a request handler,
 728     so request handlers do not run concurrently unless the lock is explicitly released
 729     using "with llfuse.lock_released:"'''
 730
 731     def __init__(self, uid, gid):
 732         super(Operations, self).__init__()
 733
 734         self.inodes = Inodes()
 735         self.uid = uid
 736         self.gid = gid
 737
 738         # dict of inode to filehandle
 739         self._filehandles = {}
 740         self._filehandles_counter = 1
 741
 742         # Other threads that need to wait until the fuse driver
 743         # is fully initialized should wait() on this event object.
 744         self.initlock = threading.Event()
 745
 746     def init(self):
 747         # Allow threads that are waiting for the driver to be finished
 748         # initializing to continue
 749         self.initlock.set()
 750
 751     def access(self, inode, mode, ctx):
 752         return True
 753
 754     def getattr(self, inode):
 755         if inode not in self.inodes:
 756             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 757
 758         e = self.inodes[inode]
 759
 760         entry = llfuse.EntryAttributes()
 761         entry.st_ino = inode
 762         entry.generation = 0
 763         entry.entry_timeout = 300
 764         entry.attr_timeout = 300
 765
 766         entry.st_mode = stat.S_IRUSR | stat.S_IRGRP | stat.S_IROTH
 767         if isinstance(e, Directory):
 768             entry.st_mode |= stat.S_IXUSR | stat.S_IXGRP | stat.S_IXOTH | stat.S_IFDIR
 769         else:
 770             entry.st_mode |= stat.S_IFREG
 771
 772         entry.st_nlink = 1
 773         entry.st_uid = self.uid
 774         entry.st_gid = self.gid
 775         entry.st_rdev = 0
 776
 777         entry.st_size = e.size()
 778
 779         entry.st_blksize = 512
 780         entry.st_blocks = (e.size()/512)+1
 781         entry.st_atime = int(e.atime())
 782         entry.st_mtime = int(e.mtime())
 783         entry.st_ctime = int(e.mtime())
 784
 785         return entry
 786
 787     def lookup(self, parent_inode, name):
 788         _logger.debug("arv-mount lookup: parent_inode %i name %s",
 789                       parent_inode, name)
 790         inode = None
 791
 792         if name == '.':
 793             inode = parent_inode
 794         else:
 795             if parent_inode in self.inodes:
 796                 p = self.inodes[parent_inode]
 797                 if name == '..':
 798                     inode = p.parent_inode
 799                 elif isinstance(p, Directory) and name in p:
 800                     inode = p[name].inode
 801
 802         if inode != None:
 803             return self.getattr(inode)
 804         else:
 805             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 806
 807     def open(self, inode, flags):
 808         if inode in self.inodes:
 809             p = self.inodes[inode]
 810         else:
 811             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 812
 813         if (flags & os.O_WRONLY) or (flags & os.O_RDWR):
 814             raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)
 815
 816         if isinstance(p, Directory):
 817             raise llfuse.FUSEError(errno.EISDIR)
 818
 819         fh = self._filehandles_counter
 820         self._filehandles_counter += 1
 821         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, p)
 822         return fh
 823
 824     def read(self, fh, off, size):
 825         _logger.debug("arv-mount read %i %i %i", fh, off, size)
 826         if fh in self._filehandles:
 827             handle = self._filehandles[fh]
 828         else:
 829             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 830
 831         # update atime
 832         handle.entry._atime = time.time()
 833
 834         try:
 835             with llfuse.lock_released:
 836                 return handle.entry.readfrom(off, size)
 837         except arvados.errors.NotFoundError as e:
 838             _logger.warning("Block not found: " + str(e))
 839             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 840         except Exception as e:
 841             _logger.exception(e)
 842             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 843
 844     def release(self, fh):
 845         if fh in self._filehandles:
 846             del self._filehandles[fh]
 847
 848     def opendir(self, inode):
 849         _logger.debug("arv-mount opendir: inode %i", inode)
 850
 851         if inode in self.inodes:
 852             p = self.inodes[inode]
 853         else:
 854             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 855
 856         if not isinstance(p, Directory):
 857             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOTDIR)
 858
 859         fh = self._filehandles_counter
 860         self._filehandles_counter += 1
 861         if p.parent_inode in self.inodes:
 862             parent = self.inodes[p.parent_inode]
 863         else:
 864             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 865
 866         # update atime
 867         p._atime = time.time()
 868
 869         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, [('.', p), ('..', parent)] + list(p.items()))
 870         return fh
 871
 872     def readdir(self, fh, off):
 873         _logger.debug("arv-mount readdir: fh %i off %i", fh, off)
 874
 875         if fh in self._filehandles:
 876             handle = self._filehandles[fh]
 877         else:
 878             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 879
 880         _logger.debug("arv-mount handle.entry %s", handle.entry)
 881
 882         e = off
 883         while e < len(handle.entry):
 884             if handle.entry[e][1].inode in self.inodes:
 885                 yield (handle.entry[e][0], self.getattr(handle.entry[e][1].inode), e+1)
 886             e += 1
 887
 888     def releasedir(self, fh):
 889         del self._filehandles[fh]
 890
 891     def statfs(self):
 892         st = llfuse.StatvfsData()
 893         st.f_bsize = 64 * 1024
 894         st.f_blocks = 0
 895         st.f_files = 0
 896
 897         st.f_bfree = 0
 898         st.f_bavail = 0
 899
 900         st.f_ffree = 0
 901         st.f_favail = 0
 902
 903         st.f_frsize = 0
 904         return st
 905
 906     # The llfuse documentation recommends only overloading functions that
 907     # are actually implemented, as the default implementation will raise ENOSYS.
 908     # However, there is a bug in the llfuse default implementation of create()
 909     # "create() takes exactly 5 positional arguments (6 given)" which will crash
 910     # arv-mount.
 911     # The workaround is to implement it with the proper number of parameters,
 912     # and then everything works out.
 913     def create(self, p1, p2, p3, p4, p5):
 914         raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)