sdk/cli/bin/crunch-job

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # -*- mode: perl; perl-indent-level: 2; -*-
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 crunch-job: Execute job steps, save snapshots as requested, collate output.
   7
   8 =head1 SYNOPSIS
   9
  10 Obtain job details from Arvados, run tasks on compute nodes (typically
  11 invoked by scheduler on controller):
  12
  13  crunch-job --job x-y-z
  14
  15 Obtain job details from command line, run tasks on local machine
  16 (typically invoked by application or developer on VM):
  17
  18  crunch-job --job '{"script_version":"/path/to/tree","script":"scriptname",...}'
  19
  20 =head1 OPTIONS
  21
  22 =over
  23
  24 =item --force-unlock
  25
  26 If the job is already locked, steal the lock and run it anyway.
  27
  28 =item --git-dir
  29
  30 Path to .git directory where the specified commit is found.
  31
  32 =item --job-api-token
  33
  34 Arvados API authorization token to use during the course of the job.
  35
  36 =item --no-clear-tmp
  37
  38 Do not clear per-job/task temporary directories during initial job
  39 setup. This can speed up development and debugging when running jobs
  40 locally.
  41
  42 =back
  43
  44 =head1 RUNNING JOBS LOCALLY
  45
  46 crunch-job's log messages appear on stderr along with the job tasks'
  47 stderr streams. The log is saved in Keep at each checkpoint and when
  48 the job finishes.
  49
  50 If the job succeeds, the job's output locator is printed on stdout.
  51
  52 While the job is running, the following signals are accepted:
  53
  54 =over
  55
  56 =item control-C, SIGINT, SIGQUIT
  57
  58 Save a checkpoint, terminate any job tasks that are running, and stop.
  59
  60 =item SIGALRM
  61
  62 Save a checkpoint and continue.
  63
  64 =item SIGHUP
  65
  66 Refresh node allocation (i.e., check whether any nodes have been added
  67 or unallocated) and attributes of the Job record that should affect
  68 behavior (e.g., cancel job if cancelled_at becomes non-nil).
  69
  70 =back
  71
  72 =cut
  73
  74
  75 use strict;
  76 use POSIX ':sys_wait_h';
  77 use Fcntl qw(F_GETFL F_SETFL O_NONBLOCK);
  78 use Arvados;
  79 use Getopt::Long;
  80 use IPC::Open2;
  81 use IO::Select;
  82 use File::Temp;
  83 use Fcntl ':flock';
  84
  85 $ENV{"TMPDIR"} ||= "/tmp";
  86 unless (defined $ENV{"CRUNCH_TMP"}) {
  87   $ENV{"CRUNCH_TMP"} = $ENV{"TMPDIR"} . "/crunch-job";
  88   if ($ENV{"USER"} ne "crunch" && $< != 0) {
  89     # use a tmp dir unique for my uid
  90     $ENV{"CRUNCH_TMP"} .= "-$<";
  91   }
  92 }
  93 $ENV{"JOB_WORK"} = $ENV{"CRUNCH_TMP"} . "/work";
  94 $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} = "$ENV{CRUNCH_TMP}/opt";
  95 $ENV{"CRUNCH_WORK"} = $ENV{"JOB_WORK"}; # deprecated
  96 mkdir ($ENV{"JOB_WORK"});
  97
  98 my $force_unlock;
  99 my $git_dir;
 100 my $jobspec;
 101 my $job_api_token;
 102 my $no_clear_tmp;
 103 my $resume_stash;
 104 GetOptions('force-unlock' => \$force_unlock,
 105            'git-dir=s' => \$git_dir,
 106            'job=s' => \$jobspec,
 107            'job-api-token=s' => \$job_api_token,
 108            'no-clear-tmp' => \$no_clear_tmp,
 109            'resume-stash=s' => \$resume_stash,
 110     );
 111
 112 if (defined $job_api_token) {
 113   $ENV{ARVADOS_API_TOKEN} = $job_api_token;
 114 }
 115
 116 my $have_slurm = exists $ENV{SLURM_JOBID} && exists $ENV{SLURM_NODELIST};
 117 my $job_has_uuid = $jobspec =~ /^[-a-z\d]+$/;
 118 my $local_job = !$job_has_uuid;
 119
 120
 121 $SIG{'USR1'} = sub
 122 {
 123   $main::ENV{CRUNCH_DEBUG} = 1;
 124 };
 125 $SIG{'USR2'} = sub
 126 {
 127   $main::ENV{CRUNCH_DEBUG} = 0;
 128 };
 129
 130
 131
 132 my $arv = Arvados->new('apiVersion' => 'v1');
 133 my $metastream;
 134
 135 my $User = $arv->{'users'}->{'current'}->execute;
 136
 137 my $Job = {};
 138 my $job_id;
 139 my $dbh;
 140 my $sth;
 141 if ($job_has_uuid)
 142 {
 143   $Job = $arv->{'jobs'}->{'get'}->execute('uuid' => $jobspec);
 144   if (!$force_unlock) {
 145     if ($Job->{'is_locked_by_uuid'}) {
 146       croak("Job is locked: " . $Job->{'is_locked_by_uuid'});
 147     }
 148     if ($Job->{'success'} ne undef) {
 149       croak("Job 'success' flag (" . $Job->{'success'} . ") is not null");
 150     }
 151     if ($Job->{'running'}) {
 152       croak("Job 'running' flag is already set");
 153     }
 154     if ($Job->{'started_at'}) {
 155       croak("Job 'started_at' time is already set (" . $Job->{'started_at'} . ")");
 156     }
 157   }
 158 }
 159 else
 160 {
 161   $Job = JSON::decode_json($jobspec);
 162
 163   if (!$resume_stash)
 164   {
 165     map { croak ("No $_ specified") unless $Job->{$_} }
 166     qw(script script_version script_parameters);
 167   }
 168
 169   $Job->{'is_locked_by_uuid'} = $User->{'uuid'};
 170   $Job->{'started_at'} = gmtime;
 171
 172   $Job = $arv->{'jobs'}->{'create'}->execute('job' => $Job);
 173
 174   $job_has_uuid = 1;
 175 }
 176 $job_id = $Job->{'uuid'};
 177
 178 my $keep_logfile = $job_id . '.log.txt';
 179 my $local_logfile = File::Temp->new();
 180
 181 $Job->{'runtime_constraints'} ||= {};
 182 $Job->{'runtime_constraints'}->{'max_tasks_per_node'} ||= 0;
 183 my $max_ncpus = $Job->{'runtime_constraints'}->{'max_tasks_per_node'};
