build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 doc
  74 lib/cli
  75 lib/cmd
  76 lib/crunchstat
  77 lib/dispatchcloud
  78 services/api
  79 services/arv-git-httpd
  80 services/crunchstat
  81 services/dockercleaner
  82 services/fuse
  83 services/health
  84 services/keep-web
  85 services/keepproxy
  86 services/keepstore
  87 services/keep-balance
  88 services/login-sync
  89 services/nodemanager
  90 services/nodemanager_integration
  91 services/crunch-run
  92 services/crunch-dispatch-local
  93 services/crunch-dispatch-slurm
  94 services/ws
  95 sdk/cli
  96 sdk/pam
  97 sdk/python
  98 sdk/python:py3
  99 sdk/ruby
 100 sdk/go/arvados
 101 sdk/go/arvadosclient
 102 sdk/go/dispatch
 103 sdk/go/keepclient
 104 sdk/go/health
 105 sdk/go/httpserver
 106 sdk/go/manifest
 107 sdk/go/blockdigest
 108 sdk/go/asyncbuf
 109 sdk/go/stats
 110 sdk/go/crunchrunner
 111 sdk/cwl
 112 sdk/R
 113 tools/sync-groups
 114 tools/crunchstat-summary
 115 tools/keep-exercise
 116 tools/keep-rsync
 117 tools/keep-block-check
 118
 119 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 120     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 121
 122 EOF
 123
 124 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 125 # environment that could interfere with the tests.
 126 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 127
 128 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 129 # accident.
 130 GITDIR=
 131 GOPATH=
 132 VENVDIR=
 133 VENV3DIR=
 134 PYTHONPATH=
 135 GEMHOME=
 136 PERLINSTALLBASE=
 137 R_LIBS=
 138
 139 short=
 140 only_install=
 141 temp=
 142 temp_preserve=
 143
 144 clear_temp() {
 145     if [[ -z "$temp" ]]; then
 146         # we didn't even get as far as making a temp dir
 147         :
 148     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 149         rm -rf "$temp"
 150     else
 151         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 152     fi
 153 }
 154
 155 fatal() {
 156     clear_temp
 157     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 158     exit 1
 159 }
 160
 161 exit_cleanly() {
 162     trap - INT
 163     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 164     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 165     stop_services
 166     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 167     report_outcomes
 168     clear_temp
 169     exit ${#failures}
 170 }
 171
 172 sanity_checks() {
 173     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 174         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 175     echo Checking dependencies:
 176     echo -n 'virtualenv: '
 177     virtualenv --version \
 178         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 179     echo -n 'ruby: '
 180     ruby -v \
 181         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 182     echo -n 'go: '
 183     go version \
 184         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 185     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 8 ]] \
 186         || fatal "Go >= 1.8 required. See http://golang.org/doc/install"
 187     echo -n 'gcc: '
 188     gcc --version | egrep ^gcc \
 189         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 190     echo -n 'fuse.h: '
 191     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 192         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 193     echo -n 'gnutls.h: '
 194     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 195         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 196     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 197     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 198         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 199     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 200     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 201         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 202     echo -n 'nginx: '
 203     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 204         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 205     echo -n 'perl: '
 206     perl -v | grep version \
 207         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 208     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 209         echo -n "perl $mod: "
 210         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 211             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 212     done
 213     echo -n 'gitolite: '
 214     which gitolite \
 215         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 216     echo -n 'npm: '
 217     npm --version \
 218         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 219     echo -n 'cadaver: '
 220     cadaver --version | grep -w cadaver \
 221           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 222     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 223     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 224         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 225     echo -n 'libcurl curl.h: '
 226     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 227         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 228     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 229     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 230         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 231     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 232     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 233             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 234     else
 235             echo "OK"
 236     fi
 237     echo -n 'postgresql: '
 238     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 239     echo -n 'phantomjs: '
 240     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 241     echo -n 'xvfb: '
 242     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 243     echo -n 'graphviz: '
 244     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 245
 246     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 247       # R SDK stuff
 248       echo -n 'R: '
 249       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 250       echo -n 'testthat: '
 251       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 252       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 253       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 254       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 255       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 256     fi
 257 }
 258
 259 rotate_logfile() {
