20690: Remove phantomjs and geckodriver (wb1 test deps).
[arvados.git] / build / run-tests.sh
1 #!/bin/bash
2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
3 #
4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
5
6 COLUMNS=80
7 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
8
9 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
10 $(basename $0): Install and test Arvados components.
11
12 Exit non-zero if any tests fail.
13
14 Syntax:
15         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
16
17 Options:
18
19 --skip FOO     Do not test the FOO component.
20 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
21 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
22                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
23                from a previous invocation if you use this option.
24 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
25 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
26                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
27 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
28                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
29                subsequent invocations.
30 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
31 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
32 --only-install Run specific install step
33 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
34 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
36 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests.
37 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
38                Restrict apiserver tests to the given file
39 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
40                Restrict Python SDK tests to the given class
41 services/githttpd_test="-check.vv"
42                Show all log messages, even when tests pass (also works
43                with services/keepstore_test etc.)
44 ARVADOS_DEBUG=1
45                Print more debug messages
46 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
47                *_test, and other examples shown above.
48
49 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
50 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
51 test suites depend on other components being installed, and installing
52 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
53
54 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
55 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
56
57 More information and background:
58
59 https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
60
61 Available tests:
62
63 cmd/arvados-client
64 cmd/arvados-package
65 cmd/arvados-server
66 doc
67 lib/cli
68 lib/cmd
69 lib/controller
70 lib/controller/federation
71 lib/controller/railsproxy
72 lib/controller/router
73 lib/controller/rpc
74 lib/crunchstat
75 lib/crunch-run
76 lib/cloud
77 lib/cloud/azure
78 lib/cloud/cloudtest
79 lib/dispatchcloud
80 lib/dispatchcloud/container
81 lib/dispatchcloud/scheduler
82 lib/dispatchcloud/sshexecutor
83 lib/dispatchcloud/worker
84 lib/mount
85 lib/pam
86 lib/service
87 services/api
88 services/githttpd
89 services/dockercleaner
90 services/fuse
91 services/fuse:py3
92 services/health
93 services/keep-web
94 services/keepproxy
95 services/keepstore
96 services/keep-balance
97 services/login-sync
98 services/crunch-dispatch-local
99 services/crunch-dispatch-slurm
100 services/workbench2_units
101 services/workbench2_integration
102 services/ws
103 sdk/cli
104 sdk/python
105 sdk/python:py3
106 sdk/ruby-google-api-client
107 sdk/ruby
108 sdk/go/arvados
109 sdk/go/arvadosclient
110 sdk/go/auth
111 sdk/go/dispatch
112 sdk/go/keepclient
113 sdk/go/health
114 sdk/go/httpserver
115 sdk/go/manifest
116 sdk/go/blockdigest
117 sdk/go/asyncbuf
118 sdk/go/stats
119 sdk/go/crunchrunner
120 sdk/cwl:py3
121 sdk/R
122 sdk/java-v2
123 tools/sync-groups
124 tools/crunchstat-summary
125 tools/crunchstat-summary:py3
126 tools/keep-exercise
127 tools/keep-rsync
128 tools/keep-block-check
129
130 EOF
131
132 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
133 # environment that could interfere with the tests.
134 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
135
136 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
137 # accident.
138 GITDIR=
139 GOPATH=
140 VENVDIR=
141 VENV3DIR=
142 PYTHONPATH=
143 GEMHOME=
144 R_LIBS=
145 export LANG=en_US.UTF-8
146
147 short=
148 only_install=
149 temp=
150 temp_preserve=
151
152 ignore_sigint=
153
154 clear_temp() {
155     if [[ -z "$temp" ]]; then
156         # we did not even get as far as making a temp dir
157         :
158     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
159         # Go creates readonly dirs in the module cache, which cause
160         # "rm -rf" to fail unless we chmod first.