 184
 185
 186 Log (undef, "check slurm allocation");
 187 my @slot;
 188 my @node;
 189 # Should use $ENV{SLURM_TASKS_PER_NODE} instead of sinfo? (eg. "4(x3),2,4(x2)")
 190 my @sinfo;
 191 if (!$have_slurm)
 192 {
 193   my $localcpus = 0 + `grep -cw ^processor /proc/cpuinfo` || 1;
 194   push @sinfo, "$localcpus localhost";
 195 }
 196 if (exists $ENV{SLURM_NODELIST})
 197 {
 198   push @sinfo, `sinfo -h --format='%c %N' --nodes='$ENV{SLURM_NODELIST}'`;
 199 }
 200 foreach (@sinfo)
 201 {
 202   my ($ncpus, $slurm_nodelist) = split;
 203   $ncpus = $max_ncpus if $max_ncpus && $ncpus > $max_ncpus;
 204
 205   my @nodelist;
 206   while ($slurm_nodelist =~ s/^([^\[,]+?(\[.*?\])?)(,|$)//)
 207   {
 208     my $nodelist = $1;
 209     if ($nodelist =~ /\[((\d+)(-(\d+))?(,(\d+)(-(\d+))?)*)\]/)
 210     {
 211       my $ranges = $1;
 212       foreach (split (",", $ranges))
 213       {
 214         my ($a, $b);
 215         if (/(\d+)-(\d+)/)
 216         {
 217           $a = $1;
 218           $b = $2;
 219         }
 220         else
 221         {
 222           $a = $_;
 223           $b = $_;
 224         }
 225         push @nodelist, map {
 226           my $n = $nodelist;
 227           $n =~ s/\[[-,\d]+\]/$_/;
 228           $n;
 229         } ($a..$b);
 230       }
 231     }
 232     else
 233     {
 234       push @nodelist, $nodelist;
 235     }
 236   }
 237   foreach my $nodename (@nodelist)
 238   {
 239     Log (undef, "node $nodename - $ncpus slots");
 240     my $node = { name => $nodename,
 241                  ncpus => $ncpus,
 242                  losing_streak => 0,
 243                  hold_until => 0 };
 244     foreach my $cpu (1..$ncpus)
 245     {
 246       push @slot, { node => $node,
 247                     cpu => $cpu };
 248     }
 249   }
 250   push @node, @nodelist;
 251 }
 252
 253
 254
 255 # Ensure that we get one jobstep running on each allocated node before
 256 # we start overloading nodes with concurrent steps
 257
 258 @slot = sort { $a->{cpu} <=> $b->{cpu} } @slot;
 259
 260
 261
 262 my $jobmanager_id;
 263 if ($job_has_uuid)
 264 {
 265   # Claim this job, and make sure nobody else does
 266   unless ($Job->update_attributes('is_locked_by_uuid' => $User->{'uuid'}) &&
 267           $Job->{'is_locked_by_uuid'} == $User->{'uuid'}) {
 268     croak("Error while updating / locking job");
 269   }
 270   $Job->update_attributes('started_at' => scalar gmtime,
 271                           'running' => 1,
 272                           'success' => undef,
 273                           'tasks_summary' => { 'failed' => 0,
 274                                                'todo' => 1,
 275                                                'running' => 0,
 276                                                'done' => 0 });
 277 }
 278
 279
 280 Log (undef, "start");
 281 $SIG{'INT'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 282 $SIG{'QUIT'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 283 $SIG{'TERM'} = \&croak;
 284 $SIG{'TSTP'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 285 $SIG{'ALRM'} = sub { $main::please_info = 1; };
 286 $SIG{'CONT'} = sub { $main::please_continue = 1; };
 287 $SIG{'HUP'} = sub { $main::please_refresh = 1; };
 288
 289 $main::please_freeze = 0;
 290 $main::please_info = 0;
 291 $main::please_continue = 0;
 292 $main::please_refresh = 0;
 293 my $jobsteps_must_output_keys = 0;      # becomes 1 when any task outputs a key
 294
 295 grep { $ENV{$1} = $2 if /^(NOCACHE.*?)=(.*)/ } split ("\n", $$Job{knobs});
 296 $ENV{"CRUNCH_JOB_UUID"} = $job_id;
 297 $ENV{"JOB_UUID"} = $job_id;
 298
 299
 300 my @jobstep;
 301 my @jobstep_todo = ();
 302 my @jobstep_done = ();
 303 my @jobstep_tomerge = ();
 304 my $jobstep_tomerge_level = 0;
 305 my $squeue_checked;
 306 my $squeue_kill_checked;
 307 my $output_in_keep = 0;
 308 my $latest_refresh = scalar time;
 309
 310
 311
 312 if (defined $Job->{thawedfromkey})
 313 {
 314   thaw ($Job->{thawedfromkey});
 315 }
 316 else
 317 {
 318   my $first_task = $arv->{'job_tasks'}->{'create'}->execute('job_task' => {
 319     'job_uuid' => $Job->{'uuid'},
 320     'sequence' => 0,
 321     'qsequence' => 0,
 322     'parameters' => {},
 323                                                           });
 324   push @jobstep, { 'level' => 0,
 325                    'failures' => 0,
 326                    'arvados_task' => $first_task,
 327                  };
 328   push @jobstep_todo, 0;
 329 }
 330
 331
 332 if (!$have_slurm)
 333 {
 334   must_lock_now("$ENV{CRUNCH_TMP}/.lock", "a job is already running here.");
 335 }
 336
 337
 338 my $build_script;
 339
 340
 341 $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $Job->{script_version};
 342
 343 my $skip_install = ($local_job && $Job->{script_version} =~ m{^/});
 344 if ($skip_install)
 345 {
 346   if (!defined $no_clear_tmp) {
 347     my $clear_tmp_cmd = 'rm -rf $JOB_WORK $CRUNCH_TMP/opt $CRUNCH_TMP/src*';
 348     system($clear_tmp_cmd) == 0
 349         or croak ("`$clear_tmp_cmd` failed: ".($?>>8));
 350   }
 351   $ENV{"CRUNCH_SRC"} = $Job->{script_version};
 352   for my $src_path ("$ENV{CRUNCH_SRC}/arvados/sdk/python") {
 353     if (-d $src_path) {
