doc/sdk/python/arvados-cwl-runner.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: sdk
   4 navmenu: Python
   5 title: Arvados CWL Runner
   6 ...
   7 {% comment %}
   8 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   9
  10 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
  11 {% endcomment %}
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  13 The Arvados CWL Runner is a Python tool that allows you to register and submit workflows to Arvados. You can oversee a running workflow on your local system, or let that run inside an Arvados container. This tool requires the Python SDK installed in order to access Arvados services.
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  15 h2. Installation
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  17 If you are logged in to a managed Arvados VM, the @arvados-cwl-runner@ utility should already be installed.
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  19 To use the CWL Runner elsewhere, you can install it from a distribution package or PyPI.
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  21 h2. Option 1: Install from distribution packages
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  23 First, "add the appropriate package repository for your distribution":{{ site.baseurl }}/install/packages.html.
  24
  25 {% assign arvados_component = 'python3-arvados-cwl-runner' %}
  26
  27 {% include 'install_packages' %}
  28
  29 h2. Option 2: Install with pip
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  31 Run @pip install arvados-cwl-runner@ in an appropriate installation environment, such as a virtualenv.
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  33 Note:
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  35 The CWL Runner uses @pycurl@ which depends on the @libcurl@ C library.  To build the module you may have to first install additional packages.  On Debian-based distributions you can install them by running:
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  37 <notextile>
  38 <pre><code># <span class="userinput">apt install git build-essential python3-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev</span>
  39 </code></pre>
  40 </notextile>
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  42 h2. Check Docker access
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  44 In order to pull and upload Docker images, @arvados-cwl-runner@ requires access to Docker.  You do not need Docker if the Docker images you intend to use are already available in Arvados.
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  46 You can determine if you have access to Docker by running @docker version@:
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  48 <notextile>
  49 <pre><code>~$ <span class="userinput">docker version</span>
  50 Client:
  51  Version:      1.9.1
  52  API version:  1.21
  53  Go version:   go1.4.2
  54  Git commit:   a34a1d5
  55  Built:        Fri Nov 20 12:59:02 UTC 2015
  56  OS/Arch:      linux/amd64
  57
  58 Server:
  59  Version:      1.9.1
  60  API version:  1.21
  61  Go version:   go1.4.2
  62  Git commit:   a34a1d5
  63  Built:        Fri Nov 20 12:59:02 UTC 2015
  64  OS/Arch:      linux/amd64
  65 </code></pre>
  66 </notextile>
  67
  68 If this returns an error, contact the sysadmin of your cluster for assistance.
  69
  70 h2. Usage
  71
  72 Please refer to the "Starting a Workflow at the Command Line":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-runner.html tutorial for more information.