 260   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 261   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 262   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 263     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 264     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 265     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 266   fi
 267 }
 268
 269 declare -a failures
 270 declare -A skip
 271 declare -A testargs
 272 skip[apps/workbench_profile]=1
 273
 274 while [[ -n "$1" ]]
 275 do
 276     arg="$1"; shift
 277     case "$arg" in
 278         --help)
 279             echo >&2 "$helpmessage"
 280             echo >&2
 281             exit 1
 282             ;;
 283         --skip)
 284             skip[$1]=1; shift
 285             ;;
 286         --only)
 287             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 288             ;;
 289         --short)
 290             short=1
 291             ;;
 292         --skip-install)
 293             only_install=nothing
 294             ;;
 295         --only-install)
 296             only_install="$1"; shift
 297             ;;
 298         --temp)
 299             temp="$1"; shift
 300             temp_preserve=1
 301             ;;
 302         --leave-temp)
 303             temp_preserve=1
 304             ;;
 305         --repeat)
 306             repeat=$((${1}+0)); shift
 307             ;;
 308         --retry)
 309             retry=1
 310             ;;
 311         *_test=*)
 312             suite="${arg%%_test=*}"
 313             args="${arg#*=}"
 314             testargs["$suite"]="$args"
 315             ;;
 316         *=*)
 317             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 318             ;;
 319         *)
 320             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 321             exit 1
 322             ;;
 323     esac
 324 done
 325
 326 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 327 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 328 NEED_SDK_R=true
 329
 330 if [[ ! -z "${only}" && "${only}" != "sdk/R" ]]; then
 331   NEED_SDK_R=false
 332 fi
 333
 334 if [[ ! -z "${skip}" && "${skip}" == "sdk/R" ]]; then
 335   NEED_SDK_R=false
 336 fi
 337
 338 start_services() {
 339     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 340     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 341         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 342     fi
 343     # Remove empty api.pid file if it exists
 344     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 345         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 346     fi
 347     cd "$WORKSPACE" \
 348         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 349         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 350         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 351         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 352         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 353         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 354         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 355         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx \
 356         && (env | egrep ^ARVADOS)
 357 }
 358
 359 stop_services() {
 360     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 361         return
 362     fi
 363     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 364     cd "$WORKSPACE" \
 365         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 366         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 367         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 368         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 369         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 370         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 371 }
 372
 373 interrupt() {
 374     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 375     exit_cleanly
 376 }
 377 trap interrupt INT
 378
 379 sanity_checks
 380
 381 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 382
 383 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 384     # Jenkins expects us to use this by default.
 385     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 386 fi
 387
 388 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 389 cd "$WORKSPACE"
 390 find -name '*.pyc' -delete
 391
 392 if [[ -z "$temp" ]]; then
 393     temp="$(mktemp -d)"
 394 fi
 395
 396 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 397 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 398 do
 399     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 400         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 401     fi
 402     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 403         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 404     fi
 405 done
 406
 407 setup_ruby_environment() {
 408     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 409         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 410         using_rvm=true
 411     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 412         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 413         using_rvm=true
 414     else
 415         using_rvm=false
 416     fi
 417
 418     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 419         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 420         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 421         # the environment to the "current gemset", which would lose
 422         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 423         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 424         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 425         # rvm gemset and use it for everything.
 426
 427         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 428             || fatal 'rvm check'
 429
 430         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 431         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 432         # complaint about not being in first place already.
 433         rvm use @default 2>/dev/null
 434
 435         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 436         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 437         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 438         # ruby to the caller.
 439         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 440         rvm use "@${gemset}" --create \
 441             || fatal 'rvm gemset setup'
 442
 443         rvm env
 444     else
 445         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 446         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 447         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 448         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 449         # should be installed, and we should leave it alone.)