161         chmod -R u+w "$temp"
162         rm -rf "$temp"
163     else
164         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
165     fi
166 }
167
168 fatal() {
169     clear_temp
170     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
171     exit 1
172 }
173
174 exit_cleanly() {
175     trap - INT
176     stop_services
177     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
178     report_outcomes
179     clear_temp
180     exit ${#failures}
181 }
182
183 sanity_checks() {
184     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
185     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
186         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
187     [[ -z "$CONFIGSRC" ]] || [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
188         || fatal "CONFIGSRC is $CONFIGSRC but '$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
189     echo Checking dependencies:
190     echo "locale: ${LANG}"
191     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
192         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
193     echo -n 'ruby: '
194     ruby -v \
195         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
196     echo -n 'go: '
197     go version \
198         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
199     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
200         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
201     echo -n 'gcc: '
202     gcc --version | egrep ^gcc \
203         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
204     echo -n 'fuse.h: '
205     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
206         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
207     echo -n 'gnutls.h: '
208     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
209         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
210     echo -n 'virtualenv: '
211     python3 -m venv -h | egrep --max-count=1 . \
212         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install python3-venv"
213     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
214     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
215         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
216     which netstat \
217         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
218     echo -n 'nginx: '
219     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
220         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
221     echo -n 'gitolite: '
222     which gitolite \
223         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
224     echo -n 'npm: '
225     npm --version \
226         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v10.23.1/node-v10.23.1-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v10.23.1-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
227     echo -n 'cadaver: '
228     cadaver --version | grep -w cadaver \
229           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
230     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
231     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
232         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
233     echo -n 'libcurl curl.h: '
234     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
235         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
236     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
237     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
238         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
239     echo -n 'libpam pam_appl.h: '
240     find /usr/include -path '*/security/pam_appl.h' | egrep --max-count=1 . \
241         || fatal "No libpam pam_appl.h. Try: apt-get install libpam0g-dev"
242     echo -n 'postgresql: '
243     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
244     echo -n 'xvfb: '
245     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
246     echo -n 'graphviz: '
247     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
248     echo -n 'singularity: '
249     singularity --version || fatal "No singularity. Try: arvados-server install"
250     echo -n 'docker client: '
251     docker --version || echo "No docker client. Try: arvados-server install"
252     echo -n 'docker server: '
253     docker info --format='{{.ServerVersion}}' || echo "No docker server. Try: arvados-server install"
254
255     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
256       # R SDK stuff
257       echo -n 'R: '
258       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
259       echo -n 'testthat: '
260       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
261       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
262       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
263       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
264       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
265     fi
266     echo 'procs with /dev/fuse open:'
267     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
268     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
269     grep fuse /proc/self/mountinfo
270 }
271
272 rotate_logfile() {
273   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
274   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
275   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
276     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
277     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
278     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
279   fi
280 }
281
282 declare -a failures
283 declare -A skip
284 declare -A only
285 declare -A testargs
286
287 while [[ -n "$1" ]]
288 do
289     arg="$1"; shift
290     case "$arg" in
291         --help)
292             echo >&2 "$helpmessage"
293             echo >&2
294             exit 1
295             ;;
296         --skip)
297             skip[$1]=1; shift
298             ;;
299         --only)
300             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
301             ;;
302         --short)
303             short=1
304             ;;
305         --interactive)
306             interactive=1
307             ;;
308         --skip-install)
309             skip[install]=1
310             ;;
311         --only-install)
312             only_install="$1"; shift
313             ;;
314         --temp)
315             temp="$1"; shift
316             temp_preserve=1
317             ;;
318         --leave-temp)
319             temp_preserve=1
320             ;;
321         --repeat)
322             repeat=$((${1}+0)); shift
323             ;;
324         --retry)
325             retry=1
326             ;;
327         *_test=*)
328             suite="${arg%%_test=*}"
329             args="${arg#*=}"
330             testargs["$suite"]="$args"
331             ;;
332         *=*)
333             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
334             ;;
335         *)
336             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
337             exit 1
338             ;;
339     esac
340 done
341
342 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
343 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
344 NEED_SDK_R=true
345
346 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
347    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
348   NEED_SDK_R=false
349 fi
350
351 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
352   NEED_SDK_R=false
353 fi
354
355 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
356         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
357 fi
358
359 checkpidfile() {
360     svc="$1"
361     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
362     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
363         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
364         echo "${svc} pid ${pid} not running"
365         return 1
366     fi
367     echo "${svc} pid ${pid} ok"
368 }
369
370 checkhealth() {
371     svc="$1"
372     base=$("${VENV3DIR}/bin/python3" -c "import yaml; print(list(yaml.safe_load(open('$ARVADOS_CONFIG','r'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0])")
373     url="$base/_health/ping"
374     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
375         echo "${url} failed"
376         return 1
377     fi
378 }
379
380 checkdiscoverydoc() {
381     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
382     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
383         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
384         tail -v $WORKSPACE/tmp/railsapi.log
385         return 1
386     fi
387     echo "${dd} ok"
388 }
389
390 start_services() {
391     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
392         return 0
393     fi
394     . "$VENV3DIR/bin/activate"
395     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, githttpd, ws, and nginx ssl proxy...'
