sdk/cwl/tests/12213-keepref-expr.cwl

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 cwlVersion: v1.0
   6 class: ExpressionTool
   7 requirements:
   8   InlineJavascriptRequirement: {}
   9 inputs:
  10   dir: Directory
  11 outputs:
  12   out: Directory[]
  13 expression: |
  14   ${
  15     var samples = {};
  16     var pattern = /^(.+)(_S[0-9]{1,3}_)(.+)$/;
  17     inputs.dir.listing = inputs.dir.listing.sort(function(a, b) { return a.basename.localeCompare(b.basename); });
  18     for (var i = 0; i < inputs.dir.listing.length; i++) {
  19       var file = inputs.dir.listing[i];
  20       var groups = file.basename.match(pattern);
  21       if (groups) {
  22         var sampleid = groups[1];
  23         if (!samples[sampleid]) {
  24           samples[sampleid] = [];
  25         }
  26         samples[sampleid].push(file);
  27       }
  28     }
  29     var dirs = [];
  30     Object.keys(samples).sort().forEach(function(sampleid, _) {
  31       dirs.push({"class": "Directory",
  32                  "basename": sampleid,
  33                  "listing": samples[sampleid]});
  34     });
  35     return {"out": dirs};
  36   }