 354       system("virtualenv", "$ENV{CRUNCH_TMP}/opt") == 0
 355           or croak ("virtualenv $ENV{CRUNCH_TMP}/opt failed: exit ".($?>>8));
 356       system ("cd $src_path && ./build.sh && \$CRUNCH_TMP/opt/bin/python setup.py install")
 357           == 0
 358           or croak ("setup.py in $src_path failed: exit ".($?>>8));
 359     }
 360   }
 361 }
 362 else
 363 {
 364   do {
 365     local $/ = undef;
 366     $build_script = <DATA>;
 367   };
 368   Log (undef, "Install revision ".$Job->{script_version});
 369   my $nodelist = join(",", @node);
 370
 371   if (!defined $no_clear_tmp) {
 372     # Clean out crunch_tmp/work, crunch_tmp/opt, crunch_tmp/src*
 373
 374     my $cleanpid = fork();
 375     if ($cleanpid == 0)
 376     {
 377       srun (["srun", "--nodelist=$nodelist", "-D", $ENV{'TMPDIR'}],
 378             ['bash', '-c', 'if mount | grep -q $JOB_WORK/; then sudo /bin/umount $JOB_WORK/* 2>/dev/null; fi; sleep 1; rm -rf $JOB_WORK $CRUNCH_TMP/opt $CRUNCH_TMP/src*']);
 379       exit (1);
 380     }
 381     while (1)
 382     {
 383       last if $cleanpid == waitpid (-1, WNOHANG);
 384       freeze_if_want_freeze ($cleanpid);
 385       select (undef, undef, undef, 0.1);
 386     }
 387     Log (undef, "Clean-work-dir exited $?");
 388   }
 389
 390   # Install requested code version
 391
 392   my @execargs;
 393   my @srunargs = ("srun",
 394                   "--nodelist=$nodelist",
 395                   "-D", $ENV{'TMPDIR'}, "--job-name=$job_id");
 396
 397   $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $Job->{script_version};
 398   $ENV{"CRUNCH_SRC"} = "$ENV{CRUNCH_TMP}/src";
 399
 400   my $commit;
 401   my $git_archive;
 402   my $treeish = $Job->{'script_version'};
 403   my $repo = $git_dir || $ENV{'CRUNCH_DEFAULT_GIT_DIR'};
 404   # Todo: let script_version specify repository instead of expecting
 405   # parent process to figure it out.
 406   $ENV{"CRUNCH_SRC_URL"} = $repo;
 407
 408   # Create/update our clone of the remote git repo
 409
 410   if (!-d $ENV{"CRUNCH_SRC"}) {
 411     system(qw(git clone), $repo, $ENV{"CRUNCH_SRC"}) == 0
 412         or croak ("git clone $repo failed: exit ".($?>>8));
 413     system("cd $ENV{CRUNCH_SRC} && git config clean.requireForce false");
 414   }
 415   `cd $ENV{CRUNCH_SRC} && git remote set-url origin \"\$CRUNCH_SRC_URL\" && git fetch -q origin`;
 416
 417   # If this looks like a subversion r#, look for it in git-svn commit messages
 418
 419   if ($treeish =~ m{^\d{1,4}$}) {
 420     my $gitlog = `cd $ENV{CRUNCH_SRC} && git log --pretty="format:%H" --grep="git-svn-id:.*\@$treeish " origin/master`;
 421     chomp $gitlog;
 422     if ($gitlog =~ /^[a-f0-9]{40}$/) {
 423       $commit = $gitlog;
 424       Log (undef, "Using commit $commit for script_version $treeish");
 425     }
 426   }
 427
 428   # If that didn't work, try asking git to look it up as a tree-ish.
 429
 430   if (!defined $commit) {
 431
 432     my $cooked_treeish = $treeish;
 433     if ($treeish !~ m{^[0-9a-f]{5,}$}) {
 434       # Looks like a git branch name -- make sure git knows it's
 435       # relative to the remote repo
 436       $cooked_treeish = "origin/$treeish";
 437     }
 438
 439     my $found = `cd $ENV{CRUNCH_SRC} && git rev-list -1 $cooked_treeish`;
 440     chomp $found;
 441     if ($found =~ /^[0-9a-f]{40}$/s) {
 442       $commit = $found;
 443       if ($commit ne $treeish) {
 444         # Make sure we record the real commit id in the database,
 445         # frozentokey, logs, etc. -- instead of an abbreviation or a
 446         # branch name which can become ambiguous or point to a
 447         # different commit in the future.
 448         $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $commit;
 449         Log (undef, "Using commit $commit for tree-ish $treeish");
 450         if ($commit ne $treeish) {
 451           $Job->{'script_version'} = $commit;
 452           !$job_has_uuid or
 453               $Job->update_attributes('script_version' => $commit) or
 454               croak("Error while updating job");
 455         }
 456       }
 457     }
 458   }
 459
 460   if (defined $commit) {
 461     $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $commit;
 462     @execargs = ("sh", "-c",
 463                  "mkdir -p $ENV{CRUNCH_INSTALL} && cd $ENV{CRUNCH_TMP} && perl -");
 464     $git_archive = `cd $ENV{CRUNCH_SRC} && git archive $commit`;
 465   }
 466   else {
 467     croak ("could not figure out commit id for $treeish");
 468   }
 469
 470   my $installpid = fork();
 471   if ($installpid == 0)
 472   {
 473     srun (\@srunargs, \@execargs, {}, $build_script . $git_archive);
 474     exit (1);
 475   }
 476   while (1)
 477   {
 478     last if $installpid == waitpid (-1, WNOHANG);
 479     freeze_if_want_freeze ($installpid);
 480     select (undef, undef, undef, 0.1);
 481   }
 482   Log (undef, "Install exited $?");
 483 }
 484
 485 if (!$have_slurm)
 486 {
 487   # Grab our lock again (we might have deleted and re-created CRUNCH_TMP above)
 488   must_lock_now("$ENV{CRUNCH_TMP}/.lock", "a job is already running here.");
 489 }
 490
 491
 492
 493 foreach (qw (script script_version script_parameters runtime_constraints))
 494 {
 495   Log (undef,
 496        "$_ " .