396     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
397         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
398     fi
399     # Remove empty api.pid file if it exists
400     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
401         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
402     fi
403     all_services_stopped=
404     fail=1
405
406     cd "$WORKSPACE" \
407         && eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
408         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
409         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
410         && checkpidfile api \
411         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
412         && eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
413         && checkpidfile nginx \
414         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
415         && checkpidfile controller \
416         && checkhealth Controller \
417         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
418         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
419         && checkpidfile keepproxy \
420         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
421         && checkpidfile keep-web \
422         && checkhealth WebDAV \
423         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_githttpd \
424         && checkpidfile githttpd \
425         && checkhealth GitHTTP \
426         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
427         && checkpidfile ws \
428         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
429         && (env | egrep ^ARVADOS) \
430         && fail=0
431     deactivate
432     if [[ $fail != 0 ]]; then
433         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
434     fi
435     return $fail
436 }
437
438 stop_services() {
439     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
440         return
441     fi
442     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
443     . "$VENV3DIR/bin/activate" || return
444     cd "$WORKSPACE" \
445         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
446         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_githttpd \
447         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
448         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
449         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
450         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
451         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
452         && all_services_stopped=1
453     deactivate
454     unset ARVADOS_CONFIG
455 }
456
457 interrupt() {
458     if [[ -n "$ignore_sigint" ]]; then
459         echo >&2 "ignored SIGINT"
460         return
461     fi
462     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
463     exit_cleanly
464 }
465 trap interrupt INT
466
467 setup_ruby_environment() {
468     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
469         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
470         using_rvm=true
471     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
472         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
473         using_rvm=true
474     else
475         using_rvm=false
476     fi
477
478     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
479         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
480         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
481         # the environment to the "current gemset", which would lose
482         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
483         # programs (for example, the Workbench test suite could not
484         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
485         # rvm gemset and use it for everything.
486
487         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
488             || fatal 'rvm check'
489
490         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
491         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
492         # complaint about not being in first place already.
493         rvm use @default 2>/dev/null
494
495         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
496         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
497         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
498         # ruby to the caller.
499         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
500         rvm use "@${gemset}" --create \
501             || fatal 'rvm gemset setup'
502
503         rvm env
504         (bundle version | grep -q 2.2.19) || gem install --no-document bundler -v 2.2.19
505         bundle="$(which bundle)"
506         echo "$bundle"
507         "$bundle" version | grep 2.2.19 || fatal 'install bundler'
508     else
509         # When our "bundle install"s need to install new gems to
510         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
511         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
512         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
513         # should be installed, and we should leave it alone.)
514
515         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
516             user_gempath="$(gem env gempath)"
517             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
518         fi
519         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
520
521         # When we build and install our own gems, we install them in our
522         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
523         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
524         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
525
526         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
527         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
528         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home:$(gem env gempath)"
529
530         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
531         echo "Will install bundler and arvados gems to $tmpdir_gem_home"
532         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
533         bundle="bundle"
534         (
535             export HOME=$GEMHOME
536             versions=(2.2.19)
537             for v in ${versions[@]}; do
538                 if ! gem list --installed --version "${v}" bundler >/dev/null; then
539                     gem install --no-document --user $(for v in ${versions[@]}; do echo bundler:${v}; done)
540                     break
541                 fi
542             done
543             "$bundle" version | tee /dev/stderr | grep -q 'version 2'
544         ) || fatal 'install bundler'
545         if test -d /var/lib/arvados-arvbox/ ; then
546             # Inside arvbox, use bundler-installed binstubs.  The
547             # system bundler and rail's own bin/bundle refuse to work.