 450
 451         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 452             user_gempath="$(gem env gempath)"
 453             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 454         fi
 455         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 456
 457         # When we build and install our own gems, we install them in our
 458         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 459         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 460         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 461
 462         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 463         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 464         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 465
 466         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 467         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 468         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 469     fi
 470     bundle config || gem install bundler \
 471         || fatal 'install bundler'
 472 }
 473
 474 with_test_gemset() {
 475     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 476         "$@"
 477     else
 478         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 479     fi
 480 }
 481
 482 gem_uninstall_if_exists() {
 483     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 484         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 485     fi
 486 }
 487
 488 setup_virtualenv() {
 489     local venvdest="$1"; shift
 490     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 491         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 492     fi
 493     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 494         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 495         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 496     else
 497         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 498     fi
 499     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 500     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 501 }
 502
 503 export PERLINSTALLBASE
 504 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 505
 506 export R_LIBS
 507
 508 export GOPATH
 509 mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 510 rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH"
 511 for d in \
 512     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados.git" \
 513     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 514     [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 515     [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 516 done
 517 ln -vsnfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 518     || fatal "symlink failed"
 519 go get -v github.com/kardianos/govendor \
 520     || fatal "govendor install failed"
 521 cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 522     || fatal
 523 # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they won't qualify
 524 # as +missing or +external below, and we won't be able to detect that
 525 # they're missing from vendor/vendor.json.
 526 rm -r vendor/*/
 527 go get -v -d ...
 528 "$GOPATH/bin/govendor" sync \
 529     || fatal "govendor sync failed"
 530 [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 531     || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 532 * govendor remove +unused
 533 * govendor add +missing +external
 534 "
 535 cd "$WORKSPACE"
 536
 537
 538 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 539 . "$VENVDIR/bin/activate"
 540
 541 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 542 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^PyYAML= \
 543     || pip install --no-cache-dir PyYAML >/dev/null \
 544     || fatal "pip install PyYAML failed"
 545
 546 # Preinstall libcloud, because nodemanager "pip install"
 547 # won't pick it up by default.
 548 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 549     || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir apache-libcloud>=$LIBCLOUD_PIN >/dev/null \
 550     || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 551
 552 # We need an unreleased (as of 2017-08-17) llfuse bugfix, otherwise our fuse test suite deadlocks.
 553 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || (
 554     set -e
 555     yes | pip uninstall llfuse || true
 556     cython --version || fatal "no cython; try sudo apt-get install cython"
 557     cd "$temp"
 558     (cd python-llfuse 2>/dev/null || git clone https://github.com/curoverse/python-llfuse)
 559     cd python-llfuse
 560     git checkout 620722fd990ea642ddb8e7412676af482c090c0c
 561     git checkout setup.py
 562     sed -i -e "s:'1\\.2':'1.2.0':" setup.py
 563     python setup.py build_cython
 564     python setup.py install --force
 565 ) || fatal "llfuse fork failed"
 566 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || fatal "error: installed llfuse 1.2.0 but '$(pip freeze | grep llfuse)' ???"
 567
 568 # Deactivate Python 2 virtualenv
 569 deactivate
 570
 571 declare -a pythonstuff
 572 pythonstuff=(
 573     sdk/pam
 574     sdk/python
 575     sdk/python:py3
 576     sdk/cwl
 577     services/dockercleaner:py3
 578     services/fuse
 579     services/nodemanager
 580     tools/crunchstat-summary
 581     )
 582
 583 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 584 # Otherwise, skip dependent tests.
 585 PYTHON3=$(which python3)
 586 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 587     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 588 else
 589     PYTHON3=
 590     cat >&2 <<EOF
 591
 592 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 593
 594 EOF
 595 fi
 596
 597 # Reactivate Python 2 virtualenv
 598 . "$VENVDIR/bin/activate"
 599
 600 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 601 # whine a lot.
 602 setup_ruby_environment
 603
 604 echo "PATH is $PATH"
 605
 606 if ! which bundler >/dev/null
 607 then
 608     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 609 fi
 610
 611 retry() {
 612     remain="${repeat}"
 613     while :
 614     do
 615         if ${@}; then
 616             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 617                 remain=$((${remain}-1))
 618                 title "Repeating ${remain} more times"
 619             else
 620                 break
 621             fi
 622         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 623             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 624             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 625             then
 626                 break
 627             fi
 628         else
 629             break
 630         fi
 631     done
 632 }
 633
 634 do_test() {
 635     case "${1}" in
 636         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 637             suite=apps/workbench
 638             ;;
 639         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 640             suite=services/nodemanager_suite
 641             ;;
 642         *)
 643             suite="${1}"
 644             ;;
 645     esac
 646     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 647                 (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 648                  "${only}" == "${1}") ]]; then
 649         retry do_test_once ${@}
 650     else
 651         title "Skipping ${1} tests"
 652     fi
 653 }
 654
 655 do_test_once() {
 656     unset result
 657
 658     title "Running $1 tests"
 659     timer_reset
 660     if [[ "$2" == "go" ]]
 661     then
 662         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 663         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 664         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 665         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 666         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 667         # compilation errors.