 497        (ref($Job->{$_}) ? JSON::encode_json($Job->{$_}) : $Job->{$_}));
 498 }
 499 foreach (split (/\n/, $Job->{knobs}))
 500 {
 501   Log (undef, "knob " . $_);
 502 }
 503
 504
 505
 506 $main::success = undef;
 507
 508
 509
 510 ONELEVEL:
 511
 512 my $thisround_succeeded = 0;
 513 my $thisround_failed = 0;
 514 my $thisround_failed_multiple = 0;
 515
 516 @jobstep_todo = sort { $jobstep[$a]->{level} <=> $jobstep[$b]->{level}
 517                        or $a <=> $b } @jobstep_todo;
 518 my $level = $jobstep[$jobstep_todo[0]]->{level};
 519 Log (undef, "start level $level");
 520
 521
 522
 523 my %proc;
 524 my @freeslot = (0..$#slot);
 525 my @holdslot;
 526 my %reader;
 527 my $progress_is_dirty = 1;
 528 my $progress_stats_updated = 0;
 529
 530 update_progress_stats();
 531
 532
 533
 534 THISROUND:
 535 for (my $todo_ptr = 0; $todo_ptr <= $#jobstep_todo; $todo_ptr ++)
 536 {
 537   my $id = $jobstep_todo[$todo_ptr];
 538   my $Jobstep = $jobstep[$id];
 539   if ($Jobstep->{level} != $level)
 540   {
 541     next;
 542   }
 543
 544   pipe $reader{$id}, "writer" or croak ($!);
 545   my $flags = fcntl ($reader{$id}, F_GETFL, 0) or croak ($!);
 546   fcntl ($reader{$id}, F_SETFL, $flags | O_NONBLOCK) or croak ($!);
 547
 548   my $childslot = $freeslot[0];
 549   my $childnode = $slot[$childslot]->{node};
 550   my $childslotname = join (".",
 551                             $slot[$childslot]->{node}->{name},
 552                             $slot[$childslot]->{cpu});
 553   my $childpid = fork();
 554   if ($childpid == 0)
 555   {
 556     $SIG{'INT'} = 'DEFAULT';
 557     $SIG{'QUIT'} = 'DEFAULT';
 558     $SIG{'TERM'} = 'DEFAULT';
 559
 560     foreach (values (%reader))
 561     {
 562       close($_);
 563     }
 564     fcntl ("writer", F_SETFL, 0) or croak ($!); # no close-on-exec
 565     open(STDOUT,">&writer");
 566     open(STDERR,">&writer");
 567
 568     undef $dbh;
 569     undef $sth;
 570
 571     delete $ENV{"GNUPGHOME"};
 572     $ENV{"TASK_UUID"} = $Jobstep->{'arvados_task'}->{'uuid'};
 573     $ENV{"TASK_QSEQUENCE"} = $id;
 574     $ENV{"TASK_SEQUENCE"} = $level;
 575     $ENV{"JOB_SCRIPT"} = $Job->{script};
 576     while (my ($param, $value) = each %{$Job->{script_parameters}}) {
 577       $param =~ tr/a-z/A-Z/;
 578       $ENV{"JOB_PARAMETER_$param"} = $value;
 579     }
 580     $ENV{"TASK_SLOT_NODE"} = $slot[$childslot]->{node}->{name};
 581     $ENV{"TASK_SLOT_NUMBER"} = $slot[$childslot]->{cpu};
 582     $ENV{"TASK_WORK"} = $ENV{"JOB_WORK"}."/$id.$$";
 583     $ENV{"TASK_KEEPMOUNT"} = $ENV{"TASK_WORK"}."/keep";
 584     $ENV{"TASK_TMPDIR"} = $ENV{"TASK_WORK"}; # deprecated
 585     $ENV{"CRUNCH_NODE_SLOTS"} = $slot[$childslot]->{node}->{ncpus};
 586     $ENV{"PATH"} = $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} . "/bin:" . $ENV{"PATH"};
 587
 588     $ENV{"GZIP"} = "-n";
 589
 590     my @srunargs = (
 591       "srun",
 592       "--nodelist=".$childnode->{name},
 593       qw(-n1 -c1 -N1 -D), $ENV{'TMPDIR'},
 594       "--job-name=$job_id.$id.$$",
 595         );
 596     my @execargs = qw(sh);
 597     my $build_script_to_send = "";
 598     my $command =
 599         "if [ -e $ENV{TASK_WORK} ]; then rm -rf $ENV{TASK_WORK}; fi; "
 600         ."mkdir -p $ENV{JOB_WORK} $ENV{CRUNCH_TMP} $ENV{TASK_WORK} $ENV{TASK_KEEPMOUNT} "
 601         ."&& cd $ENV{CRUNCH_TMP} ";
 602     if ($build_script)
 603     {
 604       $build_script_to_send = $build_script;
 605       $command .=
 606           "&& perl -";
 607     }
 608     $command .=
 609         "&& exec arv-mount $ENV{TASK_KEEPMOUNT} --exec $ENV{CRUNCH_SRC}/crunch_scripts/" . $Job->{"script"};
 610     my @execargs = ('bash', '-c', $command);
 611     srun (\@srunargs, \@execargs, undef, $build_script_to_send);
 612     exit (111);
 613   }
 614   close("writer");
 615   if (!defined $childpid)
 616   {
 617     close $reader{$id};
 618     delete $reader{$id};
 619     next;
 620   }
 621   shift @freeslot;
 622   $proc{$childpid} = { jobstep => $id,
 623                        time => time,
 624                        slot => $childslot,
 625                        jobstepname => "$job_id.$id.$childpid",
 626                      };
 627   croak ("assert failed: \$slot[$childslot]->{'pid'} exists") if exists $slot[$childslot]->{pid};
 628   $slot[$childslot]->{pid} = $childpid;
 629
 630   Log ($id, "job_task ".$Jobstep->{'arvados_task'}->{'uuid'});
 631   Log ($id, "child $childpid started on $childslotname");
 632   $Jobstep->{starttime} = time;
 633   $Jobstep->{node} = $childnode->{name};
 634   $Jobstep->{slotindex} = $childslot;
 635   delete $Jobstep->{stderr};
 636   delete $Jobstep->{finishtime};
 637
 638   splice @jobstep_todo, $todo_ptr, 1;
 639   --$todo_ptr;
 640
 641   $progress_is_dirty = 1;
 642
 643   while (!@freeslot
 644          ||
 645          (@slot > @freeslot && $todo_ptr+1 > $#jobstep_todo))
 646   {
 647     last THISROUND if $main::please_freeze;
 648     if ($main::please_info)
 649     {
 650       $main::please_info = 0;
 651       freeze();
 652       collate_output();
 653       save_meta(1);
 654       update_progress_stats();
 655     }
 656     my $gotsome
 657         = readfrompipes ()
 658         + reapchildren ();
 659     if (!$gotsome)
 660     {
 661       check_refresh_wanted();
 662       check_squeue();
 663       update_progress_stats();
 664       select (undef, undef, undef, 0.1);
 665     }
 666     elsif (time - $progress_stats_updated >= 30)
 667     {
 668       update_progress_stats();
 669     }
 670     if (($thisround_failed_multiple >= 8 && $thisround_succeeded == 0) ||
 671         ($thisround_failed_multiple >= 16 && $thisround_failed_multiple > $thisround_succeeded))
 672     {
 673       my $message = "Repeated failure rate too high ($thisround_failed_multiple/"