548             # I don't know why.
549             bundle=binstubs/bundle
550         fi
551     fi
552 }
553
554 with_test_gemset() {
555     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
556         "$@"
557     else
558         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
559     fi
560 }
561
562 gem_uninstall_if_exists() {
563     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
564         gem uninstall --force --all --executables "$1"
565     fi
566 }
567
568 setup_virtualenv() {
569     local venvdest="$1"; shift
570     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip3" ]]; then
571         python3 -m venv "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
572     elif [[ -n "$short" ]]; then
573         return
574     fi
575     "$venvdest/bin/pip3" install --no-cache-dir 'setuptools>=68' 'pip>=20'
576 }
577
578 initialize() {
579     # If dependencies like ruby, go, etc. are installed in
580     # /var/lib/arvados -- presumably by "arvados-server install" --
581     # then we want to use those versions, instead of whatever happens
582     # to be installed in /usr.
583     PATH="/var/lib/arvados/bin:${PATH}"
584     sanity_checks
585
586     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
587
588     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
589     cd "$WORKSPACE"
590     find -name '*.pyc' -delete
591
592     if [[ -z "$temp" ]]; then
593         temp="$(mktemp -d)"
594     fi
595
596     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
597     for tmpdir in VENV3DIR GOPATH GEMHOME R_LIBS
598     do
599         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
600             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
601         fi
602         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
603             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
604         fi
605     done
606
607     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
608
609     export R_LIBS
610
611     export GOPATH
612     # Make sure our compiled binaries under test override anything
613     # else that might be in the environment.
614     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
615
616     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
617     # that happens even if we don't end up running services that set up
618     # logging.
619     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
620     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
621
622     unset http_proxy https_proxy no_proxy
623
624     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
625     # whine a lot.
626     setup_ruby_environment
627
628     echo "PATH is $PATH"
629 }
630
631 install_env() {
632     go mod download || fatal "Go deps failed"
633     which goimports >/dev/null || go install golang.org/x/tools/cmd/goimports@latest || fatal "Go setup failed"
634
635     setup_virtualenv "$VENV3DIR"
636     . "$VENV3DIR/bin/activate"
637
638     # PyYAML is a test requirement used by run_test_server.py and needed for
639     # other, non-Python tests.
640     # pdoc is needed to build PySDK documentation.
641     # We run `setup.py build` first to generate _version.py.
642     env -C "$WORKSPACE/sdk/python" python3 setup.py build \
643         && python3 -m pip install "$WORKSPACE/sdk/python" \
644         && python3 -m pip install PyYAML pdoc \
645         || fatal "installing Python SDK and related dependencies failed"
646 }
647
648 retry() {
649     remain="${repeat}"
650     while :
651     do
652         if ${@}; then
653             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
654                 remain=$((${remain}-1))
655                 title "(repeating ${remain} more times)"
656             else
657                 break
658             fi
659         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
660             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
661             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
662             then
663                 break
664             fi
665         else
666             break
667         fi
668     done
669 }
670
671 do_test() {
672     case "${1}" in
673         services/workbench2_units | services/workbench2_integration)
674             suite=services/workbench2
675             ;;
676         *)
677             suite="${1}"
678             ;;
679     esac
680     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
681               -n "${skip[$1]}" || \
682               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
683         return 0
684     fi
685     case "${1}" in
686         services/api)
687             stop_services
688             check_arvados_config "$1"
689             ;;
690         gofmt | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/sshexecutor | lib/dispatchcloud/worker | services/workbench2_units | services/workbench2_integration)
691             check_arvados_config "$1"
692             # don't care whether services are running
693             ;;
694         *)
695             check_arvados_config "$1"
696             if ! start_services; then
697                 checkexit 1 "$1 tests"
698                 title "test $1 -- failed to start services"
699                 return 1
700             fi
701             ;;
702     esac
703     retry do_test_once ${@}
704 }
705
706 go_ldflags() {
707     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
708     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version} -s -w"
709 }
710
711 do_test_once() {
712     unset result
713
714     title "test $1"
715     timer_reset
716
717     result=
718     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
719     if ! . "$VENV3DIR/bin/activate"
720     then
721         result=1
722     elif [[ "$2" == "go" ]]
723     then
724         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
725         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
726         testflags=()
727         if [[ "$1" == "cmd/arvados-package" ]]; then
728             testflags+=("-timeout" "20m")
729         fi
730         # We do "go install" here to catch compilation errors
731         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
732         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
733         # compilation errors.
