doc/install/install-workbench-app.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Install Workbench
   5 ...
   6
   7 h2. Install prerequisites
   8
   9 The Arvados package repository includes Workbench server package that can help automate much of the deployment.
  10
  11 h3(#install_ruby_and_bundler). Install Ruby and Bundler
  12
  13 {% include 'install_ruby_and_bundler' %}
  14
  15 h2(#install_workbench). Install Workbench and dependencies
  16
  17 Workbench doesn't need its own database, so it does not need to have PostgreSQL installed.
  18
  19 On a Debian-based system, install the following packages:
  20
  21 <notextile>
  22 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo apt-get install bison build-essential graphviz git python-arvados-python-client arvados-workbench</span>
  23 </code></pre>
  24 </notextile>
  25
  26 On a Red Hat-based system, install the following packages:
  27
  28 <notextile>
  29 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install bison make automake gcc gcc-c++ graphviz git python27-python-arvados-python-client arvados-workbench</span>
  30 </code></pre>
  31 </notextile>
  32
  33 {% include 'note_python27_sc' %}
  34
  35 h2. Set up configuration files
  36
  37 The Workbench server package uses configuration files that you write to @/etc/arvados/workbench@ and ensures they're consistently deployed.  Create this directory and copy the example configuration files to it:
  38
  39 <notextile>
  40 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo mkdir -p /etc/arvados/workbench</span>
  41 ~$ <span class="userinput">sudo chmod 700 /etc/arvados/workbench</span>
  42 ~$ <span class="userinput">sudo cp /var/www/arvados-workbench/current/config/application.yml.example /etc/arvados/workbench/application.yml</span>
  43 </code></pre>
  44 </notextile>
  45
  46 h2. Configure Workbench
  47
  48 Edit @/etc/arvados/workbench/application.yml@ following the instructions below.  The deployment script will consistently deploy this to Workbench's configuration directory.  Workbench reads both @application.yml@ and its own @config/application.defaults.yml@ file.  Values in @application.yml@ take precedence over the defaults that are defined in @config/application.defaults.yml@.  The @config/application.yml.example@ file is not read by Workbench and is provided for installation convenience only.
  49
  50 Consult @config/application.default.yml@ for a full list of configuration options.  Always put your local configuration in @/etc/arvados/workbench/application.yml@&mdash;never edit @config/application.default.yml@.
  51
  52 h3. secret_token
  53
  54 This application needs a secret token. Generate a new secret:
  55
  56 <notextile>
  57 <pre><code>~$ <span class="userinput">ruby -e 'puts rand(2**400).to_s(36)'</span>
  58 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
  59 </code></pre>
  60 </notextile>
  61
  62 Then put that value in the @secret_token@ field.
  63
  64 h3. arvados_login_base and arvados_v1_base
  65
  66 Point @arvados_login_base@ and @arvados_v1_base@ at your "API server":install-api-server.html. For example like this:
  67
  68 <notextile>
  69 <pre><code>arvados_login_base: https://prefix_uuid.your.domain/login
  70 arvados_v1_base: https://prefix_uuid.your.domain/arvados/v1
  71 </code></pre>
  72 </notextile>
  73
  74 h3. site_name
  75
  76 @site_name@ can be set to any arbitrary string. It is used to identify this Workbench to people visiting it.
  77
  78 h3. arvados_insecure_https
  79
  80 If the SSL certificate you use for your API server isn't an official certificate signed by a CA, make sure @arvados_insecure_https@ is @true@.
  81
  82 h3. Other options
  83
  84 Consult @application.default.yml@ for a full list of configuration options. Always put your local configuration in @application.yml@ instead of editing @application.default.yml@.
  85
  86 h2. Configure Piwik
  87
  88 In @/var/www/arvados-workbench/current/config@, copy @piwik.yml.example@ to @piwik.yml@ and edit to suit.
  89
  90 h2. Prepare the Workbench deployment
  91
  92 Now that all your configuration is in place, run @/usr/local/bin/arvados-workbench-upgrade.sh@.  This will install and check your configuration, and install necessary gems.
  93
  94 {% include 'notebox_begin' %}
  95 You can safely ignore the following error message you may see when installing gems:
  96 <notextile>
  97 <pre><code>themes_for_rails at /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/bundler/gems/themes_for_rails-1fd2d7897d75 did not have a valid gemspec.
  98 This prevents bundler from installing bins or native extensions, but that may not affect its functionality.
  99 The validation message from Rubygems was:
 100   duplicate dependency on rails (= 3.0.11, development), (>= 3.0.0) use:
 101     add_runtime_dependency 'rails', '= 3.0.11', '>= 3.0.0'
 102 Using themes_for_rails (0.5.1) from https://github.com/holtkampw/themes_for_rails (at 1fd2d78)
 103 </code></pre>
 104 </notextile>
 105 {% include 'notebox_end' %}
 106
 107 This command aborts when it encounters an error.  It's safe to rerun multiple times, so if there's a problem with your configuration, you can fix that and try again.