 674           .($thisround_failed+$thisround_succeeded)
 675           .") -- giving up on this round";
 676       Log (undef, $message);
 677       last THISROUND;
 678     }
 679
 680     # move slots from freeslot to holdslot (or back to freeslot) if necessary
 681     for (my $i=$#freeslot; $i>=0; $i--) {
 682       if ($slot[$freeslot[$i]]->{node}->{hold_until} > scalar time) {
 683         push @holdslot, (splice @freeslot, $i, 1);
 684       }
 685     }
 686     for (my $i=$#holdslot; $i>=0; $i--) {
 687       if ($slot[$holdslot[$i]]->{node}->{hold_until} <= scalar time) {
 688         push @freeslot, (splice @holdslot, $i, 1);
 689       }
 690     }
 691
 692     # give up if no nodes are succeeding
 693     if (!grep { $_->{node}->{losing_streak} == 0 &&
 694                     $_->{node}->{hold_count} < 4 } @slot) {
 695       my $message = "Every node has failed -- giving up on this round";
 696       Log (undef, $message);
 697       last THISROUND;
 698     }
 699   }
 700 }
 701
 702
 703 push @freeslot, splice @holdslot;
 704 map { $slot[$freeslot[$_]]->{node}->{losing_streak} = 0 } (0..$#freeslot);
 705
 706
 707 Log (undef, "wait for last ".(scalar keys %proc)." children to finish");
 708 while (%proc)
 709 {
 710   if ($main::please_continue) {
 711     $main::please_continue = 0;
 712     goto THISROUND;
 713   }
 714   $main::please_info = 0, freeze(), collate_output(), save_meta(1) if $main::please_info;
 715   readfrompipes ();
 716   if (!reapchildren())
 717   {
 718     check_refresh_wanted();
 719     check_squeue();
 720     update_progress_stats();
 721     select (undef, undef, undef, 0.1);
 722     killem (keys %proc) if $main::please_freeze;
 723   }
 724 }
 725
 726 update_progress_stats();
 727 freeze_if_want_freeze();
 728
 729
 730 if (!defined $main::success)
 731 {
 732   if (@jobstep_todo &&
 733       $thisround_succeeded == 0 &&
 734       ($thisround_failed == 0 || $thisround_failed > 4))
 735   {
 736     my $message = "stop because $thisround_failed tasks failed and none succeeded";
 737     Log (undef, $message);
 738     $main::success = 0;
 739   }
 740   if (!@jobstep_todo)
 741   {
 742     $main::success = 1;
 743   }
 744 }
 745
 746 goto ONELEVEL if !defined $main::success;
 747
 748
 749 release_allocation();
 750 freeze();
 751 if ($job_has_uuid) {
 752   $Job->update_attributes('output' => &collate_output(),
 753                           'running' => 0,
 754                           'success' => $Job->{'output'} && $main::success,
 755                           'finished_at' => scalar gmtime)
 756 }
 757
 758 if ($Job->{'output'})
 759 {
 760   eval {
 761     my $manifest_text = `arv keep get $Job->{'output'}`;
 762     $arv->{'collections'}->{'create'}->execute('collection' => {
 763       'uuid' => $Job->{'output'},
 764       'manifest_text' => $manifest_text,
 765     });
 766   };
 767   if ($@) {
 768     Log (undef, "Failed to register output manifest: $@");
 769   }
 770 }
 771
 772 Log (undef, "finish");
 773
 774 save_meta();
 775 exit 0;
 776
 777
 778
 779 sub update_progress_stats
 780 {
 781   $progress_stats_updated = time;
 782   return if !$progress_is_dirty;
 783   my ($todo, $done, $running) = (scalar @jobstep_todo,
 784                                  scalar @jobstep_done,
 785                                  scalar @slot - scalar @freeslot - scalar @holdslot);
 786   $Job->{'tasks_summary'} ||= {};
 787   $Job->{'tasks_summary'}->{'todo'} = $todo;
 788   $Job->{'tasks_summary'}->{'done'} = $done;
 789   $Job->{'tasks_summary'}->{'running'} = $running;
 790   if ($job_has_uuid) {
 791     $Job->update_attributes('tasks_summary' => $Job->{'tasks_summary'});
 792   }
 793   Log (undef, "status: $done done, $running running, $todo todo");
 794   $progress_is_dirty = 0;
 795 }
 796
 797
 798
 799 sub reapchildren
 800 {
 801   my $pid = waitpid (-1, WNOHANG);
 802   return 0 if $pid <= 0;
 803
 804   my $whatslot = ($slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{name}
 805                   . "."
 806                   . $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{cpu});
 807   my $jobstepid = $proc{$pid}->{jobstep};
 808   my $elapsed = time - $proc{$pid}->{time};
 809   my $Jobstep = $jobstep[$jobstepid];
 810
 811   my $childstatus = $?;
 812   my $exitvalue = $childstatus >> 8;
 813   my $exitinfo = sprintf("exit %d signal %d%s",
 814                          $exitvalue,
 815                          $childstatus & 127,
 816                          ($childstatus & 128 ? ' core dump' : ''));
 817   $Jobstep->{'arvados_task'}->reload;
 818   my $task_success = $Jobstep->{'arvados_task'}->{success};
 819
 820   Log ($jobstepid, "child $pid on $whatslot $exitinfo success=$task_success");
 821
 822   if (!defined $task_success) {
 823     # task did not indicate one way or the other --> fail
 824     $Jobstep->{'arvados_task'}->{success} = 0;
 825     $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
 826     $task_success = 0;
 827   }
 828
 829   if (!$task_success)
 830   {
 831     my $temporary_fail;
 832     $temporary_fail ||= $Jobstep->{node_fail};
 833     $temporary_fail ||= ($exitvalue == 111);
 834
 835     ++$thisround_failed;
 836     ++$thisround_failed_multiple if $Jobstep->{'failures'} >= 1;
 837
 838     # Check for signs of a failed or misconfigured node
 839     if (++$slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{losing_streak} >=
 840         2+$slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{ncpus}) {
 841       # Don't count this against jobstep failure thresholds if this
 842       # node is already suspected faulty and srun exited quickly
 843       if ($slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{hold_until} &&