734         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
735             cd "$WORKSPACE/$1" && \
736             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
737         then
738             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
739             # does:
740             go test ${short:+-short} ${testflags[@]} ${testargs[$1]}
741         else
742             # The above form gets verbose even when testargs is
743             # empty, so use this form in such cases:
744             go test ${short:+-short} ${testflags[@]} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
745         fi
746         result=${result:-$?}
747         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
748         then
749             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
750             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
751         fi
752         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
753     elif [[ "$2" == "pip" ]]
754     then
755         tries=0
756         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
757         do
758             tries=$((${tries}+1))
759             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
760             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
761             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
762                 . "${3}activate"
763             fi
764             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
765             result=$?
766             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
767             then
768                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
769                 continue
770             else
771                 break
772             fi
773         done
774     elif [[ "$2" != "" ]]
775     then
776         "test_$2"
777     else
778         "test_$1"
779     fi
780     result=${result:-$?}
781     checkexit $result "$1 tests"
782     title "test $1 -- `timer`"
783     return $result
784 }
785
786 check_arvados_config() {
787     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
788         return
789     fi
790     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
791         # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
792         # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
793         # workbench install which require a valid config.yml.
794         if [[ ! -s "$VENV3DIR/bin/activate" ]] ; then
795             install_env
796         fi
797         . "$VENV3DIR/bin/activate"
798         cd "$WORKSPACE"
799         eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
800         deactivate
801     fi
802 }
803
804 do_install() {
805     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
806         return 0
807     fi
808     check_arvados_config "$1"
809     retry do_install_once ${@}
810 }
811
812 do_install_once() {
813     title "install $1"
814     timer_reset
815
816     result=
817     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
818     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENV3DIR/bin/activate"; then
819         result=1
820     elif [[ "$2" == "go" ]]
821     then
822         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
823     elif [[ "$2" == "pip" ]]
824     then
825         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
826         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
827
828         # Need to change to a different directory after creating
829         # the source dist package to avoid a pip bug.
830         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
831
832         # Also need to install twice, because if it believes the package is
833         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
834         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
835         # install" ensures that we've actually installed the local package
836         # we just built.
837         cd "$WORKSPACE/$1" \
838             && "${3}python3" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
839             && cd "$WORKSPACE" \
840             && "${3}pip3" install --no-cache-dir "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
841             && "${3}pip3" install --no-cache-dir --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
842     elif [[ "$2" != "" ]]
843     then
844         "install_$2"
845     else
846         "install_$1"
847     fi
848     result=${result:-$?}
849     checkexit $result "$1 install"
850     title "install $1 -- `timer`"
851     return $result
852 }
853
854 bundle_install_trylocal() {
855     (
856         set -e
857         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
858         if ! "$bundle" install --local --no-deployment; then
859             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
860             "$bundle" install --no-deployment
861         fi
862         "$bundle" package
863     )
864 }
865
866 install_doc() {
867     cd "$WORKSPACE/doc" \
868         && bundle_install_trylocal \
869         && rm -rf .site
870 }
871
872 install_gem() {
873     gemname=$1
874     srcpath=$2
875     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
876         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
877         && bundle_install_trylocal \
878         && gem build "$gemname.gemspec" \
879         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
880 }
881
882 install_sdk/ruby() {
883     install_gem arvados sdk/ruby
884 }
885
886 install_sdk/ruby-google-api-client() {
887     install_gem arvados-google-api-client sdk/ruby-google-api-client
888 }
889
890 install_sdk/R() {
891   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
892     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
893        && Rscript --vanilla install_deps.R
894   fi
895 }
896
897 install_sdk/cli() {
898     install_gem arvados-cli sdk/cli
899 }
900
901 install_services/login-sync() {
902     install_gem arvados-google-api-client sdk/ruby-google-api-client
903     install_gem arvados sdk/ruby
904     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
905 }
906
907 install_services/api() {
908     stop_services
909     check_arvados_config "services/api"
910     cd "$WORKSPACE/services/api" \
911         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
912             || return 1
913
914     rm -f config/environments/test.rb
915     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
916
917     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
918     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
919     # is a postgresql superuser.