 108
 109 h2. Set up Web server
 110
 111 For best performance, we recommend you use Nginx as your Web server front-end, with a Passenger backend to serve Workbench.  To do that:
 112
 113 <notextile>
 114 <ol>
 115 <li><a href="https://www.phusionpassenger.com/documentation/Users%20guide%20Nginx.html">Install Nginx and Phusion Passenger</a>.</li>
 116
 117 <li><p>Edit the http section of your Nginx configuration to run the Passenger server, and act as a front-end for it.  You might add a block like the following, adding SSL and logging parameters to taste:</p>
 118
 119 <pre><code>server {
 120   listen 127.0.0.1:9000;
 121   server_name localhost-workbench;
 122
 123   root /var/www/arvados-workbench/current/public;
 124   index  index.html index.htm index.php;
 125
 126   passenger_enabled on;
 127   # If you're using RVM, uncomment the line below.
 128   #passenger_ruby /usr/local/rvm/wrappers/default/ruby;
 129 }
 130
 131 upstream workbench {
 132   server     127.0.0.1:9000  fail_timeout=10s;
 133 }
 134
 135 proxy_http_version 1.1;
 136
 137 server {
 138   listen       <span class="userinput">[your public IP address]</span>:443 ssl;
 139   server_name  workbench.<span class="userinput">uuid-prefix.your.domain</span>;
 140
 141   ssl on;
 142   ssl_certificate     <span class="userinput">/YOUR/PATH/TO/cert.pem</span>;
 143   ssl_certificate_key <span class="userinput">/YOUR/PATH/TO/cert.key</span>;
 144
 145   index  index.html index.htm index.php;
 146
 147   location / {
 148     proxy_pass            http://workbench;
 149     proxy_redirect        off;
 150     proxy_connect_timeout 90s;
 151     proxy_read_timeout    300s;
 152
 153     proxy_set_header      X-Forwarded-Proto https;
 154     proxy_set_header      Host $http_host;
 155     proxy_set_header      X-Real-IP $remote_addr;
 156     proxy_set_header      X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
 157   }
 158 }
 159 </code></pre>
 160 </li>
 161
 162 <li>Restart Nginx.</li>
 163
 164 </ol>
 165 </notextile>
 166
 167 h2. Trusted client setting
 168
 169 Log in to Workbench once to ensure that the Arvados API server has a record of the Workbench client. (It's OK if Workbench says your account hasn't been activated yet. We'll deal with that next.)
 170
 171 In the <strong>API server</strong> project root, start the rails console.  Locate the ApiClient record for your Workbench installation (typically, while you're setting this up, the @last@ one in the database is the one you want), then set the @is_trusted@ flag for the appropriate client record:
 172
 173 <notextile><pre><code>/var/www/arvados-api/current$ <span class="userinput">RAILS_ENV=production bundle exec rails console</span>
 174 irb(main):001:0&gt; <span class="userinput">wb = ApiClient.all.last; [wb.url_prefix, wb.created_at]</span>
 175 =&gt; ["https://workbench.example.com/", Sat, 19 Apr 2014 03:35:12 UTC +00:00]
 176 irb(main):002:0&gt; <span class="userinput">include CurrentApiClient</span>
 177 =&gt; true
 178 irb(main):003:0&gt; <span class="userinput">act_as_system_user do wb.update_attributes!(is_trusted: true) end</span>
 179 =&gt; true
 180 </code></pre>
 181 </notextile>
 182
 183 h2(#admin-user). Add an admin user
 184
 185 Next, we're going to use the rails console on the <strong>API server</strong> to activate our own account and give yourself admin privileges:
 186
 187 <notextile>
 188 <pre><code>/var/www/arvados-api/current$ <span class="userinput">RAILS_ENV=production bundle exec rails console</span>
 189 irb(main):001:0&gt; <span class="userinput">Thread.current[:user] = User.all.select(&:identity_url).last</span>
 190 irb(main):002:0&gt; <span class="userinput">Thread.current[:user].update_attributes is_admin: true, is_active: true</span>
 191 irb(main):003:0&gt; <span class="userinput">User.where(is_admin: true).collect &:email</span>
 192 =&gt; ["root", "<b>your_address@example.com</b>"]
 193 </code></pre></notextile>
 194
 195 At this point, you should have a working Workbench login with administrator privileges. Revisit your Workbench URL in a browser and reload the page to access it.