 844           $elapsed < 5) {
 845         Log ($jobstepid, "blaming failure on suspect node " .
 846              $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{name});
 847         $temporary_fail ||= 1;
 848       }
 849       ban_node_by_slot($proc{$pid}->{slot});
 850     }
 851
 852     Log ($jobstepid, sprintf('failure (#%d, %s) after %d seconds',
 853                              ++$Jobstep->{'failures'},
 854                              $temporary_fail ? 'temporary ' : 'permanent',
 855                              $elapsed));
 856
 857     if (!$temporary_fail || $Jobstep->{'failures'} >= 3) {
 858       # Give up on this task, and the whole job
 859       $main::success = 0;
 860       $main::please_freeze = 1;
 861     }
 862     else {
 863       # Put this task back on the todo queue
 864       push @jobstep_todo, $jobstepid;
 865     }
 866     $Job->{'tasks_summary'}->{'failed'}++;
 867   }
 868   else
 869   {
 870     ++$thisround_succeeded;
 871     $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{losing_streak} = 0;
 872     $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{hold_until} = 0;
 873     push @jobstep_done, $jobstepid;
 874     Log ($jobstepid, "success in $elapsed seconds");
 875   }
 876   $Jobstep->{exitcode} = $childstatus;
 877   $Jobstep->{finishtime} = time;
 878   process_stderr ($jobstepid, $task_success);
 879   Log ($jobstepid, "output " . $Jobstep->{'arvados_task'}->{output});
 880
 881   close $reader{$jobstepid};
 882   delete $reader{$jobstepid};
 883   delete $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{pid};
 884   push @freeslot, $proc{$pid}->{slot};
 885   delete $proc{$pid};
 886
 887   # Load new tasks
 888   my $newtask_list = $arv->{'job_tasks'}->{'list'}->execute(
 889     'where' => {
 890       'created_by_job_task_uuid' => $Jobstep->{'arvados_task'}->{uuid}
 891     },
 892     'order' => 'qsequence'
 893   );
 894   foreach my $arvados_task (@{$newtask_list->{'items'}}) {
 895     my $jobstep = {
 896       'level' => $arvados_task->{'sequence'},
 897       'failures' => 0,
 898       'arvados_task' => $arvados_task
 899     };
 900     push @jobstep, $jobstep;
 901     push @jobstep_todo, $#jobstep;
 902   }
 903
 904   $progress_is_dirty = 1;
 905   1;
 906 }
 907
 908 sub check_refresh_wanted
 909 {
 910   my @stat = stat $ENV{"CRUNCH_REFRESH_TRIGGER"};
 911   if (@stat && $stat[9] > $latest_refresh) {
 912     $latest_refresh = scalar time;
 913     if ($job_has_uuid) {
 914       my $Job2 = $arv->{'jobs'}->{'get'}->execute('uuid' => $jobspec);
 915       for my $attr ('cancelled_at',
 916                     'cancelled_by_user_uuid',
 917                     'cancelled_by_client_uuid') {
 918         $Job->{$attr} = $Job2->{$attr};
 919       }
 920       if ($Job->{'cancelled_at'}) {
 921         Log (undef, "Job cancelled at " . $Job->{cancelled_at} .
 922              " by user " . $Job->{cancelled_by_user_uuid});
 923         $main::success = 0;
 924         $main::please_freeze = 1;
 925       }
 926     }
 927   }
 928 }
 929
 930 sub check_squeue
 931 {
 932   # return if the kill list was checked <4 seconds ago
 933   if (defined $squeue_kill_checked && $squeue_kill_checked > time - 4)
 934   {
 935     return;
 936   }
 937   $squeue_kill_checked = time;
 938
 939   # use killem() on procs whose killtime is reached
 940   for (keys %proc)
 941   {
 942     if (exists $proc{$_}->{killtime}
 943         && $proc{$_}->{killtime} <= time)
 944     {
 945       killem ($_);
 946     }
 947   }
 948
 949   # return if the squeue was checked <60 seconds ago
 950   if (defined $squeue_checked && $squeue_checked > time - 60)
 951   {
 952     return;
 953   }
 954   $squeue_checked = time;
 955
 956   if (!$have_slurm)
 957   {
 958     # here is an opportunity to check for mysterious problems with local procs
 959     return;
 960   }
 961
 962   # get a list of steps still running
 963   my @squeue = `squeue -s -h -o '%i %j' && echo ok`;
 964   chop @squeue;
 965   if ($squeue[-1] ne "ok")
 966   {
 967     return;
 968   }
 969   pop @squeue;
 970
 971   # which of my jobsteps are running, according to squeue?
 972   my %ok;
 973   foreach (@squeue)
 974   {
 975     if (/^(\d+)\.(\d+) (\S+)/)
 976     {
 977       if ($1 eq $ENV{SLURM_JOBID})
 978       {
 979         $ok{$3} = 1;
 980       }
 981     }
 982   }
 983
 984   # which of my active child procs (>60s old) were not mentioned by squeue?
 985   foreach (keys %proc)
 986   {
 987     if ($proc{$_}->{time} < time - 60
 988         && !exists $ok{$proc{$_}->{jobstepname}}
 989         && !exists $proc{$_}->{killtime})
 990     {
 991       # kill this proc if it hasn't exited in 30 seconds
 992       $proc{$_}->{killtime} = time + 30;
 993     }
 994   }
 995 }
 996
 997
 998 sub release_allocation
 999 {
1000   if ($have_slurm)
1001   {
1002     Log (undef, "release job allocation");
1003     system "scancel $ENV{SLURM_JOBID}";
1004   }
1005 }
1006
1007
1008 sub readfrompipes
1009 {
1010   my $gotsome = 0;
1011   foreach my $job (keys %reader)
1012   {
1013     my $buf;
1014     while (0 < sysread ($reader{$job}, $buf, 8192))
1015     {
1016       print STDERR $buf if $ENV{CRUNCH_DEBUG};
1017       $jobstep[$job]->{stderr} .= $buf;
1018       preprocess_stderr ($job);
1019       if (length ($jobstep[$job]->{stderr}) > 16384)
1020       {
1021         substr ($jobstep[$job]->{stderr}, 0, 8192) = "";
1022       }
1023       $gotsome = 1;
1024     }
1025   }
1026   return $gotsome;
1027 }
1028
1029
1030 sub preprocess_stderr
1031 {
1032   my $job = shift;
1033
1034   while ($jobstep[$job]->{stderr} =~ /^(.*?)\n/) {
1035     my $line = $1;
1036     substr $jobstep[$job]->{stderr}, 0, 1+length($line), "";
1037     Log ($job, "stderr $line");
1038     if ($line =~ /srun: error: (SLURM job $ENV{SLURM_JOB_ID} has expired|Unable to confirm allocation for job $ENV{SLURM_JOB_ID})/) {
1039       # whoa.