 668         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 669             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 670             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 671             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 672         then
 673             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 674             # does:
 675             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 676         else
 677             # The above form gets verbose even when testargs is
 678             # empty, so use this form in such cases:
 679             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 680         fi
 681         result=${result:-$?}
 682         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 683         then
 684             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 685             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 686         fi
 687     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 688     then
 689         tries=0
 690         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 691         do
 692             tries=$((${tries}+1))
 693             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 694             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 695             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 696             result=$?
 697             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 698             then
 699                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 700                 continue
 701             else
 702                 break
 703             fi
 704         done
 705     elif [[ "$2" != "" ]]
 706     then
 707         "test_$2"
 708     else
 709         "test_$1"
 710     fi
 711     result=${result:-$?}
 712     checkexit $result "$1 tests"
 713     title "End of $1 tests (`timer`)"
 714     return $result
 715 }
 716
 717 do_install() {
 718   skipit=false
 719
 720   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 721       retry do_install_once ${@}
 722   else
 723       skipit=true
 724   fi
 725
 726   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 727     title "Skipping $1 install"
 728   fi
 729 }
 730
 731 do_install_once() {
 732     title "Running $1 install"
 733     timer_reset
 734     if [[ "$2" == "go" ]]
 735     then
 736         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 737     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 738     then
 739         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 740         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 741
 742         # Need to change to a different directory after creating
 743         # the source dist package to avoid a pip bug.
 744         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 745
 746         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 747         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 748         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 749         # install" ensures that we've actually installed the local package
 750         # we just built.
 751         cd "$WORKSPACE/$1" \
 752             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 753             && cd "$WORKSPACE" \
 754             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 755             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 756     elif [[ "$2" != "" ]]
 757     then
 758         "install_$2"
 759     else
 760         "install_$1"
 761     fi
 762     result=$?
 763     checkexit $result "$1 install"
 764     title "End of $1 install (`timer`)"
 765     return $result
 766 }
 767
 768 bundle_install_trylocal() {
 769     (
 770         set -e
 771         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 772         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 773             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 774             bundle install --no-deployment
 775         fi
 776         bundle package --all
 777     )
 778 }
 779
 780 install_doc() {
 781     cd "$WORKSPACE/doc" \
 782         && bundle_install_trylocal \
 783         && rm -rf .site
 784 }
 785 do_install doc
 786
 787 install_gem() {
 788     gemname=$1
 789     srcpath=$2
 790     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 791         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 792         && bundle_install_trylocal \
 793         && gem build "$gemname.gemspec" \
 794         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 795 }
 796
 797 install_ruby_sdk() {
 798     install_gem arvados sdk/ruby
 799 }
 800 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 801
 802 install_R_sdk() {
 803   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 804     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 805        && Rscript --vanilla install_deps.R
 806   fi
 807 }
 808 do_install sdk/R R_sdk
 809
 810 install_perl_sdk() {
 811     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 812         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 813         && make install INSTALLDIRS=perl
 814 }
 815 do_install sdk/perl perl_sdk
 816
 817 install_cli() {
 818     install_gem arvados-cli sdk/cli
 819 }
 820 do_install sdk/cli cli
 821
 822 install_login-sync() {
 823     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 824 }
 825 do_install services/login-sync login-sync
 826
 827 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 828 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 829 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 830 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 831 # keepproxy).