920     cd "$WORKSPACE/services/api" \
921         && test_database=$("${VENV3DIR}/bin/python3" -c "import yaml; print(yaml.safe_load(open('$ARVADOS_CONFIG','r'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname'])") \
922         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
923
924     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
925
926     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
927     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
928         (
929             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
930             set -e
931             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
932             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
933         ) || return 1
934     fi
935
936     cd "$WORKSPACE/services/api" \
937         && rm -rf tmp/git \
938         && mkdir -p tmp/git \
939         && cd tmp/git \
940         && tar xf ../../test/test.git.tar \
941         && mkdir -p internal.git \
942         && git --git-dir internal.git init \
943             || return 1
944
945     (
946         set -ex
947         cd "$WORKSPACE/services/api"
948         export RAILS_ENV=test
949         if bin/rails db:environment:set ; then
950             bin/rake db:drop
951         fi
952         bin/rake db:setup
953         bin/rake db:fixtures:load
954     ) || return 1
955 }
956
957 declare -a pythonstuff
958 pythonstuff=(
959     sdk/python:py3
960     sdk/cwl:py3
961     services/dockercleaner:py3
962     services/fuse:py3
963     tools/crunchstat-summary:py3
964 )
965
966 declare -a gostuff
967 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git ls-files | grep '\.go$' | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
968
969 install_services/workbench2() {
970     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" \
971         && make yarn-install ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}"
972 }
973
974 test_doc() {
975     (
976         set -e
977         cd "$WORKSPACE/doc"
978         ARVADOS_API_HOST=pirca.arvadosapi.com
979         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
980         # do much good!
981         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ "$bundle" exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
982     )
983 }
984
985 test_gofmt() {
986     cd "$WORKSPACE" || return 1
987     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
988     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
989 }
990
991 test_services/api() {
992     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
993     cd "$WORKSPACE/services/api" \
994         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
995 }
996
997 test_sdk/ruby() {
998     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
999         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1000 }
1001
1002 test_sdk/ruby-google-api-client() {
1003     echo "*** note \`test sdk/ruby-google-api-client\` does not actually run any tests, see https://dev.arvados.org/issues/20993 ***"
1004     true
1005 }
1006
1007 test_sdk/R() {
1008   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1009     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1010         && Rscript --vanilla run_test.R
1011   fi
1012 }
1013
1014 test_sdk/cli() {
1015     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1016         && mkdir -p /tmp/keep \
1017         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1018 }
1019
1020 test_sdk/java-v2() {
1021     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test ${testargs[sdk/java-v2]}
1022 }
1023
1024 test_services/login-sync() {
1025     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1026         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1027 }
1028
1029 test_services/workbench2_units() {
1030     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" && make unit-tests ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}" WORKSPACE="$(pwd)" ${testargs[services/workbench2]}
1031 }
1032
1033 test_services/workbench2_integration() {
1034     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" && make integration-tests ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}" WORKSPACE="$(pwd)" ${testargs[services/workbench2]}
1035 }
1036
1037 install_deps() {
1038     # Install parts needed by test suites
1039     do_install env
1040     do_install cmd/arvados-server go
1041     do_install sdk/cli
1042     do_install sdk/python pip "${VENV3DIR}/bin/"
1043     do_install sdk/ruby-google-api-client
1044     do_install sdk/ruby
1045     do_install services/api
1046     do_install services/keepproxy go
1047     do_install services/keep-web go
1048 }
1049
1050 install_all() {
1051     do_install env
1052     do_install doc
1053     do_install sdk/ruby-google-api-client
1054     do_install sdk/ruby
1055     do_install sdk/R
1056     do_install sdk/cli
1057     do_install services/login-sync
1058     for p in "${pythonstuff[@]}"
1059     do
1060        dir=${p%:py3}
1061        if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1062            do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1063        fi
1064     done