1040       $main::please_freeze = 1;
1041     }
1042     elsif ($line =~ /srun: error: (Node failure on|Unable to create job step) /) {
1043       $jobstep[$job]->{node_fail} = 1;
1044       ban_node_by_slot($jobstep[$job]->{slotindex});
1045     }
1046   }
1047 }
1048
1049
1050 sub process_stderr
1051 {
1052   my $job = shift;
1053   my $task_success = shift;
1054   preprocess_stderr ($job);
1055
1056   map {
1057     Log ($job, "stderr $_");
1058   } split ("\n", $jobstep[$job]->{stderr});
1059 }
1060
1061 sub fetch_block
1062 {
1063   my $hash = shift;
1064   my ($child_out, $child_in, $output_block);
1065
1066   my $pid = open2($child_out, $child_in, 'arv', 'keep', 'get', $hash);
1067   sysread($child_out, $output_block, 64 * 1024 * 1024);
1068   waitpid($pid, 0);
1069   return $output_block;
1070 }
1071
1072 sub collate_output
1073 {
1074   Log (undef, "collate");
1075
1076   my ($child_out, $child_in);
1077   my $pid = open2($child_out, $child_in, 'arv', 'keep', 'put', '--raw');
1078   my $joboutput;
1079   for (@jobstep)
1080   {
1081     next if (!exists $_->{'arvados_task'}->{output} ||
1082              !$_->{'arvados_task'}->{'success'} ||
1083              $_->{'exitcode'} != 0);
1084     my $output = $_->{'arvados_task'}->{output};
1085     if ($output !~ /^[0-9a-f]{32}(\+\S+)*$/)
1086     {
1087       $output_in_keep ||= $output =~ / [0-9a-f]{32}\S*\+K/;
1088       print $child_in $output;
1089     }
1090     elsif (@jobstep == 1)
1091     {
1092       $joboutput = $output;
1093       last;
1094     }
1095     elsif (defined (my $outblock = fetch_block ($output)))
1096     {
1097       $output_in_keep ||= $outblock =~ / [0-9a-f]{32}\S*\+K/;
1098       print $child_in $outblock;
1099     }
1100     else
1101     {
1102       Log (undef, "XXX fetch_block($output) failed XXX");
1103       $main::success = 0;
1104     }
1105   }
1106   $child_in->close;
1107
1108   if (!defined $joboutput) {
1109     my $s = IO::Select->new($child_out);
1110     if ($s->can_read(120)) {
1111       sysread($child_out, $joboutput, 64 * 1024 * 1024);
1112     } else {
1113       Log (undef, "timed out reading from 'arv keep put'");
1114     }
1115   }
1116   waitpid($pid, 0);
1117
1118   if ($joboutput)
1119   {
1120     Log (undef, "output $joboutput");
1121     $Job->update_attributes('output' => $joboutput) if $job_has_uuid;
1122   }
1123   else
1124   {
1125     Log (undef, "output undef");
1126   }
1127   return $joboutput;
1128 }
1129
1130
1131 sub killem
1132 {
1133   foreach (@_)
1134   {
1135     my $sig = 2;                # SIGINT first
1136     if (exists $proc{$_}->{"sent_$sig"} &&
1137         time - $proc{$_}->{"sent_$sig"} > 4)
1138     {
1139       $sig = 15;                # SIGTERM if SIGINT doesn't work
1140     }
1141     if (exists $proc{$_}->{"sent_$sig"} &&
1142         time - $proc{$_}->{"sent_$sig"} > 4)
1143     {
1144       $sig = 9;                 # SIGKILL if SIGTERM doesn't work
1145     }
1146     if (!exists $proc{$_}->{"sent_$sig"})
1147     {
1148       Log ($proc{$_}->{jobstep}, "sending 2x signal $sig to pid $_");
1149       kill $sig, $_;
1150       select (undef, undef, undef, 0.1);
1151       if ($sig == 2)
1152       {
1153         kill $sig, $_;     # srun wants two SIGINT to really interrupt
1154       }
1155       $proc{$_}->{"sent_$sig"} = time;
1156       $proc{$_}->{"killedafter"} = time - $proc{$_}->{"time"};
1157     }
1158   }
1159 }
1160
1161
1162 sub fhbits
1163 {
1164   my($bits);
1165   for (@_) {
1166     vec($bits,fileno($_),1) = 1;
1167   }
1168   $bits;
1169 }
1170
1171
1172 sub Log                         # ($jobstep_id, $logmessage)
1173 {
1174   if ($_[1] =~ /\n/) {
1175     for my $line (split (/\n/, $_[1])) {
1176       Log ($_[0], $line);
1177     }
1178     return;
1179   }
1180   my $fh = select STDERR; $|=1; select $fh;
1181   my $message = sprintf ("%s %d %s %s", $job_id, $$, @_);
1182   $message =~ s{([^ -\176])}{"\\" . sprintf ("%03o", ord($1))}ge;
1183   $message .= "\n";
1184   my $datetime;
1185   if ($metastream || -t STDERR) {
1186     my @gmtime = gmtime;
1187     $datetime = sprintf ("%04d-%02d-%02d_%02d:%02d:%02d",
1188                          $gmtime[5]+1900, $gmtime[4]+1, @gmtime[3,2,1,0]);
1189   }
1190   print STDERR ((-t STDERR) ? ($datetime." ".$message) : $message);
1191
1192   if ($metastream) {
1193     print $metastream $datetime . " " . $message;
1194   }
1195 }
1196
1197
1198 sub croak
1199 {
1200   my ($package, $file, $line) = caller;
1201   my $message = "@_ at $file line $line\n";
1202   Log (undef, $message);
1203   freeze() if @jobstep_todo;
1204   collate_output() if @jobstep_todo;
1205   cleanup();
1206   save_meta() if $metastream;
1207   die;
1208 }
1209
1210
1211 sub cleanup
1212 {
1213   return if !$job_has_uuid;
1214   $Job->update_attributes('running' => 0,
1215                           'success' => 0,
1216                           'finished_at' => scalar gmtime);
1217 }
1218
1219
1220 sub save_meta
1221 {
1222   my $justcheckpoint = shift; # false if this will be the last meta saved