 832 for p in "${pythonstuff[@]}"
 833 do
 834     dir=${p%:py3}
 835     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 836         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 837             do_install ${dir} pip
 838         fi
 839     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 840         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 841             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 842         fi
 843     fi
 844 done
 845
 846 install_apiserver() {
 847     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 848         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 849
 850     rm -f config/environments/test.rb
 851     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 852
 853     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 854     then
 855         for f in database.yml
 856         do
 857             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 858         done
 859     fi
 860
 861     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 862     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 863     # is a postgresql superuser.
 864     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 865         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 866         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.procpid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 867
 868     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 869
 870     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 871     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 872         (
 873             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 874             set -ex
 875             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 876             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 877         ) || return 1
 878     fi
 879
 880     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 881         && rm -rf tmp/git \
 882         && mkdir -p tmp/git \
 883         && cd tmp/git \
 884         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 885         && mkdir -p internal.git \
 886         && git --git-dir internal.git init \
 887             || return 1
 888
 889     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 890         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 891         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 892         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 893 }
 894 do_install services/api apiserver
 895
 896 declare -a gostuff
 897 gostuff=(
 898     cmd/arvados-client
 899     lib/cli
 900     lib/cmd
 901     lib/crunchstat
 902     lib/dispatchcloud
 903     sdk/go/arvados
 904     sdk/go/arvadosclient
 905     sdk/go/blockdigest
 906     sdk/go/dispatch
 907     sdk/go/health
 908     sdk/go/httpserver
 909     sdk/go/manifest
 910     sdk/go/asyncbuf
 911     sdk/go/crunchrunner
 912     sdk/go/stats
 913     services/arv-git-httpd
 914     services/crunchstat
 915     services/health
 916     services/keep-web
 917     services/keepstore
 918     sdk/go/keepclient
 919     services/keep-balance
 920     services/keepproxy
 921     services/crunch-dispatch-local
 922     services/crunch-dispatch-slurm
 923     services/crunch-run
 924     services/ws
 925     tools/keep-block-check
 926     tools/keep-exercise
 927     tools/keep-rsync
 928     tools/sync-groups
 929 )
 930 for g in "${gostuff[@]}"
 931 do
 932     do_install "$g" go
 933 done
 934
 935 install_workbench() {
 936     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 937         && mkdir -p tmp/cache \
 938         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 939         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 940 }
 941 do_install apps/workbench workbench
 942
 943 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 944
 945 test_doclinkchecker() {
 946     (
 947         set -e
 948         cd "$WORKSPACE/doc"
 949         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 950         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 951         # do much good!
 952         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 953     )
 954 }
 955 do_test doc doclinkchecker
 956
 957 stop_services
 958
 959 test_apiserver() {
 960     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 961     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 962         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 963 }
 964 do_test services/api apiserver
 965
 966 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 967 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 968 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 969   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 970   exit_cleanly
 971 fi
 972
 973 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 974
 975 test_ruby_sdk() {
 976     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 977         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 978 }
 979 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 980
 981 test_R_sdk() {
 982   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 983     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 984         && Rscript --vanilla run_test.R
 985   fi
 986 }
 987
 988 do_test sdk/R R_sdk
 989
 990 test_cli() {
 991     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 992         && mkdir -p /tmp/keep \
 993         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 994 }
 995 do_test sdk/cli cli
 996
 997 test_login-sync() {
 998     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 999         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1000 }
1001 do_test services/login-sync login-sync
1002
1003 test_nodemanager_integration() {
1004     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1005         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1006 }
1007 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1008
1009 for p in "${pythonstuff[@]}"
1010 do
1011     dir=${p%:py3}
1012     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1013         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1014             do_test ${dir} pip
1015         fi
1016     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1017         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1018             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1019         fi
1020     fi
1021 done
1022
1023 for g in "${gostuff[@]}"
1024 do
1025     do_test "$g" go
1026 done
1027
1028 test_workbench_units() {
1029     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1030         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1031 }
1032 do_test apps/workbench_units workbench_units
1033
1034 test_workbench_functionals() {
1035     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1036         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1037 }
1038 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1039
1040 test_workbench_integration() {
1041     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1042         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1043 }
1044 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1045
1046
1047 test_workbench_benchmark() {
1048     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1049         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1050 }
1051 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1052
1053 test_workbench_profile() {
1054     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1055         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1056 }
1057 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1058
1059 exit_cleanly