1065     for g in "${gostuff[@]}"
1066     do
1067         do_install "$g" go
1068     done
1069     do_install services/api
1070     do_install services/workbench2
1071 }
1072
1073 test_all() {
1074     stop_services
1075     do_test services/api
1076
1077     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1078     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1079     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1080         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1081         exit_cleanly
1082     fi
1083
1084     do_test gofmt
1085     do_test doc
1086     do_test sdk/ruby-google-api-client
1087     do_test sdk/ruby
1088     do_test sdk/R
1089     do_test sdk/cli
1090     do_test services/login-sync
1091     do_test sdk/java-v2
1092     for p in "${pythonstuff[@]}"
1093     do
1094         dir=${p%:py3}
1095         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1096             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1097         fi
1098     done
1099
1100     for g in "${gostuff[@]}"
1101     do
1102         do_test "$g" go
1103     done
1104     do_test services/workbench2_units
1105     do_test services/workbench2_integration
1106 }
1107
1108 test_go() {
1109     do_test gofmt
1110     for g in "${gostuff[@]}"
1111     do
1112         do_test "$g" go
1113     done
1114 }
1115
1116 help_interactive() {
1117     echo "== Interactive commands:"
1118     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1119     echo "test TARGET"
1120     echo "10 test TARGET         (run test 10 times)"
1121     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1122     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1123     echo "install TARGET"
1124     echo "install env            (go/python libs)"
1125     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1126     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1127     echo "exit"
1128     echo "== Test targets:"
1129     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1130 }
1131
1132 initialize
1133
1134 declare -A testfuncargs=()
1135 for g in "${gostuff[@]}"; do
1136     testfuncargs[$g]="$g go"
1137 done
1138 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1139     dir=${p%:py3}
1140     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1141 done
1142
1143 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1144 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1145 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1146
1147 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1148     install_all
1149     test_all
1150 else
1151     skip=()
1152     only=()
1153     only_install=()
1154     if [[ -e "$VENV3DIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1155     setnextcmd() {
1156         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1157             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1158             # and pre-populating the command will only cause trouble
1159             nextcmd=
1160         elif [[ ! -e "$VENV3DIR/bin/activate" ]]; then
1161             nextcmd="install deps"
1162         else
1163             nextcmd=""
1164         fi
1165     }
1166     echo
1167     help_interactive
1168     nextcmd="install deps"
1169     setnextcmd
1170     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1171     history -r
1172     ignore_sigint=1
1173     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1174         history -s "$nextcmd"
1175         history -w
1176         count=1
1177         if [[ "${nextcmd}" =~ ^[0-9] ]]; then
1178           read count nextcmd <<<"${nextcmd}"
1179         fi
1180         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1181         target="${target%/}"
1182         target="${target/\/:/:}"
1183         case "${verb}" in
1184             "exit" | "quit")
1185                 exit_cleanly
1186                 ;;
1187             "reset")
1188                 stop_services
1189                 ;;
1190             "test" | "install")
1191                 case "$target" in
1192                     "")
1193                         help_interactive
1194                         ;;
1195                     all | deps)
1196                         ${verb}_${target}
1197                         ;;
1198                     *)
1199                         argstarget=${target%:py3}
1200                         testargs["$argstarget"]="${opts}"
1201                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1202                         tt="${tt:-$target}"
1203                         while [ $count -gt 0 ]; do
1204                           do_$verb $tt
1205                           let "count=count-1"
1206                         done
1207                         ;;
1208                 esac
1209                 ;;
1210             "" | "help" | *)
1211                 help_interactive
1212                 ;;
1213         esac
1214         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1215             report_outcomes
1216             successes=()
1217             failures=()
1218         fi
1219         cd "$WORKSPACE"
1220         setnextcmd
1221     done
1222     echo
1223 fi
1224 exit_cleanly