1223   return if $justcheckpoint;  # checkpointing is not relevant post-Warehouse.pm
1224
1225   $local_logfile->flush;
1226   my $cmd = "arv keep put --filename $keep_logfile ". $local_logfile->filename;
1227   my $loglocator = `$cmd`;
1228   die "system $cmd failed: $?" if $?;
1229
1230   $local_logfile = undef;   # the temp file is automatically deleted
1231   Log (undef, "log manifest is $loglocator");
1232   $Job->{'log'} = $loglocator;
1233   $Job->update_attributes('log', $loglocator) if $job_has_uuid;
1234 }
1235
1236
1237 sub freeze_if_want_freeze
1238 {
1239   if ($main::please_freeze)
1240   {
1241     release_allocation();
1242     if (@_)
1243     {
1244       # kill some srun procs before freeze+stop
1245       map { $proc{$_} = {} } @_;
1246       while (%proc)
1247       {
1248         killem (keys %proc);
1249         select (undef, undef, undef, 0.1);
1250         my $died;
1251         while (($died = waitpid (-1, WNOHANG)) > 0)
1252         {
1253           delete $proc{$died};
1254         }
1255       }
1256     }
1257     freeze();
1258     collate_output();
1259     cleanup();
1260     save_meta();
1261     exit 0;
1262   }
1263 }
1264
1265
1266 sub freeze
1267 {
1268   Log (undef, "Freeze not implemented");
1269   return;
1270 }
1271
1272
1273 sub thaw
1274 {
1275   croak ("Thaw not implemented");
1276 }
1277
1278
1279 sub freezequote
1280 {
1281   my $s = shift;
1282   $s =~ s/\\/\\\\/g;
1283   $s =~ s/\n/\\n/g;
1284   return $s;
1285 }
1286
1287
1288 sub freezeunquote
1289 {
1290   my $s = shift;
1291   $s =~ s{\\(.)}{$1 eq "n" ? "\n" : $1}ge;
1292   return $s;
1293 }
1294
1295
1296 sub srun
1297 {
1298   my $srunargs = shift;
1299   my $execargs = shift;
1300   my $opts = shift || {};
1301   my $stdin = shift;
1302   my $args = $have_slurm ? [@$srunargs, @$execargs] : $execargs;
1303   print STDERR (join (" ",
1304                       map { / / ? "'$_'" : $_ }
1305                       (@$args)),
1306                 "\n")
1307       if $ENV{CRUNCH_DEBUG};
1308
1309   if (defined $stdin) {
1310     my $child = open STDIN, "-|";
1311     defined $child or die "no fork: $!";
1312     if ($child == 0) {
1313       print $stdin or die $!;
1314       close STDOUT or die $!;
1315       exit 0;
1316     }
1317   }
1318
1319   return system (@$args) if $opts->{fork};
1320
1321   exec @$args;
1322   warn "ENV size is ".length(join(" ",%ENV));
1323   die "exec failed: $!: @$args";
1324 }
1325
1326
1327 sub ban_node_by_slot {
1328   # Don't start any new jobsteps on this node for 60 seconds
1329   my $slotid = shift;
1330   $slot[$slotid]->{node}->{hold_until} = 60 + scalar time;
1331   $slot[$slotid]->{node}->{hold_count}++;
1332   Log (undef, "backing off node " . $slot[$slotid]->{node}->{name} . " for 60 seconds");
1333 }
1334
1335 sub must_lock_now
1336 {
1337   my ($lockfile, $error_message) = @_;
1338   open L, ">", $lockfile or croak("$lockfile: $!");
1339   if (!flock L, LOCK_EX|LOCK_NB) {
1340     croak("Can't lock $lockfile: $error_message\n");
1341   }
1342 }
1343
1344 __DATA__
1345 #!/usr/bin/perl
1346
1347 # checkout-and-build
1348
1349 use Fcntl ':flock';
1350
1351 my $destdir = $ENV{"CRUNCH_SRC"};
1352 my $commit = $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"};
1353 my $repo = $ENV{"CRUNCH_SRC_URL"};
1354
1355 open L, ">", "$destdir.lock" or die "$destdir.lock: $!";
1356 flock L, LOCK_EX;
1357 if (readlink ("$destdir.commit") eq $commit && -d $destdir) {
1358     exit 0;
1359 }
1360
1361 unlink "$destdir.commit";
1362 open STDOUT, ">", "$destdir.log";
1363 open STDERR, ">&STDOUT";
1364
1365 mkdir $destdir;
1366 my @git_archive_data = <DATA>;
1367 if (@git_archive_data) {
1368   open TARX, "|-", "tar", "-C", $destdir, "-xf", "-";
1369   print TARX @git_archive_data;
1370   if(!close(TARX)) {
1371     die "'tar -C $destdir -xf -' exited $?: $!";
1372   }
1373 }
1374
1375 my $pwd;
1376 chomp ($pwd = `pwd`);
1377 my $install_dir = $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} || "$pwd/opt";
1378 mkdir $install_dir;
1379
1380 for my $src_path ("$destdir/arvados/sdk/python") {
1381   if (-d $src_path) {
1382     shell_or_die ("virtualenv", $install_dir);
1383     shell_or_die ("cd $src_path && ./build.sh && $install_dir/bin/python setup.py install");
1384   }
1385 }
1386
1387 if (-e "$destdir/crunch_scripts/install") {
1388     shell_or_die ("$destdir/crunch_scripts/install", $install_dir);
1389 } elsif (!-e "./install.sh" && -e "./tests/autotests.sh") {
1390     # Old version
1391     shell_or_die ("./tests/autotests.sh", $install_dir);
1392 } elsif (-e "./install.sh") {
1393     shell_or_die ("./install.sh", $install_dir);
1394 }
1395
1396 if ($commit) {
1397     unlink "$destdir.commit.new";
1398     symlink ($commit, "$destdir.commit.new") or die "$destdir.commit.new: $!";
1399     rename ("$destdir.commit.new", "$destdir.commit") or die "$destdir.commit: $!";
1400 }
1401
1402 close L;
1403
1404 exit 0;
1405
1406 sub shell_or_die
1407 {
1408   if ($ENV{"DEBUG"}) {
1409     print STDERR "@_\n";
1410   }
1411   system (@_) == 0
1412       or die "@_ failed: $! exit 0x".sprintf("%x",$?);
1413 }
1414
1415 __DATA__